С 5 сентября боярин князь Алексей Никитич Трубецкой двинулся из Путивля с московскими войсками в черкасские города. Везде его встречали с торжеством, везде давали присягу на подданство московскому царю. К 27 сентября Трубецкой был уже в Переяславе, и туда явились к нему в первых числах октября от Юрия Хмельницкого и от всего войска запорожского прилуцкий полковник Петр Дорошенко и сотники из всех полков и представили четырнадцать статей, на которых они желали быть принятыми в подданство государем. В одной из этих статей говорилось, чтобы митрополиту Киевскому с епископами и со всем духовенством оставаться по-прежнему под властию и послушанием только Цареградского патриарха. Октября 17-го открылась в Переяславе новая рада, на которой единогласно избран в гетманы и утвержден в сане Юрий Хмельницкий, потом были прочитаны и приняты гетманом и всем войском те самые статьи, какие даны были государем еще в 1654 г. Богдану Хмельницкому и в которых относительно Киевского митрополита было сказано: "Митрополиту Киевскому, также и иным духовным Малой России быть под благословением святейшего патриарха Московского и всея Великия, и Малыя, и Белыя России, а в права духовные святейший патриарх вступати не будет". Новые же четырнадцать статей, которые пред тем представлены были полковником Дорошенком с товарищи, "на раде отговорены, что тем статьям не быть". По установлении прежних отношений Киевской митрополии к Московскому патриарху надлежало озаботиться, чтобы кафедра этой митрополии не оставалась праздною, ибо митрополит Дионисий Балабан, чувствовавший себя виновным пред московским правительством, не хотел возвратиться в Киев, а проживал в Слуцком монастыре, где настоятельствовал известный архимандрит Феодосии Василевич, бывший наместником митрополитской епархии в Литве. И потому князь Трубецкой тогда же из Переяслава послал грамоту епископу Лазарю Барановичу: "Быть ему блюстителем Киевской митрополии до указу его царского величества". В начале следующего 1660 г. Лазарь Баранович бил челом великому государю, чтобы "пожаловал его велел ему на епископию Черниговскую и Новгородскую дать подтвержденную грамоту, почему ему впредь на епископии быть". Этим челобитьем Баранович ясно выразил пред государем, к его великому удовольствию, что признает над собою его власть и покоряется ему и в церковном отношении. И государь, пожаловав епископа Лазаря просимою грамотою (28 февраля), говорил в ней: "Быть ему на епископии Черниговской и Новгородской по-прежнему и доходы всякими, которыми прежде владел, и ныне владети во всем, и за нас, великого государя, Бога молить, и всякого добра нам хотеть, и во всем наше повеленье исполнять, а мы учнем его держать в нашем государском милостивном жалованье и в призренье". Прошло около пяти месяцев, как блюстительство митрополии поручено было Лазарю Барановичу, и новый гетман попытался пригласить митрополита Дионисия на его митрополичью кафедру письмом от 13 марта 1660 г. "Мы, - писал Юрий Хмельницкий, вырвавшись один раз из-под польского ига и начавши служить царскому величеству, не мыслим никогда изменять ему и не отстанем от него, как от православного монарха и нашего государя. Если мы рассмотрим дело основательно, то убедимся, что он более, чем кто-либо другой, есть наш природный государь... Потому мы сердечно желаем, чтобы твое преосвященство, имея твердую надежду на неизреченное милосердие его царского величества и не веря басням людским, поспешил в осиротелую митрополию. А что касается содержания соборного духовенства, то, если имения монастыря (Софийского) окажутся недостаточными, мы постараемся, чтобы по ходатайству нашему его царское величество по премногому своему милосердию пожаловал духовенство не только имениями, но и особым своим жалованьем, которого удостоились и другие монастыри. Уверяя в этом, преклоняю свою голову под руку твоего преосвященства". Дионисий прислал гетману из Слуцка ответные письма чрез одного своего чернеца, но содержание их неизвестно, только в Киев митрополит не возвратился. Прошло еще более трех месяцев, и малороссийское духовенство, не имея более надежды на возвращение Дионисия, решилось ходатайствовать об избрании себе нового митрополита. Игумен Трехтемировского монастыря Иоасаф, прибыв в Москву, объявил 20 июня в Посольском приказе: "Прислали меня Черниговский епископ Лазарь Баранович, и печерский архимандрит Гизель, и все духовенство бить челом великому государю, что как их малороссийский народ ныне без пастыря, то великий государь пожаловал бы и велел им в Малой России избрать духовным чином митрополита, ибо без пастыря в Малой России быть им невозможно. А кого духовным чином изберут и от кого ему быть рукоположенным, от Московского ли патриарха или от Цареградского, о том как великий государь укажет". Очевидно, что малороссийское духовенство в лице своих представителей, как и прежде выражало, готово было покориться воле государя и признать над собою власть Московского патриарха. Но государю теперь было не до церковных дел. В Литве и Белоруссии войска его вели не совсем удачную борьбу с поляками, и не далее как 18 июня русская пехота потерпела там совершенное поражение и сам воевода, князь Щербатый, попался в плен. А на юге было еще хуже. В августе киевский воевода Шереметев и гетман Хмельницкий двинулись с войсками против поляков и крымских татар, в продолжение сентября потерпели от них несколько, впрочем незначительных, поражений; 8 октября Хмельницкий изменил царю и перешел с своими казаками в стан польский, а чрез несколько дней (23 октября) Шереметев принужден был выдать врагам все московское войско и обязался очистить малороссийские города: Киев, Переяслав, Нежин, Чернигов. Это поразило Москву, и удовлетворение ходатайству малороссийского духовенства о новом для него архипастыре государь по необходимости должен был отложить до более благоприятного времени.
Если малороссийское духовенство показывало московскому государю такую покорность и преданность, то одним из главных побуждений к этому были, без сомнения, царские милости, которые оно на себе испытывало. Из малороссийских монастырей то и дело приходили в Москву старцы за милостынею, и царь никому не отказывал. В апреле 1657 г. он послал в Креховский монастырь Львовского повета пятьдесят рублей и в киевский Межигорский сто рублей чрез старца Иоакима Савелова, бывшего впоследствии патриархом; в мае 1658 г. пожаловал полтавскому Воздвиженскому монастырю восемьдесят рублей, а лубенскому Мгарскому монастырю пожаловал подтвердительную грамоту на все владения, какие даны были ему русскими великими князьями, гетманом Богданом Хмельницким и князьями Вишневецкими. В этом же году приезжали в Москву из Киево-Печерского монастыря на основании прежде пожалованной ему грамоты наместник Авксентий Острицкий и Больничного монастыря игумен Сильвестр с просьбою о милостыне для своей обители. И царь наделил их и деньгами, и книгами печатными, и церковною утварью. Кроме того, они привезли от своего архимандрита Иннокентия Гизеля и всей братии челобитную государю, чтобы он утвердил за Киевскою лаврою все ее владения, и представили все подлинные грамоты и документы на эти владения, данные прежними русскими князьями и польскими королями. И царь пожаловал Киево-Печерскому монастырю грамоту от 31 августа 1658 г., которою утвердил за ним все его вотчины, а также принадлежавшие ему монастыри в Новгороде Северском и Чернигове со всеми крестьянами, землями и угодьями, город Василев со всеми людьми, землями и угодьями и четыре села близ Могилева: Печерск, Цверково, Тарасовичи и Барсуки со всеми доходами . В 1659 г. по просьбе игумена Киево-братского монастыря и ректора училища Иоанникия Голятовского с братиею царь пожаловал их грамотою (от 31 декабря) на место Саворово и село Мухоеды со всеми принадлежностями, а в 1660 г. пожаловал также грамоту от 15 августа каневскому Успенскому монастырю на местечки Бубновно и Межиричку с их селами, мельницами, озерами и всеми угодьями.
Когда страшное впечатление, произведенное изменою гетмана Юрия Хмельницкого и потерею целого войска, мало-помалу изгладилось в Москве и когда сделалось ясным, что ей изменили вместе с Хмельницким собственно казаки правой, или западной, стороны Днепра, а на левой, восточной, стороне казаки и население остаются верными, тогда царь нашел возможным обратить внимание и на церковные дела в Малороссии и позаботиться об удовлетворении последней просьбы малороссийского духовенства. Но как удовлетворить? Дозволить ему избрать себе нового митрополита, о чем оно ходатайствовало? Но митрополит Дионисий Балабан был еще жив и свободно управлял епархиями Киевской митрополии, находившимися во владениях Польши. Дать для Малороссии особого митрополита? Но это значило бы разделить Киевскую митрополию на две и допустить явное нарушение прав Константинопольского патриарха. Оставалось только назначить временного блюстителя, или администратора, Киевской митрополии в той части ее, которая находилась в Малороссии под властию московского государя. Но такой блюститель уже был, именно Черниговский епископ Лазарь Баранович. В верности Барановича едва ли сомневалось московское правительство: он достаточно доказал ее. Но по тогдашним обстоятельствам Малороссии оно могло находить его не вполне соответствующим своим намерениям. В Малороссии, по левой стороне Днепра, не было тогда гетмана, а были три искателя гетманства: полковник и наказный гетман Самко, полковник Золотаренко и запорожский кошевой Брюховецкий. Они враждовали между собою, спорили, доносили друг на друга в Москву, производили смуты между казаками, волновали население. Получать достоверные сведения о положении этой страны, заправлять делами ее для ее же блага и в своих собственных видах московское правительство не могло чрез одних своих воевод, приходивших туда из Москвы и вовсе не знавших местного края. И вот оно остановилось на мысли иметь в лице церковного администратора в Киеве и политического деятеля человека, который бы не только вполне был верен московскому государю, но близко был знаком с духом и характером малороссийского народа, с тогдашним настроением его мыслей и желаний, со взаимными отношениями тогдашних главных лиц и партий между казаками и всем этим мог служить московскому правительству и благотворно содействовать ему в управлении краем. Таким человеком признали в Москве нежинского протопопа Максима Филимонова. Он обратил на себя внимание московских властей еще в 1654 г., когда Малороссия и Белоруссия присоединялись к Великой России, своими речами, из которых одну он сказал (23 генваря) царским послам при въезде их в город Нежин для приведения жителей к присяге, а другую произнес (27 сентября) пред самим государем под Смоленском, где находился вместе с казацкими полками в походе. В обеих речах и особенно в последней он показал своими и образование, а еще более свою приверженность к православной России. С того времени он всячески старался, насколько мог, способствовать утверждению московской власти в Малорусском крае, писал в Москву к окольничему Федору Михайловичу Ртищеву, к царским воеводам в Киеве и Путивле, сообщал им известия о настроении умов в Малороссии, о движениях крымских татар, о воинских действиях поляков и сношениях их с шведами, о замыслах и происках гетмана Выговского, давал советы скорее поставить в малорусских городах московских воевод и подобное. Царь, которому передавались все эти известия, видел и ценил усердие нежинского протопопа, щедро награждал его, видел вместе его близкое знакомство с краем, его способность к занятиям политическими делами, его находчивость и уменье заправлять ими. В этом отношении он казался гораздо выше и надежнее епископа Лазаря Барановича. Последний был человек весьма ученый и благочестивый, но всю свою жизнь провел в стенах училищ и в управлении разными монастырями, а с мирскою общественною жизнию в крае мало был знаком практически и не обнаруживал никакой склонности следить за течением гражданских и политических дел. Неудивительно, если вместо Лазаря Барановича блюстителем Киевской митрополии правительство пожелало видеть нежинского протопопа Максима. Нужно было возвести его в сан епископа. Но на какую епархию? Чего требовали каноны? В Малороссии были только две архиерейские кафедры - Киевская и Черниговская, и обе были заняты. Вспомнили, что если не в Малороссии, то в присоединенной Белоруссии есть еще одна епископия Киевской митрополии, доселе остававшаяся без архипастыря, - Мстиславская, туда и назначили нового епископа, чтобы по крайней мере по имени этой епархии ему называться Мстиславским, хотя в действительности он никогда впоследствии там не бывал и не управлял своею паствою. И вот 4 мая 1661 г. нежинский протопоп Максим, названный в монашестве Мефодием, поставлен в Москве во епископа Мстиславского и Оршанского рукоположением блюстителя патриаршего престола Питирима, митрополита Сарского и Подонского, и других архиереев по соизволению царя, благословению всего освященного Собора и совету царского синклита. Далее мы увидим, как объяснял сам государь в грамоте к Цареградскому патриарху этот поступок своего правительства.