Новый блюститель Киевской митрополии прибыл в Киев и в половине июля вступил в управление митрополией, приняв (16 июля) от прежнего блюстителя, епископа Лазаря, все имущество святой Софии, церковное и монастырское, принадлежавшее митрополитскому дому. А от 2 августа Лазарь Баранович писал к государю уже из своей епархии: "Доселе по силе моей я исправлял блюстительство Киевской митрополии и никогда не сопротивлялся воле Вашего царского величества, исполнил ее и теперь: боголюбивого епископа Мстиславского и Оршанского господина отца Мефодия Филимоновича, истинного богомольца Вашего величества, я честно почтил и принял со всем духовным Собором как брата и сослужителя своего и посадил на престол митрополии Киевской блюстителем, отдав ему в целости все имущество, церковное и монастырское, а сам по указу Вашего величества возвратился на свою епископию... Только не имея в Чернигове, где и главу приклонить, я отъехал в новгородский (т. е. в новгород-северский) монастырь Всемилостивого Спаса, где немногое устроил и строю при помощи Божией и жалованьи вашего величества; богатую же милостыню, какую я имел от Вашего величества в св. Софии (где, следовательно, и жил), я всю издержал на прокормление братии по великому оскудению монастыря. Хотелось бы мне воздвигнуть престол моей епископии в Чернигове, в церкви св. страстотерпцев, русских князей Бориса и Глеба, и потому, посылая к Вашему величеству наместника моего Гавриила Олешкевича с иеромонахом Иосифом, прошу царской милостыни, чтобы разоренная моя Черниговская епископия могла под державою Вашего величества и Вашею богатою милостынею прийти в прежнее свое благолепие и узреть прежнюю свою красоту". Посланные Барановичем в Москву иеромонахи подали от его имени 27 августа челобитную в Посольском приказе и в ней просили, чтобы государь пожаловал милостыню на покупку в Чернигове дворового места для епископа, которое продавалось за тысячу золотых польских, и на строение церкви святых мучеников Бориса и Глеба, пожаловал для той церкви книги, ризы, сосуды, паникадила и прочие церковные вещи, также икону святых страстотерпцев Бориса и Глеба и другие иконы, пожаловал, наконец, для епископа грамоту, по которой бы он в случаях нужды мог найти себе приют в Путивле, или Севске, или в Брянске, а если можно, и в самой Москве. Государь приказал удовлетворить всем этим просьбам Барановича, а в Путивль послать к воеводе грамоту, чтобы он, если приедет епископ Баранович, дал ему двор и государя о том известил, - лучшее свидетельство, что Баранович не находился в немилости у государя, хотя и оставил по его воле место блюстителя Киевской митрополии.
Отпуская своего избранника, епископа Мефодия, в Киев, царь приказал отпустить с ним значительную сумму денег: на содержание его шесть тысяч сто рублей и соболями на четыреста десять рублей; на ямское строение в Нежине четыре тысячи рублей; на жалованье ратным людям черкасских городов десять тысяч рублей, полковникам - нежинскому Золотаренке, переяславскому, бывшему и наказным гетманом, Самко и черниговскому Силичу по сто рублей соболями, да на раздачу разным чинам соболями семьдесят рублей. Разумеется, первое впечатление, какое произвел Мефодий в Малороссии раздачей царских милостей, было в его пользу. Затем он стал лицом к лицу с тремя искателями гетманского достоинства, из которых каждый старался привлечь его как царского уполномоченного на свою сторону, выхвалял свою службу пред государем, называя двух других изменниками, и все говорили о необходимости созвать раду и избрать совершенного гетмана. Мефодий сначала думал отклонить все эти искательства. Он написал в первых числах августа к гетману Юрию Хмельницкому и убеждал его раскаяться и возвратиться с своими казаками под высокую руку московского государя, рассчитывая, что в таком случае порядок в Малороссии восстановится и не нужно будет избирать нового гетмана, но не получил никакого ответа, а узнал спустя около двух месяцев, что Хмельницкий собирается сделать нападение на Нежин и Чернигов. Тогда Мефодий начал, по-видимому, склоняться на сторону наказного гетмана Самки, уверял его, что в Москве знают и ценят его службу, и после совещаний с ним и другими полковниками согласился в марте 1662 г. отправить к царю ходатайство, чтобы он прислал кого-либо из своих для избрания совершенного гетмана. Между тем еще прежде, нежели из Москвы получен был указ, Самко созвал в Козельце раду. На ней присутствовали только полковники, атаманы и есаулы левой стороны Днепра без всякого участия черни и избрали Самко в гетманы. Присутствовал также и епископ Мефодий и 16 апреля привел новоизбранного гетмана к присяге на верность государю. Но тотчас из Козельца отправился к сопернику Самки, нежинскому полковнику Золотаренке, и из Нежина послал в Москву донесение от 22 апреля, что Самко обманул его и полковников, заставил их угрозою смерти избрать себя в гетманы и что он, Мефодий, желая только спасти их, особенно верного слугу государева Золотаренко, согласился привесть избранного гетмана к присяге. Самко с своей стороны написал в Москву от 14 мая, что при избрании его никакого обмана и насилия не было, что и епископ и полковники действовали совершенно свободно, резко нападал на Золотаренку и намеками на самого епископа. Из Москвы пришел ответ, чтобы Самко оставался только наказным гетманом и жил в единодушном согласии с епископом Мефодием, а для избрания гетмана на полной раде посылается из Белгорода окольничий и воевода князь Ромодановский. Огорченный Самко вновь написал государю (от 30 мая), горько жаловался не только на Золотаренка, но и на Мефодия и просил, чтобы на будущей раде епископ ни во что не вступался, а чрез несколько дней отправил в Москву своих посланцев и поручил им известить государя, что "место митрополитское Киевское за нерадением епископа без пастыря стоит два месяца" (Мефодий все еще проживал в Нежине), и бить челом, чтобы блюстителем Киевской митрополии государь изволил назначить или архимандрита Иннокентия Гизеля, или епископа Лазаря Барановича, или еще кого-либо из епископов, или игумена, только не отца Мефодия, потому что он "смуту учинил и войском его не любят". Просьбы и жалобы Самко оставлены без внимания. Зато, когда князь Ромодановский в июне месяце разослал приглашения, чтобы собрались в Зеньков на раду для избрания гетмана, то прибыли туда лишь епископ Мефодий и полковник Золотаренко, а прочие полковники не явились, ссылаясь на военные обстоятельства. Съехавшиеся в Зеньков решили отложить раду до другого времени, и Мефодий не поехал уже в Нежин к полковнику Золотаренке, а остался жить в Зенькове. В сентябре сделаны были окольничим новые приглашения собраться на раду в Полтаву, и опять полковники с своими казаками не явились, указывая преимущественно на неудобность места, назначенного для съезда. И Мефодий, уведомляя об этом государя, писал: "Сентября по 17-й день по твоему, великого государя, указу в Зенькове с окольничим князем Григорием Григорьевичем живот свой мучу, ожидаючи рады" (значит, он жил там не по своей прихоти, а по воле государя) - и далее просил, чтобы государь велел окольничему сноситься не с наказным атаманом Самком по делу о раде, а с кошевым гетманом Брюховецким, недавно прибывшим с своими запорожскими казаками к Полтаве. Но и теперь, когда государь дал такое повеление, дело не состоялось. Октября 30-го в Москве получены были известия от Брюховецкого и от епископа Мефодия, что на новую раду, которая назначена была в Гадяче, съехались только несколько полковников, а ни Самко, ни полковник Золотаренко не захотели прийти и разными обольщениями увлекли других за собою, потому собравшиеся на съезд единогласно приговорили, чтобы окольничий князь Ромодановский с своими ратными людьми возвратился в Белгород, а Брюховецкий с своими казаками стоял в Гадяче до указа государя. Сам епископ Мефодий остался также в Гадяче при Брюховецком. К концу 1662 г. отправлен был из Москвы в Малороссию стольник Ладыженский, который 13 генваря следующего года, прибыв в Гадяч, объявил Мефодию и Брюховецкому, что раду государь велел отложить до весны, а епископу приказал возвратиться в Киев впредь до новой рады. Но Мефодий отвечал: "В Киев я никак ныне не смею ехать, потому что наказный гетман Самко государю не прочит, хочет изменить, а меня велит погубить. Гадяч город моей епископии - государь пожаловал бы до полной рады велел мне жить в Гадяче". Поехал Ладыженский и в Переяслав (22 генваря) к наказному гетману Самке, и Самко в беседах с ним с крайнею горечью говорил против Мефодия: "Меня на козельской раде избрали в совершенные гетманы, а государь меня не пожаловал не утвердил, все это замутил епископ Мефодий... Прежде у нас от веку не бывало, чтобы епископу гетмана избирать: знает епископ одну Церковь. А такой баламут, как Мефодий, и в епископы не годится. Государь пожаловал бы нас велел Мефодия вывести из Киева и из черкасских городов, а если его не выведут и быть ему на раде, мы на раду не поедем... Сначала он сложился с Василием Золотаренком, а теперь сложился с Брюховецким, и Брюховецкий по его баламутству называется гетманом". Невозможно ныне судить за неимением данных, кто был прав, кто виноват: Самко ли или епископ Мефодий, и несправедливо было бы произнести здесь приговор о последнем на основании слов его противника. Но нельзя не заметить, что, назначенный быть блюстителем Киевской митрополии, Мефодий большую часть времени посвящал почти исключительно делам политическим: прожил в Киеве доселе только около осьми месяцев, а потом более года проживал то в Нежине, то в Зенькове, то в Гадяче, который и не хотел теперь оставить. Нельзя также не заметить, что вся эта политическая деятельность Мефодия была неудачна, к огорчению, конечно, и его самого и московского правительства.