Еще более скорби пришлось испытать Мефодию как деятелю церковному. Спустя три месяца после рукоположения его в Москве на одну из епархий Киевской митрополии Киевский митрополит Дионисий Балабан рукоположил (3 августа), пользуясь своим правом, на ту же самую епархию своего епископа, бывшего пред тем архимандритом Лещинского и старшим виленского Свято-Духова монастырей, Иосифа Нелюбовича-Тукальского с оставлением за ним Лещинского монастыря. И это должно было служить постоянным свидетельством для всех и для самого Мефодия, что он рукоположен и называется Мстиславским незаконно. С наступлением 1662 г., в неделю православия, патриарх Никон изрек анафему на Крутицкого митрополита Питирима, между прочим, за то, что он поставил Мефодия епископом в чужую церковную область, подведомую Цареградскому патриарху. И эта анафема на рукополагавшего митрополита падала вместе по канонам на рукоположенного им, подвергая обоих низложению. Но если анафеме Никона, как уже отрекшегося от своей патриаршей кафедры, в Москве не придавали значения, то нельзя уже было не придавать значения и силы другой анафеме, разразившейся прямо над Мефодием в том же году. Что вызвало эту новую анафему и какое она произвела действие, довольно подробно объяснил сам Мефодий. В генваре 1663 г. он написал к царю Алексею Михайловичу: "Извещаю, что митрополит Балабан с изменником Юраской Хмельницким хотят до конца отвратить от тебя, великого государя, как духовный, так и мирской чин Малой России. Посылали они к святейшему патриарху Цареградскому трехтемировского игумена Краковецкого со многими дарами, клевеща на меня, твоего богомольца, и прося проклятия на меня и на всех, сообщающихся со мною. А клевету взвели на меня ту, будто я изгнал от престола митрополита Балабана и насильством, при помощи мирской власти восхитил престол Киевской митрополии. И по их просьбе святейший патриарх Цареградский выдал страшное проклятие на меня и на сообщающихся со мною. Копию с того проклятия Балабан прислал в Киев с выдубицким игуменом Клементием Старушичем, и в Киеве много произошло смущения от того проклятия между духовными и светскими; оно причиняет скорбь не мне только, но и всей твоей державе. Нисколько не расследовав, святейший патриарх произнес суд и проклятие по просьбе клеветников, между тем как митрополит Балабан, никем не изгоняемый, сам добровольно убежал от своего престола, благословил твоих подданных поднять руки на самого государя, навел басурман на православных христиан и сделался виновником многого междоусобия и кровопролития. Но да не продолжится навсегда смущение людей Божиих, духовных и мирских, в твоей державе - в Малой России; умилосердись, великий государь, изволь послать к святейшему патриарху Цареградскому, чтобы он очистил нас от проклятия, а обратил бы его на тех, которые ненавидят добро, нещадно проливают христианскую кровь и, будучи твоими подданными, забыв твои милости к себе, стали твоими великими врагами и изменниками. Балабан при своем избрании обещался нам желать тебе, великому государю, всякого добра как природному своему царю и проклятием грозил Выговскому в его присяге, утверждая его, чтобы он верно служил тебе, великому государю, а ныне сам сделался достойным того проклятия за свою измену против тебя, великого государя. Снова и со слезами прошу милости у тебя, великого государя, чтобы ты изволил послать к святейшему патриарху, ибо его проклятие весьма оскорбило мою душу". В Москве известие о проклятии Мефодия получено было, вероятно, еще прежде, нежели известил о том сам Мефодий, потому что еще в грамоте своей к Цареградскому патриарху, писанной в конце декабря 1662 г., государь поместил следующее прибавление: "Наконец, извещаем твое преблаженство с мольбою о Мефодии, епископе святой твоей паствы Белой России, который прошедшего года поставлен был в Москве от нашего Крутицкого митрополита по нашему соизволению благословением всего освященного Собора и советом нашего царского синклита. Думаем, что вы немало негодуете на нас за это. Но, преблаженнейший, отнюдь не из презрения к твоему святительству, не по насильству и не для нарушения св. правил, запрещающих епископам рукополагать кого-либо не в своем пределе, мы поступили так - да не будет. Объявляем тебе поистине, что ради благословной и неотложной причины, не успев написать к преблаженству Вашему о благословении, мы понудили рукоположить этого епископа. Вы слышали и прежде, что подданные наши казаки, называемые черкасами, живущие в городах Малой и Белой России, поползновенны и удобопреклонны к иноземному ярму; ныне же особенно узнали мы их удобопреклонность к соседним им папистам. Ибо отвергшийся нас и изменивший нам паствы твоей митрополит Киевский, и Галицкий, и всея Малыя и Белыя России Дионисий Балабан, отшедший к нашему неприятелю, польскому королю, по приказанию его приходил к ним и убедил многих из них быть под его рукою и соединиться с папистами. И как они уже готовы были отпасть, то мы убоялись, да не погибнут душами своими, болезненно попеклись о спасении их и, усмотрев сего мужа Мефодия, тамошнего же уроженца, могущего направить их на истину, понудили рукоположить его, да не увязнут в дьявольские сети и живы будут. Мы сотворили так не по преобладанию, но ради икономии, или строительства, спасения, а где бывает что-либо ради икономии спасения, как знаете и Ваше преблаженство, там по нужде допускается и пременение закона. Мы рассудили меньшим пожертвовать большему, ибо лучше нарушить правило, запрещающее епископу рукополагать в чужом пределе, но спасти в целости многие души в том пределе, нежели соблюсти правило, но допустить, чтобы те души впали в погибель. Если бы укоснили временем, послав предварительно к Вам спросить об этом, то весьма удобно они могли бы отпасть. Впрочем, предоставляем Вашему благоразумию рассудить, правильно ли мы поступили, и если нет, то просим прощения и в разуме наставления". Грамота была отправлена к патриарху 1 генваря 1663 г., и когда в продолжение четырех почти месяцев ответа на нее не было получено, то Паисий Лигарид, обыкновенно составлявший все такого рода грамоты, спрашивал в своей докладной записке от 24 апреля государя: "Должен ли есмь писать и повторить патриарху Вселенскому о деле патриарха Никона или точию писать о деле епископа Мефодия". Явно, что о Мефодии и о прощении его патриархом велено было приготовить новую грамоту. И надобно полагать, что патриарх Цареградский по ходатайству государя снял проклятие с епископа Мефодия, потому что киевское духовенство, которое теперь, по получении патриаршей грамоты о проклятии Мефодия, чуждалось его и даже враждовало против него, чрез несколько времени, как увидим, снова вошло с ним в сношение и признавало его епископом.