Малороссийское духовенство левой стороны Днепра с своею паствою вовсе не участвовало в избрании митрополита Киевского Иосифа Тукальского, а оставалось по-прежнему под властию блюстителя митрополии епископа Мефодия, который после избрания гетмана Брюховецкого на нежинской раде возвратился наконец в Киев. С этого времени Мефодий имел более возможности заняться церковными делами, и действительно занялся. Один из киевских иноков, живший при Софийском соборе, в письме своем к царю от 12 октября 1663 г., прося у него милостыни на этот собор, выражался: "Церковь св. Софии до первой своей красоты, даст Бог, придет. Верим, не умер Могила, смею я то говорить: как его милость (еп. Мефодий) при престоле митрополитском остовает, зачал, яко покойник Могила, починять церковь побожне. Имею я надежду к Богу, что его милость совершит счастливое". С своей стороны и киевское духовенство, так резко нападавшее на Мефодия, особенно вследствие патриаршей на него анафемы, начало мало-помалу сближаться с ним, и имя Мефодия как блюстителя митрополии вновь стали поминать в киевских церквах и монастырях, что, разумеется, могло последовать не прежде, как получено было из Царьграда известие о снятии с Мефодия патриаршей клятвы. Между тем новый гетман Брюховецкий, столько одолженный Мефодию, скоро оказался неприязненным как к Мефодию, так и к подведомому ему духовенству. Еще 18-го числа 1663 г. Брюховецкий, приехав в полночь с несколькими старшинами к гадячскому воеводе Хлопову, говорил ему наедине, тайно относительно Мефодия и киевских монахов следующее: "В городе Киеве творится что-то очень недоброе от умысла злых людей: король идет к Киеву по приглашению киевских жителей. А вся злая беда началась от старицы Ангелины, которая учит в Киеве дочь епископа (Мефодия) грамоте. Старица та, какие ни услышит вести от епископовой дочери, про все передает ведомость в Польшу к панке (жене) Тетере. Кажется, что у епископа есть прозябь большая и неверность в раденье к великому государю. Потому я имею подозрение на епископа, что после рады (нежинской) в Киеве заключен был нежинский атаман Шмотович, и старцы (печерские) взяли его себе на поруки, и тот атаман будто ушел, а его-де отпустили старцы нарочно умыслом и велели ему, Шмотовичу, собрав казаков и татар, приходить на государевы черкасские города. Я посылал по тех старцев, и епископ не прислал их ко мне, а взял с них золотые червонные. Страшусь, чтобы епископ своим злым умыслом не учинил чего-либо над Киевом и королю города не сдал". Эти слова тогда же были переданы Хлоповым московским дьякам Башмакову и Флорову, находившимся в Малороссии по поручению государя, а ими потом сообщены самому государю. В следующем 1664 г. сам Мефодий должен был сознаться в нерасположенности к нему Брюховецкого и писал в Москву, "чтобы великий государь не во всем полагался на гетмана, ни в чем меня гетман не слушает". В своей неприязни к духовенству, особенно монашествующему, Брюховецкий дозволял казакам грабить и разорять церковные имения и на все жалобы духовных властей не обращал никакого внимания, так что духовенство стало считать гетмана врагом Церкви и в монастырях прекратило о нем молитвы. А в феврале 1665 г. он прямо доносил государю, что печерские чернецы замышляют измену и хотят впустить в свой монастырь поляков.
Не довольствуясь всем этим, гетман в мае 1665 г., отправляя в Москву полковника Лазаря Горленко, между прочим, поручал ему: "Просить о прислании из Москвы на митрополию Киевскую русской власти, чтобы духовный чин киевский не шатался к ляхским митрополитам и чтобы Малая Русь, услышав о прислании на митрополию русского строителя, утверждалась и укреплялась под высокою рукою его царского величества и духовный чин, оставив двоедушие, не удалялся из послушания святейшим патриархам Московским". В сентябре, 11-го числа, гетман Брюховецкий и сам прибыл в Москву с великою свитою, и в одной из статей, какие подал он здесь на бумаге о своих нуждах, он почти буквально повторил то же самое, о чем прежде ходатайствовал чрез полковника Горленко. В статье этой под заглавием "О митрополите на Киев" говорилось: "В Киев на митрополию был бы послан по указу государеву русский святитель из Москвы для того, чтобы духовный чин, оглядываясь на митрополитов, находящихся под рукою короля, не был вреден по шатости запорожскому войску. Ибо в статьях переяславских и батуринских (т. е. данных еще при Богдане Хмельницком, но потом читанных и принятых казаками в Переяславе и Батурине) постановлено, чтобы митрополиту Киевскому быть под послушанием патриарха Московского. Потому гетман с войском для лучшей крепости и утверждения всего народа бьет челом о прислании в Киев святителя русского". В ответ на эту статью челобитной в царском указе было написано: "Сказать гетману, что великий государь начнет о том списываться с Цареградским патриархом, и, если патриарх напишет о том великому государю и благословение о митрополите в Киев подаст, тогда будет о том и указ великого государя". Когда Брюховецкий возвратился из Москвы в начале 1666 г. и возвратившийся с ним полковник киевский Василий Дворецкий сообщил киевским духовным властям копию статей, какие подавал там гетман, то епископ Мефодий и настоятели киевских монастырей, прочитав эти статьи, были крайне огорчены: они увидели явное посягательство на их давние права. Почему немедленно обратились к Брюховецкому и, указывая на то, что прежде избрание на Киевскую митрополию всегда происходило с ведома гетманского, просили гетмана отписать великому государю, чтобы им избрать в Киев митрополита между собою из малороссийских городов по прежним обычаям и правам. Брюховецкий от 10 февраля отвечал: "Всему христианскому миру известно, что митрополитское место в Киеве пустует за войнами много лет, и оттого всем нам великое неустройство. Недавно в Корсуне некоторые духовные, кроме киевских, избрали себе Собором митрополита Тукальского, но пристойно и лучше быть на Киевской митрополии человеку, подданному православного монарха, нежели подданному польского короля. Вы вздумали теперь поискать, чтобы место митрополии Киевской не оставалось пустым: радуюсь и желаю успеха. Но только когда я был в Москве, то нам припомнили статьи гетмана Богдана Хмельницкого, а там положено, чтобы в Киев был прислан митрополит от святейшего патриарха Московского. Тогда и мы со всем товариществом, бывшим с нами в Москве, на том руки свои приложили, что государь пошлет своих посланников к святейшим патриархам просить на то благословения... Возвращения тех посланников всем нам и следует ожидать, а права и стародавние вольности духовных и мирских людей государевым милосердием подтверждены и не будут нарушены". Ответ гетмана еще более раздражил духовных. И 22 февраля епископ Мефодий и настоятели киевских монастырей отправились к боярину и воеводе Шереметеву с товарищи и просили о позволении послать от себя в Москву челобитчика, чтобы государь не велел отнимать у них вольностей и прав. Шереметев отвечал, что государь вовсе не отнимал у них никаких прав и вольностей. Но духовные говорили: "Гетман прислал нам лист, что государь указал быть в Киеве московскому митрополиту, а не по стародавним правам и вольностям, не по нашему избранию; мы под благословением Цареградского патриарха, а не Московского, и если быть у нас московскому митрополиту, то права наши будут нарушены". Затем духовные продолжали с большею яростию: "Если по изволению государя будет у нас московский митрополит, а не по нашему избранию, то пусть государь велит скорее всех нас казнить, нежели мы на то согласимся. Как только приедет в Киев московский митрополит, мы запремся в монастырях, и разве за шею и за ноги выволокут нас оттуда, тогда и будет московский митрополит в Киеве. В Смоленске ныне архиепископ Филарет, и он все права у духовенства отнял, всех называет иноверцами, а они православные христиане. Так же будет называть и московский митрополит в Киеве всех жителей Киева и Малороссии. Лучше нам принять смерть, нежели быть у нас в Киеве московскому митрополиту". Шереметев старался успокоить разгорячившихся и, между прочим, сказал: "Государь положил все дело на рассуждение Вселенского патриарха, как он о том отпишет; если отпишет и подаст благословение на избранного вами, то государь соизволит, чтобы избранный вами на митрополию Киевскую был поставлен в Москве всеми духовными властями". Тогда епископ Мефодий и настоятели монастырей отвечали: "Если государю угодно быть нам под благословением Московского патриарха, то пусть напишет о том Вселенскому патриарху; только бы митрополиту Киевскому быть по нашему избранию, чтобы у нас стародавние права не были нарушены". На другой день Мефодий, увидевшись с боярином Шереметевым в Софийском соборе, просил прощения: "Вчера я говорил, что если будет к нам московский митрополит, то мы запремся в монастырях, - те слова я говорил поневоле; сам я поставлен епископом от московского митрополита, и малороссийские духовные все поносят меня и думают, будто я по совещанию с гетманом сделал то, чтобы быть им под благословением Московского патриарха". После объяснений с царскими воеводами киевские духовные не успокоились; вражда их против гетмана не унималась, и об этой вражде извещал государя (26 февраля) боярин и воевода Шереметев. А Брюховецкий с своей стороны писал от 20 марта государю против духовенства и доносил, что епископ Мефодий женил своего сына на Дубяговне, у которой два родные брата служат при польском короле. Не оставляли киевские духовные власти и своего намерения ударить челом государю, чтобы дозволил им избрать между собою кого-либо на Киевскую митрополию; с этою целию в марте или апреле власти отправили в Москву кирилловского игумена Мелетия Донка. Из Москвы был прислан в Малороссию дьяк Флоров, которому, между прочим, поручено было примирить враждующих. Но при первом же свидании с ним (1 мая) Шереметев сказал, что "с гетманом у епископа ссора великая, да и впредь-де между ними совету не чает" и что он, боярин, опасается, как бы к епископу и ко всему духовенству в их вражде на гетмана не пристали мещане всех городов и оттого не учинилось бы какой-либо порухи делу государеву. Спустя один день Флоров мог лично убедиться в справедливости слов Шереметева. В Киевской лавре 3 мая по случаю памяти преподобного Феодосия Печерского был праздник и трапеза. После трапезы почетные гости зашли в кельи отца архимандрита и здесь вслед за тостами за здоровье бояр и окольничих дьяк Флоров предложил тост за боярина и гетмана Ивана Мартыновича Брюховецкого. Но епископ Мефодий и все духовенство за здоровье гетмана не стали пить и говорили, что он им злодей и недоброхот и, находясь в Москве, просил о присылке в Киев московского митрополита, выставляя нас тем пред великим государем как бы неверными. В частности, Мефодий утверждал, что гетман им ненадобен, и открыто говорил про него нечестные слова. А Иннокентий Гизель жаловался, что гетман попускает своим казакам разорять маетности Печерского монастыря и разоренье то пуще неприятельского. К концу мая Флоров возвратился в Москву и дал отчет, что видел и слышал и как исполнил поручение.