Очень могло быть, что по ходатайству именно Неронова пред государем возвращен был из Сибири протопоп Аввакум, хотя, как скоро увидим, у него могло найтись немало и других, даже более сильных, ходатаев. Этот протопоп, который скоро превзошел своею слепою и фанатическою ревностию по вере самого Неронова и сделался действительным главою вновь возникшего у нас раскола, сам написал свою биографию по просьбе отца своего духовного Епифания около 1675 г., весьма любопытную как по содержанию, так особенно по изложению, но не избег в ней, как это большею частию бывает в автобиографиях, пристрастия и самохвальства. Он старается здесь представить себя не только ревнителем истинной веры, но и страдальцем за веру и чудотворцем и видимо преувеличивает и украшает вымыслами свои страдания и свои мнимые чудодеяния, как бы хвастается ими. Аввакум родился в Нижегородских пределах, в селе Григорове. Отец его Петр был там священником и "прилежаше пития хмельнаго", а мать Мария, сделавшаяся по смерти мужа инокинею Марфою, была "постница и молитвенница", и всегда учила сына страху Божию, и воспитала его в самом строгом, преимущественно обрядовом, благочестии. Женившись на дочери местного кузнеца Анастасии, Аввакум 21 года поставлен был в диаконы, а 23 лет в попы - вот как тогда исполнялись церковные каноны. И в эти еще молодые свои годы, будучи только сельским священником, он уже обнаружил в словах и действиях тот чрезвычайно дерзкий, задорный, ничем не укротимый характер, которым отличался потом во всю свою жизнь и из-за которого претерпел в продолжение ее столько страданий. Не станем передавать тех почти невероятных случаев, о которых рассказывает он сам в своей биографии, как его били, волочили за ноги в ризах, оставляли едва живым. Заметим только, что попом он был всего восемь лет и в эти восемь лет два раза его выгоняли из прихода. В первый раз напал на него какой-то начальник, избил его, откусил у него персты руки, дважды выстрелил в него и наконец отнял у него двор и все имущество и без куска хлеба выгнал его с семейством из села. Аввакум побрел в Москву к царскому духовнику протопопу Стефану Вонифатьеву и протопопу Ивану Неронову. Они известили о нем царя, который с того времени начал знать Аввакума, но опять послали его с грамотою на прежнее место. Здесь едва он вновь обзавелся, как над ним разразились новые беды, и "помале паки инии изгнаша мя от места того вдругоряд, - пишет он сам, - аз же сволокся к Москве и Божиею волею государь меня велел в протопопы поставить в Юрьевец Повольский". Аввакуму исполнилось тогда еще только 31 год, и, сделавшись так рано протопопом, начальником целого церковного округа - протопопии, он, верно, захотел показать себя еще более резким и задорным в своих словах и действиях, потому что едва прошло восемь недель, как на него восстал почти весь город. К местному Патриаршему приказу, где заседал Аввакум, занимаясь духовными делами, собралось множество попов, мужиков и баб, человек с тысячу или полторы, вытащили его из приказа, и били среди улицы батожьем, и топтали, а бабы были с рычагами. Более всех вопили попы и бабы, которых он унимал от блудной жизни: "Убить вора, да и тело собакам в ров кинем". И действительно, его убили почти до смерти и бросили под угол одной избы. Прибежал городской воевода с пушкарями и, схватив чуть живого протопопа, умчал его на лошади в его дом, а вокруг всего двора поставил пушкарей. На третьи сутки, ночью, Аввакум, покинув в городе свою семью, ушел в Москву и оттуда уже не возвращался на свое место. В Москве он явился к отцу своему духовному, казанскому протопопу Ивану Неронову, остался у него жить и во время его отлучек правил его церковию. Это было уже под конец жизни патриарха Иосифа, когда Никон, митрополит Новгородский, путешествовал в Соловки для перенесения мощей святителя Филиппа. Как потом Никон сделался патриархом, как Неронов и Аввакум с братиею выступили против него, как Аввакум в сентябре 1653 г. осужден был на изгнание в Тобольск, мы уже говорили прежде.
В Тобольск ехал Аввакум с своим семейством около тринадцати недель и, следовательно, мог прибыть или в конце еще того же 1653 г., или в начале следующего. Тобольский архиепископ Симеон, поставленный при патриархе Иосифе и, вероятно, сочувствовавший Аввакуму, дал ему священническое место. Но и в Тобольске Аввакум своим несносным характером скоро успел вооружить против себя многих. Полтора только года он пробыл здесь, и в эти полтора года, как сам говорит, пять раз на него заявлено было пред воеводами государево слово и дело. Об одном из таких случаев рассказывает он сам. Дьяк архиепископского двора Иван Струна за что-то невзлюбил и преследовал дьячка той церкви, в которой служил Аввакум. Однажды, во время отъезда архиепископа в Москву (с 22 генваря по 14 декабря 1654 г.), когда Аввакум с дьячком своим Антоном отправлял вечерню. Струна вбежал в церковь и схватил Антона на клиросе за бороду. Аввакум тотчас оставил службу, затворил и замкнул двери церкви, чтобы не впустить никого из пришедших с Струною, а самого Струну с помощью дьячка посадил на полу среди церкви и отстегал его ремнем "нарочито". Родственники Струны, также попы и чернецы возмутили весь город, чтобы убить Аввакума, так что он целый месяц бегал от них и скрывался, иногда ночевал в церкви, иногда уходил к воеводе. Когда возвратился архиепископ, Аввакум пожаловался ему и прибавил, что в его отсутствие дьяк Струна не подверг никакому наказанию одного кровосмешника, взяв с него полтину. Владыка велел сковать Струну, но Струна ушел к воеводам в приказ и сказал на Аввакума государево слово и дело. Воеводы отдали Струну на поруки боярскому сыну Бекетову. А владыка по совету Аввакума предал Струну в наступившую (в 1655 г.) неделю православия проклятию. И это проклятие до того поразило Бекетова, что он вышел из себя и тут же в церкви бранил архиепископа и Аввакума, а на пути в дом свой внезапно скончался. Владыка и Аввакум приказали бросить тело несчастного среди улицы собакам и только через три дня похоронили. Не напрасно столько раз говорили на Аввакума в Тобольске государево слово и дело. "Посем (т. е. после несчастной кончины Бекетова), - рассказывает Аввакум, - указ пришел: велено меня из Тобольска на Лену везти за сие, что браню от Писания и укоряю ересь Никонову". Из Тобольска выехал Аввакум в Петров день 1655 г. Но едва приехал он в Енисейск, как пришел другой царский указ: енисейскому воеводе Афанасию Пашкову велено было взять с собою шестьсот человек ратников, а с ними в качестве духовника протопопа Аввакума и ехать в отдаленную Даурию, чтобы отыскать там пашенные места со всякими угодьями и поставить на тех местах новые остроги. Пашков отправился в 1656 г., и основал в Даурской земле остроги: Нерчинский, Албазинский. Иркутский и другие - и воеводствовал в тех острогах пять лет до 1661 г. Сколько перенес во все это время Аввакум страданий от Пашкова, как мучил, тиранил его Пашков, томил в темнице и оковах, морил голодом и холодом и тяжкими работами, надобно удивляться, если только в рассказе Аввакума нет преувеличений. Пашков был "суров и бесчеловечен человек, - замечает Аввакум, - а с Москвы от Никона приказано было ему мучить меня", но едва ли не сам Аввакум, как можно догадываться из его рассказа, более всего возбуждал против себя Пашкова своими резкими обличениями. Да и сам Аввакум сознается: "Десять лет он меня мучил или я его - не знаю: Бог разберет в день века". В точности не десять, но только пять лет: еще в 1660 г. послан был из Тобольска в Даурию новый воевода боярский сын Иларион Толбузин, с которым, вероятно, и пришла туда царская грамота, чтобы Пашков ехал в Тобольск, а протопоп Аввакум возвратился в Россию. Пашков поехал в 1661 г. с оружием и людьми и не взял с собою Аввакума, рассчитывая, что его, безоружного, на пути убьют дикари-инородцы. А спустя месяц отправился и Аввакум с своим только семейством и немногими престарелыми и ранеными (всего набралось до 17 человек) и после продолжительного и многотрудного пути приблизился наконец к Енисейску. Тут напала на Аввакума тоска и раздумье, и, когда протопопица спросила его о причине тоски, он сказал: "Жена, что мне делать? На дворе еретическая зима: говорить ли мне или молчать? Ты и дети связали меня". На это жена будто бы отвечала: "Я с детьми благословляю тебя, дерзай проповедовать слово Божие по-прежнему, а о нас не тужи... Силен Христос, и нас не покинут; иди и обличай еретическое заблуждение". Аввакум ударил жене челом и решился продолжать свою борьбу против "никонианской ереси". В Енисейске он прозимовал, потом в Тобольске провел другую зиму и везде, на всем пути до Москвы, по городам и селам, в церквах и на торжищах, проповедовал свое учение против новоисправленных при Никоне книг.