Но мало того что отдельные иноки разных монастырей вооружались против новопечатных книг, против них восстал и целый монастырь Соловецкий. Настоятелем Соловецкого монастыря был тогда архимандрит Илия, который хотя лично присутствовал на Московском Соборе 1654 г. и подписался под решением его о необходимости исправления церковных книг, но в душе принадлежал к числу лиц, нимало не сочувствовавших соборному решению и крепко стоявших за старые книги. Это обнаружил он в следующем году, когда с особенною участливостию принял у себя в монастыре бежавшего из заточения протопопа Неронова, величая его страдальцем за истину и добрым воином, за что и подвергся временному запрещению от патриарха Никона. Теперь Илии представился случай засвидетельствовать еще яснее и решительнее свою приверженность к партии Неронова. В 1657 г., 30 августа, прибыл в Холмогоры боярский сын Новгородского митрополита Макария Иван Малгин, развозивший по церквам и монастырям епархии новопечатные церковные книги, и передал здесь приказному старцу Соловецкого подворья Иосифу для отсылки в монастырь пятнадцать новых Служебников да три другие церковные книги, взяв за них 23 рубля 8 алтын и 3 деньги. В октябре старец переслал книги в Соловецкий монастырь, и архимандрит Илия, приняв их тайно "с своими советники" и не объявив никому, положил в казенную палату. Чрез несколько времени, однако ж, об этом узнали в монастыре, и братия начали говорить между собою: "Зачем нам не покажут присланных новых Служебников, не дадут даже посмотреть на них?" Архимандрит испугался, как бы не подвергнуться ответственности, и в наступившем 1658 г., на шестой неделе Великого поста, пригласив к себе всех попов своей обители, принудил их под страшными угрозами приложить свои руки к приговору, который сам же составил с своими советниками и в котором было написано, будто архимандрит по получении тех Служебников давал их своим попам, но попы служить по ним не согласились. Попы предлагали архимандриту, чтобы он сам начал, а за ним и они будут служить по новым Служебникам, но он и слышать о том не хотел, и попа Германа, который осмелился отслужить по новому Служебнику одну только литургию в приделе архидиакона Евфимия, дважды били за то плетьми. Прошли зимние месяцы, когда за льдами прекращается всякое сообщение с Соловецким монастырем, открылась навигация, и в монастырь стали приходить из разных мест России богомольцы. Многие из них начали "зазирать", что в святой обители доселе совершаются службы по старым Служебникам, а не по новым вопреки царскому и патриаршему указам. В душе настоятеля опять возбудились тревоги, и он с своими советниками придумал новую меру, чтобы оградить себя от ответственности пред начальством. Он созвал 8 июня в монастырскую трапезу на "черный Собор" всю братию, даже больничных, пригласил также строителя Анзерского монастыря с братиею и всех бывших тогда в обители богомольцев из разных городов и со слезами на глазах сказал к собравшимся: "Видите, братие, последнее время? Восстали новые учители, и отвращают нас от православной веры и от отеческого предания, и велят нам служить на ляцких крыжах по новым Служебникам, неведомо откуда взятым. Помолитесь, братие, чтобы Бог сподобил нас умереть в православной вере, как умерли отцы наши, и чтобы латинской службы нам не принимать". В ответ на это все братия, хотя даже не видели новых Служебников, чтобы судить о них, подговоренные советниками архимандрита, закричали: "Латинской службы и еретического чина нам не принимать, и причащаться от такой службы не хотим, и тебя, отца нашего, ни в чем не выдадим - в том руки приложим, все заодно стоять готовы". Тогда архимандрит прочел им наперед составленный в этом именно смысле приговор, в котором было изложено, что, когда из Холмогор присланы были Служебники нового выхода, архимандрит Илия объявил о них священникам, диаконам и всей братии на черном Соборе, но священники сказали: "Мы учились и привыкли служить по старым Служебникам, по которым служили Соловецкие чудотворцы и все прежние игумены, а служить по новым Служебникам при старости лет, а иные и по малограмотности, мы не можем научиться и привыкнуть"; братия же всем Собором отвечали: "Если священники начнут служить по новым Служебникам, мы не будем от них и причащаться, и просим у Бога милости, чтобы скончаться нам в обители, как скончались наши отцы, а если на отца нашего архимандрита Илию выдет какая кручина или повеление от святейшего патриарха или Новгородского митрополита, нам, всей братии, бить пред ними челом своими головами, и стоять всем заодно, и ни в чем отца нашего архимандрита Илию не выдавать". Приговор предложен был для подписания прежде всего священникам, и некоторые из них, боясь архимандрита, беспрекословно подписались, а трое, Виталий, Спиридон и Герман, не соглашались подписаться, но на них закричали: "Мы вас живыми из трапезы не выпустим", и они поневоле должны были уступить. Всего подписалось: десять попов Соловецкого монастыря, каждый за себя и за своих детей духовных, не умеющих грамоте; черный поп Анзерской пустыни за себя и за своих детей духовных; келарь, казначей и три соборных старца Соловецкой обители; четыре диакона и 28 чернецов, т. е. простых монахов той же обители; келарь больничный за себя и за 67 больничных братий, больничные уставщик и два чернеца. Знак, что грамотных людей во всей Соловецкой обители, с Больничным монастырем и Анзерскою пустынею, было тогда только до 52 человек. Но и после подписания такого приговора архимандрит не мог успокоиться, опасаясь, как бы на него не донесли. Он заклинал священников во время служения с ними литургии Телом Христовым, которое им преподавал, чтобы они ничего не писали о нем патриарху или государю; дал приказ по монастырю, чтобы никто не принимал от них никакого письма для пересылки, умолял о том же самих богомольцев, приглашая к себе, и 18 июля, позвав к себе в алтарь попа Виталия, одного из трех, недобровольно подписавшихся под приговором, сказал: "Вы на меня восстаете, не хочете быть в соединении с нами, и мы вас проклинаем". Виталий отвечал: "Страшно нам проклятие св. соборной Церкви, святейшего патриарха и всего великого Собора, а твое проклятие нас не страшит". И, несмотря на все меры предосторожности, принятые архимандритом, эти три священника нашли "доброго человека" и послали с ним к патриарху Никону свою челобитную на архимандрита. К сожалению, патриарх Никон в то время уже отрекся от своей кафедры - о чем в Соловецком монастыре еще не знали, - и челобитная трех священников, хотя несомненно была доставлена по назначению (так как доселе в подлиннике хранится в Московской Синодальной библиотеке, куда могла попасть из патриаршего архива), не обратила на себя внимания духовных властей. Это тем более достойно сожаления, что, как видно из челобитной, не один архимандрит Илия ревновал в монастыре против новопечатных книг, но и его советники: келарь Сергий, старцы Савватий Обрютин, Евстратий, Макарий Бешеный, Герасим Фирсов, Тихон Будильник - и многие другие были уже в то время "велие враги и хульники на чин св. Восточныя Церкви", что архимандрит Илия уже тогда все Поморие утверждал в своем лжеучении и по всем монастырским волостям и по усольям заказывал, чтобы отнюдь Служебников новых не принимали и крестились по-прежнему, а кто крестился тремя перстами, тех проклинал, и что, наконец, один из названных помощников архимандрита, Терасим Фирсов, еще в 1658 г. написал тетрадки о двуперстном сложении для крестного знамения, которые и ходили по рукам братии и других грамотных людей. При таких условиях раскол уже тогда мог более и более укореняться не только в Соловецком монастыре, но и во всей окрестной стране.
Архимандрит Илия скончался в 1659 г. На место его братия избрала постриженника своего же монастыря, иеромонаха Варфоломея, который жил тогда в звании приказного старца на Соловецком подворье в Вологде. В марте 1660 г., на Вербное воскресенье, Варфоломей поставлен был в Москве в сан архимандрита Новгородским митрополитом Макарием, и затем присутствовал на происходившем тогда Соборе по делу патриарха Никона до самого окончания Собора, и подписался под его решением, так что мог отправиться в свою обитель только в конце августа. Но и новый настоятель Соловецкого монастыря ничего не мог сделать против общего приговора братии, состоявшегося 8 июня 1658 г., о непринятии новопечатных Служебников. И хотя спустя год успел было составить вместе со всеми священниками монастыря и со всею братиею на черном Соборе 22 октября 1661 г. новый приговор, чтобы по примеру соборной церкви в Москве и всех обителей ввести и в Соловецком монастыре "пение наречное" и впредь совершать службы по новоисправленным печатным книгам, только этот приговор остался мертвою буквою и вовсе не исполнялся, как и обнаружилось чрез некоторое время. В начале 1663 г., едва только архимандрит Варфоломей отправился по монастырским делам в Москву, как в обители произошла великая смута из-за того, что при совершении литургии некоторыми священниками заметили небольшие отступления от установившегося чина. Особенно нападали все на уставщика иеромонаха Геронтия, обвиняя его, будто он приходил к келарю и просил новых Служебников, все еще находившихся в монастырском казнохранилище, чтобы по ним служить, и, несмотря на клятвенные удостоверения Геронтия, что у него "ни в уме, ни в помышлении того никогда не бывало, чтобы желать новых Служебников", грозили его убить. Получив известие о смуте, архимандрит поспешил возвратиться с дороги в обитель и, по расследовании дела наказав виновников смуты, составил (16 февраля 1663 г.) вместе со всеми священниками и диаконами монастыря приговор, чтобы "впредь от них возмущения никакого не было и никаких чинов нововводных", а кто из них станет вводить какие-либо новые чины без государева указа и святительского повеления или укорять другого нововводными чинами и того не докажет, тех смирять монастырским жестоким смирением; если даже сам архимандрит станет превращать церковные чины и вводить новые без государя и святительского веления, то и архимандриту священники должны смело говорить о том, а если не послушается, то писать на него Новгородскому митрополиту. После такого приговора о введении в Соловецком монастыре новых Служебников вместо доселе употреблявшихся старых нечего было и думать, хотя приговор, не без намерения изложенный в таких общих чертах, по букве вовсе не касался новых Служебников. Раскол не переставал укореняться в монастыре. Старец Герасим Фирсов написал новое сочинение или только распространил прежнее о сложении перстов под названием: "Послание к брату", поместив здесь многочисленные выписки из разных книг и свидетельства о двуперстии, доселе употребляемые раскольниками. А другой старец Феоктист, находившийся в изгнании в Анзерской пустыне, составил "Слово о антихристе и тайном царстве его", где, раскрывая свои мысли, что антихрист уже царствует в мире духовно, а чувственно обнаруживает себя в своих предтечах - Римских папах, старался доказать, что и Никон есть предтеча антихриста. Оба эти сочинения, написанные еще до Собора 1666 г., много могли способствовать усилению раскола в Соловецком монастыре и его окрестностях.