Подобным образом принесли пред Собором покаяние еще два старца: Антоний, бывший архимандрит муромского Спасского монастыря, и Аврамий, бывший строитель лысковского Покровского монастыря в Нижегородском уезде. Первый в своим покаянном свитке от 30 мая признавал себя виноватым, что писал челобитную государю и другие тетради на новоисправленные книги "от неведения и от ненаучения", и просил себе прощения и разрешения, давал обещание содержать впредь и Символ веры, и все церковные службы, и келейное правило по новоисправленным печатным книгам и уверял; что признает Восточных патриархов и всех русских архиереев православными и во всем им повинуется. Отцы Собора послали Антония "ради совершенного исправления" в Кирилло-Белозерский монастырь. Старец Аврамий на допросе пред Собором 30 мая сказал, что служил доселе по старым Служебникам, а не по новым, потому что привык служить по старым, и Символ веры читал по-прежнему, а впредь обещается содержать Символ и всякую церковную службу исправлять по новоисправленным печатным книгам, патриархов же и всех русских архиереев признает православными и во всем им повинуется. Собор того же 30 мая послал Аврамия для исправления в Свято-Троицкую Сергиеву лавру.
В последнем, одиннадцатом, заседании отцы Собора держали между собою совет, чтобы для укрощения мятежа церковного, возбужденного раскольниками, написать "наставление благочиния церковного" и дать для руководства духовенству, а чрез него и всем мирянам. В этом наставлении отцы Собора выразили свое общее определение относительно раскола, обличением которого доселе занимались. Предварительно они кратко объяснили причину, вызвавшую их собраться на Собор, начертав следующую картину: "Многие невежды не только из простых, но и из священных лиц, одни по неведению Божественных писаний и порочной жизни, другие, по-видимому и добродетельные, но надменные самомнением и считая себя мудрыми, хотя исполнены всякого бессмыслия, третьи, увлекаясь ревностию не по разуму, возмутили души многих неутвержденных иные словом, иные же и письменно. Книги печатные, исправленные при патриархе Никоне с древних греческих и русских книг, называют еретическими, самого Никона всячески злословят и хулят и весь архиерейский чин уничижают, говорят, что церкви теперь не церкви, архиереи не архиереи, священники не священники и многие другие подобные хулы. Священники вознерадели о всяком церковном благочинии и попечении, за что и отдадут ответ пред Богом, начали гнушаться новопечатных книг и не совершают по ним Божественного славословия... А многие христиане совсем отлучились от церковной молитвы, перестали ходить в церковь, лишают себя исповеди и причастия Христовых Тайн. В Москве люди, имеющие средства, держат по домам своих вдовых священников без благословения и свидетельства архиерейского, часто пришлых из других епархий, запрещенных и даже лишенных сана, чтобы только не ходить в церкви, где совершаются церковные службы по новопечатным книгам. Между многими в народе распространено мнение, будто церкви, и чины, и таинства, и последование церковное осквернены многими ересями и антихристовою скверною". Вслед за тем самое определение свое, направленное против раскола, отцы Собора изложили в виде "заповеди" архимандритам, игуменам, протопопам, старостам поповским и вообще духовенству: а) чтобы священники учили своих детей покоряться во всем святой Восточной Церкви и совершали службы по новоисправленным Служебникам, Требникам и прочим книгам чинно и единогласно, "ибо, - говорили отцы Собора, - патриарх Никон не сам собою сотворил то, но по совету святейших патриархов греческих и по согласию русских архиереев и всего освященного Собора исправил книги с греческих и древних славянских книг, да и мы подробно испытывали ныне на Соборе наши древние рукописные славянские книги, а иные показывали и вам в патриаршей крестовой палате и не нашли в новопечатных наших книгах ничего превращенного или противного нашей православной вере"; б) чтобы просфорницы везде печатали просфоры печатию четвероконечного креста, прежние же печати у них были бы отобраны и в Москве отданы в тиунскую избу, а в прочих местах десятильникам; в) чтобы знамение креста творили на себе все тремя первыми перстами правой руки: "Тако бо имут вси народи христианстии издревле и доныне неизменно, подобно и отцы наши, и деды, и прадеды издревле, друг от друга приемлюще, тако знаменовахуся, якоже и ныне видим мужей-поселян неизменно, из древняго обычая, тако знаменующихся треми первыми персты"; г) чтобы молитву Иисусову произносили так: "Господи Иисусе Христе, Боже наш, помилуй нас", как издревле употребляется она во всей Церкви, хотя не осуждаем этой молитвы и в таком виде: "Господи Иисусе Христе, Сыне Божий, помилуй нас", как иногда произносят ее некоторые; д) чтобы священники и сами говорили, и людей учили говорить аллилуйю трижды, а затем "слава Тебе, Боже" по древнему обычаю святой Восточной Церкви; е) чтобы благословляли священники народ перстосложением именословным. Вместе с правилами, направленными против раскола, в наставлении, или определении. Собора изложено несколько правил относительно благоповедения духовенства и церковного благочиния, сказано, например, как хранить святое миро, как приготовлять и хранить Святые запасные Дары, как вести записные книги о рождающихся и сочетавающихся браком и подобное. Подлинник этого своего наставления отцы Собора подписали своими руками 2 июля 1666 г. и положили в соборной церкви Успения Пресвятой Богородицы в Москве, а старостам поповским дали приказ, чтобы все подведомые каждому из них священники списали для себя копию с этого наставления и держали в своих церквах. Достойно особенного замечания, что Московский Собор 1666 г., обличавший расколоучителей и некоторых из них строго осудивший за их нестерпимые хулы на Церковь и противление ей, не изрек в своем общем определении никакого проклятия и прямого осуждения на самые старопечатные книги, ни на двуперстие в крестном знамении, ни на сугубую аллилуйю, ни на другие обряды, излюбленные раскольниками.
Повторяем: деяния Собора 1666 г., нами рассмотренные, описаны Симеоном Полоцким на основании подлинных документов, и потому описание это заслуживает полной веры. Но оно, надобно сказать, не отличается ни строгою точностию, ни полнотою. По описанию, первое заседание Собора происходило в феврале, а последнее, когда Собор подписал свое "наставление" духовенству, 2 июля. Между тем, как мы видели, заседания Собора продолжались и около половины июля (ссылка Герасима Фирсова в Иосифов монастырь), и в конце августа (ссылка туда же Неронова), и в конце сентября (допрос попа Лазаря). Всех заседаний, или деяний, соборных было будто бы только одиннадцать, но их было больше. Например, дело благовещенского диакона Федора разбиралось не в одном заседании - шестом, но в двух - 11 и 13 мая; старец Герасим Фирсов судился также не в одном заседании - десятом, но в двух - 1 и 12 июля, и в описании этого десятого заседания соединены события, из которых одни происходили на Соборе 30 мая, а другие - 1 и 12 июля. Самый порядок соборных заседаний изложен без соблюдения хронологии. Сказано, например, что протопоп Аввакум судим был на четвертом заседании, а поп Никита на пятом, между тем Никита осужден 10 мая, а Аввакум 13 мая. Сказано, что в девятом заседании допрашивали попа Лазаря, который мог прибыть в Москву из Пустозерска не раньше конца сентября, а в десятом и одиннадцатом заседаниях происходило то, что случилось гораздо прежде, именно 30 мая и 1, 2 и 12 июля. Видно, что у Симеона Полоцкого не было под руками записей ни о днях, ни о числе соборных заседаний, и потому он старался наугад распределить находившиеся в его распоряжении достоверные известия о деяниях Собора и, за исключением двух заседаний, не обозначил в своем описании ни числа, ни даже месяца, когда каждое заседание происходило. О некоторых же соборных деяниях Симеон вовсе не упомянул: например, умолчал почти о всем, что касалось Соловецкого монастыря, сказав только о допросе одного соловецкого старца Герасима Фирсова. Между тем Собор не раз обращал свое внимание и на Соловецкий монастырь по делу о расколе.
Настоятелю Соловецкого монастыря архимандриту Варфоломею велено было царским указом ехать в Москву на Собор и взять с собою двух или трех старцев, искусных в Божественном Писании. В генваре или в начале февраля 1666 г. Варфоломей отправился, и как братия пред его отъездом просили его бить челом государю, чтобы в Соловецкой обители дозволено было держать весь церковный чин и богослужение по-прежнему, то Варфоломей велел им написать о том челобитную и прислать к нему. Челобитная, очень короткая, немедленно была составлена и подписана братиею, а для подписи настоятеля оставлено место. Здесь соловецкие иноки говорили только, что желают соблюдать во всем предания, церковный чин и устав преподобных отцов своих Зосимы и Савватия, как соблюдалось все это доселе, и потому просят, чтобы государь не велел переменять в Соловецкой обители прежнего церковного чина и устава. Челобитная послана была 14 февраля вслед за архимандритом Варфоломеем и получена им 28 марта еще в Вологде. Но когда он прибыл в Москву и увидел, как там смотрят на противящихся новоисправленным печатным книгам, то счел за лучшее удержать челобитную у себя и не подавать государю. На Соборе, однако ж, вероятно, узнали о челобитной или о нежелании соловецких монахов принять новопечатные книги. Сам Варфоломей был допрошен и, подобно другим, дал письменное исповедание, что признает православными Восточных патриархов, и греческие церковные книги, и Московский Собор 1654 г., приемлет книгу "Скрижаль" и Символ в его исправленном виде. Из Соловецкого монастыря потребован был царским указом на Собор старец Герасим Фирсов, как один из главных виновников противления этой обители церковной власти. А еще до прибытия Фирсова допрошен был на Соборе 31 мая другой соловецкий старец, Игнатий, вероятно находившийся в Москве при своем настоятеле, и дал письменный ответ, что Восточных патриархов признает истинно православными, церковные книги, греческие и новоисправленные русские, во всем приемлет, равно Символ веры и сложение перстов для крестного знамения, как напечатано о том в новых печатных книгах, приемлет без всякого сомнения и прекословия. Когда же прибыл Герасим Фирсов и 1 июля дал на Соборе известное уже нам показание, что в Соловецком монастыре доселе по новоисправленным Служебникам не служат и наречного пения не допускают, потому что не было повеления о том от архимандрита, и что сама челобитная написана братиею по приказанию архимандрита, и он, Герасим, приложил к ней свою руку только "страха ради", то Собор потребовал от Варфоломея объяснения по этому показанию. И он 13 июля в патриаршей крестовой палате сознался пред Собором, что действительно служил доселе в своей обители по старым Служебникам, потому что всею братиею в ней еще при прежнем архимандрите Илии составлены приговоры не принимать новопечатных Служебников, что пытался составить с братиею приговор о введении наречного пения в обители, но безуспешно и только потерпел от многих старцев укоризну и что действительно дозволил братии составить челобитную, но, получив ее, удержал у себя и не подавал государю, потому что "писана та челобитная не о деле". Собор потребовал именной сказки лиц, от кого в Соловецком монастыре чинится мятеж касательно наречного пения и новоисправленных книг, и Варфоломей вместо именной сказки подал Собору самую челобитную, под которою находились подписи этих лиц. Тогда Собор увидел, что в противлении участвуют более или менее все братия Соловецкого монастыря, и признал необходимым послать для вразумления их благонадежного человека и соборную грамоту. Для этого избран был архимандрит ярославского Спасского монастыря Сергий и с ним назначены были ехать поп московского Успенского собора Василий Федоров, Богоявленского монастыря иеромонах Иоасаф и иеродиакон Адриан, да патриаршие - сын боярский Григорий Черновский и подьячий Владимир Гурьев. В грамоте своей к соловецким инокам (от 11 июля) Собор писал, что посылает к ним для убеждения их архимандрита Сергия и с ним "на их сумнительные главизны свидетельства ради и краткие ответы от Божественного Писания и от правил св. отец", чтобы они удостоверились в истине и отныне без всякого прекословия повиновались святой Восточной Церкви и были в соединении с нею, а если не покорятся Церкви и останутся в своем хульном упорстве, то угрожал священным лицам лишением сана, а простым и мирянам отлучением.