Между тем, пока делались необходимые распоряжения для отправки архимандрита Сергия в Соловецкий монастырь, оттуда присланы были к государю две новые челобитные, или два доноса. Одна челобитная написана была от лица всей братии, но только частию иноков, неприязненных архимандриту Варфоломею, которые, изобразив его будто бы крайне зазорную жизнь и перечислив целый ряд его беззаконных действий, просили переменить его и дать Соловецкому монастырю другого настоятеля. Эта челобитная составлена была еще в мае старцем Герасимом Фирсовым и единомышленными ему старцами: Геннадием, Александром Стуколовым, Ефремом Каргопольцем, Ионою Брызгалом и еще немногими при участии сосланного в Соловецкий монастырь князя Михаила Васильевича Львова, но тогда была разорвана иноками, преданными архимандриту Варфоломею, как извещали его келарь Савватий и некоторые другие старцы. Теперь челобитная эта, переписанная вновь, привезена была в Москву старцем Александром Стуколовым и 8 августа подана государю. Другая челобитная написана была в июле против старца Александра Стуколова и его сообщников келарем Савватием и всею братиею Соловецкой обители. Братия жаловалась государю на соборных старцев Александра Стуколова и Геннадия да отставленного соборного старца Ефрема Каргопольца и писала: "По твоему, государь, указу сосланы к нам в монастырь в разные годы и месяцы твой государев стольник князь Михаил Васильевич Львов, да афонский архимандрит, лазутчик Феофан (самовольно посетивший патр. Никона в Воскресенском монастыре), да из Москвы козьмодемьянский поп Козьма, да из Вологды поп Сысой, ефрейторского строя ротмистр Осип Пирютин, да саввинские старцы, и многие другие старцы и мирские люди разных чинов, человек с сорок, а велено их держать в монастыре под крепким началом, и за монастырь не пускать, и чернил с бумагою им не давать. От этих-то опальных людей чинятся здесь, в монастыре, многие мятежи и многое бесчиние. А те наши старцы Александр, да Геннадий, да Ефрем живут с ними, опальными, заодно, и мятежи чинят, и воровские письма составляют, желая вредить обители". Перечислив затем несколько бесчинных и зазорных действий этой партии и особенно князя Львова, братия просили государя освободить Соловецкую обитель от таких мятежников. Государь, как только прочитал первую челобитную, передал ее архимандриту Варфоломею, чтобы он написал по ней свое объяснение. И Варфоломей 11 августа представил государю свои ответы на каждое из взведенных на него, Варфоломея, обвинений в челобитной "роспись улик" на своих доносчиков, старцев Герасима Фирсова, Геннадия, Александра Стуколова, Ефрема Каргопольца и пр., с подробным указанием бесчинств и преступлений каждого из них и свою челобитную, в которой просил, чтобы по всем обвинениям на него, Варфоломея, государь приказал произвесть розыск в самой обители. Вследствие этого государь послал наказ от 14 августа архимандриту Сергию, отправлявшемуся в Соловки, чтобы он произвел там полное расследование как по челобитной, поданной некоторыми старцами на архимандрита Варфоломея, так и по челобитной самого Варфоломея на этих старцев.
В первых числах сентября архимандрит Сергий с своею свитою, в сопровождении двадцати московских стрельцов и их сотника отправился в путь, 26 сентября прибыл в Архангельск, а 4 октября - и в Соловецкий монастырь. В тот же день вся братия созваны были в главный храм и им прочитаны были сперва царский указ, потом грамота и наказ освященного Собора. По окончании чтения тотчас раздались крики: "Мы указу великого государя послушны и во всем ему повинуемся, а повеления о Символе веры, о сложении трех перстов для крестного знамения, о трегубой аллилуйе, о молитве "Господи Иисусе Христе, Боже наш, помилуй нас" и о новоисправленных печатных книгах не приемлем, и слышать не хочем, и готовы все пострадать единодушно". При этом бывший архимандрит Саввы Сторожевского монастыря Никанор, подняв высоко свою руку и сложив три первые перста, с большим гневом начал говорить: "То-де учение, что велят креститься тремя перстами, есть предание латинское, печать антихристова; я за всех вас готов ехать в Москву и пострадать". Следует заметить, что Никанор был постриженник Соловецкого монастыря и до 1653 г. состоял строителем Соловецкого подворья в Вологде. В этом году избран и поставлен в архимандрита Саввино-Сторожевского монастыря, наиболее любимого царем Алексеем Михайловичем, и сделался весьма близким к нему человеком. Но около 1659 г. почему-то просился и уволен на покой в место своего пострижения, в Соловецкий монастырь. Здесь обнаружилось, что Никанор принадлежал к числу противников новоисправленных печатных книг: он вел переписку с протопопом Аввакумом, и Аввакум в своей известной челобитной рекомендовал его царю как одного из достойных для занятия архиерейской кафедры. Впрочем, до настоящего времени живя в Соловецком монастыре, Никанор ничем не выделялся среди других иноков, ревнителей старого обряда, и только теперь выступил в качестве их главного предводителя. Когда братия услышала слова Никанора, что он готов за всех их ехать в Москву и пострадать, то начали кричать: "Мы все единодушно готовы пострадать, а новой веры, и учения, и книг отнюдь не примем". Поднялся общий шум, раздались неистовые крики и бранные слова. Архимандрит с товарищами едва уговорил шумевших, чтобы они выбрали из среды своей двух или трех, с кем бы можно было благочинно беседовать о деле, и братия указали на черного попа Геронтия. Геронтий, тотчас же приведя слова молитвы "Господи Иисусе Христе, Боже наш, помилуй нас", спросил Сергия: "За что вы отъемлете из сей молитвы Сына Божия?" И все закричали: "Ох, горе нам, отнимают у нас Сына Божия! И где вы девали имя Сына Божия?" Потом Геронтий спрашивал: "Зачем вы велите говорить аллилуйя трижды и четвертое - слава Тебе, Боже? В житии св. Евфросина Псковского не велено говорить аллилуйю трижды". И, став высоко на стуле, начал читать всем это житие, и возбудил шум и крики еще больше прежнего. Что ни говорил Сергий в ответ на предложенные вопросы и для вразумления заблуждавшихся, его слов никто не хотел и слушать. Ввиду такого упорства Сергий и его товарищи стали спрашивать соловецких иноков: "Царь государь православен ли и благочестив?" Отвечали: "Православен и благочестив". - "А повеления его и грамоты, которые с нами к вам присланы, православны?" На этот вопрос отвечали молчанием. Еще спросили: "Восточные патриархи и русские архиереи со всем освященным Собором православны ли?" "Патриархи прежде были православны, а ныне Бог их весть, потому что живут в неволе, а русские архиереи со всем Собором православны". - "А соборное повеление их, с нами к вам присланное, как вы считаете?" - "Повеления их не хулим, а новых веры и учения не принимаем, держимся предания св. чудотворцев и за их предание хотим все умереть охотно". Тогда Сергий, показывая присланную с ним следованную Псалтирь преподобного Зосимы чудотворца, спросил: "Вашей ли, обители эта книга и признаете ли ее честною и святою?" Отвечали: "Мы слышали про ту книгу, но кто приписал ее преп. Зосиме и совершал ли чудотворец Зосима по ней правило, не ведаем". Сергию поручено было обозреть по грамоте Новгородского митрополита Питирима соловецкую библиотеку и взять из нее под расписку книги, какие окажутся годными для Собора. Сергия в библиотеку не пустили и древних книг ему не показали. Вообще, к архимандриту Сергию и его товарищам в Соловецком монастыре отнеслись недоверчиво и неприязненно. Главное лицо в обители после настоятеля, келарь Савватий Обрютин, преданный архимандриту Варфоломею и несколько обуздывавший своевольных и мятежных между братиею, был сменен ими самоуправно еще до приезда Сергия, и на место Савватия они успели возвести своего единомышленника безграмотного чернеца Азарию. Для помещения Сергия и его свиты отвели только две небольшие кельи и приставили к ним свои караулы, мирских людей с бердышами и палками. Сергий, приступая к выполнению другого возложенного на него поручения - к производству следствия по известным челобитным, просил келаря и соборных старцев дать ему именной список всей братии и мирян, живущих в обители, списка ему не дали. Просил дать келью какую-либо, куда бы он мог приглашать свидетелей для допросов, - и кельи ему не дали. Потому он созвал всю братию в соборную церковь и спрашивал: писали ли они к государю челобитную на своего архимандрита Варфоломея, и они отвечали, что не писали и писать не приказывали, а она написана без братского совета, воровски немногими лицами. Октября 6-го дня братия подали архимандриту Сергию за своими подписями сказку, в которое заявляли, что того "предания по новым книгам", по которому он прислан по указу государя и уложению освященного Собора учить их, они принять не могут; что царю государю они во всем повинуются, ни в чем не противятся, за него молятся, но желают держаться прежнего предания святых отцов, и то не по упрямству и не по противлению власти, а боясь Страшного суда Божия, и потому просят милости государя, чтобы он позволил им оставаться в прежнем благочестии, в котором проводили дни святые чудотворцы Соловецкие. Затем, 12 октября, по отъезде архимандрита Сергия из обители братия послали государю три челобитные. В одной прямо просили государя, чтобы не велел принуждать их к принятию новых книг, а позволил бы соблюдать в Соловецкой обители прежний церковный чин и устав преподобных Зосимы, Савватия и Германа. Во второй, более обширной, сначала излагали основания, почему не могут принять новых книг, ни троеперстия, ни трегубой аллилуйи, ни четвероконечного креста, а потом усиленно повторяли ту же самую свою просьбу. В третьей челобитной жаловались на архимандрита Сергия: он будто бы только спрашивал их, писали ли они челобитную на своего настоятеля Варфоломея, а самой челобитной наперед не прочел им, и они сказали, что не знают ее; когда же он прочел челобитную, то они увидели, что в ней про Варфоломея написано много правды, и хотели каждый в подтверждение того дать свои сказки, но Сергий поспешил уехать из монастыря и сказок не взял. В заключение просили государя, чтобы он взял от них Варфоломея и дал им настоятелем бывшего саввинского архимандрита Никанора или кого другого по их выбору. Нет сомнения, что все эти челобитные могли дойти до государя, равно и архимандрит Сергий мог возвратиться в Москву, отнюдь не прежде ноября, когда в нее уже прибыли Восточные патриархи и Собор русских архиереев, доселе рассматривавший дела о расколе, прекратил свои занятия в ожидании нового, большого Собора.