Прошло до двадцати дней со времени первого заседания Собора. Патриархи Паисий и Макарий имели возможность достаточно изучить дело, о котором судить были призваны. И вот 28 ноября последовало третье заседание Собора в столовой избе у государя, во многом похожее на первое и также описанное в современной записи. Прибыли в заседание, с одной стороны, патриархи, митрополиты, архиепископы, епископы, архимандриты, игумены, а с другой сам царь, бояре, окольничие и думные люди. Государь опять заговорил о бывшем Московском патриархе Никоне, "и о самовольном его отшествии с патриаршего престола без повеления его царского величества и всего освященного Собора, и что соборная и апостольская Церковь стоит без пастыря девятый год", и потом просил патриархов, чтобы они "учинили о том по правилам св. апостол, и по преданию св. отцов седми Вселенских Соборов, и по своему рассмотрению". Патриархи после совещания с прочими членами Собора отвечали государю, что по правилам святых Соборов надобно позвать Никона патриарха на Собор и допросить, почему он оставил свою кафедру и самовольно отошел в Воскресенскую обитель, равно и о других его винах. И указали вместе со всем Собором послать к Никону Псковского архиепископа Арсения и с ним двух архимандритов - ярославского Спасского монастыря Сергия и суздальского Спасо-Евфимиева монастыря Павла. Тотчас же, как свидетельствует Паисий, составлена была на Соборе в присутствии самого государя грамота, которую должны были передать Никону посланные к нему и которая гласила: "Блаженнейшие патриархи кир Паисий, папа и патриарх великого града Александрии и судия вселенной, и кир Макарий, патриарх Божия града Антиохии и всего Востока, и весь святейший Собор архиереев приглашают тебя прибыть в царствующий град Москву без всякого замедления и лично предстать пред нами по некоторым духовным делам. Не будь непокорен приглашению и явись со смирением - так внушаем тебе поступить непременно". Этим и окончилось третье и последнее предварительное заседание Собора.
На следующий день, 29 ноября, в шестом часу дня, архиепископ Арсений и два архимандрита прибыли к патриарху Никону и, с его дозволения представившись ему, прочли пред ним соборную грамоту. Выслушав ее, Никон отвечал: "Я имею поставление святительское и престол патриаршеский не от Александрийского и не от Антиохийского, но от Константинопольского патриарха (это неверно: Никон поставлен сперва в митрополита, потом в патриарха от своих русских святителей, а не от Константинопольского патриарха, и престол патриаршеский в России утвержден всеми четырьмя Восточными патриархами, а не одним Константинопольским); патриархи же Александрийский и Антиохийский и не живут сами в Александрии и Антиохии, а один живет в Египте, другой в Дамаске. Если они по согласию с Константинопольским и Иерусалимским патриархами пришли в Москву для духовных вещей, то и я, как соберусь, приду в царствующий град для духовных всяких вещей известия ради". Но когда соберется и придет, нс сказал. Посланные к нему объявили, что им не велено возвращаться в Москву без него, патриарха Никона, но он только повторил: "Как соберусь, приду". О всем этом архиепископ и архимандриты поспешили отправить донесение к царю и Собору. Между тем в седьмом часу ночи того же числа они получили от правившего патриаршеством митрополита Павла Сарского грамоту, в которой было написано, чтобы, когда Никон поедет в Москву, возы его в дороге отнюдь не развязывались, из людей его никто наперед в Москву не был отпущен и сам он приехал в Москву не раньше как в третьем часу ночи или позднее.
Донесение, отправленное из Воскресенского монастыря к царю и Собору, могло достигнуть Москвы лишь ночью под 30-е число ноября. И едва только настало это число, царь в первом часу дня с своим синклитом пришел уже в свою столовую избу; туда же пришли и патриархи со всем освященным Собором. Тотчас же прочитано было донесение о Никоне от присланных к нему, и патриархи сказали: приходится послать к нему по правилам соборным второе и третье приглашение. И указали для второго приглашения послать к Никону владимирского рождественского архимандрита Филарета да чудовского соборного старца священника Лаврентия, а для третьего приглашения - новоспасского архимандрита Иосифа да спасского протопопа из дворца Онисима. Сделав такое распоряжение, патриархи со всем Собором в том же заседании 30 ноября приступили к самому суду над Никоном, хотя пока заочному, так что заседание это, четвертое по порядку, после трех предварительных, было первым в ряду собственно судебных заседаний. Никон своим ответом на первое приглашение к нему от Собора дал почувствовать патриархам Александрийскому и Антиохийскому, что не признает их власти над собою и готов признать только в таком случае, если они пришли в Москву по согласию с патриархами Константинопольским и Иерусалимским. И вот патриархи Паисий и Макарий прежде всего хотели показать Никону и всем, что они пришли судить его действительно по согласию с патриархами Цареградским и Иерусалимским и что суд над Никоном будет судом не двух только, а всех четырех Восточных патриархов с освященным Собором. В заседание Собора принесен был свиток, присланный еще в 1664 г. царю Алексею Михайловичу патриархами: Дионисием Цареградским, Паисием Александрийским, Макарием Антиохийским и Нектарием Иерусалимским, - свиток, в котором подробно рассмотрены были все вины патриарха Никона, хотя имя его и не упоминалось, и на все изложены в форме вопросов и ответов решения четырех патриархов и многих других восточных архиереев и духовных сановников за их собственноручными подписями. В заключение свитка помещено было следующее определение: "Архиерей, который окажется виновным по изложенным вопросам и ответам, да извержется от архиерейского достоинства и власти". Этот свиток велено было читать в заседании Собора во всеуслышание. И пока происходило чтение, государь сидел на своем царском месте, патриархи сидели подле царского места с левой стороны в креслах, митрополиты, архиепископы и епископы сидели с правой стороны от царского места на скамьях, а бояре, окольничие и думные люди сидели с левой стороны от того же места на скамьях. Когда чтение свитка кончилось, патриархи Паисий и Макарий, подписи которых также находились под свитком, объявили царю, и всему освященному Собору, и всему царскому синклиту, что этот свиток несомненно подлинный и прислан к его царскому величеству четырьмя патриархами с иеродиаконом Мелетием греком за их руками. И вслед за тем спросили: "Виновен ли по сему свитку патриарх Никон, отошедший с своего патриаршего престола своею волею, без всякой церковной вины, и без повеления царского величества, и без совета всего освященного Собора?" И митрополиты, архиепископы, епископы и весь освященный Собор, и царского величества бояре, окольничие и думные люди отвечали, что "по тому их патриаршескому свитку за их руками бывший патриарх Никон повинен во всем и от патриаршества имеет быть отлучен". А русские архиереи сказали еще патриархам, что когда они, архиереи, созваны были в 1660 г. по указу государя в Москву на Собор, чтобы рассудить об отшествии и отречении патриарха Никона от престола, то выписывали из правил святых апостолов и Соборов и принимали в соображение те самые правила, какие приведены и приняты за основание решений в этом патриаршеском свитке. Под конец заседания царь поднес патриархам челобитную, полученную им от Никона. Челобитная касалась рыбных ловлей на море в Кольском остроге, который некогда царь пожаловал по просьбе Никона его монастырям Крестному и Воскресенскому, а потом дозволил отдать во владение иноземцам на урочное число лет, по записям приказных людей самого же Никона, данным с его разрешения. В этой челобитной "написаны были Никоном на него, великого государя, многие клятвы и укоризны, чего и помыслить страшно". Патриархи взяли челобитную к себе, и собрание разошлось.
Что же делал в то время Никон и как переданы были ему два последние приглашения от лица Собора? Никон еще 29 ноября, после известного ответа его на первое приглашение, начал собираться в Москву, отслушал вечерню, прочитал правило келейное и к службе и дал приказ взять для него в Москву только три книги: Кормчую, следованную Псалтирь и книгу "Возражений" его на вопросы Стрешнева и ответы Паисия Лигарида, да еще крест для ношения пред ним как патриархом. На следующий день, после заутрени, призвал к себе своего духовника, исповедался пред ним и вместе со всею братиею совершил освящение елея, которым и помазал себя и всю братию; потом сам совершил литургию, которую велел петь всю по-гречески киевским напевом, и сказал поучение к братии. Когда день стал клониться к вечеру, Никон приказал запрячь для себя приготовленные сани и, простившись с братиею, отправился в путь. Впереди Никона ехал полковник Остафьев с стрельцами, а позади архиепископ Арсений с двумя архимандритами. Все они приближались уже к селу Черневу, как их встретил верст за шесть до того села владимиро-рождественский архимандрит Филарет в четвертом часу ночи и, остановив поезд, сказал Никону: ты своим отказом на первое приглашение прибыть в Москву "учинил непослушание великому государю и обесчестил святейших патриархов и весь Собор", теперь они прислали к тебе второе приглашение, чтобы ты ехал в Москву, и ехал смиренным образом, имея при себе не более десяти человек, и чтобы приехал в нее 2 декабря во втором или третьем часу ночи и остановился на Архангельском подворье в Кремле у Никольских ворот. Никон с своими спутниками двинулся далее и когда въехал уже в село Чернево в пятом часу ночи, то опять был остановлен на дороге новоспасским архимандритом Иосифом, который возвестил ему от имени царя и Собора третье приглашение прибыть в Москву и приказание приехать в нее 3 декабря смиренным образом в три или четыре часа ночи. Продолжали путь и достигли села Тушина. Отсюда полковник Остафьев, недоумевая, как поступить, отправил гонца в Москву спросить, дожидаться ли в Тушине третьего декабря или теперь же ехать в Москву. Пришел царский указ ехать немедленно, и в двенадцать часов ночи под 1 декабря Никон прибыл в Москву. При въезде его с спутниками в Кремль к Архангельскому подворью вдруг Никольские ворота пред ними затворились, и полковник, подошедши к знакомому нам подьяку Ивану Шушерину, который ехал впереди Никона с крестом на лошади верхом, сказал: "Сойди с коня и отдай крест, до тебя есть государево дело". И Шушерина, отдавшего крест Никону в руки, взяли два стрельца и повлекли прямо к государю. Государь лично допрашивал его - он-то, как узнали, и был главным агентом Никона во всех сношениях его с Москвою и передавал ему оттуда про государя всякие вести. Государь обещал Шушерину свободу, если скажет правду, но он на все вопросы отвечал только: "Ничего не знаю". Почему и отослан был в Приказ тайных дел и просидел под крепкою стражею в Москве более трех лет, а потом сослан в Новгород в ссылку, в которой и находился десять лет. Между тем Никон со всею его свитою пропущен был в Кремль и остановился на Архангельском подворье, где до того времени проживал Сербский митрополит Феодосий. А свиты с Никоном, монахов и мирян, было до тридцати человек и более. Тотчас вокруг всего подворья поставлена была стража, Никольские ворота в Кремль крепко заключены, и большой мост пред этими воротами совсем разобран.