На следующий же день после прибытия Никона в Москву, 1 декабря, в субботу, состоялось по его делу пятое заседание Собора, второе собственно судебное, довольно подробно описанное в современной записи. В третьем часу дня государь пошел в свою столовую избу, за ним следовали бояре, окольничие, думные дворяне и думные дьяки, а пред ним несли в раковинном, под серебряным атласом ящике оба экземпляра того свитка, что прислали ему в Москву четыре Восточные патриарха за своими подписями с черным дьяконом Мелетием греком, также переводы с этого свитка в красном бархатном переплете, да еще письма Никона патриарха под тафтою. Все это государь, вошедши в столовую избу, приказал поставить и положить на столе пред креслами патриархов. Вскоре за государем вошли в ту же столовую избу патриархи с митрополитами, архиепископами, епископами, греческими и русскими, и со всем освященным Собором, проговорили "Достойно есть" и после отпуста благословили всех на все четыре стороны. Затем царь сел на своем высоком государевом месте, которое украшено было золотом и серебром. Сели и патриархи слева от царя, на двух обитых бархатом и вишневым сукном креслах, пред которыми поставлен был стол, покрытый персидским ковром и золотою камкою. Митрополитам же и прочим духовным лицам государь указал сесть на скамьях по правой стороне, а боярам и всем светским лицам - на скамьях по левой стороне. Государь сказал патриархам: "Никон патриарх в Москву приехал и на меня суд Божий призывает за то, что велено было ему приехать в Москву не со многими людьми. А когда Никон в Москву въехал, то у него по моему указу взят был малый (подьяк Иван Шушерин) за то, что в девятилетнее время носил к нему, Никону, всякие вести и чинил многую ссору, и Никон за того малого меня поносит и бесчестит, и говорит: царь меня мучит, велел отнять малого из-под креста. И если Никон, будучи на Соборе, начнет о том говорить, то они, патриархи, о том бы ведали. Да и про то б ведали, что Никон пред поездом своим в Москву в Воскресенском монастыре исповедался и причащался и маслом освящался". Патриархи, услышав о таком поступке Никона, очень подивились. И государь продолжал: "Никон патриарх говорит, будто Псковский архиепископ из Воскресенского монастыря ложно писал, что он, Никон, отговаривался идти на Собор и бесчестил их, патриархов, - он будто того не говорил". Окончив эти предварительные сообщения патриархам, государь спросил: кого послать к Никону патриарху звать его на Собор? Патриархи отвечали: нужно послать архиерея да двух архимандритов к бывшему патриарху Никону, чтобы он шел на Собор для ответа. И послали епископа Мстиславского Мефодия с двумя архимандритами. Никон, как только услышал приглашение от этих лиц, отвечал, что он готов, и, встав с места, велел нести пред собою крест. Приглашавшие Никона сказали, что ему не следует так идти на Собор. Никон стоял на своем и объявил, что иначе не пойдет. Они послали скороходца спросить об этом царя и Собор, и пришло повеление - идти Никону без креста. Но Никон упорствовал, начал спорить и во время спора вышел мало-помалу в переднюю, потом на крыльцо в преднесении креста. Скороход снова отправлен был к царю и Собору с вестию об упорстве Никона, и Собор разрешил: пусть уже идет и со крестом... Никон сел в свои сани и поехал - пред ним несли крест, но с большим трудом мог двигаться вперед за множеством народа, наполнившего Кремль. Проезжая мимо Успенского собора, где совершалась литургия, Никон хотел войти в церковь чрез южные двери, но двери пред ним тотчас затворили. Хотел также зайти в Благовещенский собор, где шла служба, и там двери пред ним затворили. Между тем в заседании Собора, куда направился Никон, условились, чтобы при входе его никому не вставать с места и всем сидеть. Но Никон, когда отворили пред ним двери, велел впереди его нести крест. И царь, как только увидел крест, поднялся, а за ним поднялись все. Никон вошел с посохом в руках, проговорил вход и молитву за здоровье государя с его семейством, за патриархов и за всех православных христиан и, отдав посох своему анагносту, поклонился государю до земли трижды, патриархам до земли дважды, а всем другим сделал обычный поклон направо и налево, потом опять взял свой посох в руки. Патриархи сказали Никону, чтобы он сел на правой стороне близ государева места. Но Никон, увидев, что ему там не приготовлено особого седалища, а предлагают сесть на скамье с прочими архиереями, отвечал: "Я места себе, где сесть, с собою не принес - разве сесть мне тут, где стою, - и присовокупил: - А я пришел узнать, для чего вы, Вселенские патриархи, меня звали?"
Тогда царь сошел с своего возвышенного места, стал у конца стола пред патриархами и начал говорить, обливаясь слезами: "От начала Московского государства не бывало такого бесчестия соборной и апостольской Церкви, какое учинил бывший патриарх Никон. Он по своим прихотям, самовольно, без нашего царского повеленья и без соборного совета оставил ту соборную нашу Церковь и отрекся патриаршества, никем не гонимый. И от того его отшествия многие смуты и мятежи учинились, и соборная апостольская Церковь вдовствует без пастыря тому ныне девятый год. Допросите его, бывшего патриарха Никона, для чего он патриаршеский престол оставил и сошел в Воскресенский монастырь". И патриархи при виде царя плачущего, с трудом удерживавшиеся от слез, предложили Никону этот вопрос чрез толмача, архимандрита Дионисия святогорца. Но Никон вместо ответа сам спросил патриархов: "Да есть ли у вас совет и согласие с патриархами Константинопольским Вселенским и Иерусалимским, чтобы меня судить? Без их совета с вами я отвечать вам не буду, потому что я рукоположен на патриаршеский престол от Константинопольского патриарха. А если у вас совет и согласие патриархов Константинопольского и Иерусалимского есть, чтобы меня судить, я пред вами готов давать ответ". Патриархи Паисий и Макарий сказали, что у них. совет, и согласие, и подписи рук патриархов Константинопольского и Иерусалимского есть с ними, и указали на лежавший на столе в двух списках известный свиток четырех патриархов, подписанный всеми ими и другими архиереями. Никон понял, что ему остается покориться и подвергнуться суду, и только бил челом государю и патриархам, чтобы выслали из Собора недругов его, Питирима, митрополита Новгородского, да Павла, митрополита Сарского, потому что они будто бы хотели отравить его и удавить. Митрополиты Питирим и Павел сказали: "Бывший патриарх Никон на нас говорит ложь; у нас про то и в помышлении не бывало, да и у великого государя есть тому всему дело черного дьякона Феодосия". И государь сыскное дело про дьякона Феодосия поднес патриархам. Никон потерпел новую неудачу: не мог он отклонить от себя суда патриархов, не мог и устранить от участия в суде над ним своих недругов. После этого начался суд.
Патриархи снова спросили Никона: "Почему он оставил соборную Церковь и паству свою и отрекся патриаршества?" Никон рассказал, что он в день бывшего стола у государя для грузинского царевича Теймураза посылал своего домового человека, князя Димитрия Мещерского, на Красное крыльцо для строения церковных дел, и того человека царский окольничий Богдан Хитрово сильно зашиб, что он, Никон, просил государя дать оборону на Богдана Матвеевича, и государь обороны не дал и потом не пришел на службы патриарха, ко всенощной и к литургии, ни в праздник Казанской Божией Матери, ни в праздник Ризы Господней, а прислал только князя Юрия Ромодановского сказать ему, Никону: "Государь на тебя гневен: зачем пишешься великим государем? Вперед так не пишись", хотя прежде сам велел ему, Никону, так писаться. Слыша про тот на себя гнев государев, он, Никон, и оставил соборную Церковь, сошел с престола и жил три дня на Воскресенском подворье, ожидая к себе присылки от государя. Но государь никого не присылал звать его опять на патриаршество, и он поехал из Москвы в Воскресенский монастырь. Когда Никон окончил свою речь, царь снова сошел с своего места и стал посредине перед столом, чтобы отвечать на эту речь. Но, заметив, как свидетельствует Паисий Лигарид, что и патриархи поднялись и стоят, сказал им: "Мне следует теперь стоять, так как меня обвиняет отец мой Никон, а вы сидите как судьи и преемники апостолов и слушайте обвинения на меня и мои оправдания". И действительно, с этого времени до самого конца весьма продолжительного заседания государь оставался на ногах. Он отвечал на речь Никона по пунктам: "Никон говорит, будто посылал своего домового человека на Красное крыльцо для строения церковных дел, но в ту пору на Красном крыльце церковных вещей строить было нечего. И окольничий Богдан Хитрово зашиб того человека за его невежество, что он пришел не вовремя и учинил смятение, и то-де бесчестье к самому Никону патриарху не относится... Писал ко мне Никон патриарх и просил обороны на окольничего Богдана Матвеевича Хитрово, но писал в то время, как у меня был у стола грузинский царь, а в ту пору сыскивать и оборону давать было некогда... В праздники Казанской Богородицы и Ризы Господней ко всенощному и к литургии выходу у меня не было за многими государственными делами. И патриарх Никон, осердясь на то, престол свой оставил и патриаршества отрекся. Посылал я к нему стольника князя Юрья Ромодановского, чтоб он, Никон, впредь великим государем не писался, потому что прежние патриархи так не писывались, а то к нему не приказывал, что я на него гневен". Тут князь Юрий Иванович Ромодановский молвил, что он бывшему патриарху Никону о государево гневе не говаривал. Государь продолжал: "Великим государем писаться ему, Никону, я не приказывал, а только сам, почитая его, писал так в своих грамотах; да и Никон по отшествии с патриаршества в письме ко мне писал своею рукою: теперь ты один будешь великий государь, а я, Никон, яко един от простых епископов, - и то письмо ему отдано было назад". Никон: "Я так не писывал". Государь снова продолжал: "Посылал я к нему боярина князя Алексея Никитича Трубецкого да окольничего Родиона Матвеевича Стрешнева, чтобы он, Никон, на свой патриаршеский престол возвратился, и он им в том отказал". При этом окольничий заявил, что он к Никону патриарху с князем Алексеем Никитичем был посылан и о возвращении его на патриаршество говорил ему. И он, патриарх Никон, патриаршества отрекался, что впредь патриархом быть не хочет, и сказывал: "Как-де на патриаршество избирали, он на себя клятву положил, что ему на патриаршестве быть только три года, а больше того не быть".