Выслушав все эти объяснения Никона, царя и бояр, патриархи предложили новый вопрос, обращаясь к митрополитам, архиепископам и епископам: "Какие обиды были Никону патриарху от великого государя?" И митрополиты, архиепископы и епископы отвечали, что от великого государя бывшему патриарху Никону никаких обид не бывало. И только рассказали митрополиты Питирим Новгородский и Павел Сарский, как окольничий Хитрово бил домового человека Никонова и Никон просил государя дать оборону, а государь обороны не дал, и как потом государь в два праздника не приходил в церковь на службу Никона. Патриархи предложили тот же вопрос самому Никону, и Никон сказал, что никаких обид ему от великого государя не бывало, а как-де государь начал гневаться и к церкви ходить перестал, он потому и оставил патриаршество. И присовокупил: "Я об обиде не говорю, а говорю о государево гневе. И прежние патриархи от гнева царева бегали, каковы Афанасий Александрийский и Григорий Богослов". Патриархи: "Иные патриархи оставляли на время престол, да не так, как ты; ты отрекся, чтоб и впредь не быть тебе патриархом, а если будешь патриархом, анафема будешь". Никон: "Я так не говорил, а говорил, что за недостоинство свое иду, а если бы я отрекся патриаршества с клятвою, то не взял бы с собою и святительской одежды". (Здесь нельзя не заметить, что сам же Никон не раз объяснял прежде, что он отрекся только патриаршества в Москве, не хочет быть Московским патриархом, но не отрекался от сана патриаршеского, не перестает быть патриархом, а теперь, когда его спрашивали, зачем он отрекся патриаршества, разумеется, Московского, он отвечает, что сана патриаршеского он не отрекался, не перестал быть патриархом, иначе не взял бы с собою святительской одежды.)
Патриархи: "Когда ставят в священный чин, то говорят "????? (достоин)", а ты, как снимал с себя святительскую одежду, говорил, что не достоин".
Никон: "То-де на меня затеяли".
Вопрос об отречении Никона от кафедры еще не был исчерпан, и патриархи еще не сказали по этому вопросу своего последнего слова, как государь, естественно находившийся в возбужденном состоянии, обратил внимание патриархов на другой предмет, при обсуждении которого, впрочем, пришлось заняться вновь и этим вопросом. Государь указал на письма Никона к четырем Восточным патриархам, лежавшие тут же на столе под тафтою, и сказал патриархам Паисию и Макарию: "Бывший патриарх Никон писал к вам, патриархам, в грамотах своих многие на меня бесчестья и укоризны, а я на него к патриархам никакого бесчестья и укоризны не писывал. Допросите его, все ли он истину без всякого прилога в грамотах своих писал, и за церковные ли догматы он стоял, и Иосифа патриарха святейшим и братом себе считает ли, и церковные, движимые и недвижимые, вещи продавал ли?.." Патриархи предложили Никону эти вопросы, и он отвечал, "что в грамотах писано, то и писано, а стоял-де он за церковные догматы и Иосифа патриарха почитает за патриарха, а свят ли он, того не ведает; церковные же вещи продавал по государеву указу". Такой общий ответ никого не мог удовлетворить, и государь приказал читать на Соборе по статьям грамоту Никона к Цареградскому патриарху Дионисию в переводе, чтобы рассмотреть порознь все изложенные в ней неправды Никона.
В грамоте Никон писал, что, будучи еще митрополитом, он послан был в Соловецкий монастырь "мощей ради св. священномученика Филиппа, митрополита Московского, егоже мучи царь Иван неправедно".
Государь: "Для чего он, Никон, такое бесчестие и укоризну великому государю блаженной памяти Ивану Васильевичу всея Руси написал? А о себе утаил, как он низверг без Собору Павла, епископа Коломенского, и ободрал с него святительские одежды, и сослал в Хутынский монастырь, и там его не стало безвестно. Допросите, по каким правилам он то учинил?" Никон на вопрос патриархов о царе Иване Васильевиче ответа не дал, а про Павла епископа сказал: "По каким правилам низверг и сослал, того не помню, и где он пропал, того не ведаю, а есть о том дело на патриаршем дворе". Блюститель патриаршего престола митрополит Сарский Павел заявил: "Дела о том на патриаршем дворе нет и не бывало, и отлучен тот епископ Павел без Собору".
В грамоте Никон писал, что, когда его умоляли в соборной церкви принять патриаршество, он говорил царю, и властям, и боярам, чтобы они дали ему слово свято содержать догматы и правила святых апостол и отец и законы греческих благочестивых царей, и в том ему обещались.
Государь: "Никон в то время говорил только про одни догматы, а о правилах и о законах не говаривал и в грамоте своей написал ложно".
Никон: "Говорил о всем том в то и в иное время".
В грамоте было написано про государя, что он сначала был благоговеен и милостив, а потом начал гордиться и выситься и в архиерейские дела вступаться. Государь патриархам: "Допросите про то Никона, и в какие архиерейские делая начал вступаться". Никон на вопрос патриархов: "Что писал, того не помню".
В грамоте было написано, что Никон оставил патриаршество ради царского гнева. Государь патриархам: "Допросите Никона, какая ему была от меня немилость или обида; кому заявлял он о моем гневе, сходя с престола; присылал ли я к нему, чтобы он с престола пошел, и отрекался ли он от патриаршества в соборной церкви". Никон на вопрос патриархов: "Немилость ко мне государя была та, что он на окольничего Богдана Матвеевича не дал обороны и к церкви не стал ходить; присылки ко мне от государя, чтобы я сошел с престола, не бывало, а сошел я сам собою; государев гнев на меня я объявлял небу и земле; патриаршества я не отрекался и как пошел с престола, то, кроме саккоса и митры, ничего с собою не взял". Тут патриархи сделали Никону весьма дельное замечание: "Хотя б Богдан Матвеевич человека твоего и зашиб, тебе бы можно стерпеть и последовать Иоанну Милостивому, как он от раба терпел, а если бы государев гнев на тебя и был, тебе бы следовало советоваться о том с архиереями и к великому государю посылать и бить челом о прощении, а не сердитовать". К этому окольничий Богдан Матвеевич присовокупил, что хотя он, исполняя чин у царского стола, и зашиб присланного Никоном человека, не знаючи, но в том у бывшего патриарха Никона прощения просил, и Никон его простил. Тогда патриархи обратились ко всему освященному Собору и ко всему царскому синклиту с вопросом: какая была Никону патриарху обида от государя? И от всех послышался ответ, что обиды Никону от государя не бывало никакой, а пошел он с престола не от обиды, а с сердца. Члены ж Собора говорили еще: "Снимая с себя панагию и свящ. ризы, Никон говорил: если даже помыслю в патриархи, анафема да буду, панагию и посох оставил и взял клюку, а про государев гнев ничего никому не объявлял; как поехал с подворья в Воскресенский монастырь, за ним повезли его люди многие сундуки с рухлядью, да к нему же отослано из патриаршей казны денег две тысячи рублей".
Патриархи: "Прежние архиереи так не отрекались, как Никон; он не только патриаршества отрекся, но и архиерейства; снимая с себя митру и омофор, говорил: не достоин".
Никон: "В отречении на меня лжесвидетельствуют; если бы я вовсе отрекся, то не взял бы с собою архиерейские одежды".
В грамоте Никон отзывался о Монастырском приказе и о книге Уложения с великим бесчестием и укоризною и написал, что его за его покушения истребить ее много раз хотели убить. Государь к Никону: "К той книге руки приложили святейший Иосиф, патриарх Московский и всея Руси, и митрополиты, и архиепископы, и епископы, и весь освященный Собор, и твоя рука к той книге приложена, когда ты был архимандритом. И для чего ты при себе, как был на патриаршестве, той книги не исправил и не учинил того, чтоб в Монастырском приказе быть и судить духовный чин - митрополиту или архиепископу и архимандритам? И кто тебя за ту книгу хотел убить?" Никон отвечал, что к той книге руку приложил неволею, а об устроении архиерея в Монастырский приказ и кто его хотел убить, ничего не сказал.