Что касается до митрополита Феодорита, который, несмотря на свое низложение патриаршим Собором, все еще "разбойнически и тирански присвоивал себе Киев и находился в нем" 47, то патриарх Филофей вновь писал (в июле 1354 г.) о самозванце в Россию и убеждал Новгородского владыку не принимать его, напротив, покоряться своему законному первосвятителю Алексию. "Впрочем, - сказано в послании, - если он, Феодорит, отложит совершенно права священноначальственные, то пусть остается только простым христианином. Если же будет упорно стараться удерживать их и пребывать в своем звании, то, кроме того что он низложен, пусть еще будет отлучен и чужд христианского звания, равно как и тот, кто будет принимать его в общение или уже теперь принимает" 48.
Пред отъездом своим из Константинополя святитель Алексий, изъявив патриарху обстоятельства, заставившие митрополитов Русских переселиться из Киева во Владимир, и указав на упорное пребывание Феодорита в Киеве, дал повод к следующему определению: "Мерность наша, рассудив вместе с находящимися при ней святейшими архиереями, возлюбленными о Господе братиями нашей мерности и сослужителями, вполне убедилась, что нет другого (кроме Владимира) местопребывания, и успокоения, и пристанища для святейшей митрополии Русской и что архиерей совершенно не имеет там (в Киеве) средств к удовлетворению самых необходимых потребностей и к верному исполнению своих обязанностей, между тем как здесь (во Владимире) он может находить себе достаточное продовольствие и свободу управления. А потому настоящим соборным деянием повелеваем в Духе Святом чрез нашу соборную грамоту, чтобы как этот святейший митрополит России, так и все преемники его пребывали во Владимире и имели Владимир своею кафедрою неотъемлемо и неизменно навсегда. Но пусть и Киев числится собственным их престолом и первою кафедрою архиерея, если останется целым. А после Киева и с ним пусть будет второю кафедрою и местом убывания и успокоения для Русского митрополита святейшая епископия Владимирская, в которой он беспрепятственно, пока потребует нужда, да совершает поставления чтецов и иподиаконов, рукоположение диаконов и иереев и все прочее, что подобает по церковным канонам местному архипастырю. Если же Божиею помощию и возвратится Киев древнее благополучное состояние и будет из него изгнан низложенный Феодорит, так что окажется возможность иметь в Киеве архиерею какое-нибудь успокоение, и тогда пусть останется Владимир за митрополитами Русскими в виде собственной их кафедры, только да будет, как выше сказано, Киев первым их престолом и первою кафедрою" 49. Вот когда и в каком смысле законно признано и совершилось перенесение митрополитской кафедры Русской из Киева во Владимир или, точнее, не перенесение кафедры митрополитской, а только переселение самого митрополита и предоставление ему епархии Владимирской вместе с Киевскою. О последующей судьбе Феодорита сведений не сохранилось, но нельзя сомневаться, что, низложенный и отлученный патриаршею властию, он всеми был отвергнут в России.
Не освободившись еще вполне от одного совместника, святой Алексий нашел другого, гораздо более опасного. В то самое время, как вследствие ходатайства московского великого князя и митрополита, уже умерших, Алексий вызван был в Царьград для поставления в сан митрополита всей России, литовский князь Ольгерд, давно уже враждовавший против Москвы и употреблявший все средства, чтобы возвыситься над нею, избрал своего кандидата из среды своих подданных по имени Романа (кто был он, неизвестно) и спешил отправить его в Царьград для той же цели. Ольгерд выставлял одно что он не желает признавать Алексия, как избранного Москвою и ему совершенно неугодного, митрополитом над своими подданными, т. е. над православными, живущими в пределах Литовского княжества. А на самом деле имел в виду чрез Романа, вполне ему преданного, когда он сделается митрополитом, простирать свое влияние на всю Россию и на управление ею 50. Роман прибыл в Константинополь, когда Алексий был уже поставлен митрополитом, но еще не отправлялся в отечество. Литовский князь не пощадил даров, и присланный им немедленно возведен был в сан митрополита Литовского, без всякого сомнения, тем же патриархом Филофеем. Вследствие этого между обоими нашими митрополитами еще в самом Царьграде открылось великое несогласие, и оба они прислали оттуда своих послов к Тверскому епископу с требованием церковной дани 51. Скоро, впрочем, оба они, может быть по убеждению патриарха, отправились в отечество, сперва Алексий, потом Роман. Алексий был принят в Москве с радостию и любовию и ревностно начал заниматься архипастырскими делами: посвятил епископов в Ростов, Смоленск, Рязань и Сарай 52. Роман прибыл в Литву, но желал и искал большего: он постоянно вторгался в пределы митрополии собственно Русской, приезжал в самый Киев, где, однако ж, не был принят, и причинял Алексию открытые оскорбления. Не довольствуясь этим, он вновь поехал в Царьград и обратился к самому императору, патриарху и Собору, чтобы достигнуть цели своих желаний. Вызвали туда (в 1356 г.) и святителя Алексия и, выслушав того и другого, соборне с согласия императора постановили, чтобы Алексию, по утвердившемуся издревле обычаю, быть и считаться митрополитом Киева и всей России, куда он был и хиротонисан, а Роману, как хиротонисованному в митрополита Литовского, иметь под своею духовною властию для умиротворения и спокойствия того края вместе с находящимися в Литве двумя епархиями города Полоцк, Туров и Новгородок, где должна находиться кафедра митрополита, и еще епархии Малой России, т. е. волынские, и чтобы оба митрополита отнюдь не вторгались в пределы друг друга под опасением тяжкой ответственности пред канонами Церкви. Алексий совершенно покорился соборному решению и зимою того же года возвратился в отечество. Но Роман, оставшись недовольным, не захотел взять патриарших грамот для удостоверения в соборном решении, не оказал самому патриарху должного повиновения и поспешно ушел в назначенную ему область. Оттуда начал новые вторжения в область митрополита Алексия: приезжал в Киев, литургисал в нем, совершал хиротонии, величая себя митрополитом Киевским и всей России, проникал в Брянскую епархию и делал то же, возбудил литовского князя Ольгерда восстать против тамошних христиан, разорять их жилища и произвесть даже кровопролитие, особенно в городе Алексине, и всюду разглашал чрез своих приближенных, что он имеет великую силу у своего князя и может иметь во власти своей всякую епархию Русской митрополии. Патриарх, слыша о всем этом, несколько раз писал к Роману, убеждал его прекратить такие действия, противные канонам, и, чтобы сколько-нибудь удовлетворить его, уступил ему Брянскую епархию. Но Роман нимало не смирялся и в 1360 г., без ведома митрополита Алексия, приезжал в Тверь, где хотя не удостоился чести от местного епископа, но принят был с большим почетом князьями, которые находились в родстве и дружбе с Ольгердом и враждовали против Москвы. Наконец, патриарх признал необходимым (в 1361 г.) послать в Россию двух избранных мужей - митрополита Кельчинского и диакона Георгия Пердику, чтобы они произвели расследование о действиях Романа в присутствии его самого или его уполномоченного, а также в присутствии русских князей и епископов и собранные сведения, за подписом всех этих лиц, представили в Царьград императору и патриарху. Смерть Романа, вскоре последовавшая, прекратила это неприятное дело 53. А патриарх Филофей, вновь вступивши на кафедру по отречении Каллиста в 1362 г., постановил, чтобы во избежание подобных смут и нестроений земля Литовская на все последующее время ни по каким причинам не отделялась от области и духовного управления митрополита Киевского, хотя есть основание думать, что постановление едва ли было обнародовано54.
Все эти многолетние смуты и нестроения в митрополии не отклоняли святителя Алексия от его пастырских обязанностей. Он объезжал епархии и в 1358 г., при жизни еще Романа, посетил, между прочим, Киев, где пробыл около двух лет. Без сомнения, во время этого-то путешествия в юго-западные области святой Алексий подвергся нападению литовского князя Ольгерда, который обманом пленил всех его спутников, расхитил находившееся при нем многоценное имущество, и самого заключил под стражу, и умертвил бы, если бы святитель при содействии некоторых не ушел тайно, как беглец 55. Не здесь ли надобно искать объяснения, почему святой Алексий до конца своей жизни не посещал более ни Киева, ни вообще владений литовского князя, на что, как увидим, столько жаловался Ольгерд? Кроме того, святитель строил церкви и монастыри, особенно в Москве, и рукополагал архиереев в Новгород, Чернигов и многие другие города. Епископа Тверского Феодора, который вследствие непрестанных споров княжеских хотел (1357) оставить епархию, как весьма ревностного и опытного иерарха, убедил еще остаться на своей кафедре и только чрез три года уволил на покой. А на владыку Новгородского Алексия, как непокорного и своевольного, донес патриарху Филофею, который потому в 1370 г. писал этому владыке, чтобы он подчинялся своему митрополиту и не смел носить риз с крестами, данных только его предшественнику Моисею 56.