Кроме борьбы с латинянами православным иерархам приходилось еще вести борьбу с светскими властями и лицами, непрестанно посягавшими на церковные права и достояние. И в этом случае для иерархов главнейшим орудием было обращаться с жалобами к королю и просить его защиты. По просьбе Пинского и Туровского владыки Ионы и по ходатайству князя Константина Ивановича Острожского Сигизмунд подтвердил (9 февраля 1522 г.) грамоту брата своего Александра, чтобы светские люди, князья, бояре и другие в Пинской епархии не строили церквей и монастырей без воли владыки, не отнимали попов из-под его власти, не препятствовали ему и его протоиерею и прочим служебным лицам иметь надзор за духовенством, производить над ним суд и не вмешивались в духовные дела под опасением в противном случае платы трех тысяч коп литовских на короля. По жалобе митрополита Иосифа Сигизмунд дал приказ (1530) войту, бурмистрам и радцам города Вильны, чтобы они не привлекали церковных и монастырских людей, издавна живущих в Вильне на церковных землях и подсудных церковной власти, к суду светскому в ратуше и не заставляли их наравне с прочими жителями города давать на ратушу платежи и доходы, а оставили ведать и судить тех людей духовному начальству, как бывало всегда при прежних митрополитах. По жалобам того же митрополита Иосифа король неоднократно рассылал свои грамоты к князьям, панам, воеводам, старостам, наместникам и прочим властям великого княжества Литовского, чтобы они не делали великих несправедливостей и грабежей церковным людям и не вступались в духовные дела митрополита, а в 1533 г. вновь подтвердил это всем названным властям и лицам, угрожал им своим гневом за непослушание и отправил к ним особого своего дворянина, который бы еще словесно именем короля наказал им не препятствовать митрополиту судить их попов и людей греческого закона в делах духовных и в противном случае брал бы насильно этих попов и людей и представлял к митрополиту.
Право подаванья, которым с такою неограниченностию пользовался сам король и которое продолжал предоставлять другим лицам, также немало стесняло права Церкви и духовных властей и иногда служило поводом к явным несообразностям, на которые, впрочем, и сами православные вследствие укоренившегося обычая смотрели безразлично. Епископ Владимирский и Брестский Пафнутий писал к королю, что Луцкий владыка Кирилл находится в великой старости и болезни, и бил челом, чтобы по смерти этого владыки король дал «тот хлеб духовный, владычество Луцкое» ему, Пафнутию. И король пожаловал Пафнутию грамоту (1526), что ему, а не кому-либо другому отдаст тот хлеб духовный по смерти владыки Кирилла, ссылаясь притом и на ходатайство трокского воеводы князя Константина Ивановича Острожского. Лаврашевский архимандрит Алексей поведал пред королем, что троицкий архимандрит в Вильне Тихон весьма немощен, и просил дать по животе Тихона ему, Алексею, ту троицкую архимандритию, о чем писали также к королю воевода трокский князь Острожский и сам митрополит. Король во внимание к таким ходатайствам пожаловал (1524) и Алексию грамоту, что предоставит ему просимую архимандритию. Некто Андрей Дягилевич из Киева поведал пред королем, что имеет намерение сделаться священником, а как князь Федор Ярославич забрал у него товар и много вещей и, не заплативши за них, умер и долг должен быть уплачен из королевской казны, то и просил взамен этой платы дать ему, Дягилевичу, в Киеве три церкви королевского подаванья: Николаевскую Межигорскую, Николаевскую Иорданскую и Христо-Рождественскую. Король, ссылаясь на ходатайство трокского воеводы князя Константина, отдал Дягилевичу три названные киевские церкви со всеми их имениями и доходами. Предоставляя другим лицам право подаванья на церкви и монастыри, король иногда еще напоминал этим патронам, чтобы они сами заботились о своей церкви или монастыре, а не от них корыстовались: так, в 1523 г. отдал он церковь святого Василия во Владимире Волынском князю Сангушке по его просьбе и с согласия местного владыки Ионы, но прибавил, что князь «не должен иметь себе от той церкви Божией никаких пожитков, а должен сам наделять ту церковь всякими вещами, исправлять ее и иметь в своей обороне и подаянье». Большею же частию король вовсе не делал таких напоминаний, которые, впрочем, едва ли и уважались, а прямо отдавал церкви и монастыри со всеми их имениями и доходами в распоряжение патронов: в таком смысле отдал он (1522) монастырь Пречистой Богородицы Лаврашевский «в опеку, и в оборону, и в подаванье» пану Федору Хрептовичу; подтвердил (1526) право подаванья на Пересопницкий монастырь за князем Федором Михайловичем Чарторыйским и его потомками; отдал (27 октября 1525, если только не 1510 г.) Трокский Богородичный монастырь в опеку и подаванье подскарбию своему Ивану Андреевичу Солтану до его живота и предоставил (1531) женский Овручский монастырь какой-то Александре Немириной в пожизненное владениеиуправление. Уцелели три письма митрополита Иосифа III, из которых ясно можно видеть, сколько затруднений для духовной власти представляли эти церкви и монастыри, состоявшие под патронатством светских людей. Письма касаются монастыря Трокского, находившегося в опеке Ивана Андреевича Солтана, придворного подскарбия и державцы виленского. Нужно было удалить одного настоятеля монастыря и назначить другого. И вот митрополит пишет к трокскому городничему Богухвалу и к троцкому ключнику Величке: «На игумена трокского Симона приходят к нам многие жалобы, и в некоторых проступках и мы находим его виноватым. А как и пан Иван подскарбий двукратно уже писал к нам и присылал своего слугу о такой его нерядливости, не желая иметь его больше в том монастыре, то и нам представилось то же и мы уже отписали о том пану Ивану подскарбию. Ныне поп никольский Василий, богомолец ваш, желая быть игуменом в том монастыре, просил нас написать к вашей милости, чтобы вы походатайствовали за него пред паном Иваном о том монастыре. И я благословляю вас, постарайтесь написать за него к пану Ивану и попросите подать ему тот монастырь: сколько я знаю, он к тому годен. А ведь если бы потом не так он стал жить в монастыре, как следует игумену, тогда сам себя удалит от игуменства и мы запретим ему священствовать. Если же окажется добрым начальником в монашеском чине, тогда всем вам будет люб». Но, верно, письмо митрополита и ходатайства трокских городничего и ключника не имели успеха: пан подскарбий медлил. Спустя долгое время митрополит написал к самому пану: «Много раз уже мы писывали к твоей милости и теперь напоминаем, чтобы ты позаботился найти игумена к монастырю Пречистой Богоматери в Троках, твоего подаванья, и прислал его к нам за благословением. А если такого священника там не найдешь, потрудись о том отписать к нам. Мы сами будем о том заботиться и, нашедши такого человека, пошлем к тому монастырю. Ибо тот грех теперь не на ком, только на моей душе лежит да на твоей милости, что церковь Божия уже более года стоит без хвалы Божией». Но и после этого пан подскарбий долго медлил и не делал никаких распоряжений, пока наконец не решился избрать в настоятеля своему монастырю того самого никольского попа в Троках, Василия, которого рекомендовал митрополит. Посылая избранного к митрополиту за благословением, Иван Андреевич просил также постричь попа Василия в монашество, произвесть в архимандрита и наставить, как проходить ему настоятельскую должность, а о прежнем игумене Симоне извещал, что он поехал к митрополиту на справу, что он имеет королевскую грамоту на управление Трокским монастырем до своей смерти, и выражал недоумение, где бы поместить Симона на покой. В ответном письме к Ивану Андреевичу митрополит прежде всего глубоко благодарил пана за исполнение его просьбы о попе Василии, потом уведомлял, что утвердил избранного настоятеля своим благословением и преподал ему надлежащие наставления, но признал за лучшее, по великопостному времени, чтобы он постригся в монашество в своей обители, и обещался поставить его в архимандрита после Пасхи. «А что ты пишешь, – продолжал митрополит, – об игумене Симоне, будто он поехал к нам на справу, то он к нам не приезжал, хотя мы в ожидании его несколько дней задерживали у себя попа Василия, который жаловался нам, что в бытность его пред тем тамошним трокским наместником духовных справ игумен Симон самого его обесчестил и избил. Но так как этого игумена в нынешнее лето мы судили в Вильне с твоими слугами и некоторыми горожанами и нашли его виновным во многих преступлениях, так как и после того он наделал много других проступков и когда поп Василий позывал его за них явиться к нам, то он отказался, пред священниками и добрыми людьми, ехать к нам, говоря: „Я-дей митрополита твоего знать не хочу“, – то мы за такие его поступки и непослушание к нам не благословили его служить службы Божии нигде в нашей митрополии. Если же тот игумен Симон, как ты пишешь, имеет королевский лист на управление монастырем до своего живота, то, хотя бы он имел два таких листа, нисколько бы себе не помог, ибо преступный священник никогда не может держать престола Божия. Я удивляюсь, как твоя милость, будучи подавцем того монастыря, допустил игумену брать еще на твою данину королевский лист. Ведь ты помнишь, что, когда твоя милость просил себе того монастыря у короля в опеку и в подаванье, я для тебя, сына нашего, нисколько в том не противоречил, а ныне ты сам ослабляешь твое дело, допуская брать подтвердительные королевские листы на монастырь твоего подаванья. Что до того, где бы прожить игумену Симону до его смерти, то, если он согласится, мы пошлем его на покойный хлеб в общежительный монастырь Супрасльский, где чернецы не употребляют хмеля». Вот чего стоило иногда для епархиального архиерея определить настоятеля в монастырь, состоявший под опекою какого-либо пана, и удалить недостойного настоятеля из такого монастыря!