Вскоре по возвращении в свою епархию Макарию пришлось испытать большое огорчение от своих же православных. Некоторые монахи порученного ему Униевского монастыря и какой-то пан Ванько сделали митрополиту и самому королю донос на своего владыку, будто он совершил в том монастыре великие кривды и грабительство и позабрал ключи от церкви, от кладовых и от келий. И хотя по надлежащем расследовании, которое производила (24 августа 1540 г.) целая комиссия светских чинов, донос оказался совершенною клеветою и сами доносители сознались, что клеветали только с целию освободиться из-под власти Макария, но расследование стоило владыке тяжких издержек, и он одному лишь найвысшему гетману краковскому вынужден был дать сорок волов, чтобы не прогневался. Другое, еще гораздо большее огорчение причинено было Макарию и всей его пастве латинянами. В 1542 г. польское духовенство собралось на Собор в Петрокове, и на этом Соборе, между прочим, определило просить короля, чтобы он уничтожил русское Галицко-Львовское епископство, недавно восстановленное, запретил русским строить новые церкви, звонить в колокола, совершать крестные ходы и чтобы те русские, которые, перейдя прежде в римскую веру, впоследствии возвратились к православию, были принуждены опять сделаться латинянами и принять вторичное крещение. К счастию, король не уважил ходатайства Собора: по крайней мере, не видно никаких следов, чтобы оно было уважено. Напротив, когда в 1547 г. каменная Успенская церковь во Львове, принадлежавшая братству, расселась надвое и грозила падением, «наместник митрополита Галицкий, Львовский и Каменца Подольского епископ Макарий» и все граждане положили воздвигнуть на том же месте новую каменную церковь Успения Пресвятой Богородицы и для того послали к митрополиту священника и двух своих мещан с просьбою дать им благословение и грамоту для сбора пожертвований. Митрополит написал окружное послание ко всем архиереям и духовенству и ко всем православным христианам своей митрополии, в том числе к князьям, боярам, наместникам и «воеводам нашего греческого закону» (которые, следовательно, были), и приглашал всех творить подаяния на сооружение храма Божия, ручаясь, что Господь стократно воздаст за то в Царстве Небесном. Кроме давнего Успенского братства во Львове составлялись и новые «духовные», или церковные, братства: так, в 1542 г., августа 9 епископ Макарий благословил и утвердил своею грамотою духовное братство при церкви Благовещения Пресвятой Богородицы, а в 1544 г., февраля 18 – такое же братство при церкви святителя Николая. Братчики при самом начале вносили в братскую кружку по шести грошей и вписывали имена свои и своих родных в братские книги для вечного поминовения; потом ежегодно вносили такую же сумму и совершали четыре заупокойных литургии о своих предках и одну о своем здравии и спасении и устрояли трапезы для всей братии; пособляли тем, кто из них заболевал, а умерших братчиков с честию сопровождали до могилы; для управления делами братства ежегодно избирали из среды своей двух старейшин и во взаимных обидах судились собственным судом.
Новый Львовский арцибискуп Петр Старжеховский захотел воспользоваться смертию Галицко-Львовского епископа Макария (†1548) и напомнил новому же королю Сигизмунду Августу о своем праве назначать наместников Киевского митрополита в Галиции. Король отвечал арцибискупу (23 апреля 1549 г.), что право это остается за ним. Но как на место владыки Макария еще при его жизни дана покойным королем Сигизмундом († 1548) привилегия львовскому дворянину Марку Балабану, то требовал, чтобы арцибискуп назначил в преемника Макарию именно Марка Балабана. Указывая же на то, что наместничество Галицкое возведено уже в епископство, а епископов для русских может поставлять только Киевский митрополит, король приказывал арцибискупу представить Балабана для посвящения в архиерейский сан Киевскому митрополиту. Не знаем, воспользовался ли при таких условиях арцибискуп своим правом; только Марк Балабан с принятием монашества под именем Арсения возведен был митрополитом в сан епископа Галицкой митрополии, Львовского и Каменца Подольского. К сожалению, этот новый викарий митрополита, попавший прямо из панов в архиереи и приобретший себе, конечно покупкою, право на Галицко-Львовскую кафедру еще в то время, когда она была занята другим, далеко не походил на своего предместника и смело начал нарушать данную этим последним присяжную грамоту своему архипастырю. Арсений на первых же порах захотел прибрать в свои руки два монастыря с их имуществами, Униевский и Онуфриевский, находившиеся под опекою львовского братства и издавна считавшиеся митрополичьими, и, вооружив своих родственников и слуг, приказал завладеть монастырями насильно. Монахов же Онуфриевского монастыря, оказавших сопротивление, велел схватить и сперва посадил в колодце при своей кафедральной церкви во Львове, а потом запер в самой церкви. Братство подало жалобы львовскому старосте и самому королю. Староста послал к епископу подстаросту ходатайствовать об освобождении монахов, но как епископ не согласился, то подстароста отбил церковные двери и выпустил заключенных. А король своею грамотою (1551) запретил епископу под страхом пени в 300 гривен вступаться как в Онуфриев, так и в Униевский монастыри. Арсений, однако ж, не унимался и особенно нападал на Униевский монастырь, часто посещал его, забирал из него все; что попадалось, и, встречая сопротивление со стороны архимандрита, звал его на суд пред короля и панов рад и тем приводил монастырь еще в большее обнищание. Архимандрит Анастасий Радиловский со всею братиею неоднократно жаловался митрополиту на его викарного епископа, но этот викарий не прекращал своих притязаний на обитель. Наконец, когда в 1555 г. он позвал архимандрита пред короля в Петроков о трех тысячах злотых, то король переслал все дело к митрополиту, велел ему вызвать к себе лично обоих тяжущихся и пред ними разобрать их тяжбу и положить ей конец. Митрополит послал вызов и приказывал своему викарию, угрожая ему в случае неповиновения клятвою святых отец и своим неблагословением, чтобы он явился к назначенному сроку в Новогрудок, но Арсений не явился, отговариваясь епархиальными делами, а прислал вместо себя своего сына Василия. И когда митрополит решил дело не в пользу своего викария, последний подал жалобу королю, говоря, что митрополит не хотел слушать королевской грамоты, ему представленной, которою Униевский монастырь отдан Галицко-Львовскому епископу, отнял у него этот монастырь и взял под свою власть. Такая грамота, как мы видели, действительно существовала; только ею отдавался и поручался Униевский монастырь Галицкому викарному епископу наравне со всеми прочими монастырями епархии, а не в качестве исключительно епископского, непосредственно подчиненного викарию. Король потребовал митрополита к себе на суд по жалобе Арсения и назначил, чтобы митрополит явился с нужными документами в седьмую субботу 1556 г. Но едва ли митрополит являлся, потому что в начале этого года, если не в конце предыдущего, он уже скончался и явился на суд Божий.