Не в одной Вильне, но и в других местах великого княжества Литовского бывали посягательства на права православного духовенства. Слуцкая княгиня Елена, как писал епархиальный владыка-митрополит к королю, приказала своим наместникам, слуцкому и копыльскому, вступаться в духовные дела. Эти урядники судили попов, сажали их в темницу, брали с них судебные пошлины, даже расторгали браки, а в духовный суд никого не выдавали. Когда митрополит потребовал к себе слуцкого архимандрита Никандра по жалобе на него жены подскарбия Сенчилы, архимандрит к митрополиту не явился, потом на второй зов митрополита также не явился. Когда митрополит за такое непослушание послал с своим слугою грамоту архимандриту, которою запрещал ему священнослужение, пока не явится на суд, архимандрит грамоту митрополита презрел, слугу его избил и сам убежал к княгине, которая не хотела его выдать. Король по этой жалобе митрополита выражал свое изумление княгине, как она позволяет себе вмешиваться в духовные дела, не имея на то никакого права; приказывал ей прекратить эти злоупотребления и отпустить архимандрита к митрополиту и извещал, что посылает своего дворянина Кондрата Рылу, чтобы он, если архимандрит не будет отпущен, насильно взял его и поставил пред митрополитом. В Минске войт, бурмистры и радцы притесняли людей своего Вознесенского монастыря, живших на церковной земле, заставляли их платить пошлины и отбывать повинности в пользу города, привлекали к своему суду, подвергали наказаниям. И король по жалобам настоятелей монастыря несколько раз (1537, 1546, 1554) подтверждал городским властям минским, чтобы они не делали таких обид церковным людям. Равным образом по церковным своим владениям подвергались притеснениям и обидам: в Киеве монастырь Печерский от князя Андрея Соколинского (1544) и Выдубицкий от боярыни Коташевичевой (1541), в Троках монастырь Богородичный от пристава Мицы (1541), в Гродне монастырь Коложский от пана Гринкевича-Воловича и его зятя Кунчевича (1546), в Гомеле Николаевская церковь от гомельских державцев (1549) и пр. И нужны были грамоты то митрополита, то самого короля, чтобы ограждать эти монастыри и церкви от незаконных притязаний.
По внутреннему управлению Церкви встречаем несколько новых фактов, более и более уясняющих меру участия светских властей, особенно королевской, в делах духовных, отношение духовных властей между собою и самое устройство духовного управления и суда.
Однажды митрополит Макарий совершал торжественное богослужение в виленском Пречистенском соборе вместе с Полоцким архиепископом Симеоном и Владимирским епископом Геннадием. Первый, считая себя старейшим по сану после митрополита, велел поставить свою кафедру по правую сторону митрополичьей кафедры, но митрополит приказал перенести архиепископскую кафедру на левую сторону своей кафедры, а на правой поставить кафедру епископа Владимирского. Симеон должен был молчаливо вытерпеть такое всенародное оскорбление, пока продолжалась церковная служба. Но потом обратился с жалобою к королю, объяснял ему, что Полоцкие владыки всегда назывались архиепископами и занимали высшее место пред всеми епископами, и представил королю грамоту, которою сам он утвердил звание архиепископа за Полоцким владыкою. В то же время все князья, паны и бояре Полоцкой земли прислали своих послов к королю просить справедливости своему архипастырю. Между тем поспешил к королю и митрополит; доказывал ему, что это дело подлежит суду духовному, а не светскому, что если Полоцкий владыка считает себя обиженным, то пусть ищет правды на церковном суде; предъявил королю его грамоту, данную еще митрополиту Иосифу Солтану, о неприкосновенности прав православного духовенства и церковного суда и просил передать дело на рассмотрение православного Собора. Король, посоветовавшись с своими панами радами и признавая, будто прежде он утвердил за Полоцким владыкою только титул архиепископа, а теперь вопрос не о титуле, но о месте, какое должен занимать архиепископ в церкви, согласился на представление митрополита, велел созвать для обсуждения этого дел Собор всех епископов Литовской митрополии ко дню Крещения Господня 1541 г. и присовокупил, что если та или другая сторона останется недовольною решением Собора, то может подать апелляцию королю, который и учинит окончательный и справедливый приговор. Не говорим уже о том, что настоящее постановление короля и его рады не совсем верно: король решил прежде своею властию вопрос как о титуле, так равно и о месте Полоцкого архиепископа. Но не можем не заметить, что король и его рада не держались никаких определенных правил относительно того, что в делах православной Церкви должно было подлежать светской, королевской, власти и что власти духовной, а поступали как приходилось, по своему произволу: прежде препирательство Полоцкого владыки с Владимирским о месте король признал подсудным себе и сам с своею радою сделал о нем постановление; теперь признает то же препирательство подсудным духовной власти и передает на рассмотрение Собора, но затем снова признает подсудным своей власти, потому что предоставляет препирающимся в случае недовольства решением Собора обратиться с апелляциею не к высшему духовному суду, т. е. патриаршему, а к суду короля.
На того же Полоцкого архиепископа Симеона принесли (в 1544 г.) жалобу королю вся православная шляхта и земяне Полоцкой земли и говорили: 1) прежние наши владыки назначали для Николаевской церкви в Риге священников добрых по совещании с шляхтою и мещанами полоцкими из крилоса святой Софии и назначенных всенародно приводили к присяге, чтобы они оставались верными королю, а теперешний владыка посылает в Ригу священниками людей простых за большие от них подарки, без всякого совещания с гражданами и без всякой присяги. 2) Прежде грошовая и медовая дани с сел Долецких, пожалованных еще полоцким князем Скиригайлом, шли на крилошан святой Софии и люди тех сел работали только на Софийскую церковь, крыли ее и огораживали; ныне владыка отнял те села со всеми доходами у крилошан и дает им что захочет, а людей тех заставил работать на него, а не на церковь соборную, у которой крыша, остающаяся без починок, теперь течет. 3) В монастыре святого Иоанна Предтечи, находящемся на Острове и пожалованном владыке от короля, всякие доходы и пожитки владыка один берет на себя, а монахам уделяет что захочет, тогда как прежде все это делили между собою пополам архимандриты с старцами. 4) По смерти архимандрита Антония, который держал два монастыря: Михайловский в Городке и Воскресенский в Мошонце, владыка тотчас забрал себе все из церковных домов обоих этих монастырей, все их села и доходы повернул на себя и потом, побравши подарки, поставил в монастыри новых архимандритов; равно и по смерти игуменов монастыря Петровского в Замке и монастыря Николаевского на Лучне взял себе все вещи из их церковных домов и все доходы из их сел и за большие подарки дал в тот и другой монастырь иных игуменов, хотя в Николаевском монастыре на Лучне не имел права сделать это, потому что монастырь тот – подаванье короля. 5) Король велел собрать подать – серебщизну со всех церковных людей Полоцкой епархии, принадлежавших как самому владыке, так монастырям и церквам, и всю эту подать употребить на исправление Софийского собора, но архиепископ Симеон, собравши ее в увеличенном размере, всю сполна взял себе и на исправление церкви не хотел дать ничего. 6) Церковные пошлины – куницы владыка берет со всех архимандритов, игуменов и попов не по стародавнему обычаю, а увеличивает по своему усмотрению и требует еще подарков себе и своим слугам. Выслушав эту жалобу жителей Полоцкого края, король признал ее подсудною не духовной власти, а своей, королевской, и назначил своего дворянина Александра Дмитриевича и полоцкого земянина Войну Петровича, чтобы они на месте проверили все эти «кривды, шкоды и тяжкости» Полоцкого владыки и по тщательном расследовании записали их в реестры, а ко владыке велел написать, чтобы он по тем реестрам, когда они будут представлены посланцами короля, вернул церквам Божиим и монастырям, также священникам и монахам все вещи, доходы и пожитки, которые побрал у них на себя, и отдал всю серебщизну, назначенную на исправление Софийского собора, и впредь не позволял себе таких несправедливостей. На тот же случай, если Полоцкий владыка не согласится исполнить все это по доброй воле, король дал наказную грамоту литовским радным панам, которые соберутся на первый очередной сейм, чтобы они пригласили тогда к себе Киевского митрополита Макария и вместе с ним рассмотрели и порешили это дело на основании права церковного и права писанного – земского, для чего по приказанию короля должен был явиться лично на сейм и подсудимый владыка. А если он не явится или не захочет выполнить решение сеймового суда, в таком случае паны рады должны властно сделать с него взыскание по литовскому Статуту.