В Киеве, по описанию его королевскими люстраторами, в 1545 г. в замке киевском находились три православных церкви и одна латинская, а вне замка, в городе и его окрестностях, упоминаются церковь Святого Спаса, церковь и монастырь Воздвижения Честного Креста, церковь и монастырь святого Николая Межигорский, монастырь святого Михаила Выдубицкий, монастырь святых Бориса и Глеба, два бывших монастыря Пречистой – Гнилецкий и Зарубский и перечисляются семнадцать сел Печерского монастыря. Настоятельство в богатом Киево-Печерском монастыре было предметом постоянного искательства для многих, и хотя король, как мы видели, еще в 1522 г. предоставил своею грамотою самой монастырской братии избирать себе архимандрита при участии бояр и земян киевских и обещался утверждать только того, кого они изберут, но на самом деле никогда этого не держался и действовал по своему произволу. В 1535 г. по просьбе слуцкого князя Юрия и по ходатайству королевы Боны Сигизмунд уступил на время свое господарское право подавания Киево-Печерского монастыря этому князю под тем условием, чтобы он, когда скончается бывший тогда архимандрит печерский Геннадий, ваял монастырь в свои руки и отдал в управление тому, кому сам захочет, но чтобы по смерти избранного князем настоятеля монастырь вновь перешел в подаванье короля. Впрочем, слуцкому князю не пришлось воспользоваться дарованным ему правом, потому что архимандрит Геннадий сам успел продать свое место в Печерском монастыре выдубицкому игумену Иоакиму за полтораста коп грошей и король по ходатайству канцлера своего, виленского воеводы Гаштольда, утвердил за Иоакимом купленное им настоятельство (10 февраля 1536 г.). Не прошло и года, как Иоаким скончался; тогда митрополит Макарий просил у короля печерской архимандритии своему брату Пацку (Ипатию?), о чем ходатайствовала также королева Бона. Король пожаловал Пацка этим хлебом духовным и обещался, что до его живота не отдаст той печерской архимандритии никому (15 генваря 1537 г.). Неизвестно, скончался ли Пацко или получил иное назначение, только в скором времени король по ходатайству некоторых панов отдал печерскую архимандритию какому-то Софронию, который еще до 1540 г. успел своими злоупотреблениями до того вооружить против себя братию, что киевский воевода Андрей Немирович вследствие неоднократных жалоб братии заключил этого архимандрита в замок, передав монастырь во временное управление иноку Геннадию Бодшичу, о чем и донес королю. Король не одобрил такого распоряжения и послал в Киев дворянина своего Ивана Протасевича освободить Софрония из заключения и передать ему и чернецам печерским королевскую увещательную грамоту, чтобы они примирились. Когда же примирения не последовало и чернецы не захотели повиноваться своему архимандриту, иные даже пошли вон из монастыря, король велел тому же Протасевичу выслать архимандрита и трех или четырех чернецов к митрополиту Макарию. А митрополиту, сообщая о всем этом, поручал своею грамотою (от 25 генваря 1540 г.) разобрать между ними спорное дело и на окончательное решение представить королю. Теперь примирение, вероятно, состоялось, потому что спустя около полугода Софроний не один, но вместе с братиею Киево-Печерского монастыря просил короля и действительно выпросил у него при помощи королевы Боны жалованную грамоту (от 9 августа 1540 г.) на право посылать старцев и слуг своих в московские города – Стародуб и Новгород Северский – для сбора даней, с давнего времени принадлежавших монастырю, но не поступавших в него. Не прошло, однако ж, и года, как королю принесена была новая жалоба на Софрония, что он обижает соседний Выдубицкий монастырь, отнимает у него угодья и дани, – король своею грамотою (от 3 марта 1541 г.) строго запретил это Софронию. В то же время начали доходить к королю слухи, что Софроний вообще ведет себя не как прилично духовному лицу, что вследствие жестокого обращения его с крилошанами, застолпниками, слугами и людьми Печерской обители многие из них разбежались и на крилосах в церкви едва осталось по одному старцу, тогда как прежде бывало по нескольку десятков певцов; что и оставшиеся в обители терпят от него разные мучения, заковываются в цепи; что все монастырское имущество он забрал в свои руки и разные доходы и дани монастырские отсылает на Волынь своим детям и приятелям и пр. Король счел нужным написать об этом Софронию (от 13 июля 1541 г.) и убеждал его исправиться, а если не исправится, угрожал отнять у него монастырь. Но Софроний, верно, не последовал убеждениям короля и, вызванный на его суд, оказался виновным в некоторых проступках, почему король взял из рук его Печерский монастырь и по ходатайству митрополита, князей и панов греческого закона отдал архимандритию того монастыря архимандриту минского Вознесенского монастыря Вассиану, который упоминается в 1544 г., когда имел спорное дело с князем Андреем Соколинским. В 1546 г. видим же нового «нареченнаго архимандрита Пречестныя лавры Пречистыя Богородицы Печерския» – так называл себя в то время священник виленской Покровской церкви Иоанн Матвеевич, человек, как видно, богатый, находившийся в родстве с архиепископом-митрополитом Иосифом и подаривший свой дом в Вильне Покровской церкви, в которой дотоле священствовал. Этот-то священник Иоанн, вероятно, и был, по принятии монашества, тот архимандрит печерский Иларион, при котором возобновлено общежитие в Печерской лавре. Все лаврские старцы принесли жалобу королю Сигизмунду Августу, что община, которую установил было отец его в их обители, существовала только при архимандрите Игнатии, а последующие архимандриты ее не хотели иметь, «для своего пожитку», так что затеряли и самую королевскую грамоту на общину; что эти архимандриты, не держа общины, причиняют обители великий вред, берут все ее доходы себе и употребляют на своих детей и родных, опустошают ее имения, грабят ее крестьян, довели ее до убожества, и церковь в ней пала. Потому и просили старцы восстановить в лавре общину на вечные времена. Король приказал киевскому воеводе Фридриху Глебовичу Пронскому, чтобы он вместе с посланным к нему дворянином Павлом Оранским возобновил общину в Печерском монастыре и дал ему писанный устав. Воевода исполнил волю короля и в 1549 г., 24 июля восстановил в монастыре общину и, учредив в нем врядников, иконома и палатника, начертал в руководство братии правила. Эту общину и эти правила через два года по просьбе архимандрита лавры Илариона и всех старцев король утвердил своею грамотою (15 августа 1551 г.). Правила были следующие: а) архимандрит и старцы должны иметь всенощную службу во все воскресные и праздничные дни, и во всем поступать по правилам святых отцов, и молить Бога за господаря; б) плата за сорокоусты, панихиды и молебны идет архимандриту и крилошанам пополам; в) деньги за вписание в вечный синодик и субботник поступают в церковную казну, в монастырскую палату; г) покрывало с тела, которое будет привезено для погребения в монастыре, берется в монастырскую палату: д) за погребение тела князя, боярина или кого-либо другого архимандрит и старцы не ведут торга, а берут, что будет дано; е) деньги и имущество умершего чернеца берутся в палату, а чернецу во всяком случае, оставит ли он что или ничего не оставит, братия отдают последний долг, служат по нем сорокоуст и вписывают его в синодик; ж) архимандрит и старцы едят всегда в одном месте – в трапезе, и при столе бывает чтение; з) старцы, крилошане и застолпники без дозволения архимандрита и иконома не выходят из монастыря, а кто выйдет без позволения или совершит в монастыре какой-либо проступок, таковых архимандрит, посоветовавшись с братиею, должен подвергать наказаниям по праву духовному; если же кто будет непослушен, того выслать из монастыря; и) кельи и сады братские принадлежат всей общине, и, если брат по своей воле захочет совсем оставить обитель, он может взять с собою только свое движимое имение, а кельи продать не может; и) одежда и дрова архимандриту и всей братии идут от церковной казны; к) чернецы не могут держать в своих кельях бельцов и ребят; только архимандрит имеет у себя слугу и хлопца; л) церковная печать хранится не у архимандрита, а в церковном сундуке за ключами архимандрита и иконома; когда печать потребуется, палатник приносит к ним тот сундук; м) архимандрит ведает только одно – справу церковную; что же касается до монастырских доходов и даней, выездов по имениям, раздаванья урядов в этих имениях, подаванья церквей, собирания пошлин, судов и присудов – во все это архимандрит не должен вмешиваться никогда; все это имеют в своей власти иконом и палатник с братиею: они собирают доходы, кладут в церковную казну и употребляют на монастырские нужды; н) отчет в приходах и расходах иконом и палатник представляют два раза в год архимандриту и всей братии; о) если иконом или палатник будут неисправны, архимандрит с братиею может удалить неисправного и на место его избрать и поставить другого; п) архимандрит и старцы не должны принимать в свой монастырь приходящих из Москвы и из Валахии, скрывать их у себя и постригать их в чернецы. К имениям Печерского монастыря прибавилось еще одно небольшое село – Старинщина, пожертвованное монастырю князем Львом Соколенским (1550). Киево-Михайловский монастырь исходатайствовал себе у короля подтвердительную грамоту на некоторые свои имения по случаю потери прежних грамот (1542). Киево-Николаевский монастырь также получил грамоты на некоторые свои угодья от киевского воеводы Андрея Немировича (1534) и еще на некоторые от черкасского старосты Аникия Горностая (1544).
В Полоцке находим теперь семь монастырей, основанных еще в прежние времена, именно: Предтеченский на Острове, Михайловский в городке, Воскресенский и Петровский в замке. Николаевский на Лучне, Пятницкий и Вознесенский (1534–1553), из которых два последние обращены впоследствии в приходские церкви, и семь церквей: соборную Софийскую, Сретенскую, Козьмодемьянскую, Рождественскую, Троицкую, Благовещенскую и Димитриевскую. Весьма любопытна судная грамота, данная (1534) Предтеченскому монастырю полоцким воеводою Яном Глебовичем по случаю жалобы чернецов на их архимандрита Стефана Рагозу. Из этой грамоты видно, что по стародавнему обычаю в монастыре а) все денежные доходы делились на две половины: одна шла архимандриту, другая – братии; б) при каждом посещении монастыря полоцким воеводою и его врядниками монастырь чествовал их угощениями и подносил им подарки; в) в монастыре существовала и хранилась в церковной казне особая сумма «постригальная», в которую каждый новопостригаемый в чернецы вносил по рублю грошей: она употреблялась на потребности церкви и на подарки воеводе и его врядникам; г) медовая дань с одного монастырского села – Туровли – разделялась также пополам между архимандритом и братиею, а со всех прочих сел шла одному архимандриту на угощение воеводы и врядников; д) суд над монастырскими людьми архимандрит производил с несколькими старшими чернецами и судебными пошлинами делился с ними; е) все доходы с рыбных и звериных ловлей и другие делились пополам между архимандритом и всею братиею. В Витебске встречаем в первый раз (1553) монастырь Пречистой женский и церкви Пятницкую и Свято-Духовскую. В Мстиславле Троицкому собору пожалованы (1537) новые дани и угодья княгинею Иулианиею, супругою князя Михаила Ивановича Мстиславского, возобновившего этот собор по разорении его московскими войсками, и подтверждены все прежние дани, денежные, хлебные и медовые, королевскою грамотою (1544). А Пустынский Богородичный монастырь получил от благочестивых жертвователей село Переседино (1537) и две сеножати (1543). В Орше Николаевской церкви подтверждены королем (1537) денежная и медовая дани, пожалованные ей еще князем Иваном Юрьевичем Мстиславским.