Одна из епархий Литовской митрополии, Смоленская, после взятия Смоленска русскими в 1514 г. была для нее навсегда потеряна. Зато другая древнейшая епархия, Галицкая, в которой еще с 1414 г. не видим особых епископов, была восстановлена в 1539 г., хотя под управлением только викарного архиерея, так что число всех епархий в этой митрополии оставалось и теперь восемь. По обнародованным доселе актам упоминаются следующие епархиальные владыки того времени: а) Смоленские: Иосиф Солтан (1502–1506), потом митрополит, и Варсонофий (1509–1514); б) Полоцкие, которые с 1511 г. начали уже постоянно называться архиепископами: Лука (1503), Евфимий (1511), Иосиф (1516–1522), бывший потом митрополитом; Нафанаил (1524), Мисаил (1534), Симеон (1540) и Герман Хрептович (1551); в) Владимирские: Вассиан (1508–1511), Пафнутий (1514), Иона (1523), Пафнутий (1526), Геннадий (1540); г) Луцкие: Кирилл (1508–1526), Пафнутий (1526), Макарий (1528–1534), бывший потом митрополитом; Арсений (1540), Феодосий (1545–1548); д) Пинские и Туровские: Вассиан (1503), Арсений (1511), Вассиан (1513), Арсений (1514), Иона (1518–1522), Макарий (1528), Вассиан (1540), Варлаам (1545), Макарий (1552); е) Холмские: Филарет (1511), Иона (1540); ж) Перемышльские: Антоний (1511), Лаврентий (1535), Арсений (1540); з) Галицкие: Макарий (1539–1548) и Арсений Балабан (с 1549). Из числа всех этих владык мы можем указать разве двух-трех, бывших потом митрополитами, которые действительно заботились об интересах веры и Церкви, а о прочих знаем только, что иной получил кафедру за услуги сына королю и в уплату королевского долга; другие выпросили или, вернее, купили себе кафедры разными приношениями то самому королю, то окружающим его лицам, и купили в то время, когда эти кафедры были еще заняты наличными епископами; третьи отличались ревностью об умножении своих имений и ограждении их королевскими грамотами или грабили и опустошали имения монастырей подведомой им епархии, и т. п.
Благодаря тому обстоятельству, что в течение всей 1-й половины XVI столетия православная Церковь в Литовском государстве не подвергалась стеснениям, число монастырей в ней не только не уменьшалось, но еще увеличивалось. Излагая ее историю за это полустолетие, мы видели в ней до 50 монастырей: между ними до 30 прежних и до 20 вновь основанных или в первый раз упоминаемых. Из прежних монастырей продолжали существовать или восстановлены в настоящий период: в Вильне Троицкий; в Киеве Печерский, Николаевский, Выдубицкий, Михайловский, Межигорский; в Троках Богородичный; в Городне Коложский Борисоглебский; близ Новогрудка Лаврашев; в Супрасли Супрасльский; в Минске Вознесенский; в Слуцке Троицкий; во Львове Онуфриевский и Униевский; в Полоцке Петровский, Предтеченский, Михайловский, Воскресенский, Николаевский; в Мстиславле Онуфриевский и Пустынский; в Луцкой епархии Пересопницкий, Жидичинский, Спасский Дорогобуж, Дубишовский Введенский; в Кобрине Спасский; близ Пинска Лещинский; в Овруче Пречистенский и Пустынский; в Дермани Дерманский. Вновь основаны или в первый раз упоминаются монастыри: в Вильне Георгиевский; в Новогрудке Троицкий; в Жировицах Жировицкий; в Сурдегах Сурдегский; близ Минска Соломерецкий; в Киеве Крестовоздвиженский, Борисоглебский; во Львове Георгиевский; в Смоленске Спасский, Свято-Духовский; в Полоцке Михайловский Городельский, Пятницкий, Вознесенский; в Витебске женский Богородичный; в Мстиславле Николаевский Нагорный; в Овруче Спасский; в Мильцах Милецкий Николаевский; в Тороканах тороканский Троицкий; в Ольшанах Николаевский; в Лоске Николаевский. О внутреннем устройстве всех этих монастырей и о числе иноков в них не сохранилось почти никаких известий: знаем только уставы двух монастырей – Супрасльского, данный митрополитом Иосифом Солтаном, и Киево-Печерского, написанный по приказанию короля киевским воеводою, знаем еще, что в Супрасльском монастыре при первом его настоятеле архимандрите Пафнутии Сегене (†1510) было 40 черноризцев, при втором, Каллисте, – 41, а при третьем – архимандрите Ионе (†1532) – оставалось только 27. Зато немало сохранилось известий о том, что едва ли не половина тогдашних монастырей были изъяты из-под власти своих епархиальных архиереев и управлялись волею, точнее, своеволием своих настоятелей и светских патронов, а также о том, с какою ревностию монастыри старались приобретать себе имения и жалованные королевские грамоты, как многие добивались настоятельских мест, особенно в богатых монастырях, как покупали и продавали эти места, как притесняли настоятели своих иноков и обогащались от монастырских имений, как корыстовались от них сам король и другие патроны.
Главным руководством для церковного управления и суда в Литовской митрополии служила Кормчая книга, та самая, которая употреблялась и в митрополии Московской. Кроме двух известных списков этой книги Румянцевского музеума, писанных в Юго-Западной России, из которых один (№ 232), начала XVI в., Рязанской, или Кирилловской, фамилии, а другой (№ 233), XVI в., Софийской фамилии, уцелел еще список XVI в. в библиотеке Литовской семинарии (№ 12, 13), представляющий точную копию с Рязанского списка и заключающий в себе не 45 лишь глав, как румянцевский список № 232, а все 64 главы. Списки Кормчей были распространены не только по монастырям, иногда и не в одном экземпляре, но и в белом духовенстве и даже между мирянами: в библиотеке Супрасльского монастыря находилось три экземпляра Кормчей; один из священников Юрьевской церкви в Вильне, отец Матвей, завещал (1522) свою книгу «Правила св. отец» в соборную Пречистенскую церковь, а Виленский Собор 1509 г., указывая на то, что мирские люди, имея у себя «Божественныя правила», не хотели слушаться своих пастырей (правило 13), запретил мирянам держать у себя эти правила. После Кормчей служили также руководством: а) так называемый Свиток Ярославов, подтвержденный и королем Сигизмундом I в 1503 и 1511 гг., с некоторыми дополнениями; б) местные церковные обычаи, которыми пользовались иногда в своих решениях и митрополит и сам король; в) постановления Виленского Собора 1509 г., которые, впрочем, едва ли не оставались большею частию лишь мертвою буквою, если припомним, как часто и как резко нарушались они в последующее время; г) многочисленные узаконения и грамоты королей, касавшиеся православных архиереев, церквей, монастырей, их прав и привилегий, имевшие обязательную силу для всех; д) литовский Статут, изданный Сигизмундом в 1529 г. Статут не заключал в себе никаких церковных узаконений, а содержал только законы уголовные и гражданские, обязательные для всех подданных короля, и, кроме того, излагал самые формы судопроизводства. Потому церковные власти руководствовались Статутом, с одной стороны, в самом порядке и формах судопроизводства, а с другой – во всех тех случаях, когда судили духовные лица за преступления уголовные и гражданские и когда судили в своих церковных имениях крестьян, суд над которыми по литовским законам вообще принадлежал владельцам. Церковному управлению и суду подлежали прежде всего лица духовного звания. В Свитке Ярославовом ясно было сказано: «Все епископы княжения нашего да повинуются преосвященному митрополиту Киевскому во всем, под извержением от сана и отринутием от престол их... такожде митрополья и епископская власть цела и нерушима да пребудет над всеми пресвитеры, во пределах их сущими». Но на деле, как мы видели, это коренное церковное законоположение весьма часто нарушалось. По крайней мере, епископы во всех делах между собою и с митрополитом обращались прямо к королю, и митрополит только тогда судил епископов, когда это поручал ему сам король. Даже миряне жаловались на своих епархиальных владык не митрополиту, а прямо королю – до того извращены были существовавшею практикою понятия православных о церковной власти короля и так мало признавалась ими власть митрополита. Белое духовенство в епархиях несомненно подчинялось власти своих владык, административной и судебной, хотя и тут нередки были нарушения права то со стороны горожан, как в Вильне, то со стороны лиц, имевших приходские церкви в своем патронатстве. Но духовенство монашествующее подчинялось власти епархиальных архиереев только в тех монастырях, которые не состояли под патронатством каких-либо сторонних лиц; в монастырях же, имевших своими патронами или короля, или других светских особ, архиереям предоставлялось иногда судить лишь настоятелей по одним духовным делам, а вся остальная власть находилась в руках самих настоятелей и еще более в руках патронов. Церковному управлению и суду в епархиях подлежали и все миряне по делам духовным, и в особенности по делам брачным, по делам любодеяния и прелюбодеяния, как ясно указано в том же Ярославовом Свитке. Органами церковного управления и суда для епархиальных владык служили: а) так называвшийся крылос, состоявший из постоянных членов и временно приглашавшихся; б) наместники: духовного сана, избиравшиеся большею частию из местных прихожан, и светские, заведовавшие собственно церковными имениями и доходами архиереев; в) протопопы и десятники, исполнявшие свой долг по разным городам и округам епархий.
Число храмов в Западнорусской Церкви не только не уменьшалось, но еще увеличивалось: в Вильне, например, их было до 18, если не до 20, и во всяком случае гораздо более, по свидетельству Герберштейна, чем храмов латинских, в Пинске – 12, во Львове – 9, в Овруче – 8, в Полоцке – 7 кроме семи монастырских, в Городне – 6. Некоторые из храмов, особенно в монастырях, отличались богатством украшений и церковной утвари. Мы уже упоминали, какими драгоценными сосудами, облачениями и книгами наделил Дерманский монастырь князь Константин Иванович Острожский. Теперь укажем еще на монастырь Супрасльский. Вся главная церковь его, во имя Благовещения, была расписана разными изображениями, равно как и ее алтарь; все большие иконы в нижнем ярусе ее иконостаса были в серебряных, позлащенных ризах, с такими же венцами, украшенными жемчугом и драгоценными камнями. В церквах монастырских находилось несколько серебряных и позлащенных разной величины крестов, дискосов, потиров, лжиц, блюд; несколько серебряных подсвечников, киотов, кадил и другой церковной утвари; шесть больших напрестольных Евангелий, кованных со всех сторон серебром и позлащенных; множество риз, бархатных, камчатных, мухояровых, шитых золотом и жемчугом, а на колокольне – шесть колоколов. Богослужебных книг еще при трех первых настоятелях (1500–1532) в монастырь приобретено: семь Служебников, четыре Апостола, между ними один большой на пергамене, тринадцать Псалтирей, в том числе большая, подаренная митрополитом Солтаном, два Устава, две Триоди, постная и цветная, два Октоиха, два Часослова великих, двенадцать Миней старых, четыре Ирмолоя знаменных и пятый без знаменья. Требник, Канонник, Панихидник, три Пролога полных, на двенадцать месяцев, и четвертый неполный, только на шесть месяцев. При четвертом настоятеле, Сергии Кимбаре (1532–1557), вновь поступили в монастырь: Евангелие, четыре Апостола, Служебник, четыре Псалтири, Устав, две Триоди, два Октоиха, три Часослова, тринадцать Миней новых, два Ирмолоя, два Требника, два Канонника, Панихидник, Минея новых святых. Достойно замечания, что в числе книг Супрасльского монастыря упоминаются пять «книг битых», т. е. печатных, хотя и не сказано каких, и потом еще названы прямо Псалтирь битая и битый Апостол: эти последние могли быть из тех, которые напечатаны тогда (1525) в Вильне доктором Скориною в типографии Бабича. Несколько богослужебных рукописных книг того времени, употреблявшихся в Литовской митрополии, сохранились доселе. Таковы – пять Евангелий XVI в., из которых одно, Нобельское, писано в 1520 г. при епископе Туровском и Пинском Ионе и князе Федоре Ярославиче для Николаевской церкви местечка Нобли Пинского повета, а другое, Еленское, начала XVI в., принадлежало Николаевской церкви местечка Елени в Брестском повете; два Апостола, шесть месячных Миней, две цветных Триоди и одна постная, Октоих, два Пролога; еще Октоих, писанный в 1539 г. для Николаевской церкви города Могилева при митрополите Киевском Макарии и Полоцком архиепископе Симеоне; Служебник киевского Межигорского монастыря, писанный около половины XVI в.; архиерейский Служебник XVI в., употреблявшийся в одной из литовских епархий, хотя и перешедший впоследствии в епархию Ростовскую; другой архиерейский Служебник вместе с Требником начала XVI в., писанный, вероятно, в Смоленске, но употреблявшийся в епархии Туровской и Пинской еще при жизни князя Федора Ярославича.