Раздавая по своему усмотрению архиерейские кафедры, король продолжал раздавать точно так же и православные монастыри. В 1562 г. он пожаловал своему дворянину Боркулабу Корсаку в пожизненное владение полоцкий Предтеченский монастырь, находившийся в королевском подаванье, со всеми имениями и доходами и с правом держать в своей власти «попов, черниц и чернцов», которые издавна были подчинены настоятелю того монастыря (значит, монастырь был мужеско-женский), и иметь в нем от себя духовную особу, человека ученого, который умел бы вести в монастыре духовную справу по греческому закону. Другой монастырь своего подаванья, виленский Троицкий, находившийся под владением митрополита Сильвестра Белькевича до его живота, король отдал было потом двум разным лицам: сперва пану Федору Яцкевичу Белькевичу, может быть родственнику митрополита Сильвестра, а вскоре по ходатайству виленского воеводы Радзивилла Черного – воложинскому попу Василию Мартиновичу. Происшедшие отсюда недоразумения заставили Радзивилла потребовать к себе королевские грамоты, данные обоим этим лицам, и когда он убедился, что пану Белькевичу грамота дана прежде, то и приказал (около 1567 г.) ввести его во владение Троицким монастырем с его фольварками; король же своею грамотою объявил тогда монахам монастыря, чтобы они принимали Белькевича за архимандрита. Киевский Флоровский монастырь не находился в непосредственном подаванье короля. Этот монастырь со всем, что он имел у себя «издавна», воевода киевский князь Константин Константинович Острожский отдал своею властию киевскому протопопу Якову Гулькевичу в пожизненное владение, а митрополит Сильвестр благословил его и совершать службу в том монастыре. Не довольствуясь этим, Гулькевич просил короля, чтобы он утвердил за ним Флоровский монастырь не только в пожизненное, но и в потомственное владение. И король дал протопопу подтвердительную грамоту (17 мая 1566г.) что монастырь тот имеют держать в своей власти и совершать в нем службы он сам, его дети и потомки, какие будут годны быть священниками.
Все такого рода действия король Сигизмунд Август позволял себе, может быть, и без намерения вредить православной Церкви, хотя они действительно были ей вредны, но единственно по укоренившемуся обычаю. Этот король был чужд латинского фанатизма и отличался веротерпимостию. Покровительствуя самим протестантам, он не отказывал в своем покровительстве и православным. Дозволял им строить или возобновлять церкви: так, в 1560 г. разрешил вновь соорудить в Вильне две церкви, за три года пред тем сгоревшие, Рождественскую и Пятницкую, с переименованием последней в Богоявленскую. Делал пособия православным церквам и монастырям: например, церкви Пречистой Богородицы в Гродне или, точнее, существовавшему при ней госпиталю назначил ежегодное пособие в десять коп грошей из своих собственных королевских имений; Пересопницкому монастырю пожаловал имение Чемерин, которое в 1564 г. дозволил променять на имение Дядковичи; а Киево-Николаевскому Пустынному подтвердил (1566) право на владение островом Трухоновым с дворцом на нем и езом на Чарторыи. Охранял и защищал имущественные и судебные права православного духовенства: в 1558 г. по жалобе священников и всех крилошан города Мстиславля на местного старосту приказал ему выдавать по-прежнему тамошним монастырям и церквам денежную и медовую дань, завещанную им князем Михаилом Ивановичем Мстиславским; в 1563 г. по жалобе Пинского и Туровского владыки Макария на князя Богдана Соломерецкого, незаконно присвоившего себе в своем имении Рычеве населенную землю туровской соборной Успенской церкви, приказал ему возвратить эту землю церкви и Туровскому владыке в 1567 г. по жалобе киево-печерского архимандрита, что и его самого, и его чернецов иногда требуют на суд киевского воеводы, каштеляна и писаря украинских замков, объявил и подтвердил всем, что Печерский монастырь находится в подаванье и в обороне самого короля и что потому архимандрита и чернецов печерских не должны судить ни воевода, ни другие светские власти, но архимандрита может судить только сам король, а чернецов – только архимандрит.
Подобные благодеяния, впрочем, оказывали православному духовенству в Литве и прежние короли. Сигизмунд Август решился наконец сделать для православных то, на что не решались его предместники: в 1563 г. он отменил или, как сам выражается, разъяснил на виленском сейме известный Городельский закон короля Ягайлы и великого князя Витовта, устранявший православных от занятия государственных и общественных должностей. Грамота, данная по этому случаю, заслуживает полного нашего внимания. В ней король говорит: когда мы созвали на генеральный сейм в Вильне наших панов рад, духовных и светских, и других урядников великого княжества Литовского и дозволили по их просьбе внести в новонаписанный Статут их земские привилегии, то все члены сейма, принося нам за это благодарность, доложили, что некоторые артикулы в тех земских привилегиях требуют «ширшего объяснения», и указали на две статьи Городельского постановления. Пo одной из них, привилегиями и преимуществами, данными дворянству в Литовском государстве, могут пользоваться только те паны, которые держатся римской веры и получили польские шляхетские гербы, а по другой – на достоинства и должности, каковы: воеводство, каштелянство и другие, даваемые на всю жизнь, могут быть избираемы только последователи Римского Костела. Указав на обе эти статьи Городельского постановления, которое подтверждено было потом и нашим дедом Казимиром, нашим дядею Александром, нашим отцом Сигизмундом и нами самими, члены сейма единогласно просили нас дать тем статьям достаточное разъяснение. И мы с панами радами нашими, принимая во внимание, что шляхетские роды вполне заслужили своею службою те привилегии, какие дарованы им Городельским постановлением, что не только последователи Римской Церкви, но и Греческой, занимая при наших предках и при нас должности радов (сенаторов) и всякие другие должности, всегда показывали на разных службах свою верность и усердие и что Городельское постановление, направленное к некоторому унижению лиц, содержащих греческую веру и не получивших гербов, составлено так потому, что на городельском сейме были не все, и особенно не были станы русских земель, определяем: отныне всеми привилегиями, дарованными литовскому дворянству, должны пользоваться не только паны и шляхта римской веры, имеющие польские гербы, но равно и все дворяне как литовского, так и русского народа, лишь бы они были веры христианской, а также отныне на всякие достоинства и должности, даже до сенаторской, имеют быть избираемы не одни последователи Римского Костела, но и все вообще дворяне христианской веры, литовцы и русские, каждый по своим заслугам и способностям, и ни один дворянин христианской веры не может быть устраняем от этих привилегий. Таким образом, сам король Сигизмунд Август засвидетельствовал для нас здесь три вещи: а) что Городельское постановление, столько враждебное русским, или православным, было подтверждаемо его дедом, дядею, отцом и им самим; б) что русские, несмотря на Городельское постановление, занимали при всех этих королях всякие, и самые высшие, должности и в) что на городельском сейме, издавшем такое постановление, вовсе не присутствовали представители русских земель, почему, прибавим от себя, не без основания русские считали для себя это постановление необязательным. Обращаясь к определению, или объяснению, Городельского постановления, состоявшемуся теперь на виленском сейме, мы должны сознаться, что оно имело в виду не одних православных, но вообще христиан-некатоликов, следовательно, и протестантов всех сект, существовавших тогда в пределах литовских, и здесь-то надобно искать причину, почему оно состоялось и могло состояться. Прежде на генеральных сеймах в королевской раде преобладающее большинство всегда составляли латиняне, и при таком преобладании нельзя было и думать, чтобы какой-либо сейм согласился отменить или изменить постановление, дававшее столько преимуществ последователям римской веры пред православными. Теперь преобладающее значение в королевской раде имели уже не латиняне, а протестанты, которые очень хорошо понимали, что Городельское постановление, предоставлявшее разные права, в том числе и право занимать высшие государственные должности одним латинянам, лишало этих прав не только православных, но и протестантов, и вот они воспользовались на виленском сейме своею силою в соединении с православными, чтобы изменить это постановление в пользу вообще христиан-некатоликов. На сейме в составе королевской рады находились тогда, судя по подписям под королевскою грамотою, оба могущественных Радзивилла – воевода виленский и воевода троцкий, гетман литовский, Евстафий Волович – подскарбий великого княжества Литовского, Ян Ходкевич – стольник того же княжества и другие, а со стороны православных – воевода киевский князь Константин Константинович Острожский, воевода новогродский Павел Павлович Сапега, гетман дворный Григорий Ходкевич, брат его староста бельский Юрий Ходкевич и другие, хотя были также и латинские бискупы: Виленский – Валериан, Луцкий – Януш Андрушевич и Киевский – Николай Пац. Поэтому на королевскую грамоту, данную на настоящем виленском сейме, следует смотреть не как на свидетельство благоволения короля Сигизмунда Августа собственно к православным, но как на акт его веротерпимости по отношению ко всем исповеданиям христианским – акт, которым желал король уравнять по гражданским правам всех дворян великого княжества Литовского, какого бы исповедания христианского они ни держались: римского, православного или протестантского. Следует присовокупить, что это же самое постановление виленского сейма Сигизмунд Август подтвердил с некоторыми новыми разъяснениями и на гродненском сейме 1 июля 1568 г., объявив, что впредь оно не должно нуждаться в новых подтверждениях, а должно сохранять свою силу навсегда.