Дом, в который ввел бискуп Валериан иезуитов, представлял удобное помещение для тридцати членов этого ордена и был совершенно приспособлен для устройства в нем иезуитского коллегиума. Кроме того, Валериан купил и подарил им еще два дома, находившиеся вблизи, с обширными плацами, назначил на содержание самого коллегиума по две тысячи коп литовских грошей из своих имений, а на содержание при коллегиуме гимназии определил несколько своих деревень с их доходами. Когда все уже было подготовлено для открытия обоих этих заведений, приехал в Вильну (в июле 1570 г.) по приказанию иезуитского генерала Франциска Боргия провинциал австрийских и польских иезуитов Лаврентий Магий. При нем находился Станислав Варшевицкий, сын варшавского кастеляна, получивший отличное образование в Виттембергском университете, не раз исполнявший должность секретаря при короле Сигизмунде Августе и его посланника к разным европейским дворам, а с 1567 г. самый ревностный иезуит, славный своею ученостию и красноречием. Открытие иезуитского коллегиума и гимназии Магий совершил с особенною торжественностию, в присутствии бискупа Валериана, его капитула и многочисленного духовенства, причем как сами иезуиты, так и их ученики говорили речи и стихи на языках латинском, греческом и еврейском. Число братьев иезуитов в новооткрытом коллегиуме простиралось уже до 26. Отъезжая из Вильны, Магий назначил ректором этого коллегиума и гимназии Станислава Варшевицкого.
Школа всегда была в руках иезуитов самым могущественным орудием для их пропаганды. Но открытая в Вильне гимназия их вначале почти не имела учеников. Православные, естественно, смотрели на нее с подозрением, не пускали туда своих детей; у протестантов были свои гимназии и школы в Вильне и других местах; сами католики предпочитали прежние свои училища, особенно находившиеся при виленском кафедральном соборе святого Станислава. Бискуп Валериан написал окружное послание ко всей своей пастве, в котором восхвалял ученость отцов иезуитов и рекомендовал всем основанную ими гимназию. Мало-помалу, когда в Вильне стали привыкать к иезуитам, когда увидели блестящие успехи их учеников, особенно в латинском языке, и узнали, что детей бедных родителей иезуиты обучают у себя бесплатно, их гимназия начала наполняться, и в нее посылали своих детей даже православные. В том же 1570 г. иезуиты успели воспользоваться и другим своим обычным орудием в борьбе с иноверцами: разумеем диспуты. Повод к тому подали сами иноверцы, которых было тогда множество в Вильне. Между ними наиболее славились своею ученостию два кальвинских учителя: Андрей Трицезий и особенно Андрей Волан, с юных лет бывший секретарем при князе Николае Радзивилле Черном и издавший много ученых сочинений. Однажды оба эти лица с большою толпою лютеран и кальвинистов пришли в коллегиум к иезуитам и горделиво вызвали их на прения о вере, предлагая вопросы о таинстве Евхаристии. Иезуиты приняли вызов и прежде всего спросили своих противников: должно ли, по их мнению, верить тому, чему учили святые отцы Церкви? Получив утвердительный ответ, принесли множество книг, начали приводить свидетельства отцов, особенно Августина и Амвросия, касавшиеся избранной темы, завязался жаркий спор, переходили с предмета на предмет, и дело окончилось ничем. Недовольные тем, что это прение было как бы домашнее, происходило в стенах коллегиума, братья иезуиты сочли нужным вызвать своих противников на публичную борьбу, написали на бумаге несколько богословских тезисов для диспута, в том числе и о таинстве Евхаристии, и привесили тезисы на дверях Свято-Иоанновского костела, обращая свой вызов ко всем проходящим. В назначенное для диспута время на площади пред костелом собралось множество жителей Вильны и между ними кальвинистов и других сектантов. Пришли и отцы иезуиты, но из противников никто не выступал для состязания с ними. Тогда находчивые отцы решились произвесть диспут сами между собою, разделившись на разные партии: одни из них отстаивали учение Кальвина, другие – Лютера и Цвингли, третьи – Ария и Социна, а четвертые – учение Римской Церкви, В таком виде публичный диспут продолжался три дня сряду, в присутствии многочисленных слушателей всех исповеданий. Участвовавшие в споре, казалось, защищали каждый свои мнения с искренним убеждением и ревностию, но спор всегда оканчивался торжеством Римской Церкви и посрамлением иноверцев. Подобными диспутами, часто потом возобновлявшимися, иезуиты до крайности унижали в глазах толпы иноверные исповедания и их проповедников и привлекали к себе всеобщее уважение и сочувствие.
Кроме двух указанных средств, школы и диспутов, иезуиты всегда и везде умели искусно действовать для своих целей и другими средствами, собственно религиозными, каковы: богослужение, проповедь и исповедь. Этими средствами воспользовались они и в Вильне. С самого своего прибытия они начали домогаться, чтобы им был отдан архипресвитериальный костел святого Яна (Иоанна), находившийся возле их дома, в центре города. Бискуп Валериан вполне соглашался на их желание, но настоятель костела Петр Роизий, родом испанец, не расположенный к братству Иисуса, не хотел уступать своей церкви и оставался непреклонным, несмотря на все увещания и приказания бискупа. Обратились к королю, и король пожаловал грамоту, которою передавал костел иезуитам. Вскоре, впрочем, последовала и смерть Роизия (1571). Тогда иезуиты, овладев костелом, поспешили его обновить и украсить, устроили в нем новые престолы, выписали для него прекрасные иконы и распятия, завели богатейшую ризницу и всю церковную утварь, отличный орган и хор певчих и начали совершать богослужение с таким великолепием, какого прежде никто не видал в Вильне. Сам престарелый бискуп являлся к ним на служение в большие праздники со всем своим капитулом. Все это производило на народ неотразимое впечатление. Толпы богомольцев наполняли костел не только в праздники, но и в простые дни, так что отцы иезуиты, ежедневно совершая в нем для приходящих по нескольку служб, выбивались из сил. Вместе с тем каждый день, утром и вечером, по распоряжению Варшевицкого раздавались в костеле проповеди то на польском, то на латинском, то на немецком, то на италиянском языках. Сам Варшевицкий, обладавший ораторским талантом, говорил весьма часто, и влияние его проповедей было до того сильно, что иногда весь народ в церкви рыдал. В 1573 г. прибыл в Вильну еще весьма даровитый иезуит, бывший прежде каноником львовским, доктор философии Петр Скарга, превосходивший самого Варшевицкого необыкновенным красноречием. Проповеди нового духовного витии с первого же дня начали привлекать массы слушателей всех исповеданий и имели громадный успех. Под влиянием всех этих проповедей и пышных церемоний, совершавшихся в костеле, не только латиняне, но часто и иноверцы толпами окружали потом конфессионалы иезуитских духовников, и число жаждавших исповедаться было иногда так велико, что иезуиты приглашали себе на помощь других монахов и ксендзов. Все исповедавшиеся у иезуитов принимали от них и причащение, а затем вносились в списки правоверующих и считались уже добрыми католиками.
Скарга, быстро сделавшийся знаменитостию в Вильне, придумал еще средство для успехов своего общества: он учредил (1573) при Свято-Иоанновском костеле братство Тела Господня, или таинства Евхаристии, по идее прямо направленное против протестантов. В это братство, которое не замедлили утвердить и папа, и король, первые вписались бискуп Валериан и кардинал Гозий, а из светских – виленский войт, проконсул, бурмистр и затем многие другие духовные и миряне. В костеле устроена была особая часовня во имя Тела Господня. Скарга выписал для нее из Рима большое распятие прекрасной работы. Варшевицкий, ездивший (1574) по приказанию папы в Швецию для убеждения короля Иоанна принять латинство, привез оттуда для часовни мощи святого Феофила, которые и положены в ней, в серебряной раке. Члены братства делали ежегодные приношения в братскую кружку и принимали участие в церковных церемониях и крестных ходах, с своим особым хором певчих, в своих особых костюмах, с своими особыми знаменем, распятием, фонарями, бубенчиками, и тем увеличивали пышность совершавшихся обрядов и увлекали толпу. Но главная обязанность братчиков состояла в том, чтобы всеми мерами содействовать достижению целей иезуитской пропаганды. Нельзя не упомянуть здесь и об одном обстоятельстве, по-видимому случайном, которое, однако ж, весьма много послужило в пользу иезуитов. В 1571 г. в Вильне свирепствовало страшное поветрие, так что все, кто мог, бежали из города. Уехал и бискуп с своим капитулом, разъехались и все почти ксендзы. Но Варшевицкий с несколькими товарищами не покидал своего коллегиума. Они продолжали совершать церковные службы и проповедать, посещали и утешали больных, помогали бедным, ухаживали за умирающими, исповедовали их и приобщали. Более двадцати других братий обходили с тою же целию окрестные села и деревни и везде являлись с своею помощию, вещественною и духовною. Некоторые из них сами при этом заразились у одра больных и умиравших и поплатились жизнию. Такие подвиги самоотвержения и христианской любви не могли не подействовать глубоко на местное народонаселение и не возбудить в нем горячей признательности и расположенности к отцам иезуитам. Приобретши расположенность виленских граждан, иезуиты начали мало-помалу входить в их домы, проникать в их семейную жизнь, а такие иезуиты, как Варшевицкий и Скарга, по самому своему образованию и общественному положению, легко пролагали себе путь в домы богатых людей и магнатов. Везде, куда ни являлись отцы, они старались заводить речь о предметах веры и своею ученостию, красноречием, иногда ловкими и победоносными состязаниями с иноверцами действовали на совесть слушателей и увлекали их сердца. Жил в Вильне родной брат знаменитого кардинала Гозия по имени Ульрих, человек весьма богатый, но упорный кальвинист. Все усилия кардинала обратить его к римской вере оставались тщетными. Но Варшевицкий своими беседами успел поколебать этого кальвиниста, и он сделался католиком. Еще важнее было обращение Яна Иеронимовича Ходкевича, маршалка литовского, державцы жмудского. Он был внук основателя Супрасльского православного монастыря и сам много лет оставался в православии, а совратившись в кальвинство, считался одним из главных его опор и покровителей. Варшевицкий близко познакомился с этим Ходкевичем еще в Виттембергском университете, где они вместе воспитывались, и, поселившись в Вильне, начал часто посещать дом своего бывшего товарища. Все усилия хитрого иезуита были направлены к тому, чтобы привлечь на свою сторону такого знатного вельможу, но последний не поддавался и, желая осязательнее убедиться, какая вера истинная, пригласил к себе лучших протестантских богословов и предложил им вступить в прение с Варшевицким и другими иезуитами о таинстве Евхаристии. Этот домашний диспут возобновлялся несколько раз и иногда продолжался сряду до пяти часов. Наконец, Ходкевич признал протестантов побежденными, попросил себе латинского Катехизиса и чрез несколько дней принес в руки папского нунция кардинала Коммендония свое исповедание веры, совершенно латинское, торжественно принял (1572) католицизм и акт своего обращения велел напечатать и распространить по всему краю. Вскоре иезуиты торжествовали новую и приятнейшую для них победу. Главный враг католицизма в Литве и главный насадитель здесь кальвинизма князь Николай Радзивилл Черный (†1565) оставил четырех сыновей, из которых Николаю – Христофору было 16 лет, Юрию – 9, Альберту – 7 и Станиславу – 6. Все они были реформатского исповедания и воспитывались сначала в виленской школе, а потом в Лейпцигской академии. За старшим из них, Николаем, прозванным Сироткою, иезуиты начали следить еще со смерти его отца и незаметно окружали неопытного юношу повсюду во время его путешествий по Франции и Италии, стараясь колебать его веру. По возвращении на родину он подпал здесь под влияние знаменитого Скарги, который своими проповедями и увещаниями окончательно увлек его и заставил принять латинство (1574). Второй брат, Юрий, по возвращении из Лейпцигской академии нашел в отцовском доме большие перемены: здесь вместо кальвинской молельни существовала уже великолепная католическая часовня и главное общество составляли отцы иезуиты. Юноша не раз вступал с ними в споры, но чувствовал себя всегда побежденным и скоро последовал примеру брата.