Король указал митрополиту требовать судебным порядком от виленских граждан взятые ими документы на имения митрополии. Но видно, этим путем митрополит ничего не мог добиться и потому продолжал утруждать короля своими просьбами, объясняя, что сами городские власти Вильны, войт, бурмистры и все радцы, забрали те документы еще при покойном митрополите Сильвестре своевольно и без всякого права и с тех пор распоряжаются ими как хотят, требуют митрополитских людей, живущих в Вильне на церковной земле, в свою ратушу, судят их, берут с них оброки и, несмотря на многократные напоминания, не соглашаются возвратить митрополии ее документы. Король послал наконец к названным виленским властям свой лист и своего дворянина Богуша Овсяного, который и отобрал у них документы, принадлежащие митрополии, и передал митрополиту, но многих документов не оказалось, о чем тогда же заявлено было королю и по его приказанию записано в королевские книги (10 февраля 1569 г.). А чрез несколько месяцев по новой жалобе митрополита король подтвердил (1 августа) виленскому войту и всей раде, чтобы они отнюдь не касались людей митрополичьих, живущих на церковной земле в Вильне, не подчиняли их своей власти и суду, а оставили их, как было всегда, под властию митрополичьего наместника.
Король указал митрополиту представить ведомость, где и что взято у новогрудских церквей и духовенства при уволочном размежевании земель, и обещался поступить по своему усмотрению. Когда требуемая ведомость была представлена митрополитом, король в точности исполнил его просьбу по этому предмету, изложенную нами прежде, именно: приказал (грамотою от 15 февраля 1569 г.) новогрудскому воеводе Павлу Ивановичу Сапеге взамен земель, отобранных при межевании у новогрудских церквей на королевский замок в Новогрудке, выделить из королевских земель замка 20 уволок пашни да к каждой уволоке по два морга сеножати и по два морга леса, всего 80 моргов, а в городе отвести домы и огороды для духовенства тех церквей. Митрополиту же предоставил, чтобы он сам распределил все эти земли, домы и огороды между новогрудскими церквами и духовенством.
Заботился митрополит Иона о виленских церквах, и в частности о своем кафедральном Пречистенском соборе, а также о своем Троицком монастыре и других своих владениях. Некоторые из виленских бурмистров, радцев, лавников и мещан русской веры еще при митрополите Сильвестре, неизвестно по какому праву, забрали в свои руки имущества виленских церквей, Пречистенской, Спасской и других, как-то: золото, серебро, драгоценные камни, перлы, а особенно церковные деньги; также места и домы в Вильне и капиталы, пожертвованные разными лицами на поддержание виленских церквей и при них госпиталей; наконец, даже те деньги, которые бросались в кружки и столпы при церквах, госпиталях и других местах города для пособия бедным. Забрали будто бы с тою целию, чтобы все хранить в целости, а иное употреблять на церкви и госпитали и на дела благотворительности; между тем употребляли только на самих себя, на свои пожитки и обороты. Иные из этих лиц уже умерли, не передав никому забранных церковных вещей и не оставив никакого отчета. Митрополит Иона донес о всем этом королю, и когда король поручил ему же самому расследовать дело во всех подробностях, то митрополит объяснил, почему не может принять на одного себя такого поручения. Тогда король назначил двух комиссаров – брестского воеводу Юрия Тышкевича и смоленского каштеляна Григория Тризну, чтобы они, съехавшись в назначенное время в Вильну к митрополиту, потребовали к себе всех виновных, произвели самое тщательное дознание о забранных ими церковных и госпитальных имуществах, определили, сколько убытку причинили они церквам и госпиталям, отобрали у них все, что еще сохранилось из забранного, и передали по принадлежности. В числе разных даней, какие шли на виленский Пречистенский собор по завещаниям благотворителей, находилась денежная и медовая даь с села или деревни Турец, пожалованная еще в 1486 г. княгинями Зубревицкою и Трабскою. Эта дань за 1567 г. не была внесена жителями. Митрополит Иона отнесся об этом к владельцу села, великому гетману литовскому Григорию Александровичу Ходкевичу, и Ходкевич приказал (19 сентября 1568 г.) своим подданным, чтобы они по стародавнему обычаю сполна заплатили дань посланцу митрополита и за прошлый год, и за истекавший. У виленского Свято-Троицкого монастыря было только два имения, пожертвованные ему (1536–1539) князем Матвеем Головчинским. Лучшее из них – Свинтыники постоянно усиливались отнять у монастыря потомки жертвователя, Ярослав и Щастный Головчинские, и держали в своем владении. Митрополит Иона, управлявший теперь Свято-Троицким монастырем, обратился с просьбою к литовскому маршалку Яну Ходкевичу, которому оба названные лица приходились шурьями, чтобы он подействовал на них в пользу обители. И Ходкевич, хотя был уже не православным, а латинянином, написал (4 декабря 1572 г.) письмо к своим родственникам и убеждал их возвратить монастырю отнятое ими имение, говоря, что и сам он недавно был лютеранином и поступал так же, как они, но никогда не видел, чтобы кому-либо принесло пользу отнятое у Церкви. На одно из киевских имений митрополита, на село Толокну, сделал нападение какой-то пан властный Горностай, завладел этим селом и не хотел его возвратить митрополиту, несмотря на грамоты короля; митрополит Иона чрез своего киево-софийского наместника Богуша Гулькевича-Глебовского принес жалобу киевскому воеводе князю К. К. Острожскому. И Острожский два раза писал (8 января 1576 г. и 30 января 1577 г.) князьям, земским врядникам и всей шляхте земли Киевской, жившим около Овруча, чтобы они съехались вместе, отобрали село Толокну у пана Горностая и передали киевскому наместнику митрополита, а два имения Горностая за его вину «привернули» к киевскому королевскому замку.
В 1576 г. митрополит Иона, глубокий старец, почувствовал, что уже не в силах как должно нести всех лежащих на нем высоких обязанностей. И потому решился уступить свое архиепископское достоинство дворянину Илье Иоакимовичу Куче, которого признавал для того годным, удерживая, однако ж, за собою старейшинство в делах духовных до своей кончины, и в этом смысле выдал Илье Куче грамоту за своею печатью и подписью. Куча данную митрополитом грамоту представил королю Стефану Баторию и просил, чтобы он изъявил свое согласие и пожаловал ему митрополию Киевскую и Галицкую, о чем тогда же ходатайствовали и некоторые паны рады. Король, имея в виду, что Иона сам добровольно уступил свое достоинство, и снисходя на ходатайство своих панов рад, дал Илье Куче королевскую грамоту (23 сентября 1576 г.) на митрополию Киевскую и Галицкую, с тем чтобы он, пока жив Иона, правил ею, как они условились между собою, а по смерти Ионы принял ее в свое полное управление, по примеру всех прежних митрополитов. Илия немедленно был произведен в сан епископа митрополитом Ионою и начал свое служение, но едва прошло полгода, как Иона скончался. Тогда король отправил грамоту (апрель 1577 г.) к Цареградскому патриарху Иеремии II, в которой, извещая о кончине митрополита Киевского и Галицкого и о том, что на это достоинство уже назначен им, королем, «смиренный владыка Илия Куча», просил первосвятителя благословить Илию на митрополию Киевскую, и Галицкую, и всея Руси и прибавил: «За что обычную благодарность от нас, как и от предков наших, вы получите», – знак, что за благословление и утверждение Западнорусских митрополитов патриархам всегда посылались деньги или подарки. Время архипастырской деятельности нового митрополита было весьма непродолжительно. Единственным памятником ее остается грамота, которую дал Илия (6 июля 1577 г.) своему киево-софийскому наместнику Богушу Гулькевичу-Глебовскому, уполномочивая его выкупить два принадлежавшие митрополии селища, Филимоновщину и Багринов, на собственные деньги и за то пользоваться доходами с этих имений; в заслугу Гулькевичу митрополит поставил то, что он немало пособил своими деньгами при исправлении великой Софийской церкви в Киеве, и покрыл ее, и обил, вероятно, свинцовыми досками. В следующем году тот же самый софийский наместник Богуш Гулькевич-Глебовский принес от имени митрополита Илии жалобу киевскому воеводе князю К. К. Острожскому на земянина и возного земли Киевской Ермолая Опалиха за то, что люди его по его приказанию напали на проезжавшего атамана или старосту одного имения митрополичьего, Деомида Степановича, избили его почти до смерти, ограбили все, что при нем было, и тем причинили немалый ущерб митрополиту. И князь Острожский послал позывной лист (от 25 октября 1578 г.) к возному Ермолаю Опалиху, чтобы он явился в гродский киевский суд вместе с своими людьми, произведшими разбой и грабеж, и дал ответ в присутствии митрополичьего наместника Богуша Гулькевича-Глебовского. В последний раз упоминается об Илии как митрополите Киевском, и Галицком, и всея Руси в феврале 1579 г.