Митрополиту Онисифору еще в 1579 г. король пожаловал виленский Троицкий монастырь в пожизненное владение. Митрополит для непосредственного заведования монастырем назначил от себя игумена Сильвестра, которому при королевском дворянине и передали все монастырское имущество виленские бурмистры, радцы, лавники и мещане православной веры. Эти лица издавна пользовались правом, по укоренившемуся обычаю, ежегодно поверять и переписывать имущества всех виленских церквей и Троицкого монастыря. Но игумен Сильвестр не стал допускать их к такой поверке в своем монастыре. Бурмистры и радцы не раз жаловались митрополиту; митрополит не хотел уважить их жалобы и просьбы. Тогда они, замечая в монастыре «шкоды немалые» и опасаясь, чтобы не произошло еще больших шкод, обратились с своими жалобами к самому королю, и король приказал (7 июля 1582 г.) митрополиту допускать виленских бурмистров и радцев к ежегодной поверке имущества в Троицком монастыре. Через два года те же православные бурмистры и радцы доносили королю, что Троицкий монастырь, «для нечастаго быванья до Вильны и отлеглости митрополитовы», пришел в великое обнищание, здания в нем исказились и по другим делам нет никакого порядка, и потому просили, чтобы король, хотя по смерти митрополита, отдал им тот монастырь в заведование. И король своею грамотою (27 мая 1584 г.) предоставил виленским бурмистрам и радцам Троицкий монастырь, с тем чтобы они приняли его в свою власть и подаванье уже по смерти митрополита Онисифора и, собирая всякие доходы и пожитки с того монастыря, с его дворцов, людей и земельных владений, употребляли эти доходы, как сами выразили желание в своей просьбе, на церковные потребности монастыря, на поправку монастырских зданий, на содержание архимандрита, попов, чернецов и убогих черниц (о существовании женского монастыря в Вильне при мужеском Троицком не упоминалось уже более полстолетия), а также на построение школ и на содержание людей, в грамоте умелых, для обучения детей греческого закона (вот когда еще православные жители Вильны помышляли о заведении у себя школ, между тем как митрополиту и на мысль не приходило употребить на это доходы с своего Троицкого монастыря!). В следующем году митрополит принес жалобу королю, что некоторые власти, особенно урядники и наместники в городах и селах господарских, вступались в духовные справы, принадлежащие ему, митрополиту, и его духовенству, и разводили жен от мужей, получая себе от того прибыток, к ущербу епархиального архиерея. И король издал окружную грамоту (25 февраля 1585 г.), чтобы никто из обитателей великого княжества Литовского, ни светские, ни духовные лица как римского, так и греческого закона, по силе дарованных митрополиту привилегий, не вмешивались в принадлежащие ему и его духовенству церковные доходы и во все духовные справы и суды и не расторгали браков, к нарушению его прав.
В то же самое время митрополит, а с ним и прочие русские владыки представили королю грамоту, данную им еще в 1511 г. королем Сигизмундом I на все вообще церковные права их по грамотам великого князя Витовта и королей Казимира и Александра, и просили Стефана Батория, чтобы он подтвердил представленную ему грамоту. И Баторий приказал вписать эту грамоту в книги своей королевской канцелярии, подтвердил на вечные времена своею грамотою от 25 февраля 1585 г. и в заключение последней сказал, что Русский митрополит и подчиненные ему епископы имеют беспрепятственно отправлять все свои духовные дела и суды а все князья, и паны, и люди всякого звания римской веры и греческой никогда не должны вступаться в их церковные дела, суды и доходы. В 1589 г. митрополит, а с ним и все епископы, архимандриты, игумены и все православное духовенство писали к королю Сигизмунду III, находившемуся на варшавском сейме, что пожалованные им в разные времена польскими королями и великими князьями литовскими, также шляхтою и другими благочестивыми людьми церковные имения более и более приходят в опустошение, обнищание и уменьшение, потому что когда умирает митрополит или кто-либо из владык, архимандритов и других духовных владельцев, тотчас его бывшие имения берут в свою власть местные воевода, или староста, или державца, и сами пользуются ими до тех пор, пока на место умершего не будет назначен королем другой законный владелец. В этот промежуток времени светские чины не только опустошают церковные имения и своими вымогательствами разгоняют церковных крестьян, но и утрачивают или истребляют королевские грамоты и другие документы, данные владыкам, монастырям и церквам на их имения. Почему и просили короля, чтобы впредь по смерти митрополита, владык и других духовных особ принадлежавшие им церковные имения поступали в ведение не светских властей, а епархиального крылоса и чтобы крылошане каждой соборной церкви, т. е. протопоп и старшие с ним пресвитеры, принимали в свои руки эти имения по описи, собирали с них доходы и потом все в целости передавали тем законным владельцам, которые будут назначены вновь. Просьбу православного митрополита и духовенства на сейме поддержали все паны рады и все прочие члены сейма. И Сигизмунд III пожаловал митрополиту Онисифору и подведомым ему владыкам грамоту (22 марта 1589 г.) в том самом смысле, как они просили, выражаясь в ней, что считает своим долгом сохранять неприкосновенными все права и русского духовенства, как духовенства римского, католического, а ко всем светским сановникам в государстве издал окружную грамоту, чтобы они по смерти тех или других духовных сановников не присваивали себе управы в принадлежавших им церковных местностях.
В Полоцкой епархии продолжал владычествовать архиепископ Феофан – Богдан Рыпинский. Он уже имел в своем владении, как мы видели, три монастыря: один в Могилеве – Спасский и два в Мстиславле – Нагорный и Пустынский. В 1581 г., когда скончался мстиславский хорунжий Богдан Селицкий, державший по грамоте еще Сигизмунда Августа монастырь Онуфриевский, самый богатый из мстиславских монастырей, владыка Феофан выпросил себе у короля Стефана Батория в пожизненное управление и этот монастырь, четвертый, со всеми людьми и землями, со всеми данями, доходами и пожитками. Как управлял Феофан своими монастырями, можно заключать из жалобы могилевских бурмистров, радцев и всех жителей королю, в которой они говорили, что Спасская церковь в монастыре, сооруженная их собственным накладом и всегда находившаяся в их власти и подаванье, теперь, когда по воле короля стал держать монастырь владыка Феофан, «вельми опала», потому что сам он в Могилеве никогда не бывает, а отдал монастырь арендатору, который заботится только о своих прибытках, но церкви не поправляет и о богослужении в ней не старается, так что чернецам и черницам в монастыре нечем содержаться. Вследствие чего Стефан Баторий и приказал (5 марта 1585 г.) архиепископу уступить ту церковь с монастырем жителям города, чтобы они ее оправили и имели в своей власти и подаванье и чтобы монастырские доходы употребляли на нужды церкви и на содержание монастырских попов, чернецов и черниц, как подтвердил (14 июня 1588 г.) и король Сигизмунд III. По кончине Феофана король Сигизмунд III назначил (22 сентября 1588 г.) на Полоцкую епархию архимандрита пинского Лещинского монастыря Афанасия Терлецкого, «человека учтиваго, побожнаго и в Письме Святом закону греческаго добре ученаго», как рекомендовали его некоторые паны рады, и пожаловал ему в держанье те же три монастыря, которые держал вначале Феофан: могилевский Спасский (значит, опять отнятый у горожан) и мстиславские – Нагорный Николаевский и Пустынский. Но об этом Полоцком владыке, который приходился родным дядею известному епископу Пинскому, потом Луцкому Кириллу Терлецкому, наша речь впереди.
Владимирской епархии пришлось еще увидеть и испытать немало прискорбного во дни своего пресловутого епископа Феодосия Лозовского. Ссылаясь на свою глубокую старость и неспособность править делами епархии и охранять свои церковные имения от сторонних нападений, Феодосий просил у короля дозволения «спустить», т. е. уступить свою епархию киево-печерскому архимандриту Мелетию Хрептовичу Богуринскому. Король изъявил на то свое согласие и по ходатайству панов рад дал Мелетию грамоту (23 декабря 1579 г.), чтобы он принял от Феодосия Владимирскую епархию со всеми церковными скарбами, привилегиями, фундушами, со всеми имениями, пожитками, доходами, со всеми слугами и боярами церковными и чтобы вместе с владычеством Владимирским продолжал держать и киево-печерское архимандритство со всеми его правами до конца своей жизни. Вслед за тем Феодосий дал Мелетию запись (15 генваря 1580 г.), что спустил ему, по своей доброй воле, с дозволения короля, Владимирскую епархию со всеми ее имениями, а королевский дворянин Черниковский действительно ввел Мелетия как нареченного епископа Владимирского в управление епархиею (20 апреля) и передал ему все имения, которые прежде держал бывший епископ Феодосий. И что же? Спустя четыре дня Мелетий заявил во владимирской ратуше и просил записать его заявление в городские книги, что он, по весьма важным причинам, арендовал свою Владимирскую епископию со всеми ее имениями бывшему ее епископу Феодосию до его живота, что сам будет постоянно пребывать в Киеве, на настоятельском месте в Печерском монастыре и что управлять всеми делами Владимирской епархии доверил и поручил брату своему Семену Хрептовичу Богуринскому и зятю епископа Феодосия Михаилу Дубницкому, владимирскому войту. А на следующий день (25 апреля) представил в ту же ратушу для внесения в городские книги свою расписку, в которой говорил, что арендовал все свои епископские имения бывшему Владимирскому епископу Феодосию за тысячу польских злотых ежегодно и что Феодосий уже заплатил ему, Мелетию, по его просьбе, разом сполна всю арендную сумму за все годы до своего живота, как будто время кончины Феодосия наперед было известно. Сделка очевидная и самая недостойная! Феодосию хотелось сложить с себя бремя епархиального управления, но не хотелось расстаться с архиерейскими имениями, и он достиг своей цели. Мелетий желал приобресть себе право на богатую Владимирскую епархию без всякой за нее платы и издержек, и он приобрел: вместо платы Феодосию собственных денег он только оставил за ним его прежние доходы с архиерейских имений до его кончины. А кроме того, доходы с епархии по делам управления и суда предоставил своему брату и зятю Феодосия. Правда, нашелся у Мелетия совместник, пан Станислав Жолковский, судя по имени латинянин, суррогатор белзский, которому еще прежде король пожаловал грамоту на владычество Владимирское, но Мелетий «досыть учинил», т. е. удовлетворил Жолковскому, и он навсегда отказался от своего права на эту епархию за себя и за своих детей. Мелетий, вероятно, рассчитывал, что глубокий старец Феодосий скончается скоро, а между тем он жил еще почти десять лет. И во все это время несчастная епархия находилась под игом войта Михаила Дубницкого, который забирал себе церковную казну, разорял епископские имения, истреблял жалованные на них грамоты, выскабливал даже в напрестольном Евангелии фундушевые записи. Соборный крылос, или капитула, как начал он тогда называться во Владимире по примеру латинской капитулы, решился было заявить на Дубницкого жалобу в городском уряде, или ратуше, но Феодосий строго возбранил это священникам-крылошанам и некоторых из них избил своим посохом. Заслуживает внимания и то, что бывший владыка Феодосии, хотя арендовал только епископские имения, вмешивался, однако ж, и в дела епархиальные, обещавшие ему выгоду. В 1583 г. он разбирал судное дело брацлавского каштеляна Василия Загоровского, вступившего во второй брак с княгинею Чарторыйскою при жизни первой жены, не получившей развода, и признал Чарторыйскую законною женою Загоровского вопреки всякому праву, конечно, из корыстных побуждений. В продолжение своего многолетнего управления епархиею Феодосий, заботясь только о своих личных выгодах, не обращал внимания ни на свой кафедральный собор, ни на свой епископский замок: тот и другой пришли в крайнюю ветхость и требовали существенных исправлений; в соборе недоставало сосудов и украшений, не было достаточно духовенства и певчих. Князь Константин Константинович «напомнил» владыке Феодосию, что надобно все это исправить и восполнить. И вот Феодосий вместе с крылошанами соборной церкви составил письменный акт (25 июля 1588 г.), в котором назначал: семь своих епископских сел с их доходами на исправление соборной церкви и епископского замка и на другие их потребности; два села – на то, чтобы иметь еще при соборе двух дьяконов, двух или трех дьяков и нескольких певчих, больших и малых; два села – чтобы содержать при соборе двух «казнодеев», или проповедников, для поучения народа в церкви; всех епископских людей, живших в городе Владимире, – на заведение школы при епископском замке и на содержание двух бакалавров, которые бы обучали детей по-гречески и по-славянски, и одно село – на устройство и содержание при соборной церкви гошпиталя. Для того чтобы собирать доходы с этих сел и употреблять по назначению, составлена была комиссия из двух духовных лиц – протоиерея и священника и двух владимирских мещан, а для наблюдения за ними определены были владимирский подстароста Андрей Романовский и войт Михаил Дубницкий. Комиссия должна была собирать и употреблять доходы с означенных сел только в продолжение трех лет, а потом передать все те имения опять Владимирскому епископу в его полное владение. Дело, без сомнения, весьма доброе, но сомнительно, чтобы Феодосий мог действительно принесть от себя такую большую жертву, а не ограничился только составлением письменного акта. Еще сомнительнее, чтобы дело это доведено было до конца, если бы оно и началось, потому что Феодосий скоро скончался (прежде 30 апреля 1589 г.), и ниоткуда не видно, чтобы преемник его Мелетий Хрептович, все еще называвшийся лишь нареченным епископом, согласился исполнить волю своего предместника.