Из Бреста переехал патриарх в Замостье к вельможному пану Замойскому, канцлеру Польши, у которого гостил и прежде, когда ехал в Москву. Сюда прибыли три епископа: Владимирский, Луцкий и Львовский. Патриарх подверг их своему духовному суду и, как сам выражается, «во всем по чину искусивши их, отпустил с миром, прощенных и благословенных». Но Гедеон Львовский остался при патриархе и начал рассказывать ему разные недостойные вещи про Луцкого владыку Кирилла Терлецкого и подкладать для подписи патриарха листы против Кирилла, тогда как прежде, пока Кирилл находился здесь лично, ничего не говорил на него, а обращался с ним любезно и во всем по-братски с ним соглашался. Это возбудило в патриархе подозрение, он увидел в Гедеоне клеветника, действующего по зависти и злобе, и 14 августа издал грамоту на имя Кирилла, который, вероятно проведав о кознях Гедеона, поспешил возвратиться в Замостье, чтобы их расстроить. В грамоте патриарх, сказав об этих кознях, объявлял, что если он по неведению подписал какие-либо листы против епископа Луцкого, обманутый Гедеоном – так как не знал языка русского и славянского, – то листы эти считать недействительными и подложными; если бы даже и на будущее время кто-либо стал показывать листы его против того же епископа, то и все те листы считать неподлинными и недействительными. Ибо он, патриарх, «отпустил от себя отца Кирилла на Луцкую епархию прощенным и благословенным до живота его» и еще, находя его мужем искусным и во всех действиях, по правилам святых отцов, скорым и сведущим, сделал его «старейшиною» над всеми епископами, или экзархом, и дал ему, как своему наместнику, власть исправлять всех епископов, надзирать за ними, а негодных низвергать. Нельзя не подивиться действиям патриарха: он на слово верит епископу Гедеону и подписывает несколько грамот против Кирилла Терлецкого, верит потом на слово Кириллу и издает грамоту в пользу его и против Гедеона – чем объяснить такие действия? В то же время Гедеон пытался повредить пред патриархом и львовскому церковному братству, против которого имел давнюю вражду. Патриарх знал об этой вражде еще в Царьграде и даже, как мы упоминали, угрожал Гедеону отлучением, если он не перестанет вредить братству. Но вражда не прекращалась. Добиваясь отнять у братства оба его монастыря, Онуфриевский и Уневский, Гедеон пригласил к себе игумена Симеона и уговорил его и находившегося при нем монаха внести в львовские городские книги запись, будто они от имени всей братии передают права на Онуфриевский монастырь епископу Гедеону. Но иноки и львовское братство, как только узнали об этом, протестовали; братство не пустило Гедеона в монастырь, а родственников его, покушавшихся занять монастырь силою, отразило оружием. Гедеон обратился с жалобою к патриарху во время пребывания его в Замостье и успел выпросить у него грамоту, которою старшие братчики, Иван Красовский, Юрий и Иван Косьмичи-Рогатины, отлучались от Церкви за то, что защищали Онуфриевский монастырь оружием, а еще прежде сбросили с церковной кафедры священника, присланного местным епископом. Недолго, однако ж, пришлось торжествовать Гедеону: братчики явились к патриарху, объяснили ему, как все происходило, и он в 26 день августа отменил свое прежнее распоряжение и обещался рассмотреть подробно спорное дело об Онуфриевском монастыре.
Между тем прошло еще более двух месяцев: патриарх собирался уже оставить Литовскую митрополию, и к нему съехались митрополит и пять епископов (вероятно, кроме Полоцкого и Перемышльского, как было и в Бресте), чтобы проститься с ним и принять его благословение. С ними-то, находясь уже в Тарнополе, патриарх и рассмотрел дело об Онуфриевском монастыре и вообще о пререканиях между Гедеоном и братством, выслушав при этом в защиту братства речь на греческом языке, которую говорил учитель братской школы Кирилл. Собор решил, что братство не должно подлежать власти Львовского епископа, имеет право управлять Онуфриевским монастырем, который издавна признается ставропигиальным и, следовательно, независимым от местного епископа, избирать для своей церкви священников, равно как и удалять их, исключать из среды своей неспокойных членов, содержать школу и типографию и обязано вспомоществовать бедным ученикам своей школы. Решение это подписано было патриархом, митрополитом и пятью епископами 13 ноября 1589 г. в городе Каменец-Подольске. Тогда же патриарх пожаловал львовскому братству новую свою грамоту, в которой подтвердил все предоставленные ему права и устав и вновь оградил их анафемою против всяких покушений со стороны местного епископа и других лиц и, кроме того, определил, чтобы во Львове, кроме братского училища, не открывалось никакой другой общественной школы для православных детей и чтобы родители, если пожелают иметь для своих детей особого дидаскала, не допускали обучаться с ними сторонних детей, а приходские священники имели каждый при своей церкви только по одному или по два ученика «для послуги». В том же ноябре месяце, хотя неизвестно, какого числа и в каком месте, Иеремия издал окружную грамоту ко всему духовенству и мирянам Западнорусской Церкви. В грамоте первосвятитель говорил, что в числе других уклонений, какие заметил он в Литовской своей епархии, находятся и три следующие: первое – приношение пасхи в церковь на праздник Воскресения Христова, второе – приношение в церковь на второй день праздника Рождества Христова хлебного печения как бы в честь болезней рождения Пресвятой Богородицы, что нечестиво и запрещено 79-м правилом Шестого Вселенского Собора; третье – празднование некоторыми пятницы и непразднование воскресного дня. Патриарх учил признавать пасхи, приносимые в церковь, за простой хлеб, а не за святой, как думали некоторые, и строго запрещал под угрозою проклятия делать хлебное приношение будто бы в честь Богоматери на второй день праздника Рождества Христова и праздновать пятницу вместо воскресного дня. Этим, сколько доселе достоверно известно, окончились действия и распоряжения патриарха Иеремии в Западнорусской Церкви. ГаДательно можно прибавить еще то, что патриарх, когда находился в Замостье или уже по выезде оттуда, пожаловал Владимирскому епископу Мелетию Хрептовичу звание протофрония (первопрестольника) между литовскими епископами, т. е. дал ему право считаться между ними первым по кафедре после митрополита, – то вожделенное право, из-за которого прежде не раз поднимали спор Владимирские владыки с Полоцким и всегда должны были уступать последнему. Теперь Мелетий, может быть пользуясь отсутствием Полоцкого владыки Афанасия, которого почему-то ни разу не видим при патриархе, выпросил себе это право, и хотя в Бресте под грамотою 6 августа еще не подписался протофронием, но по отъезде патриарха уже подписывался этим именем, как потом подписывался и его преемник.
Весь следующий (1590) год по отъезде Цареградского первосвятителя, митрополит Киевский и подчиненные ему епископы действовали, по-видимому, только по его предначинаниям и указаниям для благоустроения своих церковных дел. В Львове кроме древнего братства при храме Успения Пресвятой Богородицы, которое патриарх Иеремия признал своим ставропигиальным, как и виленское Троицкое, образовались новые небольшие братства при церквах Никольской, Федоровской, Богоявленской. Некоторые из членов этих братств, соединившись с епископом Гедеоном, старались всячески вредить ставропигиальному, распространяли о нем разные клеветы, противодействовали успехам проповеди, раздававшейся в его церкви, запрещали ходить в его школу для «грамматического, диалектического и риторического учения» и производили многие другие бесчинства и смущения в православном народе. Желая оградить ставропигиальное братство и его школу от таких злых людей, митрополит послал на них свою неблагословенную грамоту (от 13 июля), которою отлучал их от общества верующих и предавал клятве, запрещал им ходить в храм Божий, а равно отлучал и тех, кто захотел бы иметь с ними какое-либо общение, даже в пищи и питии, пока они не покаются и не исправятся. В грамоте митрополит указывал именно на то, что своим противодействием братской школе эти люди противились «узаконению и заповеди святейшего Вселенского патриарха кир Иеремии, верховного нашего господаря и пастыря».