К 20 июня съехались в Брест митрополит и все епископы, кроме Полоцкого и Перемышльского, которые не явились, вероятно, потому же, почему не явились и к патриарху. Здесь отцы Собора прежде всего обратили внимание на плачевное состояние своей Церкви и говорили друг другу: «На св. Восточную Церковь происходят частые гонения и великое преследование, а на нас чрезвычайные и неслыханные отягощения от разных чинов; в духовенстве великие нестроения и между некоторыми нашими христианами разврат, несогласия, непослушания, бесчинства, отчего во многих местах оказывается уменьшение хвалы Божией». Выразив затем свое сожаление о таком состоянии Церкви и желание привести все в стародавний добрый порядок, а также позаботиться «о школах, о науках, о гошпиталях и иных добрых справах», отцы постановили: а) впредь каждый год иметь Собор в Бресте 24 июня; б) если кто из епископов не приедет на Собор, должен беспрекословно внести в кружку пятьдесят коп грошей литовских на церковные потребы; в) если станет оправдываться болезнию, должен на следующем Соборе подтвердить присягою действительность своей болезни, прежде нежели займет свое место на Соборе; г) если и потом не приедет на Собор и не захочет присягнуть, в таком случае без милосердия должен быть лишен своей кафедры, разве только представит важную причину, почему не был на Соборе; д) каждый владыка должен иметь с собою на Соборе всех своих архимандритов, игуменов, протопопов и священников, в письме Божием наученных, а если кто из них не явится на Собор, тот немедленно будет лишен своего сана. Кроме того, отцы Собора а) утвердили какое-то постановление, которое некоторые из них незадолго пред тем подписали в Белзе и которое, к сожалению, не дошло до нас и осталось неизвестным; б) обязались не дозволять в своих епархиях простым людям держать монастыри и жить в них; не вмешиваться в дела чужих епархий совершением в них и для них каких-либо церковных треб и не поставлять у себя священников распутных под опасением, в противном случае, пени в сто коп грошей литовских на церковные нужды; в) наконец, определили, чтобы на следующий Собор, имеющий быть в 1591 г., каждый владыка привез с собою все привилегии и фундушевые листы на церковные имения и вольности и чтобы тогда обсудить, где бы хранить эти привилегии и листы. Того же 20 июня отцы Собора подписали еще одно постановление, не представляющее, впрочем, почти ничего нового. Оно касалось трех уже известных нам уклонений, против которых патриарх Иеремия издал свою грамоту, именно: приношения пасхи в день Воскресения Христова, приношения хлебов на второй день по Рождестве Христовом и празднования пятницы вместо воскресенья. Отцы Собора, ссылаясь на декрет патриарха, с своей стороны строжайше запретили означенные отступления, а тех, которые продолжали бы упорно держаться их, предали анафеме.
Продолжая свои заседания. Собор постановил еще два судебных решения. Первое – 22 июня по жалобе львовского ставропигиального братства на епископа Гедеона за то, что он вновь сделал нападение чрез своих братьев, Адама и Ивана Балабанов, на Онуфриевский монастырь, предавал братство в церквах анафеме и пр. Собор, выслушав обе стороны, подтвердил определение прежнего Собора, бывшего при патриархе Иеремии в Тарнополе, что Онуфриевский монастырь должен принадлежать братству, а само братство должно быть свободно от власти Львовского епископа. Кроме того, Собор определил, чтобы львовское братство могло распространяться по всей Литовской митрополии, т. е. чтобы по образцу его везде устроялись одинакие братства. Другое соборное решение состоялось 28 июня по жалобе епископа Меглинского Феофана на того же епископа Гедеона и его племянника Григория Балабана, которому он с дозволения короля (от 23 июля 1589 г.) передал в управление Жидичинский монастырь. Феофан говорил, что когда он ехал из Волыни с листами патриарха Иеремии в Киев к печерскому архимандриту Мелетию Хрептовичу, епископу Владимирскому, и на пути остановился переночевать в городе Чернехове, то Григорий Балабан по приказанию дяди своего, епископа Гедеона, внезапно напал на него, Феофана, избил его и ограбил на тысячу золотых червонных, а потом повлек еще, избитого и израненного, к местному судье, чтобы посадить в темницу за то, будто бы он, Феофан, спалил гумно в Жидичинском монастыре. Гедеон отвечал: «Все то племянник мой делал без моего ведома и приказания». Но когда Собор потребовал, чтобы Гедеон подтвердил свои слова присягою, он не захотел присягнуть, а заключил с Феофаном при посредстве самих же епископов и других знатных лиц мировую, заплатив ему полтораста золотых червонных. Собор согласился на это и по просьбе Феофана выдал ему о том свою грамоту за подписом всех членов.
Между тем как Гедеон продолжал упорную борьбу с львовским братством, усиливаясь подчинить его своей епархиальной власти и увеличить свои владения отнятием у него Онуфриевского монастыря, и другие владыки не переставали хлопотать о своих правах, имущественных и иерархических. Луцкий владыка Кирилл Терлецкий еще в прошлом году, как только издана была королевская грамота (22 марта) о неприкосновенности церковных имений православного духовенства и о невмешательстве в управление ими светских сановников, поспешил чрез своего уполномоченного записать ее (23 апреля) в луцкие гродские замковые книги. Не довольствуясь этим, он настоял теперь (19 генваря 1590 г.) чрез своего уполномоченного, чтобы та же грамота внесена была и в земские луцкие книги. Тот же епископ обратился к князю К. К. Острожскому, имевшему многие владения в Луцкой епархии, и жаловался ему на его наместников и старост, что они, иные будучи сами римской веры, притесняют православных священников, грабят, бьют, сажают в темницы, к унижению православной Церкви, требуют к себе на суд, отрывают от богослужения, а низверженных пресвитеров принимают и дают им церкви. И князь Константин дал приказ (16 июня) всем своим наместникам и старостам навсегда, чтобы они не касались священников, не судили их и не рядили и вообще не вмешивались в дела, подлежащие Луцкому и Острожскому владыке. Вскоре за тем Кирилл вместе с своим капитулом, или крылошанами, принес жалобу (4 октября) на королевского секретаря Мартына Броневского, что он с своими слугами и другими вооруженными людьми сделал наезд на имение Луцкой кафедры Фалимичи, разграбил его, прогнал из него урядников владыки и начал сам владеть Фалимичами как своею собственностию. Дядя Кирилла, архиепископ Полоцкий Афанасий Терлецкий, два раза начинал тяжбу с могилевскими гражданами из-за Спасского могилевского монастыря, на который имел королевскую грамоту. Но в первый раз, как только граждане заявили ему свою грамоту, данную им королем еще прежде на тот же монастырь, Афанасий беспрекословно уступил им монастырь во владение и даже выдал им запись (25 марта 1590 г.), что если он впредь начнет претензии на монастырь, то обязан будет заплатить пятьсот коп грошей королю и столько же могилевским гражданам. А спустя полтора месяца (10 мая) вновь позвал чрез своего уполномоченного бурмистров и радцев города Могилева на королевский суд из-за того же монастыря. Но и королевский суд, приняв во внимание, что жителям Могилева дана была грамота на Спасский монастырь прежде, нежели владыке, присудил управление монастырем могилевской раде.
В одной из грамот, какие издали литовские иерархи на Брестском Соборе 1590 г., они засвидетельствовали, что на этом Соборе присутствовали также «многие знатные светские чины» и во главе их «пан Адам Потей, каштелян брестский» – тот самый Потей, который еще в 1588 г., как мы видели, обнаружил необыкновенную ревность об унии. Трудно допустить, чтобы он, находясь теперь в таких близких сношениях с своими владыками, не входил, по крайней мере с некоторыми из них, в собеседования и переговоры об излюбленном предмете. Но если и происходили тогда у некоторых владык с Потеем подобные совещания, то происходили тайно и остались для нас тайною. Единственный голос об унии, какой раздался во всеуслышание в Литве в продолжение 1590 г., был голос иезуита Скарги. Он во второй раз напечатал свое сочинение О единстве Церкви и посвятил книгу уже не князю Острожскому, а самому королю Сигизмунду III. В посвящении почтенный патер говорил, что книга эта многим принесла пользу и что многие другие не перестают спрашивать о ней и обращаются к нему с просьбою издать ее вновь, почему он и выпускает ее на ловитву человеческих душ. Потом просил короля именем любви его к своим подданным и ревности о славе Божией всеми мерами стараться в своем государстве о соединении еретиков (протестантов) и схизматиков (православных) с Римскою Церковию, ибо «это его долг как короля христианского, чтобы, заботясь о единстве Речи Посполитой, он помогал и единству церковному, без которого не только никто не может спастись, но не может долго существовать и единство Речи Посполитой». Еретиков, продолжал иезуит, остается уже мало, и их еще бы убыло, если бы верховная власть в государстве могла пользоваться против них своими старинными правами. Гораздо труднее обращать схизматиков – русских, которые обыкновенно ссылаются на своих отцов и предков и на древность своего исповедания. Но не невозможно обращение и их, так как по примеру греков многие и русские ныне обращаются – было бы только побольше ревности со стороны польского духовенства и содействия от светской власти. В самой книге Скарга поместил особую главу о том, кто наиболее должен стараться об унии, и объяснял, что это долг прежде всего католического духовенства в Литве и Польше, потом – короля и католических панов, наконец – и панов русского закона, преимущественно же митрополита и владык, которые могли бы с дозволения короля составить для того свой сеймик и пригласить ученых католиков (ч. 3. Гл. 8). Голос Скарги не остался без ответа: в следующем году на него отозвались некоторые и из русских владык, хотя не вдруг, а спустя несколько месяцев.