Ни письма князя Острожского, ни его записки об унии, писанных дня за три до Брестского Собора, Потей никому на Соборе не показал. Как человек сведущий в церковных делах, он понял, что в таком обширном объеме уния неосуществима, что ни на Востоке, ни тем более в Москве никогда не согласятся признать папу главою Церкви. Потому отвечал двум посланцам князя, принесшим его письмо: «Дал бы Бог, чтобы когда-нибудь исполнилось то, чего желает его княжеская милость, но на нашем веку того не случится, и если князь не написал об этом митрополиту, то я не смею и слова молвить о таких вещах, ибо митрополит не расположен к римлянам». А ехать в Москву Потей решительно отказался, ссылаясь на то, что там его могут подвергнуть истязаниям и казни. Не такой унии желали в Литве, особенно правительство: здесь имели в виду собственно унию местную; старались привлечь в унию только тот русский и вообще православный народ, который жил в литовско-польских владениях, чтобы совершенно оторвать его от Москвы, к которой влекло его единоверие, и сблизить, сроднить с Польшею, от которой отталкивало его латинство, и потом мало-помалу всецело его окатоличить и ополячить. На такую-то местную унию и изъявляли уже свое согласие некоторые литовско-русские владыки, как мы видели из ответной грамоты к ним короля. Предложение об унии в смысле князя Острожского, если бы оно и объявлено было епископом Потеем на Брестском Соборе, едва ли бы встретило сочувствие со стороны и прочих отцов Собора.
Чем же занимались на этом Соборе? Из всех деяний Собора 1593 г. нам известно только одно решение его о Львовском епископе Гедеоне, который не переставал вести борьбу с братством или, точнее, с самим митрополитом. Мы уже упомянули, что Гедеон упросил короля назначить комиссию для решения вопроса, кому должна принадлежать власть над церквами львовского братства. Эта комиссия, состоявшая из четырех латинян под председательством православного епископа открыла свои действия 6 февраля и единогласно решила, что обе братские церкви со всем имуществом и самое братство должны подлежать власти епископа Гедеона, а не митрополита, хотя председатель почему-то решения не подписал. Братство подало апелляцию королю. А митрополит, крайне огорченный такими происками своего викария, послал (15 февраля) Гедеону не только от себя, но и полученное от патриарха запрещение править епархиею за то, что он, епископ, упорно отвергает все бывшие постановления патриарха и Соборов относительно львовского братства и вопреки церковных правил перенес это дело на светский королевский суд. Гедеон, однако ж, не хотел повиноваться. Тогда митрополит отправил к нему позыв явиться на соборный суд в Бресте. Гедеон не явился, и Собор судил его заочно и 27 июня осудил на отлучение. Решение Собора вручено было Гедеону возным при двух свидетелях из шляхты, но не произвело на владыку никакого действия. Такая непокорность, самонадеянность и своеволие Гедеона остались бы для нас необъяснимыми, если бы мы не знали торжественного обещания, данного ему и трем другим епископам, изъявившим желание принять унию, королем Сигизмундом III, что никакие клятвы и запрещения со стороны патриарха или митрополита не причинят им ни малейшего вреда.
Наступил 1594 год, и митрополит, получая известия, что Гедеон не перестает архиерействовать, послал к нему (16 генваря) еще позыв явиться лично на суд Собора, имеющего открыться в Бресте 24 июня. Но Гедеон не явился и теперь, а отправил в Брест только своего уполномоченного, который заявил на Соборе в самый день его открытия, что Собор незаконен, так как на нем с митрополитом всего два епископа, Владимирский и Луцкий, и созван он в отсутствие и без ведома короля, находившегося тогда в Швеции, и что такой Собор не вправе производить суд над епископом. Несмотря, однако ж, на протест, Собор осудил Гедеона заочно, и вследствие соборного решения 10 июля митрополит, седши сам в брестской соборной церкви на амвоне, при собрании великого множества народа всех сословий приказал архидиакону возгласить, что Львовский епископ Гедеон «отлучается от всех справ святительских до того часу, аж ся церкви Божой справит». Когда же вскоре за тем поступили новые жалобы на Гедеона, что он насильно завладел Уневским монастырем и жестоко обходится с монахами, вовсе не помышляя о каком-либо исправлении, то митрополит созвал Собор у себя в Новогрудке и в 26-й день сентября по определению Собора, на основании прежних решений патриарших и соборных низложил Гедеона «с стану епископского и от всего сана святительскаго». А на следующий день написал к канцлеру Польши Яну Замойскому послание, в котором, довольно подробно изложив весь ход дела, как Гедеон притеснял львовское братство и посягал на права своего архипастыря-митрополита, как два раза подвергался за это осуждению и запрещению от патриарха, два раза подвергался тому же от Соборов, как, несмотря на троекратные позвы, не хотел явиться на суд духовный и как, наконец, действительно низложен, митрополит просил канцлера предупредить короля, чтобы он, если Гедеон обратится к нему с жалобою, отнюдь не отменял соборного решения, помня свою присягу, данную при коронации, не нарушать прав духовенства, как римского, так и греческого. Совершенно произвольна догадка, будто митрополит преследовал Гедеона за его склонность к унии, которой сам не сочувствовал, и отстаивал братство, как противившееся унии. Митрополит отстаивал не столько братство, сколько самого себя, свою власть, свои права, на которые посягал его своевольный викарий; митрополит преследовал силою церковных законов епископа, который не хотел подчиняться не только своему архипастырю, но и Соборам и самому патриарху. Об унии тут не было и помину.
Собор 1594 г., открывшийся в Бресте с 24 июня, действительно не мог иметь законной силы, потому что король Сигизмунд III находился тогда в Швеции, а сеймовою конституциею предшествовавшего года запрещены были всякие съезды, сеймы или Соборы в отсутствие короля. На эту конституцию в самом начале Собора указал епископ Луцкий Кирилл Терлецкий, и в то же время митрополит получил письменное напоминание о ней от примаса королевства Гнезненского архиепископа. Потому собравшиеся на Собор решили, что так как они съехались к урочному дню на Собор в надежде возвращения в этому времени короля, а король доселе не возвратился, да и не все епископы приехали, то Собор, имея в виду означенную конституцию, не будет заниматься никакими делами, кроме дел судных, которых конституция та не запретила (разумелся суд над епископом Гедеоном). Снисходя, однако ж, на просьбы послов виленского Свято-Троицкого братства, прибывших с инструкциею, подписанною панами сенаторами и другими знатными членами братства, и желая облегчить работу будущего Собора, настоящий Собор решился рассмотреть эти просьбы и сделать по ним свое постановление в виде проекта, который имел быть утвержден на Соборе последующего года. В проекте было определено: 1) оставляем в силе лишь те церковные братства, которые имеют благословение от святейших патриархов и одобрены митрополитом и всеми епископами, и желаем не только не препятствовать, но и всячески содействовать их процветанию, а все иные церковные братства, противные этим, хотя бы получили начало от какого-либо епископа, знать не хочем и возбраняем; 2) священники братских церквей должны во всех епархиях находиться под властию местных архиереев, кроме братской Успенской церкви в Львове и львовского Онуфриевского монастыря, состоящих под благословением митрополита; 3) так как священники Троицкого братства в Вильне терпят препятствия в отправлении церковных служб от священников бурмистровских, то благословляем братству построить свою церковь на братской земле, по данной ему королем грамоте, а пока церковь построится, священники братские пусть служат в Троицком монастыре, впрочем, и после построения церкви Сретенский придел в Троицком монастыре по благословению патриарха и грамоте короля должен навсегда оставаться за братством для отправления церковных служб; 4) оставляем две главнейшие школы, одну в Вильне, другую во Львове, при церковных братствах под верховною властию митрополита, а все иные, малые, школы, основанные в подрыв этим братским школам, не должны существовать; только для помочи священникам дозволяется при каждой церкви иметь и обучать двух-трех детей; 5) утверждаем типографии согласно с определением Собора 1591 г., но с условием, чтобы в епархии митрополита ничего не печаталось и не издавалось без его воли, равно как и во Львове, а в епархиях епископов – без воли епископов; 6) признаем справедливою мысль, чтобы митрополит и епископы посылали своих уполномоченных на сеймики для участия в избрании кандидатов на архиерейские вакансии, и будем стараться, чтобы на то последовало разрешение короля. Под этою соборною грамотою из архиереев подписались только митрополит и Ипатий Потей, а Кирилл Терлецкий не подписался, хотя и он поименован в начале грамоты, и неизвестно, было ли впоследствии утверждено изложенное в ней постановление.