Отъезд Потея и Терлецкого в Рим без воли и согласия православных мирян еще более возмутил их и вооружил против владык и замышляемой ими унии. Князь Острожский немедленно написал митрополиту резкое письмо, в котором выражался, что «православие и вера теперь совсем преданы ими под власть римскую». И в то же время по распоряжению князя рассеяны были по всей Литве его листы, напечатанные под его именем в Остроге, в которых митрополит подвергался самым сильным порицаниям и укоризнам и прямо назывался отступником и Иудою предателем. Прочитав это письмо и печатные листы князя Острожского, митрополит едва мог прийти в себя и 28 сентября отвечал ему, что терпит напрасно, что, будучи усердным слугою и недостойным богомольцем князя, не оставлял извещать его об унии, как, с какого времени и от кого она началась, и присовокуплял: «Как прежде я говорил, так и теперь говорю, что если бы Ваша княжеская милость захотел быть причастником той унии, то и я не отказался бы идти за Вашею милостию, как за вождем, а если иначе, то я готов за святую веру и закон свой пострадать до крови и вкусить смерть» (по одному этому можно судить, каков был митрополит!..). Князь укорял его еще за то, что он послал своего служителя Григория в Краков и потом вместе с Потеем и Терлецким отправил в Рим, что домогался получить в свое непосредственное управление Полоцкую епархию. Митрополит отвечал, что посылал Григория в Краков вовсе не за тем, чтобы ехать с епископами в Рим, а чтобы удержать их от поездки, предпринятой безрассудно, без совещаний на Соборе, о чем может засвидетельствовать князю и владимирский уряд, и что Полоцкого владычества себе вовсе и не помышлял искать и не домогался, как может удостовериться князь от знающих людей. Наконец, князь требовал от митрополита, чтобы он созвал Собор. На это митрополит отвечал: «Не угодно ли Вашей княжеской милости написать от себя к оставшимся епископам, чтобы они немедленно съехались для совещаний ко мне как своему старшему? Ибо к моим письмам касательно нужд церковных они глухи всегда, а по совету Вашей княжеской милости, я уверен, охотнее приедут ко мне в Новогродок. И если они согласятся и объявят о том Вашей милости, то для большей силы весьма нужно, чтобы на открытом письме ко мне от Вашей милости кроме печати и подписи Вашей было до двухсот печатей и подписей знатных панов из дворянства нашей греческой веры, которых Вы приготовите для крепкого сопротивления такой измене. А я, получив от Вас этот лист, тотчас же готов буду с епископами составить сообразно с Вашим и свой лист и подписать, чтобы признать его и на уряде». Т. е. митрополит предоставлял самому князю созвать епископов на Собор для противоборства унии, очень хорошо зная, что епископы, связанные пред королем данными ими письменными обязательствами принять унию, на такой Собор не поедут.
Новогродский воевода Федор Скумин писал к одному из почетнейших граждан Вильны, Козьме Мамоничу, что между православными христианами происходит великая смута и, кто причиною тому, он в точности не знает; что он многократно письмами своими просил митрополита открыться и сказать правду, но не добился верного слова. Мамонич показал письмо Скумина виленскому православному духовенству, и оно отвечало воеводе (в ноябре): «Наши владыки, вместо того чтобы собираться на Соборы в Бресте в назначенное время для всего духовенства, вздумали собираться между собою на тайные съезды. Так съезжались они в Сокале, где начали ту злую унию, потом в Красном Ставе, а ныне собирались в Кобрине и в Бресте, и митрополит, отъезжая туда из Вильны, не сказал ни слова о том собрании, а говорил, будто ему нужно ехать на трибунал в Люблин... Посылали и мы к отцу митрополиту наше писание, чтобы он, не тревожа Церкви Христовой, сказал о себе правду, но доселе не получили никакого известия. Только недели три тому назад присылал он к церковному нашему братству и панам бурмистрам своего писаря Григория, который за несомненное поведал, что владыки поддались папе, отступив от православных патриархов, и показывал о том самые писания владык и королевскую грамоту. Тогда, узнав достоверно, что владыки и митрополит сделали то тайно, без ведома патриархов, низшего духовенства и всех православных христиан, мы, все православное виленское духовенство, протестовали пред Богом и всем христианским народом, как в книгах наших духовных, так и во всех урядах светских, что мы о таком отступлении от наших святейших патриархов не мыслили, и не знали, и на то не соизволяли, и обязуемся непоколебимо стоять при всем благочестии святой Восточной соборной Церкви. Извещая об этом Вашу милость, мы просим тебя быть вместе с иными многими православными защитником и поборником нашей благочестивой веры». Нельзя здесь не отдать чести тогдашним православным священникам литовской столицы и во главе их достойному отцу протопопу Ивану Парфеновичу. Все они уже перенесли за свою ревность о православии шестинедельное запрещение священнослужения от митрополита; все по его требованию явились к нему на суд, вероятно, в первой половине октября и, несмотря на это, не переставали смело протестовать против унии, ратовать за отеческую веру и тем подавать пример прочему духовенству и мирянам.
Опаснее всех противников унии в Вильне казался митрополиту братский дидаскал и вместе проповедник Стефан Зизаний, именно потому, что он, будучи ученее других и официальным проповедником, мог сильнее действовать на народные массы и увлекать их. Еще в половине июля, как мы видели, митрополит своею грамотою строго запрещал Стефану возбуждать православных против их архипастырей и угрожал ему тяжкими наказаниями. Но запрещения и угрозы, верно, не остановили ревностного борца за веру. И вот, 30 сентября митрополит прислал ему новую свою грамоту и говорил: «Ты избран нами в проповедника только на время, но не имеешь права проповедовать, потому что не имеешь хиротонии для благовестия; ты учишь православный народ вопреки канонам и не по преданию Церкви, а своим домыслом; ты возгордился, неистовствуешь против всех нас, своих пастырей, и попрал повеление наше; ты не вправе никого судить и обличать, не имея духовного сана, а между тем бесстыдно порицаешь с амвона всех духовных, от высших до низших; ты в Вильне возмущаешь церкви, раздвоил народ и особенно в последнее время яришься и клевещешь на пастырей и на наше церковное управление. Все епископы, архимандриты, игумены и все духовенство жалуются на твою гордость и своеволие нам и самому королю и единогласно положили составить против тебя Собор. Но как для созвания Собора нужно предварительно испросить королевское позволение, то мы еще до того Собора не благословляем тебя как противника Церкви Божией и отлучаем от проповеди, да не дерзнешь делать ничего, что прилично крылошанам, даже петь и читать». Через месяц (28 октября) митрополит действительно приглашал духовенство на Собор, который назначал в Новогродке на 25 число генваря 1596 г. Судя по грамоте митрополита, Собор предполагался большой, с участием духовных и светских людей, по настоятельным требованиям князя Острожского для обсуждения и решения важного вопроса об унии. Но на самом деле в назначенное время Собор состоялся очень небольшой: светских людей на нем вовсе не было, а из духовных кроме двух владык присутствовали только четыре архимандрита, шесть протопопов и один священник епархии митрополита; целию же Собора было лишь осуждение Стефана Зизания. При открытии Собора было заявлено, что Зизаний, несмотря на сделанный ему позыв явиться на суд Собора, не явился и никого от себя не прислал. Обвинение против него состояло в том, будто он впал в великое еретичество, учил людей «по вся часы», что Господь наш Иисус Христос не есть наш Ходатай перед Богом Отцом и будто изложил эти мысли в своей книжке на Римский Костел, напечатанной по-польски, доказывая их не из слова Божия и писаний святых отцов, а своими силлогизмами.
Книжка читана была на Соборе, и по выслушании ее Собор определил (27 генваря): Стефана Зизания как еретика отлучить от Церкви; единомысленным с ним двум братским священникам, Василию и Герасиму, запретить священнослужение, а светских людей, единомысленных с Зизанием, предать анафеме. Странным представляется, что под этим декретом рядом с митрополитом и Полоцким архиепископом Германом (бывшим Григорием Загорским) подписался и Гедеон Балабан, хотя впоследствии он же и оправдал Зизания. Как только узнали об этом декрете Зизаний и два братские священника, они тотчас прислали в Новогродок свою протестацию чрез братского диакона Алексея Блашковича, который именем всего Троицкого братства просил записать ее в гродские книги. Протестовавшие говорили: а) тот Собор не был составлен по правилам святых отцов, потому что многие духовные люди и мы сами о нем не знали, и из виленского духовенства на нем никто не был; б) нам не присылали ни одного позва явиться на Собор и судили нас заочно, а правила святых отцов не дозволяют никого судить и предавать клятве заочно, прежде нежели будут сделаны три позва; в) на том Соборе не было судии, который бы мог рассудить нас с отцом митрополитом и постановить декрет, ибо мы первые позвали митрополита на суд за его измену православной Церкви, о чем и вносили много раз в духовные и светские книги, и он, как прежде позванный нами на суд и наш соперник, не может быть нам судиею по девятому правилу Четвертого Вселенского Собора. А в Сына Божия Единородного мы веруем и учим других веровать так, как содержит и учит святая кафолическая православная Церковь. Но справедливость требует сознаться, что Стефан Зизаний, как ни ревновал о православии против унии и латинства, действительно не чужд был того заблуждения, за которое его соборне осудили. Незадолго пред тем он издал на польском языке небольшую книжку Катехизис, или краткое объяснение Никейского Символа, направленное против латинян. Эта книжка не дошла до нас, но, по свидетельству современного латинского писателя Желиборского, тогда же издавшего на нее опровержение, в ней находились следующие слова: «Проклинаем еретиков, которые умаляют честь Сына Божия, называя Его Ходатаем пред Богом Отцом; мы веруем, что Христос восседает одесную Бога Отца и имеет одинаковую с Ним честь и славу, а не меньшие, а потому Он и не Ходатай, ибо кто ходатайствует пред кем за других, тот не может восседать рядом с тем, пред кем ходатайствует, и не имеет равного с ним могущества». Нельзя, конечно, оправдывать Зизания за это заблуждение, но не следует строго и осуждать. Русские в Литве, дотоле жившие в простоте веры, только что начинали знакомиться с школою, с науками, и в частности с наукою богословскою. Изучить ее сами во всех подробностях, на основании источников православного учения еще не успели. Обстоятельного руководства для богословствования, т. е. православного Катехизиса, еще не имели. И потому неудивительно, если по некоторым вопросам в жару полемики против латинян иногда увлекались ложными протестантскими мнениями, не сознавая, что они не согласны с православием. Отвергая, например, латинское чистилище, тот же Зизаний как в своем упомянутом Катехизисе, так и в другом своем сочинении: «Казанье св. Кирилла Иерусалимскаго об антихристе» отвергал частный суд и воздаяние после него грешникам во аде и праведникам на небе, а за Зизанием отвергали и другие православные богословы, Леонтий Карпович, Андрей Мужиловский. Такое колебание молодой богословствовавшей мысли между православными было неизбежно, пока не явилось для нее довольно подробное руководство от лица Церкви: «Православное исповедание» митрополита Петра Могилы.