Православное духовенство в Литве и Польше при господствовавшей там системе раздачи епархий, монастырей, иногда и церквей и оставленное почти без всякого надзора со стороны Цареградского патриарха, естественно, не могло отличаться и не отличалось соответствием своему высокому призванию. Уже на Виленском Соборе 1509 г. слышались жалобы, что архиерейские, настоятельские и священнические места покупаются некоторыми за деньги, и притом при жизни архиереев, настоятелей и священников, занимавших те места; что архиереи не имеют попечения о своих паствах, а занимаются мирскими делами, не слушаются своего митрополита и не ездят к нему на Соборы; что монахи самовольно отлучаются из монастырей и бродят повсюду, священники переходят из епархии в епархию без разрешения начальства, а вдовые священники открыто живут с наложницами. К 1546 г. бесчиние и беспорядки в православном духовенстве и особенно распущенность и заблуждения («блуды») между владыками усилились до того, что сам король приказал митрополиту созвать Собор и принять какие-либо меры против этого бесчиния и распущенности. А к концу периода нравственный упадок в православном духовенстве достиг последней степени. Не стало учителей – будем говорить словами современников, свидетельства которых мы привели прежде, – не стало проповеди слова Божия, не стало науки – все ниспроверглось. В честных монастырях вместо игуменов и братии жили игумены с женами и детьми и безбоязненно совершали святокрадства. Епископы похитили себе архимандритства и игуменства, ввели в монастыри своих родственников и мирских урядников, истощили все церковные имения и испразднили иночество. В церквах священствовали двоеженцы, троеженцы и вообще люди порочные и безнравственные, несмотря на известное распоряжение патриарха Иеремии, и, когда митрополит обличал их на Соборе пред всеми и требовал, чтобы они перестали священствовать, они отвечали: «Пусть прежде перестанут святительствовать такие же святители и послушают закона, тогда и мы послушаем». На архиерейские кафедры возводились люди негодные и женатые, и потом невозбранно жили с своими женами, а иные с наложницами, и рождали детей, иные предавались буйству и совершали набеги с оружием в руках. Епископы не слушались патриарха, не подчинялись определениям Соборов, а своего митрополита считали ни за что и на его грамоты и проклятия не обращали никакого внимания. Такие великие нестроения в духовенстве, такое бесчиние и беспорядки, особенно между владыками, невольно смущали православных мирян; многие недоумевали, не настоит ли уже время погибели, а все единогласно говорили: «Если не исправится в Церкви такое беззаконие, то мы вконец разойдемся, отступим под римское послушание и будем жить в безмятежном покое». Но если мирян владыки как бы толкали в унию своими бесчинствами, то сами решились принять ее по чувству своекорыстия, по желанию улучшить свое внешнее положение и приобресть себе новые льготы и преимущества. Одною из самых постоянных жалоб владык во весь период была жалоба на светских людей, на их притеснения по церковным имениям и вмешательства в церковные справы и суды. Много раз эти жалобы восходили до короля. Но, несмотря на все королевские указы, притеснения и вмешательства не только не прекращались, а еще увеличивались и под конец периода достигли крайней степени. В 1590 г. владыки, как только собрались на Собор в Бресте, прежде всего передавали друг другу, что они терпят чрезвычайные и неслыханные отягощения от разных чинов, а в следующем году некоторые из владык уже заявили королю свое желание принять унию, которое потом повторили и все прочие владыки и сам митрополит. В своих условиях унии они прямо говорили, чтобы король обеспечил за ними все их церковные имения до конца их жизни, чтобы им предоставлены были такие же права и преимущества, такое же положение в государстве, какими пользовались латинские прелаты, и дарованы были наравне с последними даже сенаторские места. Двое из владык, Гедеон Балабан и Михаил Копыстенский, по влиянию на них князя Острожского или по внушениям собственной совести и собственных соображений вовремя одумались и оставили унию вместе с некоторыми архимандритами, игуменами, протоиереями и священниками, подписавшимися было на нее на Львовском Соборе (28 генваря 1595 г.). Но остальные пять владык и митрополит с немногими лицами из низшего духовенства до конца довели начатое дело и остались верными ему на всю свою жизнь. Вождями из числа этих владык, соединившими навсегда свои имена с введением унии в Литве, были Ипатий Потей, Кирилл Терлецкий и митрополит Михаил Рагоза: первый послужил делу своим умом и образованием, которым превосходил двух других; второй – своею хитростию, изворотливостию и происками; третий – своею скрытностию, двоедушием и самым возмутительным фарисейством.
Латинское духовенство в Литве и Польше до появления или, вернее, до усиления здесь протестантства не отличалось особенною ревностию своей пропаганды, хотя и относилось к схизматикам, т. е. православным, как всегда и везде, неприязненно и враждебно. Оно, без сомнения, сочувствовало тем мерам – если даже не само внушало их, – какие принимались правительством против православных; участвовало в тех притеснениях, какие терпели православные от католиков, преимущественно в Галиции; не упускало случаев обратить того или другого из православных к своей вере. Но в продолжение целого столетия от начала периода можно указать только на одного Виленского бискупа Альберта Войтеха Табора как на действительного ревнителя церковной унии, который столько хлопотал об обращении великой княгини Елены и других русских, и еще на монахов бернардинов, странствовавших в то же время и с тою же целию по всему краю. Протестанты своими победами пробудили дремавшее в Литве латинское духовенство, и оно выступило против своих врагов, а вместе и против православных, в лице иезуитов с неудержимою ревностию и силою. С этого времени участие латинского духовенства в деле унии было самое решительное. Иезуиты подготовляли унию и способствовали введению ее между русскими: своею проповедию, своими школами, диспутами, сочинениями; еще более – своими советами и внушениями светскому правительству, которое успели подчинить своему влиянию; своими советами и внушениями латинским прелатам, которые не могли не сочувствовать их деятельности; своими советами и внушениями самим русским владыкам, решившимся принять унию, а всего более – тем, что сумели воспитать и посадить на польском престоле Сигизмунда III, умели возбуждать, подкреплять и наставлять его во все время действительного насаждения унии в крае и незримо заправляли всем этим делом до его полного окончания. Иезуиты, и во главе их знаменитый Скарга, должны быть названы главными виновниками церковной унии в Литве. Имя Скарги еще теснее связано с именем этого рокового события, чем имена Потея, Терлецкого, Рагозы и самого Сигизмунда III.
Что же такое была появившаяся в Литве церковная уния? Это был насильственный и самый горький плод тех горьких условий, среди которых протекала жизнь Западнорусской митрополии со времени отделения ее от Московской.