Нет сомнения, что недостаточность меры, указанной Стоглавым Собором для исправления богослужебных книг, сознавали уже и в то время. Вследствие этого, лишь только царю Ивану Васильевичу было донесено, что почти все купленные на торжищах по его приказанию книги для церквей оказались "растленными" от переписчиков, царь начал помышлять, как бы завести на Руси вместо рукописных печатные книги по примеру греков и других народов. Он открыл свою мысль митрополиту Макарию. Святитель весьма обрадовался и, воздав благодарение Богу, сказал царю, что Сам Бог внушил ему эту мысль и она есть дар, ниспосланный свыше. Вслед за тем по повелению царя и благословению митрополита и открылась в Москве первая типография. Новая мера, бесспорно, была несравненно лучше прежних. Чрез печатание можно было достигнуть разом двух целей: во-первых, уничтожить разнообразие богослужебных книг и ввести во все церкви книги одинаковые, а во-вторых, предотвратить дальнейшую порчу книг, дальнейшие ошибки со стороны писцов. Но уничтожить прежние ошибки, уже существовавшие в книгах, печатание не могло само собою. Для этого требовались люди, которые сумели бы еще до печатания сличить славянские книги с греческими и исправить со всею точностию испорченный перевод по тексту подлинному. А таких-то людей у нас тогда и не было. И вот все три книги, какие только успели у нас выйти из типографии в настоящий период, Апостол, Часослов и Псалтирь, были напечатаны без всякого сличения с греческим текстом, прямо со списков славянских, которые, быть может, показались печатавшим сравнительно лучшими, но не были свободными от погрешностей и ошибок, в чем при чтении этих книг и сличении с подлинником легко убедиться. В таком же виде перешло дело печатания богослужебных книг и в последующий период.
Много было погрешностей и разностей в наших богослужебных книгах, но допускались еще у нас погрешности при самом совершении богослужения и в том, что относится к богослужению, существовали разности в самих священнодействиях и обрядах, зависевшие не от книг, а от людей. Невеселую картину этого рода погрешностей и неисправностей представил царь отцам Стоглавого Собора. "Ныне видим и слышим, - говорил царь, - что многие церковные чины совершаются не сполна, не по священным правилам и не по уставу, и вы бы о всех тех церковных чинах рассудив, указ учинили" (гл. 5, вопрос 1). И как бы для примера указал, в частности, на то, а) что над просфорами о здравии или за упокой, за которые боголюбцы давали деньги просфорницам, сами просфорницы "приговаривали" имена поминаемых, а священники уже не проскомисали тех просфор на жертвеннике о здравии или за упокой православных, и Жертва к Богу от них не приносилась, но только брали те просфоры от просфорниц и относили к себе (гл. 5, вопрос 11); б) что в московских церквах совсем не пели литий и псалмов Хвалите имя Господне, Исповедайтеся Господеви, На реках вавилонских, когда то положено по уставу (гл. 41, вопрос 9, 10); в) что освящение воды совершали некоторые по неведению или неразумию не одним крестом, через троекратное его погружение, а совокупляли для того многие кресты и иконы с мощами и погружали (гл. 41, вопрос 6). Обращая внимание на самих священнослужителей и причетников, царь свидетельствовал: "Попы по своим церквам и церковные причетники поют бесчинно, вдвое и втрое (гл. 5, вопрос 22); совершают утреню и вечерню в церкви у престола без риз, в одной епитрахили и так в царские врата входят, без риз, в одной епитрахили крестят детей, отпевают младенцев, венчают свадьбы, поют молебны и панихиды" (гл. 5, 23) и пр.
В ответ на замечания царя относительно чинов церковных Собор 1) постановил общее правило: "Отныне в царствующем граде Москве, и по всем городам, и по всей земле Русской во всех церквах совершать литургию и все прочие церковные службы сполна, по уставу и по священным правилам, ничего не претворяя" (гл. 6). 2) В частности, запретил все уклонения от устава, указанные царем, и подтвердил, чтобы впредь над просфорами ничего не приговаривали просфорницы, но только отсылали просфоры в алтарь, а священники вынимали из тех просфор частицы о здравии и за упокой (гл. 8); чтобы в московских церквах "неотложно" пели те песни, литии и псалмы, которые дотоле не пелись вопреки уставу (гл. 41, ответ 9, 10), и чтобы освящение воды совершаемо было одним крестом чрез троекратное его погружение, а прочие кресты и иконы с мощами тут же держались на руках священнослужителей (гл. 41, ответ 6). 3) Изложил или только подтвердил некоторые правила, касавшиеся и других чинов и священнодействий церковных, которые также, верно, нарушались, например, правила: а) о звоне к литургии: в субботу звонить в начале четвертого часа (разумеется, от восхода солнечного), в день воскресный и в великие праздники - в начале третьего, в средние и малые праздники и во все прочие дни - в начале пятого (гл. 7); б) о чтениях для поучения народа на заутрени: читать Евангелие толковое, Златоуста, жития святых, Пролог и прочие святые и душеполезные книги (гл. 6); в) о крещении: крестить детей чрез троекратное погружение, а не чрез обливание, причем должен быть только один кум, либо мужеского, либо женского пола (гл. 17); г) о браке: совершать бракосочетание после литургии, а не ночью, жениху должно быть не менее 15 лет, невесте - не менее 12 (гл. 18); д) о царских дверях и завесе: когда отверзать или открывать их и пр. (гл. 10, 11).
Против бесчиния, неисправностей и нерадения, какие допускали, по свидетельству царя, относительно священнослужений сами священнои церковнослужители. Собор определил: а) чтобы чтение и пение в церквах совершалось неспешно и со всяким вниманием, чтобы вдруг двое не читали псалмов, не канонархали и чтобы церковные песни в пении не смешивались (гл. 16); б) протоиереям и старшим священникам строго наблюдать за поведением приходского духовенства и самим приходским священникам и диаконам строго заповедать, чтобы они всякий день ходили в церковь, стояли в ней со страхом Божиим и благоговением, совершали все службы чинно и по уставу, виновных же и неисправных подвергать запрещению, а потом и низвержению из сана (гл. 29); в) крестить детей, венчать свадьбы, святить воду в навечерие Богоявления, в день самого Богоявления на иордани и в 1-й день августа священники должны в полном облачении, а вечерни, панихиды, повечерия и полунощницы, утрени и молебны должны петь в епитрахили и фелони (гл. 14).
Немало также известно и разностей, которые допускаемы были у нас при отправлении богослужений и зависели от произвола людей или от местных обычаев. В Новгороде, например, как свидетельствовал царь на Стоглавом Соборе, по всем церквам городским, посадским и монастырским по окончании проскомидии и часов священник велегласно говорил в царских дверях отпуст, а в московских церквах нигде этого не говорили, и Собор определил: говорить везде по всем церквам (Стоглав. Гл. 41, вопрос 12). В Москве и во всех московских пределах по всем церквам, кроме монастырей, даже в воскресные и праздничные дни не пели, а только "речью говорили", т. е. читали, на вечерне: "Свете тихий" и на заутрени великое славословие, между тем в Новгороде, и Пскове, и в Троицко-Сергиевой лавре обе эти священные песни пелись во все воскресные и праздничные дни и только в будни читались (Стоглав. Гл. 5, вопрос 33, 34). Равным образом и на литургии песнь: "Отца и Сына и Святаго Духа, Троицу Единосущную и нераздельную" в Москве и московских пределах всегда "речью говорили", а в Новгороде, Пскове и Сергиевой лавре всегда пели (см. там же). В Пскове на литургии "Отче наш" и "Верую во Единаго Бога" пели, а в Новгороде читали; в некоторых местах "Отче наш" возглашал диакон. В Символе веры одни пели и говорили: "Воплощшася от Духа Свята и Мария Девы" - и далее: "Чаю воскресения мертвых", а другие: "От Духа Свята из Мария Девы" и "жду воскресения мертвых". По всей России на литургии пели: "Поем Тя, благословим Тя, благодарим Тя, Господи, и молим Ти ся, Боже наш", а в Москве с некоторого времени вздумали петь: "Поем Ти, благословим Тя" и пр. Точно так же издревле все пели у нас на литургии: "Свят, свят, свят Господь Саваоф, исполнь небо и земля слава Твоея", а какой-то Варлаам Лопотухин с своими клевретами в Троицко-Сергиевом монастыре начал первый петь: "Исполнь небо и земля славы Его", и вслед за Лопотухиным едва не повсюду стали петь: "Славы Его". Все эти и другие подобные, касавшиеся богослужения разности естественно, обращали на себя внимание, особенно людей книжных, считались более или менее важными, а некоторые даже весьма важными и служили предметами состязаний и споров, в которых приходилось принимать участие и таким лицам, каковы были Максим Грек и отенский инок Зиновий. Но самыми важными в ряду этих разностей, приобретшими наибольшую историческую известность, должно признать две: разность в сложении перстов для крестного знамения и разность в пении аллилуйи.