Государь и на этом не остановился. Он ясно видел тот нравственный вред, какой причиняло монастырям обладание селами и разными угодьями и при случае высказывал свои мысли и архиереям и монашествующей братии. Об этом же нравственном вреде для иноков и о неприличии им владеть вотчинами говорили тогда и другие, как духовные лица, так и мирские. То же самое и еще с большею резкостию проповедовали тогда известный еретик Феодосий Косой и его последователи, ссылаясь на князя-старца Вассиана и на Максима Грека, так что монах Зиновий, опровергая лжеучение этого еретика, вынужден был защищать против него и вотчинные права наших монастырей и святителей. А между тем более и более чувствовалась потребность в свободных землях для наделения ими служилых людей и для других целей государственных. И вот в 1573 г. по приказу государеву митрополит, и весь освященный Собор, и все бояре приговорили: "В большие монастыри, где земель много, впредь вотчин не отказывать; если же кто завещает вотчину, то ее не записывать за монастырем в Поместной избе, а отдавать роду и племени - служилым людям, чтобы в службе убытка не было и земля из службы не выходила, но кто даст вотчину малым монастырям, у которых земель мало, те вотчины с доклада государю записывать, а без доклада и без боярского приговора не записывать (А. и. 1. С. 270). Наконец, в 1580 г. по воле государя состоялся Собор всех русских архиереев со множеством настоятелей монастырей и других старцев, который ввиду бедственных обстоятельств отечества, истощенного продолжительными войнами с соседями, и, сознавая, что у правительства оскудели средства для служилых людей воинского чина, между тем как у владык и монастырей много вотчин, даже излишних, и много богатства, нередко употребляемого на позорную жизнь, уложил вместе с царским синклитом следующее: 1) всякие земли и угодья, которые доселе принадлежали митрополиту, владыкам и монастырям, должны оставаться за ними неприкосновенно, и никто никаким судом и тяжбою не должен отнимать у них этих вотчин и выкупать, хотя бы какое место и не было утверждено за ними крепостями, и впредь с монастырями о вотчинах не тягаться. 2) Но те земли, которые ныне состоят в закладе за митрополитом, владыками и монастырями, отобрать на государя, а в деньгах ведает Бог да государь, как своих богомольцев пожалует. Также и в вотчинах княженецких, т. е. служилых князей, которые прежде сего пожертвованы были владыкам и монастырям, волен Бог да государь, как своих богомольцев пожалует, а которые вотчины княженецкие доселе купили себе владыки и монастыри, те отобрать на государя, в деньгах же волен Бог да государь, как своих богомольцев пожалует. 3) Впредь вотчинникам своих вотчин по душам в монастыри не отдавать, а давать за вотчины монастырям деньги, сколько какое село стоит; самые же села передавать наследникам, хотя бы и дальним. Равно впредь митрополиту, владыкам и монастырям земель себе не покупать и не принимать под залог, а если кто и после сего купит себе землю или начнет держать под залогом, те земли отбирать на государя безденежно. Вообще, впредь митрополиту, владыкам и монастырям не прибавлять себе земель никаким образом и жить только на тех землях, что ныне за ними. А если какой монастырь убог и у него земли мало или вовсе нет, пусть бьет челом государю, и государь, приговоря с митрополитом соборне и с боярами, устроит тот монастырь землею, чтобы ему можно было жить. Таким образом, если, с одной стороны, Собор утвердил за владыками и монастырями все прежние их владения и торжественно признал неотъемлемость и неотчуждаемость этих владений, то с другой - сам же исключил некоторые из них и передал на государя и на его волю, а главное - безусловно запретил владыкам и монастырям на будущее время увеличивать свои владения каким бы то ни было образом, кроме одного пожалования, обещанного, впрочем, лишь монастырям убогим. Это было последнее и самое важное решение вопроса о церковных имуществах в царствование Ивана IV, перешедшее и к его преемникам. Надобно, однако ж, сознаться, что как, по-видимому, ни старался царь Грозный ограничивать вотчинные права духовенства, какие ни утверждал против них узаконения, он сам же первый и нарушал эти узаконения. Несмотря, например, на приговор 1573 г., чтобы в большие монастыри, где земель много, впредь не давать вотчин, он дал в 1575 г. одному из богатейших монастырей Кирилло-Белозерскому два села по боярине своем Иване Бельском, одно в Ростовском, другое в Московском уезде, со многими деревнями и пустошами. Несмотря на соборное постановление 1580 г., запрещавшее впредь всякое увеличение монастырских владений, пожаловал в 1583 г. тому же Кирилло-Белозерскому монастырю еще три села с деревнями и починками, одно в Бежецком верху да два в Костромском уезде.
Как же владела и управляла Русская Церковь своими недвижимыми имуществами и каков был характер ее владения и управления? Так называемые церковные имения в России не были общим достоянием всей Церкви или всего духовенства и не находились под ведением и распоряжением высшей церковной власти, хотя последняя с половины XVI в. и делала не раз по воле государя некоторые общие постановления относительно этих имений. Нет, церковные имения у нас были лишь частною собственностию отдельных церковных учреждений и принадлежали то архиерейским домам, или кафедрам, то монастырям, то церквам. Каждый архиерей распоряжался имениями своей кафедры совершенно самостоятельно и независимо от митрополита и от Собора отечественных иерархов; каждый настоятель монастыря с своею братиею и каждый настоятель церкви с причтом точно так же совершенно самостоятельно распоряжались имениями своего монастыря или своей церкви и совершенно независимо от своего епархиального архиерея. Все эти духовные землевладельцы и вотчинники по одному собственному усмотрению и принимали в дар жертвуемые им земли и вотчины, и сами покупали себе села и разные угодья, и меняли их, и продавали, по крайней мере до издания известных соборных определений, и вообще пользовались всеми правами, какими пользовались тогда у нас и прочие частные землевладельцы и вотчинники. Но, с другой стороны, наши духовные вотчинники имели и важные преимущества пред прочими частными вотчинниками по отношению к населенным своим землям, преимущества, состоявшие в таких льготах, какие предоставляемы были духовенству жалованными грамотами наших князей. Сначала льготы эти давались только на отдельные вотчины, и на некоторые в большем размере, на другие в меньшем, так что один и тот же духовный владелец в разных своих вотчинах пользовался неодинаковыми правами, но потом, с конца XV столетия, более и более обобщались и распространялись на все церковные владения, по мере того как великие князья выдавали архиереям, монастырям и церквам одни и те же свои жалованные грамоты разом на все их вотчины. По силе этих льгот управление наших духовных владельцев их недвижимыми населенными имениями отличалось особенным характером: оно походило не столько на управление частных собственников принадлежавшими им вотчинами, сколько на управление самого государя его дворцовыми вотчинами и областями всего государства.
Главная льгота, которою пользовались владельцы духовного звания, состояла в том, что их земли и вотчины, подобно вотчинам самого государя, были освобождены из-под зависимости от местных государственных властей или чиновников и в административном, и в судебном, и в финансовом отношениях, тогда как владения прочих частных вотчинников не были свободны от этой зависимости, по крайней мере, в двух последних отношениях. Другая льгота, восполнявшая первую, была та, что духовные владельцы сами ведали свои вотчины с полною самостоятельностию и имели в них, по примеру государя - в его вотчинах и во всем государстве, своих особых чиновников, свои собственные органы власти. Для управления государством государь поставлял над городами и уездами своих наместников, а над волостями и станами волостелей с подведомыми им низшими чинами: тиунами, недельщиками, праведчиками, доводчиками, приставами, становщиками и другими. От этих-то властей, которым подчинены были в их округах по управлению, суду и отбыванию податей и повинностей все лица и земли, освобождены были церковные имения, как и дворцовые; этим-то чинам, состоявшим на государственной службе, строго было заповедано, чтобы они в церковных вотчинах, как и дворцовых, не вмешивались ни во что, не вступались ни в земли, ни в поселян, не судили их ни в чем, кроме душегубства, разбоя и татьбы с поличным, и даже не въезжали к ним ни за чем и не брали с них ни кормов, ни подвод и ничего другого. Для управления своими дворцовыми вотчинами государь имел особых чиновников: во главе всех - дворецкого, который жил при дворце, заведовал всею хозяйственною в нем частию, всеми должностными лицами по этой части и домовою прислугою, всеми имениями великого князя и доходами с них и облечен был высшею судебною властию в пределах своего ведомства, а затем в дворцовых волостях - волостелей, в отдельных вотчинах - приказчиков, в селах - посольских, равно как и низших чиновников - тиунов, недельщиков, приставов и других, которые употреблялись по делам управления, суда и собирания доходов в дворцовых вотчинах. По примеру государя и наши архиереи имели каждый при своем архиерейском дворе дворецкого, сосредоточивавшего в себе главное заведование как имуществом и прислугою архиерейского дома, так и всеми архиерейскими вотчинами и служившими в них лицами; иногда наместников - в тех городах и уездах, где находились архиерейские имения, каков был, например, в городе Владимире наместник митрополита из светских людей, служивший именно по делам вотчинным, волостелей, приказчиков, посольских - в архиерейских волостях, отдельных вотчинах и селах, а равно и прочих служилых людей - тиунов, доводчиков, недельщиков, приставов и др. У монастырей если и не было дворецких для главного заведования вотчинами, потому что оно сосредоточивалось обыкновенно в лице самого настоятеля и монастырского Собора, не было также наместников и волостелей, то были свои приказчики, посольские, тиуны, недельщики, доводчики и другие. Даже церкви и церковные причты, владевшие обыкновенно немногими землями и вотчинами, хотя большею частию сами непосредственно заведовали ими, иногда имели для того и своих приказчиков. Из всех перечисленных чинов дворецкие, наместники, волостели, приказчики, иногда и посольские совмещали в себе, каждый в круге своего ведомства, троякую власть: по управлению, по суду и по собиранию доходов и оброков. Но одни из этих чинов (дворецкие) были не у всех духовных владельцев; другие (наместники, волостели, посельские) не у всех и не всегда, а самыми постоянными и у всех духовных владельцев управителями имений являются приказчики. Права и обязанности чиновных лиц, непосредственно заведовавших населенными вотчинами, определялись в особых наказах или уставных грамотах, какие выдавали им, равно как самим поселянам, духовные владельцы.