Известно, как поступил папа, когда ему не удалось ввести в Россию Флорентийскую унию чрез митрополита Исидора. Папа решил с своими клевретами, по крайней мере, отторгнуть от Русской Церкви те девять епархий, которые находились во владениях литовско-польского короля-латинянина, и подчинить их особому митрополиту, поставленному в Риме, Григорию, ученику Исидорову. Этим дело не кончилось. Король польский несколько раз писал к нашим великим князьям Василию Васильевичу и потом Ивану Васильевичу, чтобы они приняли Григория и в Москву и признали его власть над всею Русскою Церковию. Когда и тут последовала неудача, сам Григорий отправил своего посла в Царьград к патриарху Симону (Симеону Трапезунтскому) с богатыми дарами и с просьбою, чтобы патриарх благословил и утвердил его в звании митрополита и над Московскою митрополиею и послал о том своего посла к русскому государю. Но патриарх, несмотря на свою крайнюю бедность, богатых даров не принял и благословения не дал. Получив об этом известие из Царьграда от Иосифа, митрополита Кесарии Филипповой, поставленного у нас в Москве, и опасаясь, как бы патриарх не поколебался, Иван Васильевич вместе с своим митрополитом Филиппом (1465-1473) и со всем освященным Собором решил патриаршего посла, если он будет послан к нам с благословением Григорию, не впускать в свою землю и самого патриарха того иметь "чужа и отречена" и написал Новгородскому архиепископу Ионе (? 1470), чтобы и он не принимал ни патриаршего, ни Григориева послов, если они придут в Новгород, не верил патриаршей грамоте и не брал никаких поминков от посла Григориева, а оставался бы верен Московскому митрополиту.
Между тем как все это происходило, в Риме созревали новые замыслы против Русской Церкви. Туда по падении Греческого царства удалился (1460) один из братьев последнего греческого императора Фома Палеолог, деспот морейский, вместе с семейством своим, состоявшим из двух сыновей и дочери по имени Софии. Папа принял царственного пришельца и назначил ему на содержание от себя жалованье, которое по смерти его (? 1465) продолжал и его малолетним детям, но зато старался воспитать их в духе своей Церкви. Делом заведовал пользовавшийся особым доверием папы Павла II кардинал Виссарион, некогда православный Никейский митрополит, но изменивший отеческой вере во Флоренции, по его-то инструкции дети обязаны были иметь при себе латинских священников, ходить в латинские церкви и вообще навыкать латинским обычаям. Когда София пришла в возраст, папа и Виссарион решились предложить руку ее русскому великому князю Ивану Васильевичу, надеясь достигнуть чрез то разом двух целей: обратить князя и за ним всю Россию к римской вере и привлечь его к участию вместе с другими государями Европы в том крестовом походе, который подготовлял тогда папа, особенно по настояниям Виссариона, чтобы сокрушить могущество турок и восстановить Греческую империю. Виссарион отправил (1469) от себя посла грека Юрия Траханиота с письмом к нашему великому князю и, предлагая ему руку Софии, скрыл от него, как она воспитывалась в Риме, напротив, утверждал, что она православная христианка и уже отказала двум женихам-государям латинской веры. Такое предложение породниться с императорским домом, царствовавшим в Греции, не могло не понравиться нашему государю, и он по совещании с митрополитом, с своею матерью, братьями и боярами послал в Рим принявшего у нас православие монетчика Ивана Фрязина, родом венецианца, сначала чтобы только дать ответ Виссариону и папе, видеть невесту и достать ее портрет, а потом чрез несколько времени (16 генваря 1472 г.) уже за тем, чтобы привезть ее в Россию. Грамота великого князя, которую в последний раз Фрязин представил папе Сиксту IV, была очень коротка: в ней князь только кланялся папе и просил верить его послам. А посол, признавший за лучшее скрывать в Риме свое православие и выдававший себя за латинянина, решился говорить от имени князя, с его ли согласия или самовольно, одну лишь ложь, угодную папе, чтобы достигнуть своей цели, конечно понимая, что если будет говорить правду, то Софию и не отпустят в Россию. Посол уверял, что русский государь не отвергает Флорентийского Собора, ревнует о воссоединении Церквей, питает приверженность к папе как главе Церкви, готов принять от него легата, который исследовал бы на месте обряды русской веры и наставил бы заблуждающихся на путь истины, и также готов принять участие в походе против турок. Папа поверил послу и успокоил кардиналов, сомневавшихся в правоверии нашего государя и народа, дал Софии богатое вено и отпустил ее в Россию со множеством греков, а с нею послал и своего легата Антония со множеством латинян. Но скоро для папы должны были начаться разочарования. Первая изменила ему София. Еще на пути, в Пскове, встреченная торжественно духовенством, она приняла благословение от православных священников, вошла в Троицкий собор, выслушала молебствие, приложилась ко кресту и к чудотворной иконе Богородицы и, заметив, что сопутствовавший ей легат, пред которым несли литое изображение креста, в своей пурпуровой одежде и шапке гордо вступил в церковь, не поклонился пред иконами, даже не перекрестился, велела ему приложиться также к иконе Богородицы. А когда поезд уже приближался к Москве, великий князь, до которого дошли вести, что Антоний для большей важности во всю дорогу ехал с латинским крыжем впереди, начал советоваться, можно ли допустить это и при вступлении легата в Москву. Одни, особенно Иван Фрязин, говорили, что можно и должно из уважения к папе, а другие - что такой чести римской вере никогда не делали в России, сделал было Исидор и сам погиб. Князь обратился к митрополиту, и митрополит дал ответ: "Невозможно так легату не только войти в город Москву, но и приблизиться к ней; если же ты дозволишь это, желая почтить его, то он войдет в одни ворота города, а я, богомолец твой, выйду в другие; любить и честить чужую веру значило бы поругаться своей". Князь немедленно послал к легату, чтобы спрятал свой крыж, и легат принужден был уступить. Вскоре последовала свадьба великого князя (12 ноября 1472 г.). Легат представил ему письмо и дары от папы. Князь принимал легата и прибывших с ним римлян, равно как и греков, с великими почестями. Но когда Антоний заговорил о Флорентийской унии, князь предложил ему побеседовать о том с митрополитом Филиппом. А митрополит нарочно приготовился к этой беседе, "много изучил, от книг словеса емлючи", и призвал еще в помощь себе книжника Никиту Поповича. В продолжение прений с легатом митрополит то говорил сам, то приказывал говорить Никите. Легат, разумеется, делал возражения, защищал свои мысли, но как у нас тогда господствовал обычай в подобных случаях на все требовать "свидетельства от книг", без чего не хотели верить никаким доказательствам, обычай, доселе остающийся в силе у наших раскольников, то и от легата, верно, потребовали таких же свидетельств в подтверждение его слов. Легат отвечал: "Книг со мною нет", и прения окончились ничем. Легата отпустили (26 генваря 1473 г.) из Москвы с богатыми дарами папе, но это едва ли могло утешить последнего, тем более что не состоялся и предполагавшийся поход против турок с участием в нем нашего государя.
Около того же времени, когда в Москве происходили эти мирные прения о вере между представителем папства и православным святителем, в небольшом городке Ливонии, находившейся некогда под властию русских князей, в нашем древнем Юрьеве (Дерпте), совершено ревнителями латинства страшное насилие над православными. Там был Русский конец, т. е. населенный русскими, и в нем издавна существовали две русские церкви: одна - во имя святителя Николая, другая - во имя великомученика Георгия. Не далее как в 1463 г. Юрьевский бискуп, посадники и ратманы вновь заключили в Пскове с великим князем московским договор, которым обязывались давать русскому государю пошлину "по старине" и также "Русский конец и св. церкви держать по старине и по старым граматам, а не обидеть". Между тем в это самое время и начали наиболее обнаруживаться обиды русским в Юрьеве, так что один из русских священников - Иоанн, служивший при церкви святого Николая, нашелся вынужденным удалиться со всем своим семейством в Псков, где, по смерти жены своей приняв монашество с именем Ионы, положил основание Псково-Печерскому монастырю (около 1470 г.). А другой священник, Исидор, решившийся не оставлять своей паствы до конца, вскоре должен был вкусить мученическую смерть. В начале 1472 г., на праздник Богоявления, когда Исидор с своими прихожанами вышел на реку Амовжу (ныне Эмбах) и совершал водосвятие, на них внезапно устремились по приказанию своего бискупа толпы ливонских немцев, схватили священника и до 72 его прихожан, мужей и жен, и повлекли их сначала пред лицо бискупа, а потом в темницу. Очень вероятно, что власти и жители Дерпта если и терпели в своем городе православную церковь, то только под условием, как это делалось иногда и в других городах латинской веры, чтобы православные отправляли свои церковные службы скромно и скрытно, а отнюдь не публично и не торжественно, и что потому-то крестный торжественный ход русских на реку и возбудил в немцах религиозный фанатизм. Кроме того, против Исидора еще прежде сильно вооружен был бискуп, так как ему было донесено, что Исидор при своих религиозных собеседованиях с немцами, с жаром защищая свое исповедание, смело порицал веру латинскую. По заключении Исидора в темницу бискуп послал приглашение к старейшинам города, чтобы они собрались в ратушу. Потребовали в ратушу и Исидора с его прихожанами: здесь их судили и убеждали не упорствовать более в своем православии, сделаться католиками и сознаться, что они несправедливо хулили латинскую веру. Но Исидор и его духовные дети остались непреклонными и все по приговору своих жестоких судей 8 генваря потоплены были в реке Амовже на том самом месте, где ими устроен был иордан для водосвятия. Весною по вскрытии Амовжи, когда спали ее разлившиеся воды, тела страдальцев найдены на берегу ее в трех верстах от Дерпта, все в одном месте, ничем не поврежденные. Проезжие православные купцы некоторых похоронили тут же, а других перевезли в Дерпт и погребли у церкви святого Николая. Через два года (в 1474 г.) юрьевцы снова заключили с великим князем московским договор, в котором статья первая гласила: "Што св. Божии церкви у Юрьеве, у Руском концы, и Руский конец, и то честному бискупу, и посадником юрьевским, и всем юрьевцом держати честно, по старыне и по крестному целованью и не обидети" (А. Запад. Рос. 1. № 69 ). А в 1481 г. при возобновлении этого договора сказано было: "Бискупу Юрьевскому, и посадником, и ратманом юрьевским церкви Божии св. Николы и св. Георгия очистити и Руский конец и села тых церквей очистити по крестному целованью, по старыне" (там же. № 75. С. 97 ).