Несмотря, однако ж, на отказ царя беседовать о вере, Антоний начал умолять его, чтобы он высказал свои мысли по этому делу. Царь: "Мы приняли христианскую веру с самого начала христианства, когда апостол Андрей приходил в наши страны и отсюда отправился в Рим, потом при Владимире она еще более у нас распространилась. Таким образом, в одно и то же время, когда вы в Италии приняли христианскую веру, приняли ее и мы, но у нас она сохранилась неповрежденною доселе, а в римской вере ныне семьдесять вер, как ты сам говорил мне в Старице". Антоний: "В Риме всегда пребывала та вера, которую проповедали вначале Петр и Павел, за нее потом почти триста лет проливали кровь свою преемники Петра, а последующие, хотя и жили в более покойные времена, сохранили ее неповрежденною среди всех треволнений. В Риме не семьдесять вер, а одна, семьдесять же и еще более ересей пошли от Лютера, и все они прокляты". Царь: "То хорошо, что папы проливали кровь свою за веру Христову. Ибо Христос сказал: Не убойтеся от убивающих тело, душу же не могущих убити". Антоний: "Вот и я пришел в Московию смело во имя Божие, а других посылает папа в Индию и в другие страны света, и они переносят все за имя Христово". Царь: "Написано: Шедше, научите вся языки, проповедите Евангелие всей твари. Когда совершали это все апостолы, ни один из них не был больше другого, а от них пошли епископы, архиепископы, митрополиты, в том числе и наши". Антоний: "Прочих апостолов Христос послал на проповедь с одинаковою властию, но одному Петру дал то, чего не дал им, - ключи Царства Небесного и поручил утверждать братию и пасти своих овец. Если и происшедшие от других апостолов епископы сохраняют свою власть, не тем ли более должно сохранять ее седалище Петра, которое и врата адова не одолеют и которое пребудет до скончания века по обетованию Христову?" Царь: "Мы признаем Петра и многих святых пап - Климента, Сильвестра, Агафона, Льва, Григория и других. А последующие затем папы - какие они преемники Петра? Живя нечестиво, с такою же ли властию они седят на седалище Петра?" Антоний: "Без сомнения, с такою же, потому что они постоянно следовали Писанию, канонам и учению тех древних пап, которых и вы признаете. А что до нравственности, то сила таинства и управление Церковию, предоставленное папам, зависят не от жизни людей, но от непреложного установления Христова. Да и не все то правда, что говорят про пап отделившиеся от Тела Христова... Ты, конечно, законный наследник князя Владимира святого и его преемник что ж, если бы кто вздумал отвергать твою наследственную власть или твоих предков ради того, что они совершили что-либо по немощи человеческой? Разве не следовало бы такого обличить, не говорю - подвергнуть наказанию?" Эти слова взволновали царя, и он, почти поднявшись, сказал: "Знай, что папа не пастырь". "А если не пастырь, - отвечал Антоний, - то зачем же ты посылал к нему о твоих делах, и разве ты и твои предместники не всегда называли его пастырем Церкви?" Тогда царь вышел из себя, вскочил с места, и все думали, что он поразит Антония своим жезлом, но царь только сказал: "Тебя, верно, мужики на площади научили говорить со мною, как с мужиком".
Антоний старался успокоить царя льстивыми словами и, к изумлению всех, действительно успокоил, так что он снова сел на свое место и сказал: "Не хотим говорить с тобою о больших делах по вере, чтоб тебе не в досаду было, а вот малое дело: у тебя борода подсечена, а подсекать и подбривать ее не велено ни попу, ни мирским людям". Антоний отвечал, что он бороды не сечет себе и не бреет, а если бы и брил, то ничего бы худого не было, потому что это делали и святые, и прежние папы, как свидетельствуют их сохранившиеся изображения. Царь продолжал: "Сказывал нам наш паробок Истома Шевригин, что папа Григорий сидит на престоле и носят его на престоле и целуют его в ногу, а на сапоге у него крест, на кресте Распятие Господа. Пригожее ли то дело? У папы Григория ведется то вопреки уставу святых апостолов и святых отцов, и от гордыни такой чин уставлен". Антоний объяснял, что папа садится на престоле не по гордости, а чтобы удобнее благословлять народ в торжественных случаях, что кланяются папе в ноги по примеру того, как кланялись христиане апостолам, а на ноге у папы крест для того, чтобы лобызающие его понимали, что честь, воздаваемая ими папе, относится к Самому Христу. Затем говорил: "Папе воздается честь по его достоинству и величеству: он всем государям отец, и учитель, и глава; он сопрестольник Петру и Павлу, а Петр сопрестольник Христу; папа царствует в Риме, где лежат мощи апостолов Петра и Павла, Андрея и других, мощи вселенских учителей и многих мучеников. Такого ли великого государя папу Григория, сопрестольника Петра и Павла, всем нам не величать и не славить?.. Вот и ты - государь великий в своем государстве, и вас, государей, как нам не величать, не славить и не повергаться пред вами?" При этом Антоний действительно поклонился Ивану Васильевичу в ноги. Но царь отвечал: "Твои хвалебные слова о папе Григории ты говоришь от своего мудрования, а не по преданию апостольскому. Святителям не подобает так гордиться, а подобает ему смиренномудрствовать и подражать Петру во всем по заповеди Христовой... Нас, государей, пригоже почитать по царскому величеству, а святителям, ученикам апостолов, должно показывать смирение, а не возноситься выше царей гордостию; царям - царская честь, а святителям - святительская... Мы чтим своего митрополита и требуем его благословения, но он ходит по земле, и мы не поклоняемся ему, как Богу... Папа велит носить себя на престоле и величается сопрестольником Петру, а по Петре - и Самому Христу. Но папа не Христос, и престол, на котором носят папу, не облако, и носящие его не ангелы; не следует папе Григорию уподоблять себя Христу, да и Петра, верховного ученика Христова, хотя он творил все дела по заповедям Христовым, не подобает равнять Христу... Который папа живет по Христову учению и по апостольскому преданию, тот - сопрестольник великим папам и апостолам, а который папа начнет жить не по Христову учению и не по апостольскому преданию, тот папа - волк, а не пастырь". Тут Антоний прекратил свою беседу, сказав: "Коли уж папа волк, то мне что и говорить?" А государь на это: "Я ж предупреждал тебя, Антоний, что если нам говорить о вере, то без раздорных слов не обойдется, да и волком я назвал не настоящего вашего папу, а того, который не захотел бы жить по учению Христову и апостольскому преданию. Но пора кончить". И положил государь руку на Антония, и, дважды обняв его, отпустил.
Чрез два дня (23 февраля) собралось во дворец еще гораздо больше народа, чем прежде, и Антония вновь позвали к государю. Антоний был в большом страхе и на всякой случай приобщил даже своих спутников Святых Тайн. Но Иван Васильевич, как только увидел его, пригласил его сесть и громким голосом вслух всех произнес: "Антоний! Если я сказал тебе прошлый раз что-либо неприятное о Римском первосвященнике, то прошу меня извинить, и не пиши о том к папе. Мы хотим иметь с ним, несмотря на разности по вере, как и с прочими христианскими государями, дружбу, братство и единение, для чего и пошлем с тобою в Рим нашего посла. А о всем прочем дадут тебе от нашего имени ответ наши бояре". Бояре рассуждали с Антонием о разных политических делах, относительно же веры только просили его именем государя изложить на бумаге, чем разнятся вера русская и латинская, так как в России никто не умеет перевесть с греческого присланную папою книгу о Флорентийском Соборе. Антоний обещал исполнить просьбу.
В последний раз Иван Васильевич имел с Антонием речь о вере 4 марта. То было первое воскресенье Великого поста. Позвав к себе Антония, в присутствии многочисленных сановников и царедворцев государь сказал ему: "Ныне мы идем в соборную церковь, пойди и ты - мне сказали, что ты этого желаешь, - и посмотри, как мы поклоняемся Пресвятой Троице, и Богородице, и всем святым, как чтим нашего отца и богомольца митрополита, но не обожаем его, не носим на престоле, как вы носите своего папу и целуете его в ногу, - то гордость, а не святительское дело. Ты называешь папу наместником апостола Петра, но Петр так не делал, его не носили на престоле, а ходил пеш и бос". Антоний, озадаченный новыми нападками на папу, хотя царь в них уже извинялся, отвечал, что делание идти в русскую церковь никому не выражал, что знает чин ее службы и не может присутствовать при служении митрополита, пока он не утвержден папою, а в защиту папы повторял прежние свои слова и под конец сказал: "Как нам всем не чтить и не величать папы? Он всем отцам отец. А вот и у тебя, государя, митрополит, и ты какую ему честь воздаешь? Умоет он в службе руки свои, и тою водою ты мажешь свои очи". Государь: "Называешься учителем и сказываешь, что пришел нас учить, а и того не знаешь, что говоришь; читал ли ты толковую обеденную службу (толкование на литургию)?" Антоний ответа не дал, и государь продолжал: "Коли не знаешь, я тебе скажу: тою водою, которою митрополит на обедне умывает руки, как он сам, так и мы все просвещаем очи свои: она знаменует Страсти Господни". После того Антоний сказал: "Чтобы не утруждать тебя более, государь, прошу принять вот эту рукопись, которую я написал по твоему приказанию, о различии между католическою Церковию и Греческою. Тут ты найдешь, когда пожелаешь, ответы на все такого рода вопросы о вере". Приняв рукопись, царь велел боярам идти в церковь вместе с Антонием, но Антоний, когда бояре остановились пред церковию в ожидании государя, успел незаметно уйти. Пред отъездом своим из России Антоний снова просил, чтобы позволено было приезжим латинянам иметь в ней свои церкви, и в третий раз получил отказ. Бояре именем государя отвечали: "Приезжие люди римской веры могут невозбранно иметь у нас своих попов, но только б они своего учения русским людям не плодили, а костелов им в нашем государстве не ставить. В нашем государстве много разных вер, и мы у них воли не отнимаем: живут все по своей воле, как кто хочет, а церквей еще по сие время ни которой веры в нашем государстве не ставливали". Отпуская Антония, царь Иван послал с ним в Рим своего гонца и грамоту к папе, в которой извещал, что принял его посла с благодарностию и любовию, выражал свою готовность быть в союзе с христианскими государями против турок, касательно же веры писал: "А что еси прислал к нам с Антонием книгу Собора Флорентийскаго, печатную греческим письмом, и мы тое книгу у посла твоего велели взяти, а что еси писал к нам и речью нам посол твой говорил о вере, и мы о том с Антоньем говорили".