Нельзя сказать, чтобы за учреждением патриаршества в России и другими, последовавшими затем переменами в нашей церковной иерархии изменилось и значение ее гражданское, или государственное, но оно стало теперь заметнее и осязательнее. И прежде Русские митрополиты и прочие архиереи со всем освященным Собором приглашались иногда для совещаний о делах земли Русской вместе с боярами и другими представителями земства на так называвшиеся земские Соборы. Но это бывало весьма редко, в случаях чрезвычайных, когда решались вопросы, например, о войне, о церковных имениях. Теперь патриарх и подчиненные ему иерархи сделались постоянными членами земских собраний, или Соборов. Флетчер, бывший тогда в России, свидетельствует, что эти собрания, впрочем неполные, так как на них не присутствовали избранные представители от земства, созывались обыкновенно по пятницам в Столовой палате государевой. Царь садился на троне. Недалеко от царя, за небольшим четвероугольным столом, за которым могли поместиться человек двенадцать, садился патриарх с митрополитами, епископами, знатнейшими боярами и с двумя думными дьяками, или секретарями, записывавшими все, что происходило. Прочие члены садились на скамьях около стены. Потом один из дьяков излагал самые предметы, для рассуждения о которых созвано было собрание. И прежде всего выслушивалось мнение патриарха и бывшего с ним духовенства. Сам ли Федор Иванович по чувству благочестия, которым отличался, и в частности по уважению и расположенности к патриарху Иову, предоставил ему и прочим архиереям такое близкое и постоянное участие в делах государственных, или это устроилось по намерениям ближнего боярина государева Годунова, который, предполагая в среде бояр, заседавших в земской думе, или собрании, своих врагов, явных и тайных, хотел иметь здесь для себя поддержку в знатном духовенстве, и особенно в патриархе Иове, которому издавна благодетельствовал и на которого мог рассчитывать, неизвестно. Но только это участие духовенства в государственном совете скоро оказалось весьма полезным, когда настало для России смутное время и когда патриарху с прочими архиереями пришлось стать во главе лиц, заправлявших судьбами государства.
И по долгу верноподданного, и по чувству признательности Иов с полным усердием служил царю Федору Ивановичу, по воле которого удостоился быть сперва митрополитом, а потом и патриархом. В начале 1591 г. Федор Иванович, лично предводительствуя своим войском, одолел шведов и отнял у них и возвратил России города Яму, Ивангород и Копорье. Иов торжественно встретил возвратившегося в Москву победителя и приветствовал его речью, в которой уподоблял его равноапостольному царю греческому Константину и русскому великому князю Владимиру, указывая на то, что как они очистили свои земли от язычества и водворили в них христианство, так теперь и царь Федор очистил от иноверия города, отнятые у неприятеля, и восстановил в них православие.
В том же 1591 г. царский дом постигло несчастие: 15 мая не стало царевича Димитрия, единственного брата Федора Ивановича, которого он очень любил и в котором, не имея детей, мог видеть своего наследника. Царевич жил в своем удельном городе Угличе со своею материю царицею Мариею и ее братьями Михаилом и Григорием Нагими. По свидетельству летописей, девятилетний царевич погиб насильственною смертию от убийц, подосланных Борисом Годуновым, подготовлявшим себе путь к царскому престолу, но сбежавшийся по набату народ при виде преступления тогда же умертвил самих убийц, Осипа Волохова, Никиту Качалова и Данилу Битяговского, а также и отца Данилы дьяка Михаила Битяговского и других, всего 12 человек. Когда гонец с вестию об убиении царевича прибыл в Москву, Годунов взял у него грамоту и велел написать другую, будто царевич, страдавший падучею болезнию, сам заколол себя ножом, играя с детьми, и эту грамоту представил царю. Царь горько плакал. Для розыска послан был в Углич знатнейший боярин князь Василий Иванович Шуйский с двумя другими лицами, а для погребения царевича - митрополит Крутицкий Геласий. Следователи в угоду Годунову повели дело так, что, по большинству показаний, царевич действительно закололся сам и что дьяк Битяговский и прочие с ним убиты народом совершенно невинно по наущению Михайла Нагого, враждовавшего против Битяговского. Царь приказал боярам идти с следственным делом на Собор к патриарху Иову, и оно прочитано было в присутствии всего освященного Собора и бояр дьяком Щелкаловым. Патриарх, выслушав следствие, сказал: "Пред государем царем Михайлы и Григория Нагих и углицких посадских людей измена явная: царевичу Димитрию смерть учинилась Божиим судом, а Михайла Нагой государевых приказных людей, дьяка Михайлу Битяговского с сыном, Никиту Качалова и других, которые стояли за Михаилу Битяговского, велел побить напрасно за то, что Битяговский часто бранился с Нагим за государя. За такое великое изменное дело Михаила Нагой с братьею и мужики-угличане по своим винам дошли до всякаго наказания. Но это дело земское, градское, то ведает Бог да государь, а наш долг молить Бога о государе и государыне". Речь патриарха бояре немедленно передали царю, и царь велел казнить виновных. Нагих разослали по городам и заключили в темницы, саму царицу Марию постригли в монашество и заточили в Николаевскую пустынь на Выксе, близ Череповца, угличан одних казнили смертию, другим отрезали языки, а многих вывели в Сибирь и населили ими город Пелым. Патриарх, очевидно, высказал свое мнение на основании того, что узнал из следственного дела, и думать, будто он покривил здесь своею совестию в угоду Годунову, совершенно неосновательно. Патриарх тогда еще не мог знать об участии Годунова в убиении Димитрия, как не знали и другие архиереи: событие совершилось так недавно и не успело довольно огласиться, сам Годунов не открыл же Иову злых своих замыслов. Отвергнуть следственное дело или не доверять ему Иов не имел никакого основания, тем более что и митрополит Сарский Геласий, бывший в Угличе на следствии, засвидетельствовал пред Собором от имени царицы о виновности Михайла Нагого с братиею в убиении Битяговского. Если и могли патриарх и прочие архиереи узнать правду об этом деле, то разве только впоследствии, когда она сделалась известною многим.
Спустя год после смерти царевича Димитрия Бог утешил царя Федора Ивановича дарованием ему дочери Феодосии, но в следующем году дочь скончалась, и это повергло отца и особенно мать в чрезвычайное горе. Патриарх Иов счел нужным написать царице Ирине послание и убеждал ее не предаваться скорби, но уповать на Бога и усердно Ему молиться, напоминал ей о праотце Адаме, как горько он плакал над телом своего сына Авеля, но не мог слезами возвратить его к жизни по силе неизменного приговора: Земля ecu и в землю отыдеши, указывал на праведных Иоакима и Анну, которые хотя до старости оставались неплодными, но своим упованием на Бога, своими неотступными молитвами подвигли Его разрешить неплодство Анны и даровать им благословенное чадо. "Видишь ли, благоверная государыня царица, - заключал первосвятитель, - сколько может молитва праведных, терпеливо переносящих постигающие их скорби. А кручиною, государыня, ничего нельзя взять, можно взять лишь милостью Божиею; если печалишься, то только гневишь Бога, а своей душе причиняешь немалый вред и безгодно изнуряешь свое тело; диавол же, когда видит кого-либо скорбящего, укрепляется на него. Потому молю твое благочестие, положи во всем упование на Бога и на Пречистую Богородицу, и Она, видя твое упование, умолит Сына Своего, да исполнит всякое твое прошение, да сотворит чресла твои многоплодными и да устроит тебя как лозу плодовитую в дому твоем".