В начале 1625 г. собирался в Варшаве вальный сейм. Запорожцы избрали и отправили на сейм трех своих послов, дав им инструкцию. Митрополит Иов, путешествовавший тогда по своей епархии, встретил этих послов в городе Корсуни (Киевского воеводства) и посоветовал им заехать в Вильну к ректору школ и проповеднику Свято-Духовского монастыря Иосифу Бобриковичу и выслушать от него наставления, а сам послал с теми же лицами к Бобриковичу письмо (от 12 генваря) и несколько мембранов за собственноручною подписью и печатью и просил его написать на мембранах по своему мудрому усмотрению ходатайства от имени митрополита к более важным особам, например к литовскому гетману, к пану Краковскому, или даже к самому королю, и вручить такие ходатайства казацким послам. В инструкции этим послам казаки поручали: "Просить на сейме, чтобы король оставил нашу русскую веру по старым нашим правам и вольностям в покое и наших старших духовных: митрополита Иова Борецкого и владык - в послушании и под благословением Восточной Церкви, утвердил их своею грамотою и наделил имениями, а униатам запретил мучить нашу братию и преследовать наши церкви; просить также, чтобы он оставил в покое киевский Печерский монастырь и утвердил своею грамотою нового архимандрита Захарию Копыстенского, избранного печерскою братнею, всею киевскою шляхтою и всем рыцарством запорожского войска". Захария избран был 20 ноября 1624 г. на место архимандрита Елисея Плетенецкого, скончавшегося 13 ноября. Король исполнил только последнюю просьбу и выдал (7 февраля 1625 г.) архимандриту Захарии Копыстенскому свою утвердительную грамоту, потому что об этом просили сами киево-печерские иноки. А первую просьбу оставил без внимания, и на сейме касательно русской веры и архиереев не сделано никакого решения.
Митрополит Иов и его советники-епископы давно уже поняли, что нечего им ждать защиты и справедливости от польского правительства и, естественно, устремляли свои взоры к единоверной и единоплеменной Москве. Надобно допустить, что Иов еще вскоре после посвящения своего на митрополию сообщил о себе известие московскому государю Михаилу Федоровичу и патриарху Филарету Никитичу, потому что в 1622 г. прислал к тому и другому, как уже им известный, свои ходатайственные письма за митрополита Пелагонского Иеремию, проезжавшего чрез Киев в Москву для испрошения милостыни. К концу того же года отправил в Москву из своего лубенского Преображенского монастыря проживавший там епископ Исаия Копинский двух старцев с письмами к царю и патриарху (от 4 декабря), где, именуя себя "епископом и эксархою Малой Росии, земли Киевской" и горько жалуясь на притеснения от униатов, просил милостыни для себя и для 150 иноков и послушников своей обители. Царь и патриарх отвечали Исаии также письмами (от 14 сентября 1623 г.) и послали ему своего жалованья три сорока соболей. В августе 1624 г. Иов митрополит отправил в Москву три письма, одно к царю, другое к патриарху, третье к думному дьяку Грамотину, с Луцким епископом Исаакием Борисковичем, который ехал туда и по своему частному делу. В пограничном городе Путивле Исаакий заявил воеводам, что он поставлен во епископа Иерусалимским патриархом Феофаном и сначала жил в луцком Преображенском монастыре, но когда король польский в 1623 г., в Филиппов пост прислал в Луцк униатского епископа Иеремию Почаповского и там начали угнетать православных, а его, Исаакия, хотели даже убить, то он удалился в Киев, в Печерский монастырь и, купив себе в Волынской земле пустыньку, едет теперь в Москву за милостынею, чтобы устроить в той пустыне для своего местопребывания монастырек во имя Успения Пресвятой Богородицы. Заявил также, что польский король собирает много войска, чтобы побить запорожских казаков и разорить православную веру, и что он, Исаакий, везет в Москву от своего митрополита Иова Борецкого три письма и имеет еще словесные духовные дела к патриарху Филарету. Воеводы дали о всем знать государю и послали к нему письма митрополита Иова вместе с письмом самого Исаакия. Во всех своих письмах (от 24 августа) митрополит просил, чтобы Исаакия свободно пропустили в Москву, дали ему милостыни и верили ему во всем, что будет говорить, как "мужу, тайну царскую могущему сохранити". О том же просил в своем письме и Исаакий. Царь дал приказ отпустить из Путивля в Москву епископа Исаакия с его спутниками. В генваре 1625 г., 4-го числа Исаакий представлялся царю Михаилу Федоровичуи поднес ему деревянный крест с мощами от Святой горы да мощи святой великомученицы Варвары и получил государева жалованья: сребропозлащенный кубок с крышкою, 12 аршин камки, 13 аршин обьяри багровой,. 40 соболей и 35 рублей деньгами. В феврале, 10-го числа представлялся патриарху Филарету и поднес ему святое миро и греческую книгу - жития святых, а от него получил образ, обложенный серебром, сребропозлащенный кубок, 12 аршин камки, 40 соболей и 25 рублей деньгами. Да кроме того, выпросил для своего будущего монастыря богослужебные книги: напрестольное Евангелие, Апостол, Служебник, Октоих и Триоди, постную и цветную. По другому, более важному делу, о котором поручено было Исаакию доложить царю и патриарху только на словах, Исаакий имел беседу 14 генваря на Казенном дворе по указу государеву с князем Иваном Борисовичем Черкасским да с думным дьяком Грамотиным. Исаакию было поручено, как объяснял он боярам, бить челом великому государю, чтобы он принял Малороссию под свою высокую руку и защитил ее от поляков. Но бояре отвечали Исаакию: "Из твоих речей видно, что мысль эта в вас самих еще не утвердилась и не окрепла между вами и что казаков не будет столько, чтобы они одни могли стоять против поляков, да к тому ж весною казацкое войско собирается идти морем на турок, так теперь царскому величеству этого дела начать нельзя. Но если и вперед вам будет утеснение в вере от поляков, а у вас против них будет соединение и укрепление, тогда вы дайте знать царскому величеству и святейшему патриарху, и они будут о том мыслить, как бы православную веру и церкви Божии и вас всех от еретиков в избавленье видеть". Исаакий сказал: "У нас та мысль крепка; мы все царской милости рады и под государевою рукою быть хотим; об этом советоваться между собою будем, но теперь боимся, если поляки на нас наступят скоро, то нам, кроме государской милости, деться негде. Если митрополит, епископы и войско запорожское прибегнут к царской милости и поедут на государево имя, то государь их пожаловал бы отринуть не велел, а им кроме государя деться негде". Таким образом предложение, привезенное Исаакием, в Москве найдено только преждевременным, но не было отвергнуто. Исаакию дано даже обещание помощи, и он (23 февраля) отпущен был с честию. Государь пожаловал ему еще три сорока соболей ценою на сто рублей и поручил доставить митрополиту Иову пять сороков соболей на триста рублей, а патриарх послал чрез Исаакия на благословение Иову образ Пресвятой Богородицы в сребропозлащенном окладе с каменьями.