Когда настало для Бориса тяжкое время, когда явился Лжедимитрий, патриарх употреблял с своей стороны все меры, чтобы поддержать власть законного государя. Димитрий прежде всего нашел себе покровителей в Польше, и Иов вместе с прочими архиереями писал (1604) к высшей раде Короны Польской и великого княжества Литовского, к арцибискупам, бискупам и всему духовенству, и удостоверял их в своей грамоте, что выдающий себя за царевича Димитрия - обманщик, бывший монах, диакон Григорий Отрепьев, и просил ему не верить; писал также к знаменитому воеводе киевскому князю Константину (Василию) Острожскому, лично знавшему Отрепьева, и во имя православия убеждал князя обличить обманщика и схватить, хотя обе эти грамоты не достигли своей цели. Из Польши самозванец с небольшою ратью вступил в пределы России, против него послано было царское войско; патриарх в это время пел в Москве молебны о даровании победы царю Борису, убеждал народ твердо помнить данную им присягу государю, с клятвою удостоверял всех, что царевич Димитрий углицкий давно скончался и погребен, что под его именем идет теперь на землю Русскую не кто другой, как известный ему вор, расстрига Гришка Отрепьев, рассылал об этом грамоты по всей Москве, писал в полки к боярам, воеводам, дворянам и ко всей рати и, наконец, в генваре 1605 г. разослал и сам непосредственно и чрез епархиальных архиереев грамоты по всей России. В грамотах патриарх извещал, что литовский король Сигизмунд преступил крестное целование и, признав беглого чернеца расстригу Гришку Отрепьева князем Димитрием углицким, отпустил с ним своих воевод и воинов в Русскую землю, желая в ней церкви Божии разорить, костелы латинские и лютеранские поставить, веру христианскую попрать и православных христиан в латинскую и люторскую ересь привести и погубить. Затем, описав довольно подробно похождения Лжедимитрия и сказав, что он сам уже уклонился в ересь и имеет намерение поругаться в России православной вере и устроить костелы латинские и люторские, патриарх давал приказ духовным лицам прочитать эту грамоту по всем церквам, ежедневно петь молебны, чтобы Бог не попустил литовским людям превратить Русскую землю в латинскую ересь и даровал победу царю Борису над самозванцем, и всенародно проклинать не только самого самозванца, изменника, еретика, отметника веры христианской, но и всех воровских его советников и государевых изменников, которые тому вору последуют, как преданы они уже вечному проклятию в Москве всем освященным Собором.
Царь Борис Федорович внезапно скончался (13 апреля 1605 г.), и патриарх вместе со всем освященным Собором и боярами, а за ними и все жители Москвы, все войско, вся Россия присягнули вдовствующей царице Марье Григорьевне и детям ее - царю Федору Борисовичу и царевне Ксении Борисовне и клялись не изменять им никогда, не приставать к вору, называющему себя царевичем Димитрием, и не хотеть его на Московское государство. Но скоро один за другим начали изменять бояре, потом изменило войско, изменили все жители Москвы: на Лобном месте они выслушали грамоту, присланную Лжедимитрием (1 июня), и признали его за истинного царевича Димитрия, несмотря на все прежние многократные и клятвенные удостоверения патриарха, что это самозванец. Услышав об измене москвитян от некоторых бояр, патриарх понял, что новые удостоверения и клятвы с его стороны были бы уже напрасны, и только плакал и молил бояр укротить возмутившийся народ. 3 июня отправлена была в Тулу от имени всех жителей Москвы повинная грамота к Лжедимитрию с известием, что они все присягнули ему и просят его пожаловать в свою столицу, но замечательно, отправлена была только с боярами, а не с митрополитами и архиепископами, как требовал Лжедимитрий в своей грамоте и как следовало бы, - знак, что патриарх тут вовсе не участвовал и все творилось без его согласия. Июня 10-го получена в Москве из Серпухова ответная грамота от Лжедимитрия, что он тогда только вступит в Москву, когда враги его будут истреблены до последнего. И вот тогда-то "множество народа царствующего града Москвы", как свидетельствует сам Иов, с оружием и дреколием вторглись в соборную церковь Успения Пресвятой Богородицы, где он священнодействовал, и, не дав ему окончить литургии, повлекли его из алтаря. Иов сам снял с себя панагию и, полагая ее пред Владимирскою иконою Богоматери, со слезами возопил: "О Пречистая Владычица Богородица! Сия панагия и сан святительский возложены на меня, недостойного, в Твоем храме, у Твоего чудотворного образа, и я, грешный, 19 лет правил слово истины, хранил целость православия, ныне же по грехам нашим, как видим, на православную веру наступает еретическая, молим Тебя, Пречистая, спаси и утверди молитвами Твоими православие". Молитва святителя еще более озлобила изменников, они с позором таскали его по церкви и потом повлекли к Лобному месту, которое скоро окружили толпы народа. Многие плакали и рыдали, видя такое смятение. Соборные клирики с воплем и криком выбежали из церкви и старались образумить тех, которые бесчестили и били патриарха сурово и бесчеловечно. Иные винили его за то, что "найяснейшаго царевича Димитрия растригою сказует". Иные кричали: "Богат, богат Иов патриарх, идем и разграбим его". И бросились на патриарший двор, и разграбили весь дом святителя и все имущество. Иов молил, чтобы его отпустили на обещание его в город Старицу, в Успенский монастырь, и клевреты самозванца с его согласия отправили туда на изгнание патриарха Иова в простой рясе чернеца на убогой телеге. И если Лжедимитрий в грамотах о восшествии своем на престол (от 6 и 11 июня) говорил пред Россиею, что и патриарх Иов, и все архиереи, и освященный Собор вместе с боярами и другими людьми узнали в нем прирожденного государя своего и били ему челом, то это была или намеренная ложь, чтобы сильнее подействовать на народные толпы, или, может быть, ненамеренная: самозванцу могли сказать прибывшие из Москвы с повинною грамотою, что и патриарх вместе со всеми присягнул ему, и самозванец мог легко поверить приятной вести, пока не узнал истины. По крайней мере в следующих своих грамотах о приведении всех жителей России к присяге (от 11 и 12 июня) Лжедимитрий говорил уже лишь о том, что на Москве и других городах ему целовали крест бояре и прочие, а о патриархе Иове и об архиереях вовсе не упомянул. Да и те многие москвичи, которые дерзнули напасть на своего первосвятителя в церкви во время его священнодействия и низвергнуть его с кафедры, без сомнения, не поступили бы так, если бы он был с ними единомысленным, т. е. вместе с ними признал нового государя и присягнул ему.
В Старицком монастыре был тогда настоятелем архимандрит Дионисий, один из самых светлых и достопамятных деятелей того времени. Он родился в городе Ржеве и наречен был Давидом. Чрез несколько времени родители его переселились в Старицу, где отец его сделался старейшиною Ямской слободы. Здесь отрок Давид отдан был родителями учиться грамоте двум инокам Старицкого монастыря и постоянно отличался между своими сверстниками двумя качествами: необыкновенною кротостию и великим прилежанием к учению. Когда он достиг возраста, то, покорясь воле родителей, вступил в брак и за свое благочестие удостоился быть священником в одном из сел Старицкого монастыря. Прошло шесть лет, и Давид, лишившись жены и обоих сынов своих, прибыл в Старицкий монастырь и принял здесь пострижение с именем Дионисия. Однажды прилучилось ему вместе с другими братиями быть в Москве для монастырских потребностей, и он вышел на торжище, где продавались книги. Здесь некто, увидев Дионисия, еще юного летами, и удивляясь его высокому росту и красоте лица, помыслил о нем худое и начал поносить его срамными словами. Дионисий не только не огорчился и не озлобился, напротив, вздохнув от сердца и обливаясь слезами, с великою кротостию сказал к своему обидчику: "Поистине, брат мой, ты право помыслил о мне, и я, грешный, действительно таков, как ты отозвался. Бог тебе открыл о мне. Если бы я был истинный инок, то не бродил бы по торжищу, не скитался бы между мирскими людьми, а сидел бы в своей келье. Прости меня, грешного, Бога ради". Этими и другими подобными речами Дионисий привел в умиление слышавших, и они стали было кричать на хульника, называя его невеждою. "Нет, братие, прервал их Дионисий, - невежда я, а он послан от Бога, и его слова ко мне все справедливы, на утверждение мне, да не буду впредь скитаться по торжищу и пребуду в моей келье". Скоро Дионисий удостоился быть казначеем в старицком Успенском монастыре, а потом (около 1605 г.) избран и посвящен в архимандрита и занял в том монастыре должность настоятеля. В это-то время и прислан был в Старицкий монастырь патриарх Иов "за приставы" и с грамотою от самозванца, чтобы держали присланного "во озлоблении скорбнем". Дионисий, угостив приставов, отпустил их, а сам со всею братиею явился к Иову, просил его приказаний и отдавался в его полное распоряжение. Около двух лет прожил Иов в своем заточении, и Дионисий всячески старался успокоить невинного страдальца и служил ему до самой его кончины, которая последовала 19 июня 1607 г. Для отпевания Иова присланы были из Москвы Крутицкий митрополит Пафнутий и Тверской архиепископ Феоктист, которые и погребли его близ церкви Успения Пресвятой Богородицы, у западных дверей с правой стороны. А Дионисий воздвиг над могилою первосвятителя каменную палатку, или небольшой склеп, в виде часовенки.
В 1604 г., когда с появлением Лжедимитрия наступало для России тяжкое время, Иов, уже дряхлый и болезненный, написал на всякий случай свою духовную грамоту, в которой со всею искренностию поведал и о самом себе. Из этой грамоты узнаем некоторые прекрасные свойства его души. Он был человек смиренный, не забывшийся на высоте, не мечтавший о своих достоинствах. Сказав, как быстро поднимали его по степеня церковной иерархии сперва царь Иван Васильевич, потом царь Федор Иванович, Иов присовокупляет: "Но один Бог ведает, сколько предавался я рыданию и слезам с того времени, как возложен был на меня сан святительства, ибо я чувствовал мои немощи, сознавал, что не имею довольно для того духовных сил". Он был человек нестяжательный и употреблял свои богатые средства преимущественно на храмы Божии и на вспомоществование ближним. Велики были, говорит он далее, милостыни и неисчетны дачи ему, заздравные и заупокойные, от обоих царей, Федора Ивановича и Бориса Федоровича, и от их семейств, велики и патрахильные доходы и всякие пошлины, поступившие в келейную патриаршую казну, но "Бог свидетель, что я в том приобретения и корысти себе не стяжал. А делал я на те келейные деньги в доме Пречистой Богородицы для ризницы митры и саккосы, епитрахили, стихари, поручи и пояса, кадила и лампады серебряные. Еще давал я из той казны на сооружение церкви трех святителей Московских - Петра, Алексия и Ионы, что на патриаршем дворе... Да тою ж келейною казною устроял домовые села Пречистой Богородицы, которые запустели прежде нас и которые погорели в наши дни, и сооружал в тех селах церкви, населял христиан, давал на подмогу им деньги и всячески пособлял от себя нуждающимся и погоревшим христианам". Он был глубоко предан святой православной вере. "Тебе, христолюбивому царю Борису Федоровичу, - говорит он в грамоте, - и твоему сыну царевичу Федору завещеваю, да блюдете вовеки неизменною и непоколебимою православную нашу, чистую, непорочную и пречестнейшую христианскую веру греческого закона, которая, как солнце, сияет в области вашего великого скиптродержавия". Если к этим нравственным качествам Иова мы присоединим еще его умственное образование, которым он, видимо, выделялся между современными духовными лицами, то мы поймем, почему так ценили его бывшие тогда государи России и так его возвышали. Немного сохранилось сведений об его архипастырской деятельности, которые мы изложили, но и на основании этих сведений нельзя не признать его святителем ревностным и о распространении веры, и об устройстве церковной иерархии, и о благолепии богослужения. А его участие в государственных делах запечатлено было самою глубокою преданностию и неизменною верностию престолу и отечеству. Если патриарх Иов столько содействовал избранию на царский престол Бориса Годунова, то ведь и по общему сознанию Борис был способнейший и достойнейший из всех соискателей престола, и от Бориса более, чем от всякого другого, можно было ожидать блага для государства. Если Борис запятнал потом свое царствование разными тайными злодеяниями, то ниоткуда не видно, чтобы Иов как-нибудь в них участвовал и даже знал об них, напротив, естественно думать, что от него-то особенно и скрывал Борис свои злые помыслы и предприятия, пред ним-то особенно и старался казаться истинным ревнителем веры и благочестия, поборником правды. Да и каким бы ни казался Борис на престоле, патриарх более других обязан был помнить, что Борис - законный царь и помазанник Божий, которому должно повиноваться, хотя бы и знал все его нравственные слабости и недостатки. Всеми мерами, какие находились в его власти, Иов старался предотвратить от своего отечества те страшные бедствия, какие нес ему Лжедимитрий. И если не имел успеха, если даже лишился своего святительского престола за свою непоколебимую ревность о правде и благе отечества, при всем том вполне заслужил имя истинного патриота.