В третье, четвертое и пятое заседания православные подробно опровергали доказательства, представленные Корсаком. Привели ряд свидетельств из Барония, Длугоша, Кромера, Стрыйковского, Бельского, что русские приняли веру из Греции, а не из Рима, что Ольга крестилась в Константинополе, что Владимир прямо отверг проповедников латинских и что тогдашние патриархи Цареграда не находились в единении с папою. Согласились, что не только при Витовте, но и после него по силе известного Городельского постановления 1413 г. на высшие должности в Литве и Польше допускались только лица католической веры, послушные Римской Церкви, но заметили, что там разумелись собственно католики, а вовсе не разумелись униаты, которых тогда и не было, и в объяснение этого прочитали две сеймовые конституции 1563 и 1568 г., которыми при Сигизмунде Августе было отменено то Городельское постановление. На прочие доказательства Корсака православные отвечали: король Владислав действительно пожаловал русскому духовенству грамоту после Флорентийского Собора в полной уверенности, что теперь, когда митрополит Русский Исидор принял унию, примет ее и все русское духовенство с своею паствою, но унии в Русской Церкви не приняли, и Исидор должен был бежать из России. Переписка митрополита Иосифа с патриархом Нифонтом не только не свидетельствует о существовании тогда унии в Литве, но показывает противное. Нифонт начинает свое ответное послание словами: "Ты извещаешь, что епископы Римской Церкви для вас несносны и принуждают вас к Флорентийской унии", - значит, унии между русскими вовсе тогда не было. Далее хотя и советует митрополиту иметь с римскими епископами дружеское общение, но заповедует бдительно сохранять веру отеческую и все постановления Восточной Церкви. Равным образом и в "епистолии" митрополита Мисаила к папе Сиксту IV, если даже признать ее неподложною, русские прямо жаловались папе, что латинское духовенство их притесняет, принуждает к перемене веры, даже перекрещивает, чего не могло бы быть, если бы русские держались тогда унии. Продолжая свои обличения против униатов, православные приводили еще несколько документов, которые объясняли не в пользу унии, каковы: две первые грамоты Сигизмунда III владыкам, изъявившим желание принять унию; протестация русских послов против унии на варшавском сейме 1596 г.; исповедание веры, какое произнесли в Риме Потей и Терлецкий и в котором они совершенно отреклись от православной веры и всецело приняли веру латинскую.
Очевидно было, что комиссия благосклонно относилась к православным, давала им высказывать все, что только они желали сказать в свою защиту, и терпеливо выслушивала все их продолжительные чтения документов и объяснения. При всем том она сделала для православных весьма немного, встретив резкое сопротивление со стороны униатов, нашедших себе сильных покровителей в латинском духовенстве. Комиссия могла составить только следующий проект соглашения между униатами и православными: а) в Киеве кафедральная церковь с имениями и Выдубицким монастырем должна оставаться за униатским митрополитом, а в прочих церквах киевских, брацлавских, галицких, львовских и жидичинских, состоящих во власти неунитов, предоставляется им свободное богослужение; б) полученную князем Тышкевичем привилегию (грамоту) на монастырь святого Михаила в Киеве отменить, а нынешнего владельца того монастыря (разумеется Исаия Копинский) оставить в покое; в) в Могилеве утвердить за неунитами четыре церкви, а в Орше две; г) дозволить неунитам окончить начатую ими каменную церковь Святого Духа (в Вильне) и возбужденный против нее судебный процесс прекратить; д) Львовское епископство с уневскою архимандриею предоставить неунитам; е) за ними же обеспечить архимандрию киево-печерскую и жидичинскую; ж) утвердить за братствами свободное управление их школами, семинариями и гошпиталями, а мещан-неунитов по городам допустить до всяких магистрацких должностей... и пр. Этот проект был скреплен подписями и печатями королевича Владислава, который назывался уже тогда королем шведским, и униатского митрополита Рутского, занесен в акты конвокационного сейма и для объявления как униатам, так и православным разослан в копиях на сеймики.
Проект не удовлетворил ни православных, ни униатов. Петр Могила разослал из Варшавы письма во все русские воеводства, чтобы никто не соглашался на изложенные в проекте условия, приглашал православных съезжаться на следующий избирательный сейм, назначенный на 27 сентября, в возможно большем количестве, чтобы требовать себе полного удовлетворения, и для успешнейшего достижения этой цели советовал делать денежные складчины. Дворяне воеводства Волынского на своем провинциальном сейме в Луцке обязались все явиться лично на избирательный сейм в Варшаву и не приступать к избранию нового короля, пока не будут возвращены православным все архиерейские кафедры и имения, отнятые униатами, и восстановлены все древние права православной Церкви и пока не будет решено, чтобы избранный король утвердил своею присягою эти права и чтобы свобода вероисповедания для всех и везде была обеспечена в кодексе законов. Казаки также дали инструкцию своим послам домогаться на избирательном сейме полного восстановления прав православной веры. Виленское Свято-Духовское братство напечатало в своей типографии новую книгу - "Дополнение к Синопсису, или Подробнейшее объяснение краткого описания прав и привилегий, данных русскому народу, находящемуся под властию Константинопольского патриарха". Братство обстоятельно изложило в этой книге, как происходили состязания между православными и униатами пред комиссиею на конвокационном сейме, посвятило эту книгу всем сенаторам и послам, имевшим собраться на избирательный сейм, и просило их прочитать книгу со вниманием и возвратить законные права обиженным, т. е. православным. Не дремали и униаты с своими покровителями. Папский нунций в Польше и митрополит Рутский немедленно отправили проект соглашения в Рим и оттуда получили ответ, что папа вместе с Конгрегациею распространения веры нашел этот проект противным канонам и декретам папским, равно как интересам унии и Римского Костела. Виленское униатское братство Святой Троицы поспешило издать в защиту унии почти разом две книги. Первая вышла из типографии 1 сентября под заглавием "Св. уния Церкви Восточной и Западной, существовавшая в Русском крае со времени его Крещения и наделенная правами и привилегиями от королей Литвы и Польши". Вторая вышла 1 октября под заглавием "Права и привилегии, данные королями Польши и Литвы обывателям греческой веры, находящимся в унии с Церковию Римскою". Обе книги направлены были против книг, изданных православным Свято-Духовским братством: первая - против "Синопсиса", а вторая - против "Синопсиса" и "Дополнения к Синопсису". В той и другой своей книге униатское братство старалось доказать, что уния постоянно существовала в Западнорусском крае и что ей-то и ее последователям давали короли права и привилегии, а не русским схизматикам. Впрочем, обе эти униатские книги несколько опоздали и едва ли могли оказать значительное влияние на ход дела. К 27 сентября собрался в Варшаве избирательный сейм. Православные явились на него будто бы целыми тысячами, говоря, что каждый шляхтич имеет право участвовать в избрании короля, и привлекли на свою сторону множество и других диссидентов. Лишь только сейм открылся, как в обеих "избах", или палатах, сенаторской и посольской, поднялись резкие голоса за православных и сами православные решительно объявили, что не приступят к избранию короля, пока не будут возвращены им все права, отнятые униатами. Особенно сильны были волнения в избе посольской, где вместе с послами находились и собравшиеся на сейм дворяне. Все из этой избы с шумом отправились к избе сенаторской и требовали здесь немедленно удовлетворить желания православных. И только с большим трудом удалось некоторым духовным сенаторам и Льву Сапеге убедить взволнованных послов и шляхту, чтобы они возвратились в посольскую избу и вели дело законным порядком. Вновь начались в этой избе жаркие споры, продолжавшиеся три дня, и не привели ни к чему. Тогда решились образовать комиссию, назначив в нее членов из среды сенаторов и из среды послов, но и комиссия, за разногласием членов, не могла ничего сделать. Наконец, предоставили самому королевичу Владиславу избрать себе советников по своему усмотрению и вместе с ними покончить спорный вопрос. Владислав избрал в члены своего совета и из католиков, но более из православных и протестантов (в том числе Христофора Радзивилла).
Совет под председательством королевича выслушал заявления обеих сторон, униатской и православной, и составил "Статьи для успокоенья народа русского греческой религии, живущего в царстве Польском и вел. княжестве Литовском". В этих "Статьях" было постановлено:
1) Всем унитам и неунитам (т. е. православным) предоставляется иметь свободное отправление своего богослужения и совершение святых таинств, чинить свои церкви и строить новые с дозволения короля, также заводить богадельни, семинарии, школы, типографии, и неунитам открывается свободный доступ до городских должностей во всех городах и местечках государства. Все церковные братства, какие доселе были у неунитов и какие впоследствии будут учреждены ими, имеют оставаться в их спокойном и беспрепятственном владении.