Но не одни восторги и панегирики встретили Могилу в Киеве; здесь ожидали его и тяжкие огорчения. Самым уже появлением своим в Киеве, как митрополит упривилегированный, он, по выражению местного тогдашнего хроникера, "деградовал", т. е. низлагал с митрополитской кафедры прежнего митрополита Исаию и лишал его всякой власти над Церковию. К сожалению, Исаия не захотел покориться своей участи, как покорились три другие архиерея, подобно ему получившие посвящение от Иерусалимского патриарха Феофана, но не получившие привилегий от короля. Исаия вздумал отстаивать свои права и сопротивляться Могиле и тем, естественно, возбуждал сопротивление ему и в своих приверженцах. Могила нашелся вынужденным употребить против них самые крутые меры, испытав, вероятно, бесполезность всех других. Он запретил или низложил попов, посвященных Исаиею и, должно быть, упорствовавших в непокорности новому митрополиту, а самого Исаию велел взять из Михайловской обители, где прежде находилась митрополитская кафедра, и перевезть в лавру, чтобы Исаия не возмущал его своими претензиями и жалобами в судах духовных и светских и не имел к тому средств. Усердные исполнители воли Могилы, может быть, без его ведома будто бы прибыли к Исаии ночью, схватили дряхлого и больного старика в одной власянице и, перебросивши его через коня, как мешок какой-либо, в таком положении отправили его в лавру. Исаия, впрочем, скоро освободился или был освобожден из лавры, дав, вероятно, обещание Могиле жить спокойно, не действовать против него, и в 1634 - 1635 г. несомненно управлял Михайловским монастырем, но, как увидим, вражда и борьба между обоими митрополитами продолжалась и впоследствии. Другое сопротивление встретил Петр Могила в Киево-Николаевском монастыре, на который получил привилегию от короля. Там думали, что Могила получил ее противозаконно, желая только завладеть деньгами, которые скопил в продолжение двадцати лет игумен Серапион Бильский, и не хотели покориться. Понадобилось обратиться к силе. Могила привел к монастырю несколько сот человек с пушками, овладел им и, не нашедши игумена, успевшего бежать, приказал сечь одного за другим иноков, пока они не открыли, где спрятаны были монастырские деньги, более же упорных чернецов совсем выгнал из монастыря с бесчестием, вследствие чего некоторые из них будто бы перешли в унию, а другие предались бродяжничеству. Не обошлась без сопротивления и прискорбных столкновений и передача Киево-Софийского собора Петру Могиле. Наместник униатского митрополита Станислав Корсак, узнав, что хотят отобрать у него этот собор, скрылся. В его отсутствие, как сам он потом рассказывал в своей жалобе, поданной в киевский городской суд, назначенные Петром Могилою принципалы печерской и кафедральной русской капитул отцы Анатолий Мужиловский, Сильвестр Коссов, Софроний Почапский и другие со множеством киевских мещан, бояр, слуг, казаков, всего до пяти - или шестисот человек, прибыли 12 (по старому календарю 2) июля к Софийскому собору и к дому Корсака, где находились тогда несколько родственников его и духовных лиц латинской веры, и начали требовать ключи от собора. И так как жена Корсака не согласилась выдать ключей, то отбили все замки у собора и забрали из него все книги и всю церковную утварь. На другой день снова явились к дому Корсакову, выгнали из него всех жильцов, забрали его в свою власть, равно и всех жителей окрестной слободы, принадлежавшей Софийскому собору. Наконец, 17, т. е. 7, июля прибыл и сам Петр Могила с подчиненными ему принципалами и принял в свое ведение как Софийский собор и принадлежавших ему слобожан окрестного местечка, так и три приписные к собору церкви этого местечка: деревянную святого Николая, называвшуюся десятинною, другую - деревянную святого Симеона, находившуюся подле ворот местечка, и третью - каменную святого Василия, называвшуюся нагорною.
Кроме диплома король Владислав пожаловал православным во время своей коронации и вскоре за тем многие другие грамоты, более частного характера, которыми передавал им некоторые церкви от униатов, утверждал и охранял существовавшие православные братства и монастыри, восстановлял прежние, разрешал учреждение новых. Для передачи церквей православным король назначал особых комиссаров, но униаты везде оказали им сопротивление. В Вильне приказано было (грамотою от 16 марта) возвратить православным две церкви: святого Иоанна Предтечи и Пятницкую или, вернее, пляцы этих церквей с принадлежностями, так как самые церкви уже не существовали. Но когда королевский комиссар виленский же городничий Константин - Евстафий Залесский, пригласив с собою нескольких духовных особ от Свято-Духовского братства, явился (11 июля) на означенные пляцы, то на одном из них встретил отца Николая Рубицкого, пресвитера Пречистенского собора, а на другом отца Сильвестра Котлубая, которые от своего имени и от имени митрополита Рутского протестовали на словах и подали комиссару свою протестацию на бумаге. Залесский не решился делать насилия, а донес о всем королю и предоставил обеим сторонам ведаться пред самим королем. То же повторилось и в Минске. Когда назначенный комиссар Христофор Володкович, земский писарь Минского воеводства, вместе с игуменом минского православного Петропавловского монастыря Феофилактом и другими православными монахами и дворянами пришел (2 июня) к Свято-Троицкой церкви, которую велено было возвратить православным, то увидел вокруг нее множество униатов, и в числе их игумена минских униатских монастырей и наместника митрополичьего Иосафата Бокиа. Выслушав грамоту короля, они не хотели ей покориться и подали комиссару свою протестацию, в которой заявляли: в дипломе, который дал король православным во время своей коронации от лица всей Речи Посполитой, он обязался приступить к исполнению "Статей", утвержденных им при его избрании, не прежде первого имеющего быть сейма; следовательно, тогда может последовать и передача православным назначенных им церквей, а отнюдь не теперь. Комиссар принял протестацию и донес о всем королю. Удачнее, по-видимому, обошлось дело в Пинске. Здесь 14 мая воспротивились передаче православным церкви святого Феодора Тирона униатские священники и вся капитула в присутствии возного и шляхты и говорили королевскому комиссару Феодору Корсаку, что об этой передаче вовсе не упомянуто в дипломе, который дан православным королем и всею Речью Посполитою на коронационном сейме. Комиссар принял протест и удалился, а между тем, когда с 15 на 16 мая священник Федоровской церкви пришел в третьем часу ночи к заутрене, то увидел, что церковные ворота и самая церковь отперты, что в церкви находилось множество православных и совершалось православное богослужение. Тогда Пинский епископ Рафаил Корсак занес об этом протестацию в пинские городские книги. Еще удачнее, казалось, совершилась передача церкви Богоявления в Бельске мещанам, составлявшим при ней некогда, до появления унии, православное братство. Комиссар Семен Гулевич-Воютинский, земский писарь луцкий, в сопровождении возного и многих дворян воеводства Подляшского, пришедши к этой церкви (3 августа), беспрепятственно отомкнул ее и передал православным мещанам со всею утварью, также с школою, госпиталем, поповским домом и церковными грунтами, и православные спокойно начали отправлять в ней свое богослужение. Но как только узнал об этом Владимирский униатский епископ Иосиф Баковецкий, он прислал в Бельск своего наместника Симоновича, который, собравши толпы латинян и униатов, вооруженных разным оружием, напал на Богоявленскую церковь (8 сентября) и отнял ее у православных со всеми ее принадлежностями. Такое же сопротивление оказали униаты в Гродне, Слониме, Новогрудке, Клещелях и других местах. Были, однако ж, города, в которых униаты не могли воспрепятствовать исполнению королевской воли: например, в Могилеве все церкви по грамоте Владислава от 2 июня были распечатаны и отданы православным. Вообще униаты, несмотря на то что новый король во время своей коронации роздал множество грамот и их духовным - митрополиту, епископам, монастырям, мужским и женским, были очень недовольны его благосклонностию к православным; думали, что распоряжения его о передаче им некоторых церквей незаконны, по крайней мере преждевременны, и надеялись, что следующий сейм, может быть, еще не утвердит "Статей" примирения, данных Владиславом при его избрании, или изменит их, в чем отчасти, как увидим, и не ошиблись.
Из православных братств весьма милостивую грамоту пожаловал король (18 марта) виленскому Свято-Духовскому братству, которое - надобно отдать ему честь - более всех и потрудилось для православной Церкви на конвокационном и избирательном сеймах своими благовременными изданиями о правах ее в Литве и Польше. В этой грамоте Владислав не только подтвердил обе грамоты своего отца, данные братству, - грамоту от 21 июля 1589 г., которою утверждалось основание братства при виленском Свято-Троицком монастыре по благословению патриарха Иеремии и предоставлялись братству с его училищем, типографиею и госпиталем разные права и преимущества, и грамоту от 5 июля 1593 г., которою утверждались за братством его домы, грунты и прочие владения и дозволялось ему построить на своих грунтах церковь отдельную от Свято-Троицкого монастыря, но еще прибавил к этим грамотам "пояснения". И а) определил, чтобы братство, хотя оно уже не состоит при Троицком монастыре, а построило себе по прежней королевской грамоте особую деревянную церковь во имя Сошествия Святого Духа и имеет право соорудить новую, каменную, продолжало и впредь навсегда называться Свято-Троицким, как было изначала, и употреблять печать с изображением Святой Троицы; б) утвердил при церкви Святого Духа монастырь общежительный по чину святого Василия Великого, заложенный первым архимандритом монастыря Леонтием Карповичем, и притом не один, а оба монастыря, существовавшие уже при этой церкви, мужеской и женский; в) утвердил за Свято-Духовским монастырем все другие монастыри, находившиеся под его властию: Петропавловский в Минске, Евейский в воеводстве Троцком, Цеперский и Сновский в воеводстве Новогрудском, Новодворский и Купятицкий в повете Пинском, Селецкий в воеводстве Минском, равно как и те монастыри, которые впредь будут основаны и по воле основателей будут отданы под власть виленского Свято-Духовского; г) утвердил, наконец, чтобы этот монастырь и братство при нем имели право впредь навсегда принимать всякие пожертвования и беспрепятственно владеть пожертвованным имуществом, движимым и недвижимым, а по делам судебным подлежали только главному трибунальному суду. Мы поймем важность этой грамоты, если вспомним, что доселе, с первых лет унии, польское правительство не признавало законным самого существования в Вильне православного Свято-Духовского братства; верило по внушению от униатов, что обе грамоты короля Сигизмунда, данные виленскому Свято-Троицкому братству, должны принадлежать униатскому Троицкому братству, а не православному, что тому же униатскому братству должны принадлежать и домы и все прочие имения, которыми будто бы незаконно владело православное, и что последнее будто бы самовольно, без разрешения от короля построило себе церковь во имя Святого Духа. Вследствие этого Свято-Духовское братство принуждено было в течение целых десятков лет выдерживать непрерывную тяжбу и всякого рода притеснения от униатского Троицкого братства, отстаивая свои привилегии, свои владения, самое свое существование, и не находило никакой защиты в правительстве. И вот теперь только в первый раз от начала унии новый король признал и утвердил православное Свято-Духовское братство во всех его правах, с его монастырями и прочими учреждениями и, следовательно, принял под покровительство законов. В тот же самый день (18 марта) Владислав пожаловал свою грамоту и минскому Петропавловскому братству. Здесь он прежде всего утвердил братство и его монастырь, с училищем, типографиею и богадельнею, так как они были основаны уже во дни унии и доселе не были признаваемы правительством - утвердил потом за братством церковь Рождества Пресвятой Богородицы в Минске, находившуюся в его ведении; женский монастырь, существовавший по соседству с мужеским Петропавловским; фольварк Переспу и другие владения обоих монастырей и дозволил братству построить новую церковь во имя Преображения Господня на пляцу, недавно пожертвованном Еввою Корсаковною, княгинею Соломорецкою. Львовское Успенское ставропигиальное братство также получило 5 марта грамоту от короля Владислава, которою он подтвердил все права и привилегии и самого братства, и братского Онуфриевского монастыря, пожалованные им прежними королями и патриархом Иеремиею. Но вскоре принуждено было просить себе новой грамоты. Священник братской Успенской церкви во Львове Боярский почему-то еще в начале 1631 г. оставил свое место, и оно сделалось вакантным. Получив об этом сведение, король Сигизмунд III прислал членам львовской ратуши приказ (от 28 генваря 1631 г.), чтобы они отнюдь не допускали на означенное место никого, кроме униата, и униата ревностного. Братство крайне было огорчено, но должно было смириться и подкупило членов ратуши, чтобы они не препятствовали ему избрать себе православного священника. Те согласились и уступили, но только на этот раз, а не навсегда. И потому, когда новый король прибыл во Львов, на другой год после своей коронации, братство поднесло ему и его канцелярии богатые подарки и успело исходатайствовать себе новую привилегию (от 10 ноября 1634 г.), которою Владислав, подтвердив все права братства, предоставил ему впредь по собственному усмотрению избирать и принимать священников к своей церкви, без всякого вмешательства со стороны ратуши или кого-либо другого. С этого времени братство решило иметь при Успенской церкви вместо священников трех иеромонахов и иеродиакона, которые и жили здесь, в зданиях братства, постоянно, под надзором одного из них, называвшегося старшим.