В то время, когда благодаря заботливости митрополита обновлялись некоторые мужеские монастыри в Киеве, получила обновление и одна из обителей его женских. Женских монастырей было тогда в Киеве три: Вознесенский близ лавры, в котором считалось до ста монахинь; Богословский близ Михайловского монастыря, где недавно игуменствовала, как мы упоминали, жена покойного митрополита Иова Борецкого, и Флоровский, существовавший на Подоле. Этот последний монастырь в 1566 г. грамотою короля Сигизмунда Августа отдан был в потомственное владение киевскому протопопу Иакову Гулькевичу и с теченим времени, конечно, от небрежности владельцев пришел в жалкое состояние: церковь и все прочие здания в монастыре обнищали и обветшали. Сделавшись в нем игуменьею, урожденная панна Агафия Гуменицкая возобновила и разукрасила церковь, построила новые кельи, собрала инокинь, обвела монастырь приличною оградою, выпросила для содержания его у благочестивых людей, а частию и купила за готовые деньги несколько пляцев в городе и все в монастыре привела в добрый порядок. Ввиду всего этого внук протопопа Гулькевича, инок Киево-Печерской лавры Иван Богуш Гулькевич решился с благословения митрополита Петра Могилы отказаться от всех своих наследственных прав на Флоровский монастырь и передал их самой игуменье Гуменицкой и ее будущим преемницам законною записью, засвидетельствованною и Петром Могилою. А король Владислав IV по просьбе игуменьи Агафьи Гуменицкой утвердил своею грамотою (27 декабря 1636 г.) как существование, так и все права Флоровского монастыря, с тем чтобы он навсегда оставался "под протекциею и урядом духовным" киево-печерского архимандрита.
Другим предметом ревностных забот Петра Могилы было киево-братское училище. Не довольствуясь тем, что король Владислав своим дипломом во время коронации утвердил православным все их братства, училища и типографии, а следовательно, и училище киево-братское, Могила тогда же исходатайствовал было у короля еще особую грамоту на преобразование своего училища в академию. К сожалению, коронный канцлер Задзик, епископ Хелмский, и подканцлер Фома Замойский не согласились приложить к грамоте печати - так была нежелательна латинянам и униатам православная академия. И без сомнения, только из угождения им король хотя потом и дозволил православным в данной им привилегии 1635 г. учить в киевской и виленской школах языкам и наукам, но не далее диалектики и логики, т. е. дозволил, чтобы школы эти существовали в качестве лишь средних, а не высших учебных заведений. К изумлению, и среди православных нашлись люди, которые на первых порах отнеслись враждебно к киевскому училищу Петра Могилы, равно как и к другому, основанному им в Виннице, в тамошнем Вознесенском монастыре, который подчинен был Киево-братскому и также назывался братским. "В то время, - свидетельствует один из воспитанников киевского же училища, хотя учившийся в нем несколько позже, - от неученых попов и от казаков велие было негодование: на што латинское и польское училище заводите, чего у нас дотуду не бывало, и спаслись? Было хотели самого Петра Могилу и учителей до смерти побити, едва их уговорили" А более подробные сведения об этом сохранились в брошюре, изданной в 1635 г. одним из тогдашних профессоров киевского училища, Сильвестром Коссовым, под заглавием "Сказание, или Отчет о школах киевских и винницких, в которых обучают иноки греческой веры". В самом начале брошюры автор говорит: "Вот уже четвертый год проходит, благосклонный читатель, как мы, изучив науки Паллады в католических академиях, стали насаждать в русские умы латинский язык лучше бывших до нас наставников, и это не по другим побуждениям, как только потому, чтобы заслужить нам у Предвечного воздаяние такими добрыми делами, каково в особенности просвещение незнающих, а также потому, что, вышедши сами из среды православного народа нашего, желаем распространить среди его свет Аполлона. Но такие намерения неблагоприятно встретило легкомыслие, которое царствует в обществе. Лишь только мы с его милостью о. Петром Могилою, Киевским митрополитом (тогда еще архимандритом), достигли до тебя, приснопамятный Киев, и охраняемые св. стражами, твоею оградою непобедимою (т. е. Печерскими угодниками), приложили primas Minervae manus [первые труды во славу Минервы (лат).], как о нас начали внушать народу, будто мы униаты, будто мы неправославные. Какие перуны, какие громы и молнии посыпались на нас тогда, невозможно описать чернилами. Было такое время, что мы, исповедавшись, только и ждали, что вот начнут нами начинять желудки днепровских осетров или одного огнем, другого мечом отправлять на тот свет. Тогда-то Он, неисповедимый Сердцеведец, видя невинность нашу и великую нужду русского народа в ученых мужах, разогнал тучи ложных мнений, остановил действие грозных молний и просветил сердца всех, так что нас признали истинными сынами Восточной Церкви, подвластными св. отцу Константинопольскому патриарху. Потом по особливой милости и благословению Всевидца их милости паны обыватели Киева и других мест начали охотнее, нежели при наших предшественниках (которые и до нас преподавали латынь), наполнять своими детьми, как муравьями, наши horrea Apollinea [Аполлоновы житницы (лат.)], называть их Геликоном, Парнасом и хвалиться ими. Но кто же был выдумщиком-клеветником (udawcz), спросишь ты, благосклонный читатель. Не кто другой, как тот, кто выдает нас за ариан, кальвинистов и лютеран, кто думает о нас, будто мы, как бы министры и суперинтенденты тех премерзких сект, заражаем их ересями людские умы как в Киеве, так и в Виннице. Это нас сильно огорчает: мы беремся за перо, чтоб показать нашу невинность и опровергнуть такое о нас мнение и вместе объяснить, почему народу нашему необходимы латинские школы..." Вслед за тем автор действительно сначала объясняет различие православия от лютеранства, кальвинства и арианства и уверяет, что хотя он и его сотрудники обучались в иностранных академиях, но все родились в старожитной греческой вере и непоколебимо утверждены в ней, а потом доказывает, что язык латинский нужен русским особенно в польских трибуналах и судах, на сеймах и сеймиках, что православные потому и прежде учились латинскому языку в своих школах, в Вильне и Львове, не считая этого предосудительным, а другие получали образование в Ингольштадте и Ольмуце... и пр. В заключение же своей брошюры автор обращается к русскому народу с такими словами: "Ты, исполненный святыни народ русский при иных издавна принадлежащих тебе правах, прежде помазанниками Божиими преемственно тебе дарованных, и ныне всепокорнейше проси, чтобы тебе не возбраняли этой манны свободных наук, напротив, чтобы, удовлетворяя твоей настоятельной потребности, позволяли источнику общеполезных муз разливаться у тебя океаном, при содействии твоей же братии, утвержденной в древней твоей вере. Ибо тогда только твои церкви наполнятся просвещенными и богобоязненными священниками; кафедры твои процветут красноречивыми проповедниками; потомки твои, утвержденные в отеческой вере и украшенные ораториею, философиею, юриспруденцяею, прославятся своими мнениями, рассуждениями и речами на общих сеймах, в трибуналах, в судах и земских расправах; твои ходатаи по делам не преминут домогаться справедливости в судах всякого рода и каждый день оберегать исправно твои права. Мы же ради их, ради тебя и ради клеветника, из зависти расточающего клеветы на нас, почитаем себя обязанными молить Всевышнего, да благоволит даровать нашей Сусанне своих Даниилов". Коссов не назвал клеветника по имени, но это, вероятно, был известный тогда всем своею ненавистию к православию отступник Кассиан Сакович, так как и спустя семь лет в своем сочинении против православной Церкви он повторял те же самые клеветы, утверждая, будто в школах Петра Могилы учители-еретики и учат ереси, и Могила, опровергая Саковича, напоминал ему именно о брошюре Коссова, в которой еще прежде опровергнуты эти клеветы. Впрочем, кто бы ни был клеветник, возбудивший было народное движение против киево-братского училища, важно то, что волнение скоро улеглось и православные еще усерднее начали отдавать туда своих детей.