Письмо Исаии в Лубенский и прилуцкие монастыри о переходе митрополита Киевского Петра Могилы в латинство и решении правительства уничтожить в Литве и Польше православие имело роковые последствия, а надобно заметить, что монастыри эти принадлежали тогда к епархии митрополита и находились под его властию. Игумены и все монашествующие безусловно поверили словам своего Лубенского епископа, как они называли Исаию, и, может быть, по его же совету уговорились между собою немедленно бросить свои монастыри и всею массою, со всем имуществом переселиться в Московское государство для спасения своей веры. С этою целию они еще в начале апреля 1638 г. послали несколько братий в порубежный русский город Путивль, чтобы чрез тамошнего воеводу узнать в Москве, примут ли их в случае их прихода. Когда в мае последовало из Москвы согласие, то в следующем месяце (14-го числа) действительно прибыли в Путивль игумен Густынского монастыря Василий с братнею в числе 66 человек и при них 11 человек крестьян с женами и детьми; игумен-духовник Ладинского женского монастыря Мефодий с настоятельницею монастыря Елисаветою Летинскою и 50 сестрами, а при них 16 человек служек и из третьего, лубенского Мгарского монастыря, - до четырнадцати человек братии, так как сам игумен Каллистрат с остальными братиями одумался и, несмотря на уговор, не захотел покидать своей обители. Прибывшие в Путивль говорили воеводе для передачи царю Михаилу Федоровичу, что они ушли из своих монастырей "от гоненья ляхов на православную веру", и в доказательство сослались прямо на то письмо, которое будто бы писал из Луцка князь Коширский Лубенскому епископу Исаии, а последний писал к ним и которое тут же изложили. Затем рассказывали, что когда густынские монахи стали собираться в путь, то к ним приходили из Прилук священники, сам войт и многие мещане и с мольбою упрашивали их не уезжать из монастыря и жить в нем по-прежнему; что потом владелец края князь Вишневецкий присылал своего урядника и слуг взять игумена монастыря и старцев в Прилуки со всем имуществом, но они убежали, а их церковное и монастырское имущество, уже уложенное на возах и частию отправленное вперед, все попало в руки княжеских слуг и разграблено и что точно так же конотопский урядник Сосновский ограбил на пути всех сестер Ладинского монастыря и отнял у них двадцать возов "со всяким церковным строеньем, и с рухлядью, и с запасы, и с животиною". Бегство этих монахов и монахинь возбудило большую скорбь и сожаление во всех окрестных православных христианах и особенно в митрополите Петре Могиле; все изумлялись их легковерию и легкомыслию, все осуждали их неразумие и упорство. Оставшийся в своем монастыре лубенский игумен Каллистрат с братиею писал в Путивль к игуменам густынскому и ладинскому, чтобы они возвратились на свою сторону и ни в чем не сомневались, а если не хотят возвратиться, то не разглашали бы на него и на его братию клеветы, не называли бы ложно их и митрополита Киевского униатами, ибо они по-старому живут в православной вере и король с своими панами на нынешнем сейме ни в чем им нарушения в вере не учинил. И Каллистрат действительно говорил правду: Петр Могила вовсе не изменял православию; на сейме тогда ничего против православных постановлено не было; никаких особых гонений и преследований за православную веру тогда не воздвигалось, а если и были гонения и преследования, даже весьма сильные и беспощадные, то собственно против казаков, которые в 1637 - 1638 г. не раз восставали против поляков и сами производили разные неистовства. Писал также Каллистрат к своим лубенским старцам, находившимся в Путивле, и убеждал их воротиться в Лубенский монастырь, а в случае их неповиновения угрожал проклятием. Но из Путивля отвечали Каллистрату только упреками за его измену уговору и общение с латинянами и, между прочим, выражались: "Червь ты, а не человек: како ты отца своего и всех нас общаго пастыря Исаия Копинскаго отрекся еси, благословение и клятву поплевал еси, и его самаго мало на смерть не предал еси, и иному пастырю, мамона ради, последовал еси?" Царь Михаил Федорович поверил монахам и монахиням, бежавшим из Литовского края будто бы от гонений за веру, и приказал поместить первых в белевском Преображенском монастыре, а последних в брянском Вознесенском, но потом велел перевесть первых в Дудин Амвросиев монастырь (Нижегородской губернии), а последних в алатырский Никольский, пока не выстроен был (1640) для них в том же городе новый монастырь, который и начали называть в отличие от прежнего киевским Никольским Новодевичьим. Между тем Густынский монастырь, покинутый прежними жильцами, более года оставался совершенно необитаемым. Окрестные жители, посещая его, брали из него все, что могли и хотели, а латинские монахи бернардины приехали было из Лубен со множеством народа, чтобы совершенно разобрать здания монастыря и перевезти к себе в Лубны. Но православный игумен лубенский Каллистрат возбранил им это и, посоветовавшись с братиею, послал в запустелый Густынский монастырь несколько своих иноков для постоянного жительства. Митрополит Петр Могила по просьбе их дал им игумена из Киево-Печерской лавры Илию Торского, весьма строгого в иноческой жизни и ревностного. Немедленно начались возобновление монастырских зданий и постройка новых. Могила через несколько времени сам приехал в монастырь, утешил братию пастырским словом, порадовался на благолепные сооружения и водрузил крест для созидания большой церкви. Приступив к этому, братия обратились с просьбою к молдовлахийскому воеводе Василию, который и оказал им немалое пособие; потом, начиная с 1641 г., несколько раз обращались в Москву к царю Михаилу Федоровичу и преемнику его Алексею Михайловичу и получали от них, особенно от первого, значительные пожертвования и деньгами, и церковными книгами, и сосудами, и другою церковною утварью. И церковь в Густынском монастыре была сооружена, и монастырь пришел в благоустроенное состояние. Равным образом и лубенский Мгарский монастырь благодаря пожертвованиям от московских государей по ходатайству Петра Могилы более и более устроялся и укреплялся.
Из других мест епархии митрополита важнейшим по-прежнему считалась Вильна. Еще на сейме 1635 г. для исполнения сеймовой конституции король Владислав назначил комиссию и поручил ей объехать все города, где живут униаты и православные, и разделить между ними церкви, а униатскому митрополиту Рутскому дал увещательную грамоту не делать этой комиссии препятствий. Но на первых порах комиссия по каким-то причинам ничего не достигла. В следующем году по просьбе обитателей великого княжества Литовского король вновь приказал (18 июля) тем же комиссарам, чтобы они исполнили возложенное на них поручение, начиная с Вильны как столичного города, и передали здесь взамен Троицкого монастыря, перешедшего к униатам, православному Свято-Духовскому братству церкви, назначенные ему в "Статьях" примирения (т. е. Воскресенскую, Иоанно-Предтеченскую и Юрьевскую в предместье). И чрез несколько времени послал (в марте 1637 г.) грамоту новому униатскому митрополиту Корсаку, убеждая его и прочих униатских епископов нисколько не препятствовать тем комиссарам. Но не видно, чтобы и теперь отданы были в Вильне три названные церкви православным. У них по-прежнему оставалась здесь лишь одна церковь в Свято-Духовском монастыре; только этой церкви и этого монастыря уже не оспаривали у православных, посещать ее и совершать в ней богослужение им не возбраняли и у Свято-Духовского братства и монастыря ни прав, ни владений не отнимали, все это было теперь признано правительством и ограждено законом. Старшим, или игуменом, монастыря по избрании Иосифа Бобриковича на кафедру Мстиславскую был отец Митрофан Дементиев или Дементьянович (упоминается в 1635 г.), а за ним отец Самуил Шитик-Залесский (упоминается в 1637 г.), принадлежавший по происхождению к местной городской знати и, как увидим, считавшийся одним из самых ученых мужей между православными. С этого времени в Свято-Духовском монастыре установилось правило, по которому старший монастыря избирался только на три года, и чрез каждые три года происходили новые выборы старшего. Самуил Шитик вместе с званием настоятеля монастыря носил также звание "наместника митрополии в великом княжестве Литовском" и, следовательно, был главным духовным лицом в Литве, которому подчинено было митрополитом все православное духовенство митрополичьей епархии. В ноябре 1637 г. два старца виленского Свято-Духова монастыря, наместник монастыря Леонтий Шитик-Залесский и дидаскал училища Вениамин Савастьянович, ходили в Москву за милостынею и получили от царя Михаила Федоровича двести рублей на строение каменного своего храма, который еще не совсем был окончен. При Свято-Духовском монастыре продолжало существовать училище, в котором король Владислав дозволил преподавать не только языки, но и науки, хотя не далее логики и диалектики. И памятником существования этого училища доселе остается небольшая книга, изданная его питомцами в 1635 г. на польском языке в Вильне, под заглавием "Эхо жалости на голос рыдающего по неоплаканной смерти патрона своего, отзывающееся в конгрегации студентов св. Константина и Елены при церкви Св. Духа". Кто это оплакивал смерть своего патрона, кто был самый патрон и почему в скорби о нем принимали участие и питомцы училища, с точностию неизвестно. Но не разумелся ли здесь плач Свято-Духова монастыря по скончавшемся в том году епископе Мстиславском Иосифе Бобриковиче, который столько лет был настоятелем этого монастыря и вместе ректором его училища? Название же конгрегации студентов по имени святых Константина и Елены объясняется тем, что в церкви Свято-Духова монастыря устроен был особый придел во имя святого царя Константина и матери его Елены и отдан навсегда для конгрегации студентов и учеников монастырского училища.
На Свято-Духовский монастырь делались новые пожертвования и вклады. Один из старейших и знатнейших членов братства, Лаврентий Древинский, чашник земли Волынсной и королевский секретарь, подарил монастырю на вечные времена свой фольварк под Вильною на Заречье, Кенишковский, со всеми землями, с крестьянами, на них жившими, и с кирпичным заводом, а в самой Вильне дом на Антоколе (6 декабря 1635 г.). Это было уже, сколько известно, последнее дело Древинского для Церкви православной, которой служил он со всею преданностию и любовию около сорока лет. Он находился еще в 1596 г. на Брестском православном Соборе, отвергшем унию, и, как один из способнейших и образованнейших, послан был к королю Сигизмунду - другим послом был Матвей Малинский, секретарь, - с протестом от лица всех православных против унии и против митрополита и владык, принявших унию. Избран был потом в 1599 г. на виленском съезде православных и протестантов в число провизоров для охранения православных от униатов и латинян. Много раз избираем и посылаем был волынским дворянством в качестве посла на сеймы, где всегда ревностно отстаивал родное православие и в 1620 г. произнес известную трогательную речь. Состоял членом братств Львовского, Луцкого и Виленского, неоднократно бывал старостою последнего и мужественно защищал его права. Являлся обыкновенно в числе депутатов от православных, когда предполагались или происходили какие-либо переговоры с униатами о делах веры, например во Львове и на конвокационном сейме по смерти короля Сигизмунда. На собственные средства вместе с хорунжием Даниилом Малинским основал в Кременце Богоявленский монастырь и при нем братство, школу, типографию и госпиталь. И вот теперь из собственных же имений сделал значительное пожертвование на виленский Свято-Духовский монастырь. Имя Лаврентия Древинского не без основания может быть поставлено наряду с именами князя Константина Острожского и князя Богдана Огинского в истории Западнорусской Церкви. Другой член Свято-Духовского братства, новогрудский и вместе виленский мещанин Семен Иванович Азарич, завещал (8 декабря 1636 г.) на братский монастырь, в котором желал быть погребенным, двести коп литовских и драгоценную церковную утварь, сребропозлащенные крест с дорогими камнями и панагию, оправленное серебром Евангелие, серебряные чашу, дискос, кадило и другие церковные сосуды; пожертвование приходилось очень кстати, так как за два года пред тем (16 апреля 1634 г.) Свято-Духовская церковь была обокрадена и из нее были похищены многие самые дорогие вещи, золотые, серебряные и украшенные каменьями, всего на шестьсот коп грошей литовских. В 1639 г. виленский купец Павел Коссобуцкий, завещавший похоронить его в Свято-Духовском монастыре, отказал свято-духовским монахам пятьсот злотых польских, Свято-Духовскому братству светскому тысячу злотых собственно на поддержание Свято-Духовской церкви, свято-духовским инокиням двести злотых; для студенческого придела во имя святых Константина и Елены, в той же церкви находящегося, двести злотых; для придела торговцев в той же церкви во имя святого Иоанна евангелиста двести злотых; на братский госпиталь сто злотых. Свято-Духовское братство заботливо относилось и к монастырям, подчиненным виленскому Свято-Духовскому. Так, когда в одном из таких монастырей, Евьевском, обветшала церковь, братия и сестры этого братства, духовные и светские, положили (15 мая 1634 г.) построить в означенном монастыре новую большую церковь во имя Вознесения Господня с двумя приделами и немедленно сделали для того каждый добровольные приношения, между тем как основательница этого монастыря Раина Воловичовна Огинская записью еще от 16 июня 1633 г. разрешила инокам монастыря свободно пользоваться всякого рода деревьями из ее рощи не только для церкви, но и для других монастырских построек, дала тысячу золотых польских на школу, существовавшую в монастыре, и обещала дать еще пять тысяч золотых на покупку фольварка для монастыря. Уважение к Свято-Духовскому монастырю не уменьшалось между православными, вследствие чего под его опеку и надзор отдавались и другие церкви и монастыри кроме прежних. Лидский подкоморий Александр Тризна оставил (около 1633 г.) завещание, чтобы жена его Христина после его смерти основала в имении его Ольдове при церкви, где он желал быть погребенным, небольшой монастырь и поручила ту церковь с монастырем в дозор и опеку виленским свято-духовским монахам; чтобы отвела им для поселения монастыря при той церкви три морга земли и отдала пляц и дом, находившиеся в Новогрудке на Ковенской улице, и чтобы потом, пользуясь сама до самой своей смерти оставшимися от мужа имениями, ежегодно вносила по двести злотых польских тем же монахам на ольдовскую церковь, а пред своею кончиною заплатила им две тысячи злотых и отдала в вечное владение фольварк или внесла за него три тысячи злотых. Часть этого завещания Христина исполнила: отвела три морга для монастыря и передала свято-духовским инокам пляц и дом в Новогрудке. Но, вступивши скоро во второй брак, двести рублей за 1634 г. им не заплатила и оставшиеся после покойного мужа имения продала. Это вынудило виленских свято-духовских иноков начать с нею тяжебное дело. В местечке Сурдегах, ныне Ковенской губернии, еще с половины XVI в. существовал мужеский монастырь. Ныне владелица местечка Анна Ставецкая-Городенская, соорудив в монастыре новую каменную церковь во имя Сошествия Святого Духа и наделив монастырь землями, лесами, крестьянами, отдала его (2 февраля 1636 г.) под власть и дозор виленскому Свято-Духовскому монастырю и братству, с тем чтобы Сурдегский монастырь навсегда оставался в послушании Константинопольскому патриарху и Киевским православным митрополитам. В 1639 г. помещик Новогрудского воеводства Григорий Мартинович Володкович, построив в имении своем, местечке Грозове, где существовала уже каменная церковь Иоанна Богослова, и другую церковь во имя Успения Пресвятой Богородицы, основал при них небольшой мужеский монастырь, подарил ему слободку Терпиловку с крестьянами, фольварк Каскоровщизну с полями, лесами, ставом, мельницею и разные другие угодья и отдал этот Грозовский монастырь в вечное держанье виленскому Свято-Духову монастырю и братству. Впрочем, хотя и лучше жилось теперь православным в Вильне и враги не теснили их по-прежнему, но без столкновений не обходилось. В 1637 г., 8 марта, вечером, какой-то Стефан Томашевский с толпою товарищей и слуг, подъехавши по Большой улице на санях к Свято-Духову монастырю, вторгнулся на монастырское кладбище и начал стрелять в Свято-Духовскую церковь. И когда на шум и звон у монастырской калитки вышло несколько монахов, стал поносить их и хотел застрелить одного из них, но не успел только вследствие осечки ружья. Затем с криком: "Шпага моя будет купаться в вашей крови" - удалился. На другой день, когда монахи принесли жалобу, приходил в монастырь возный для освидетельствования и действительно нашел следы ружейных выстрелов на дверях церкви. Другой случай был важнее. В том же году, 5 апреля, в день воскресный, православные совершали погребальную процессию по Большой улице на Свято-Духовское кладбище. Когда процессия двигалась мимо Троицкого униатского монастыря, вдруг из ворот его выскочили несколько монахов и других лиц, схватили одного из участвовавших в процессии, скорняка Павла Семеновича, поволокли его в свой монастырь, били и заковали в кандалы у колокольни. Тотчас по требованию свято-духовского настоятеля митрополичьего наместника Самуила Шитика-Залесского явился в Троицкий монастырь возный, нашел там скорняка закованным в кандалы у колокольни и слышал от него, что его схватили во время погребального шествия и били, не знает за что, и еще угрожают бить постромками, запрещая ему ходить в Свято-Духовскую церковь и требуя, чтобы он признал себя виновным в происшедшем смятении. А униатские монахи с яростию при этом говорили: "Пусть знают схизматические попы, что им самим скоро то же будет; мы ударим в колокол и разом вывернем их с корнем". Чрез несколько часов скорняк был выпущен из Троицкого монастыря и явился показать себя сперва в Свято-Духов монастырь, потом к возному, который и засвидетельствовал, что все тело несчастного было избито постромками и окровавлено. Узнав, что Самуил Шитик, митрополичий наместник, принес по этому случаю жалобу от лица всего Свято-Духовского братства, троицкий настоятель Алексей Дубович подал с своей стороны жалобу на свято-духовских монахов, будто они именно 5 апреля, когда схвачен был скорняк Павел Семенович, сами скопом вторглись в Троицкий монастырь и, схвативши здесь мальчика-певчего Мартиновича, увлекли его в свой монастырь, а потом, пришедши еще, гонялись за другим таким же певчим Дылеевским, стараясь его поймать и увлечь к себе. Такой поступок, если он действительно был, объяснить легко. Свято-духовские монахи, очевидно, считали этих мальчиков-певчих своими и потому желали отнять их у троицких монахов, которые, вероятно, чем-либо их к себе переманили.