Православные, жившие в тех епархиях, которые остались под властию униатских епископов, именно в Пинской, Владимирской и Холмской, были причислены, сколько можно догадываться, к соседней епархии, Луцкой, и отданы в ведение православного епископа Афанасия Пузины, хотя иногда действовал по отношению к ним и сам непосредственно митрополит Петр Могила как экзарх патриарший. Положение этих христиан в разных местах было неодинаковое, но большею частию плачевное. В Пинске они имели две церкви: святого Феодора Тирона, переданную им в 1633 г., и Богоявления, которую соорудили вновь и при ней основали свой монастырь и братство по королевской грамоте 1634 г. Наблюдение за этими церквами и монастырем Петр Могила поручил настоятелю Купятицкого монастыря, находившегося в одной миле от Пинска, Илариону Денисовичу, который потому и назывался игуменом купятицким и пинским. Жители Каменца Литовского, состоявшего во Владимирской епархии, воздвигли в своем городе церковь Воскресения Христова, снабдили ее всеми церковными принадлежностями, наделили грунтами, пляцами, огородами и просили митрополита Петра Могилу, чтобы благословил устроить при той церкви монастырь. Могила грамотою от 8 августа 1637 г. благословил и утвердил устроение этого монастыря, подчинил его Купятицкому монастырю и, ссылаясь на права свои как патриаршего экзарха, имеющего власть над церквами и во всех других епархиях своего округа, а особенно где недостает православного епископа, принял новосоздаваемый Каменецкий монастырь в свое непосредственное ведение. Назначать туда игумена предоставил на будущее время настоятелям Купятицкого монастыря, но на первый раз назначил сам из монашествующих того же монастыря, именно отца Макария Топаревского, мощи которого почивают ныне в переяславском Вознесенском монастыре. Эта грамота митрополита утверждена была и грамотою короля Владислава от 10 ноября 1639 г. В городе Бресте той же Владимирской епархии православным передана была в 1633 г. королевским комиссаром церковь Рождества Пресвятой Богородицы. Чрез несколько времени они пожелали устроить при своей церкви монастырь и восстановить то православное братство, которое существовало некогда в Бресте при соборной Николаевской церкви по грамотам (1591) епископа Мелетия Хрептовича и короля Сигизмунда III. С этою целию они обратились к купятицкому настоятелю Илариону Денисовичу и просили его прислать на игуменство берестейское одного из двух: или отца Макария Топаревского, или отца Афанасия Филиповича. Брошен был жребий, и жребий пал на Филиповича. Это был человек замечательный, особенно по своей пламенной любви к православию и ненависти к унии. По окончании "наук церковнорусских", как сам выражается в своих записках, он служил в разных местах и, между прочим, у гетмана Сапеги, где семь лет был в качестве инспектора какому-то Дмитровичу (известному Лубе), которого поляки выдавали за московского царевича, сына Маринки, потом принял монашеское пострижение (1627) в виленском Свято-Духовском монастыре от Иосифа Бобриковича; проходил послушания в Кутеинском и Межигорском монастырях и состоял наместником Дубойского монастыря Пинской епархии, пока последний не был отобран (1636) у православных литовским канцлером Радзивиллом на иезуитов. Поступив затем наместником же в соседний монастырь Купятицкий, ходил по поручению братии в Москву за милостынею к царю Михаилу Федоровичу и едва возвратился оттуда, как получил новое назначение. В 1640 г. прибыв в Брест, Афанасий прежде всего старался познакомиться с теми документами - привилегиями, по которым существовало некогда там православное Николаевское братство, и в следующем году отправился на сейм, чтобы исходатайствовать привилегию на основание православного братства и монастыря при церкви Рождества Пресвятой Богородицы. Король действительно пожаловал грамоту (13 октября 1641 г.) и утвердил ею за православными и названную церковь, и братство, и монастырь, уже основанные ими, и школу русского и польского языка, и госпиталь. Но канцлер и подканцлер не захотели приложить печать к королевской грамоте, несмотря ни на какие просьбы. Это крайне огорчило Афанасия, и он вновь поехал в Варшаву на сейм 1643 г., чтобы хлопотать о приложении печати. Но, не видя никакого успеха и выведенный из терпения неправдами униатов и латинян против православных, смело в присутствии всего сейма выступил пред лицо короля и, подавая ему копию с чудотворной Купятицкой иконы Богоматери, сказал: "Представляю вашему величеству чудотворный образ для того, чтобы "унея проклятая была сгублена навеки", и если проклятую унию искорените и православную восточную веру успокоите, то поживешь счастливые лета, а если не успокоите православной веры и не уничтожите унии проклятой, тебя постигнет гнев Божий. Выбирай себе что хочешь, пока есть время". Все были поражены такою смелостию, и сами православные духовные власти обвинили Афанасия, объявив, что он действовал только от себя. Он был взят и до окончания сейма содержался в заключении, а по окончании препровожден в Киев на усмотрение митрополита. Митрополит довольно его испытывал, подверг духовной епитимии и потом по ходатайству Брестского православного братства вновь послал на брестское игуменство в надежде, что он впредь будет осторожнее. Но теперь пробудившаяся против Афанасия ненависть врагов не давала ему покоя. Несколько раз иезуитские питомцы и униатские попы делали нападение на его монастырь, преследовали его на улицах и били, запрещая ходить со святынею. А когда однажды он отправил с какими-то вещами своих иноков в Купятицкий монастырь, то в Кобрине униатский архимандрит Облочинский велел схватить их, отнял у них коней и все имущество, отрезал бороду священнику, а диакона совершенно обнажил и прогнал в таком виде. Афанасий в 1644 г. ездил с жалобою в Краков, но едва возвратился оттуда, как взят был в Варшаву и снова заключен в темницу по обвинению в том, что когда-то участвовал в воспитании самозванца - царевича Дмитровича (Лубы). Из темницы, в которой содержался более года, хотя тотчас же показал свою невинность, не раз посылал докладные записки к королю, подробно излагая и повторяя одну и ту же просьбу, чтобы он искоренил проклятую унию и успокоил православие. Король наконец приказал выпустить Афанасия из темницы и отправить в Киев к митрополиту. По смерти Петра Могилы Луцкий епископ Пузина взял Афанасия, как принадлежащего к его епархии, из Киева и снова послал в Брест на игуменство по просьбе тамошнего братства. Но в 1648 г., когда началась казацкая война против Польши, Афанасия внезапно схватили и заключили в брестскую темницу, подозревая, что он посылает казакам порох и воззвания. А так как не нашли возможности обличить его в этом, то вздумали обвинять его за то, что он порицал и проклинал унию. Афанасий не только не согласился взять назад, как требовали, этих порицаний и проклятий, но повторял их с новою силою пред самими своими судиями. Никакие убеждения иезуитов, которые являлись к нему ночью в темницу, никакие пытки, которым они подвергали его, не могли заставить страдальца отречься от православия. В ту же ночь он взят был в воинский обоз, вытерпел новые, огненные пытки от своих врагов, силившихся вырвать у него отречение от православной веры, и вкусил мученическую смерть (5 сентября 1648 г.).
В городе Дрогичине Владимирской епархии православным предоставлены были три церкви: Спасская, Троицкая и Николаевская. Но местный староста Мартин Лешневольский отнял у них эти церкви, выгнал всех трех православных священников из города, лишив их имущества, а мещан православных преследовал разными притеснениями, побоями, тюремным заключением. Король, получив об этом жалобу, не похвалил Лешневольского, заметил ему, что для прекращения разномыслия в вере можно употреблять иные меры, а не такие жестокие, и приказал, чтобы он возвратил православным священникам их церкви и домы, а мещанам все отнятое у них и впредь не только сам не делал им никаких притеснений, но как староста города удерживал от того и всех других (грамота от 15 сентября 1636 г.). В городе Бельске той же епархии, как мы видели, еще в 1633 г. возвращена была православным Богоявленская церковь, при которой восстановили они и свое братство, но скоро за тем она была насильно отнята у них униатами. В марте 1636 г., когда сюда прибыли вновь королевские комиссары, чтобы распределить городские церкви между униатами и неунитами, то нашли здесь только "несколько" униатов, а неунитов "великое множество". Причем священники церквей Воскресенской и Николаевской с своими прихожанами заявили, что они не хотят быть в унии, да и прежде не покорялись униатскому владыке, а прихожане Богоявленской церкви представили грамоты епископа Ипатия Потея, еще православного, патриарха Иеремии и самого короля Владислава IV, утверждавшие за ними эту церковь и при ней братство. Комиссары признали справедливым возвратить православным все три названные церкви и передали их под юрисдикцию Луцкого православного епископа, а униатам, хотя по числу их достаточно было бы и одной, оставили две церкви: Пречистенскую и Троицкую. Луцкий владыка Афанасий Пузина немедленно прислал сюда для заведования церквами своего наместника иеромонаха Паисия Мостицкого. Но едва прошло два месяца, как наместник этот принужден был подать в суд жалобу от лица всех православных в Бельске на городского подстаросту, обоих униатских священников и нескольких мещан за то, что они, пригласив ротмистра Яна Сокола, имевшего у себя от ста до двухсот человек пехоты, напали вооруженною силою сперва на Богоявленскую церковь, потом на Николаевскую и Воскресенскую, овладели ими, отняли их у православных и запечатали своими печатями и при этом бесчестили православных, иных избили, других ранили оружием, а самого отца Паисия взяли под стражу, дергали за бороду, заключили в оковы. Все это подтвердил на суде коронный возный, бывший очевидцем случившегося, вместе с двумя дворянами. Церкви православным были возвращены в Бельске, но притеснения от униатов не прекращались. В 1644 г., 9 января священник Николаевской церкви иеромонах Никодим Федорович принес жалобу на униатского троицкого священника Ивана Малишевского, что он издавна преследует православных, отнимает у них скот, подвергает аресту тела их умерших, нападает на их священников среди улицы и недавно отнял у одного серебряный крест и что на днях, когда приносящий жалобу возвращался от больного со Святыми Дарами домой, Малишевский вместе с другими своевольными людьми заступил ему дорогу на улице, поносил его всякими бесчестными словами, бил, таскал по земле за волосы, давил его коленами, стащил с него епитрахиль и иноческое одеяние, отнял у него потир с лжицею и воздухами, во время побоев пролил на землю из потира непотребленные больным частицы Тела и Крови Христовой и все отнятое взял себе. Справедливость и этой жалобы подтвердил возный с двумя дворянами-свидетелями. Наконец, сам епископ Луцкий Афанасий Пузина принес в мельницкий гродский суд жалобу на Владимирского униатского епископа Иосифа Баковецкого и его сообщников - бельского протопопа Лукиана Боговольского, священника Ивана Малишевского и других. В жалобе говорилось: униаты по наущению Владимирского владыки заключили какой-то тайный договор с некоторыми православными мещанами бельскими, по которому последние, сколько можно догадываться, дали согласие уступить первым свои церкви. И хотя договор заключен был без ведома всех прочих православных жителей бельских и духовенства, равно без согласия православного Луцкого епископа, и как незаконный был уничтожен королевскими комиссарами при передаче ими в 1636 г. православным трех церквей в Бельске, но униаты, ссылаясь на этот договор, тогда же насильственно отняли у православных отданные им церкви и потом в 1644 г. подвергли поруганию православного священника Николаевской церкви отца Никодима вместе с святынею. А недавно, именно 13 марта 1645 г., протопоп Лукиан Боговольский и униатские священники, основываясь на том же договоре, напали с своими сообщниками на церковь святого Николая, отбили у нее замки, изранили ее настоятеля иеромонаха Гедеона и принуждали православных бельских мещан к унии побоями, мучениями, тюремным заключением, отнимали у них имущество, изгоняли их из города с женами и детьми, не исключая даже больных. Спустя месяц бельский староста маршалок Адам Казановский по приказанию короля писал (13 апреля) своему подстаросте, чтобы он немедленно возвратил православным отнятую у них Николаевскую церковь, хотя бы то пришлось сделать в самый день Пасхи, и чтобы православные возвратились все в свои домы и не терпели никаких насилий ни от Владимирского епископа, ни от бельского протопопа и ни от кого-либо другого.