20 июня он торжественно въехал в свою столицу при колокольном звоне у всех церквей и при бесчисленном стечении народа. На Лобном месте встретили нового государя митрополиты, архиепископы и епископы и весь освященный Собор с крестами, иконами, хоругвями и при пении священных песней, но тут же, к изумлению православных, играли литовские музыканты и своими трубами и бубнами заглушали церковное пение. Самозванец сошел с коня, приложился к святому кресту и иконам и вслед за духовенством вступил в Кремль и в кремлевские соборы, Успенский и Архангельский, но ввел за собою туда же и многих еретиков, ляхов и венгров, что не могло не показаться народу прямым осквернением святыни. Осудим ли тогдашних святителей наших за то, что они покорились самозванцу? Это было бы несправедливо. Пока в России был законный государь и патриарх и Лжедимитрий не имел решительных успехов, архиереи противодействовали ему и своими анафемами, и своими убеждениями к народу. Но когда не стало ни государя, ни патриарха, когда Лжедимитрию покорились целые области России, все войско, все бояре и вся Москва и признали его, большею частию по убеждению, за истинного царевича Димитрия, тогда неудивительно, если и некоторые из архиереев могли поколебаться в своих прежних понятиях о нем и признать его за истинного царевича, т. е. покориться ему по убеждению, а другие, лучше знавшие правду, покорились, быть может, потому, что не в силах были, как и многие из мирян, противостоять всеобщему увлечению. Как на исключение можем указать только на Астраханского архиепископа Феодосия. Еще в то время, как Лжедимитрий действовал на юге России, не столько оружием, сколько своими грамотами, и ему передавались один за другим русские города, такое же движение обнаружилось и в Астрахани. Феодосии мужественно противился этому, убеждая народ, что называющий себя царевичем Димитрием есть самозванец, похититель царского имени. Но возмутившиеся жители едва не умертвили своего архипастыря и отвели его из архиерейского дома в Троицкий монастырь под стражу, а самый дом архиерейский разграбили. По воцарении Лжедимитрия они с бесчестием привели Феодосия из Астрахани в столицу и представили государю. Самозванец с гневом и раздражением сказал архиепископу: "Астраханские все смуты от тебя, и ты пред людьми называешь меня не прямым царем, да кто-де я?" Феодосии безбоязненно отвечал: "Знаю, что ты называешься царем, но прямое твое имя Бог весть, ибо прирожденный Димитрий царевич убит в Угличе и мощи его там". Смелый ответ так подействовал на Лжедимитрия, что он не только не предал казни Феодосия, но не велел даже его оскорблять.
Одним из первых действий нового царя, показавшим, по-видимому, его заботливость о православной Церкви, но вместе и пренебрежение к ее уставам, было избрание нового патриарха. По церковному правилу избрание патриарха в России было предоставлено Собору русских святителей, а государю принадлежала только власть утверждать одного из избранных Собором кандидатов на патриаршество. Лжедимитрий поступил иначе: он сам избрал патриарха, и, как можно догадываться, еще прежде, чем вступил в Москву. Выбор его пал на Игнатия, архиепископа Рязанского. Это был грек, занимавший прежде архиепископскую кафедру на острове Кипре. Вынужденный турками бежать из отечества, он поселился в Риме и будто бы принял там унию. Но, наслышавшись о благочестии русского царя Федора Ивановича и об его благосклонности к греческим иерархам, в 1595 г. прибыл в Москву, прожил в ней несколько лет и с 1603 г. получил в управление Рязанскую епархию. Игнатий угодил самозванцу тем, что первый из русских архиереев открыто признал его царевичем Димитрием и с царскою почестию встретил его в Туле, а по своей расположенности к латинству, о которой легко могли проведать сопровождавшие самозванца иезуиты, представлялся самым надежным орудием для осуществления их замыслов в России. Сделав выбор патриарха не по правилам Церкви и желая, может быть, придать своему выбору некоторый вид законности, самозванец будто бы посылал избранного испросить себе благословение на патриаршество у Иова, который, хотя и лишен был насильно своей кафедры, не был лишен своего сана церковною властию и считался патриархом. Но Иов не согласился благословить Игнатия, "ведая в нем римския веры мудрование". Самозванец вторично посылал Игнатия в Старицу с тою же целию и угрожал Иову муками, если не даст испрашиваемого благословения. Иов, однако ж, не устрашился и остался непреклонен. Тогда царь приказал архиереям возвести Игнатия в сан патриарха, и Игнатий был возведен 24 июня, т. е. спустя три-четыре дня по вступлении самозванца в Москву, откуда и следует заключить, что избрание и двукратная посылка Игнатия в Старицу, если признать их действительность, совершились еще прежде. От 30 июня новый патриарх разослал по России окружную грамоту, в которой, извещая о вступлении на прародительский престол прирожденного царя и великого князя Димитрия Ивановича, а также о своем возведении на патриаршеский престол по царскому изволению ("по его царскому изволению учинены есмя в царствующем граде Москве на престоле св. чудотворцев... патриархом Московским и всея Великия России"), предписывал петь по всем церквам торжественные молебны за нового государя и впредь молиться о нем и об его матери инокине Марфе, чтобы Бог даровал им многолетнее здравие и возвысил их царскую десницу "над латинством и над бесерменством". Как православный патриарх, Игнатий, конечно, не мог иначе говорить православным, но что он был предан папе и готов был содействовать унии с Римом от всей души, об этом хорошо знали в Риме, и кардинал Боргезе положительно извещал (3 декабря 1605 г.) папского нунция Ронгони, находившегося в Польше.
В первые же дни по вступлении своем в Москву и на престол Лжедимитрий пожаловал не патриарху только, но и всем русским архиереям такое достоинство, какого прежде они никогда не имели: он сделал их сенаторами, преобразовав свою Государственную думу по образцу польской рады, или сената. Сохранилась подробная роспись всем членам нового русского сената, написанная еще в июне 1605 г. секретарем самозванца поляком Яном Бучинским. Из нее видно, что первые места в сенате предоставлены были святителям, а за ними уже следовали бояре и другие светские лица и что духовную раду составляли патриарх, сидевший особо по правую руку государя, потом митрополиты - Новгородский, Казанский, Ростовский и Сарский, архиепископы Вологодский, Суздальский, Рязанский, Смоленский, Тверской, Архангельский (Елассонский) и Астраханский и епископы - Коломенский, Псковский и Корельский. Можно думать, что Лжедимитрий желал привлечь к себе наших архипастырей, даровав им такое почетное достоинство, но, вероятнее, он сделал это лишь потому, что так было в польской раде, которую он принял за образец для русской. Достойно, в частности, особенного внимания то обстоятельство, что Лжедимитрий, преследуя собственно свои личные цели, дал Русской Церкви такого иерарха, который вскоре сделался не только ее главою, но и украшением. Известно, что боярин Никита Романович Юрьев был родным братом царицы Анастасии, супруги царя Ивана Васильевича IV, и что сыновья Никиты, Феодор и прочие, приходились двоюродными братьями царю Феодору Ивановичу. Годунов, достигнув царской власти и опасаясь, чтобы она не перешла из рук его к кому-либо из братьев Романовых как ближайших родственников царя Феодора, нашел предлог разослать их в заточения, причем старший брат Феодор сослан был в Сийский Антониев монастырь и насильно пострижен в монашество под именем Филарета. Здесь сначала содержали его под строгим присмотром, не пускали даже в церковь и никого к нему не пускали, потом царь Борис смягчился к Филарету, позволил ему ходить в церковь, велел посвятить его в иеромонаха и сделать даже архимандритом Сийского монастыря. Лжедимитрий, заняв московский престол и выдавая себя за истинного сына царя Ивана Грозного, спешил вызвать из заточения и осыпать милостями своих мнимых родственников, в том числе и братьев Романовых, и предложил сийскому архимандриту Филарету сан митрополита на Ростовской кафедре. А как она была непраздна, то приказал Ростовскому митрополиту Кириллу Завидову отойти на покой в Троице-Сергиеву лавру, где он прежде был архимандритом. Когда совершилось посвящение Филарета Никитича на Ростовскую митрополию, с точностию неизвестно, но, без сомнения, до мая 1606 г., когда Лжедимитрия не стало.
В 21-й день июля совершилось коронование и миропомазание Лжедимитрия на царство по прежнему чину. Священнодействовал патриарх с другими архиереями и, без сомнения, сказал царю речь, как положено в чине. Но по окончании священной церемонии приветствовал царя речью, к изумлению православных, и латинский патер, иезуит Николай Черниковский на непонятном для них языке. В этот же, можеть быть, день, когда вокруг самозванца раздавались поздравления со всех сторон, сказал или поднес ему свое приветствие и протопоп придворного Благовещенского собора Терентий. "Благословен Бог, - говорил, между прочим, отец Терентий, - Который освятил тебя во утробе матери, сохранил тебя Своею невидимою силою от всех твоих врагов, устроил тебя на царском престоле и венчал твою боговенчанную главу славою и честию... Радуемся и веселимся мы, недостойные, видя тебя, благочестивого царя, Богом возлюбленного и св. елеем помазанного, всея России самодержца, крепкого хранителя и поборника святой православной веры, рачителя и украсителя Христовой Церкви, и молим твою царскую державу и, повергаясь пред тобою, вопием: о пресветлый царю, будь нам милостив, как Отец наш Небесный милостив есть, отврати слух твой от тех, которые говорят тебе неправду и производят вражду между тобою и твоими людьми... Мы никогда не сотворили зла твоей царской власти и не сотворим, но только молим всещедрого Владыку о твоем многолетнем здравии... Призри на нас, помазанник Божий, и ущедри нас..." Это приветствие, написанное, очевидно, уже после царского венчания Лжедимитрия, может служить одним из свидетельств, что и в среде духовенства некоторые признавали его за истинного царевича Димитрия.