На четвертый день, 11 сентября, в утреннее заседание был разговор с отцом Исаакием касательно душ праведных, где они находятся. Отец Исаакий доказывал, что они в раю земном, а митрополит - что на небе. После долгого спора решили послать апелляцию о том Константинопольскому патриарху. Потом была речь о душе человеческой, откуда она дается - от родителей ли, или творится Богом. Решили: человек зачинается от матернего плода без души, как и Адам создан был Богом без души, и потом уже Бог вложил в него бессмертный дух, а после того, как даст Бог человеку душу, она живет в сердце и голове. Затем рассуждали о душах грешных, где они находятся по смерти, и решили: души грешных задерживаются до последнего суда на воздухе в чистилище, ибо, говорят, душа грешила вместе с телом, с ним должна терпеть и муку. Наконец, постановили, чтобы жидовка у христианки и христианка у жидовки детей при рождении не принимали. В послеобеденном заседании избрали четырех депутатов в консисторию для слушания дел о неурядицах и ссорах между попами, причем суд и вызовы на суд должны происходить бесплатно и только после суда виновный обязан платить пошлину. Потом читались правила о крещении и доложено, что в крайней нужде может крестить и баба, а как крестить, бабы должны поучиться у попов. Говорили еще об елее, которым помазуют на всенощной, что остаток его должен быть съеден, а не сохраняем, как случалось прежде, для других всенощных; об елее, употребляемом при елеосвящении, что остаток его должен быть сожжен, и о том, сколько должно быть попов для совершения этого таинства; об исповеди и разрешении больных и преступников, как разрешать их; как по правилам проводить нарочитые и обыкновенные праздники. Постановили: крестный ход кругом церкви должен совершаться навспять, т. е. против солнца, как и в алтаре; в процессиях на похоронах попы должны идти пред телом, а не за телом.
На пятый день, 12 сентября, в утреннем собрании читали Катехизис, начиная от слов: во "едину, святую, соборную и апостольскую Церковь", и что значит: "в Церковь", и далее о седми церковных таинствах, причем была речь о форме таинств, особенно же о форме Евхаристии - вследствие вопроса отца Панкратия: в какое время и чрез какие слова совершается таинство Евхаристии. После долгого спора решили обратиться к патриарху. После обеда читали правила, чтобы русские кухарки жидам не служили и чтобы Русь не покупала мяса у жидов, которые, обрезав и осквернив его, продают христианам.
На шестой день, 14 сентября (13-го числа, которое случилось в воскресенье, соборных заседаний не было), митрополит совершил со всем духовенством заупокойную литургию о валашских господарях и о своих родственниках. А после обеда читали Катехизис, начавши от слов: "чаю воскресения мертвых", и, окончив первую часть, прочли и всю следующую часть об "Отче наш" и о девяти блаженствах. Затем читаны были права Киевского братства и митрополит обратился к Собору с просьбою, чтобы он позаботился на вечные времена о киевских школах, так как все это, говорил он, устроено с великими издержками и тяжкими трудами, причем митрополит напомнил, чтобы ректор киевских школ служил с палицею.
На седьмой день, 15 сентября, утром окончено было чтение Катехизиса: в частности, читали о вере, любви и надежде, потом об установленных и частных постах, о воскресных днях и праздниках, в которые если кто не будет своих слуг или крестьян освобождать от работ, то за это мирян отлучать от Церкви, а священников лишать священства и даже проклинать. После обеда допрашивали, все ли согласны, особенно из знатных послов-игуменов, на следующие три вещи: 1) на определение 24 пресвитеров в священнический суд, чтобы они судили, как капитула; 2) чтобы отца Исаию, игумена никольского, признать доктором богословия и 3) чтобы ректор киевских школ служил с палицею.
На осмый день, 16 сентября, утром окончено чтение правил, в которых нашли, чтобы на литургии Златоуста и святого Василия не падали ниц во время переноса Святых Даров, как пред святейшим таинством, а только на "Вонмем, Святая Святым" и на "Со страхом Божиим", т. е. при возношении Святых Даров. Снова подтверждено было: монахам и монахиням в кумовство между собою не вступать; иноверца нельзя приглашать в восприемники, а только русский у русского должен быть кумом при крещении. Рассуждали о елеосвящении и постановили: для одного дважды или трижды в день не освящать елея и не один поп должен освящать тот елей, а должны семь попов, если же семи не найдется, то по крайней мере три; одного и того же дважды не святить, а для каждого раза другой. Касательно браков и свадьб положили: непременно расспрашивать, нет ли у жениха жены или у невесты мужа, хотя бы в чужой стране; в таком случае другой не брать и за другого не выходить. После обеда читано постановление, которым отцу игумену никольскому предоставлялось быть пресвитером и ревизором над протопопами. Протопопы же обязывались понедельно служить у святой Софии, а чтобы более привлечь их к тому, им назначили за то по 15 грошей. Была речь и о том, что назначить послам, отправляемым в Царьград и что патриарху, чтобы он просмотрел те артикулы и подтвердил, что признает нужным.
На девятый день, 17 сентября, Собор рассуждал и постановил: чернецы, по уставу святого Василия, должны иметь в монастырях общежитие, а если того нельзя вполне достигнуть, то по крайности трапеза у них должна быть общая. Если чернец простой не будет оказывать послушания старшему, то не давать ему пищи и исключить из монастыря. Венчать, крестить, кумиться чернецам не дозволяется. Старшие в монастыре носят одежду из иноземного сукна не дороже четырех злотых, а другие - кожух и сермягу. Шелкового пояса никому не носить, а если у кого найдется такой, то отобрать в пользу монастыря. Братства для сохранения благочестия имеют быть независимыми от епископов. На будущее время в монахи не постригать не бывших на послушании в Никольском монастыре.
На десятый день, 18 сентября, дочитаны каноны и постановлено: монастырей, ни больших, ни малых, не основывать без благословения епископов и без привилегий. В котором монастыре не будет восьми человек братии, а по крайности - шести с послушниками, там игумена не звать игуменом, а только старцем, и то под началом другого, большего, монастыря. К черницам, кроме духовника, никто не должен ходить. Чернецы и черницы да не дерзают проживать по селениям и городам, но только в монастырях, и черницы под началом какой-либо известной старицы. Когда умрет брат в каком-либо монастыре, тогда братия обязаны по христианскому долгу отслужить по душе умершего три литургии под страхом проклятия. В заключение рассуждали, с чем отправить послов в Царьград к патриарху и что послать патриарху за труд, дабы по крайности не с пустыми руками к нему явиться.
Нельзя не пожалеть, что не дошли до нас самые акты Киевского Собора с подробным изложением происходивших на нем рассуждений и постановленных им решений. Но и краткое описание Собора, нами представленное и содержащее лишь перечень его занятий, достаточно показывает, как важны были эти занятия. Собор, очевидно, стремился к тому, чтобы исправить по возможности все беспорядки, вкравшиеся в Западнорусскую Церковь, и довести ее до прежнего благолепия - для чего и был созван Могилою, - и потому коснулся всех сторон ее жизни: и учения веры, и богослужения, и управления, в частности дал правила относительно таинств и обрядов, относительно белого духовенства, монастырей, братств и пр. Но самым первым и главнейшим предметом соборных занятий было рассмотрение Катехизиса: на этот предмет, как бы на единственный, указал в своей вступительной речи отец Исаия Козловский; этому предмету Собор преимущественно посвятил шесть дней из десяти, в которые происходили его заседания. Материалы для соборных рассуждений и решений большею частию были подготовлены заблаговременно, почему в описании Собора и повторяется так часто: "Читали, слушали, продолжали чтение..." Кем подготовлены? Вероятно, не самим Могилою, а кем-либо из киевской ученой братии по его поручению: так, по свидетельству современника Федора Скуминовича, бывшего прежде православным игуменом, ректором училищ и членом митрополитанской консистории и уклонившегося тогда в унию, монастырский устав, или правила для монахов, читанные на Киевском Соборе 1640 г., написаны были по поручению Могилы отцом Исаиею Козловским. Что же касается, в частности, вопроса об авторе Катехизиса, читанного на Соборе, то для решения этого вопроса есть в описании Собора два указания. На второй день соборных заседаний, прежде нежели началось чтение Катехизиса, отец Исаия выразился в своей речи, что митрополит Петр Могила, желая успокоить Церковь и привести ее к первоначальной правоте, написал Катехизис, который и полагает пред Собором, хотя выражение "написал (spisawszy)" и не определяет с точностию, сам ли написал или поручал написать. А на седьмой день соборных заседаний, когда чтение Катехизиса совершенно окончилось, предложен был Собору вопрос: все ли согласны признать отца Исаию доктором богословия? За что ж это и почему именно теперь, по рассмотрении Катехизиса, вздумали почтить отца Исаию таким высоким достоинством? Не потому ли, что он-то и был настоящим составителем Катехизиса, о чем могли знать все присутствовавшие на Соборе? По крайней мере странным было бы спрашивать Собор о признании отца Исаии доктором богословия, если бы при этом не имелось в виду и не указывалось какое-либо богословское его сочинение. А такого сочинения у Исаии, если не ему принадлежит Катехизис, вовсе не было. Исаию уважали за его богословские познания, и Сильвестр Коссов еще в 1635 г. называл его в предисловии к своему Патерику доктором богословия, но потому-то, что Исаия считался между своими лучшим знатоком богословия. Могила и мог поручить ему составление Катехизиса. А так как Катехизис под заглавием "Православное исповедание кафолической и апостольской Церкви Восточной" составлен по поручению Могилы и, может быть, даже при его руководственном участии, так как Катехизис внесен был на Киевский Собор от имени митрополита Петра Могилы и потом послан был, как сейчас увидим, в Царьград, на Ясский Собор и на рассмотрение всех Восточных патриархов от имени того же митрополита Петра Могилы, то неудивительно, что под его именем Катехизис этот и сделался известным, и издавался впоследствии как на Востоке, так и в России.