Были у Могилы и другие весьма важные предприятия на пользу Церкви. Он трудился над исправлением текста славянской Библии и уже собирал деньги для нового издания ее в более исправном виде, чем было издание острожское. Он желал вновь перевести на славянский язык жития святых, составленные Метафрастом, и уже достал греческий список их с Афона. Но не успел окончить этих своих предприятий за преждевременною своею кончиною.
Петр Могила скончался 50 лет от роду в четвертом часу ночи под 1 генваря 1647 г. За девять дней до своей кончины, чувствуя себя больным, он написал свое духовное завещание. Здесь он словами выразил то же самое, о чем делами свидетельствовал в продолжение всей своей жизни. Выразил прежде всего свою любовь и непоколебимую приверженность к святой православной вере, в которой родился, был воспитан и провел всю жизнь и в которой теперь желал предстать пред престолом Божиим. Выразил свою любовь к просвещению, к своей коллегии и к святым храмам. "Лишь только, - писал он, - Господь Бог сподобил меня сделаться архипастырем Киевской митрополии и еще прежде архимандритом Печерской лавры, я, видя, что упадок веры и благочестия в русском народе происходит не от чего иного, как от совершенного недостатка у него просвещения и школ, дал обет Богу моему - все мое имущество, доставшееся от родителей, и все, что будет оставаться от доходов с имений, принадлежащих вверенным мне по моему служению св. местам, обращать частию на восстановление разрушенных храмов Божиих, от которых остались жалкие развалины, частию на основание школ в Киеве и утверждение прав и вольностей народу русского... И этот недостойный обет мой и намерение Господь Бог по своей благости благословил, так что при жизни моей я видел великую пользу для Церкви Божией от тех наук и много появилось людей ученых и благочестивых на служение ей. Почему, желая оставить коллегию как единственный залог мой, обеспеченною на будущее время, я подарил ей и настоящим завещанием моим даю и дарю навеки..." Затем Могила перечисляет самые дары, какие завещал на коллегию, на церкви и монастыри, на основанную им богадельню и своему единственному брату Моисею, господарю Молдавии. На коллегию он завещал пятьдесят пять тысяч злотых, бывших в долгу на киевском кастеляне Адаме Киселе; двадцать тысяч злотых, которые должен был внести отцам коллегиатам наследник Могилы за два купленные им имения, находившиеся в их заведовании; шесть тысяч злотых наличными деньгами; всю свою библиотеку на разных языках; серебряную позолоченную митру, украшенную драгоценными камнями; серебряный митрополичий крест - "в вечный знак своей любви" и саккос белого глазета, унизанный жемчугом; четвертую часть своего столового серебра; хутор Позняковщину, купленный за четыре тысячи злотых; все домы, приобретенные им, Могилою (вероятно, в Киеве), и обои из разноцветной камки - собственно студентам коллегии на их конгрегацию. Вместе с тем завещал в Софийский собор митру бархатную и три саккоса; в Печерский монастырь митру жемчужную и все остальные свои саккосы; лампаду, купленную за 72 гривны серебра; четвертую часть своего столового серебра и половину хозяйственного своего заведения в хуторе Напологах; в Спасскую церковь подле лавры, им. Могилою, возобновленную, четвертую часть того же серебра; в Богоявленскую церковь Киевского братства и коллегии святые мощи в киоте, часть Животворящего Древа в золоченом крестике и половину своего хозяйственного заведения в хуторе Напологах; на окончание и совершенное возобновление Десятинной церкви тысячу злотых наличными деньгами; на монастырь Выдубицкий пятьсот злотых наличными деньгами. Из остальных денег, какие окажутся и какие получатся от продажи домашних запасов, половину завещал раздать в разные общежительные монастыри, не имевшие никаких доходов, как-то: в Скит, в Межигорье, в Тригорье, в Крехов, в Угорник, в Мгар, в Густынь, также в девичьи монастыри и богадельни. На свою богадельню, основанную им в местечке Печерском возле святого Феодосия, завещал тысячу пятьсот злотых. Брату своему Моисею завещал благоприобретенные свои имения в воеводствах Белзском и Киевском, комнатные уборы и прочие домашние вещи, экипажи и лошадей. Под конец своего завещания Могила снова вспоминает о своей коллегии и говорит: "Что касается до моей киевской коллегии, то я отдаю ее под покровительство ясновельможным господам: Александру Огинскому, воеводе минскому, Адаму Киселю, кастеляну киевскому, Богдану Стеткевичу, кастеляну новогродскому... князю Николаю Четвертинскому и иным православным господам, которых именем милосердия Божия умоляю, чтобы этот единственный залог православной Русской Церкви при старании, попечении и покровительстве их милостей вечно пребывал для умножения славы Божией и образования православно-русских детей". На отцов же коллегиатов за все свои пожертвования Могила возлагал только ту обязанность, чтобы они как при жизни его, так и впредь обучали в киевских школах по королевской привилегии, сами жили в общине по данным им. Могилою, правилам и киевскую коллегию сохранили в целости согласно с фундациею, а по душе его совершали богослужение каждую неделю в четверг и ежегодно в день его кончины. Погребсти свое тело завещал в Печерском монастыре, в большой церкви, при левом крылосе между столбами.