Желая еще более подействовать на народ в свою пользу, умирить его совесть и успокоить, царь, посоветовавшись с патриархом и всем освященным Собором, приговорил вызвать в Москву бывшего патриарха Иова, чтобы он простил и разрешил всех православных христиан за совершенные ими нарушения крестного целования и измены, и для этого отправить в Старицу Крутицкого митрополита Пафнутия с несколькими другими духовными и светскими лицами и царскую калгану (карету). Гермоген написал к Иову послание, умолял его именем государя учинить подвиг, приехать в столицу "для его государева и земского великого дела". Иов приехал 14 февраля 1607 г. и остановился на Троицком подворье. Спустя шесть дней (20 февраля) в Успенский собор собралось бесчисленное множество народа, прибыли и оба патриарха с другими святителями и духовенством. Иов стал у патриаршего места, а Гермоген, совершив прежде молебное пение, стал на патриаршем месте. Тогда все находившиеся во храме христиане с великим плачем и воплем обратились к Иову, просили у него прощения и подали ему челобитную. Гермоген приказал архидиакону взойти на амвон и прочитать челобитную велегласно. В ней православные исповедовались пред своим бывшим патриархом, как они клялись служить верою и правдою царю Борису Федоровичу и не принимать вора, называвшегося царевичем Димитрием, и изменили своей присяге, как клялись потом сыну Бориса Феодору и снова преступили крестное целование, как не послушались его, своего отца, и присягнули Лжедимитрию, который лютостию отторгнул его, пастыря, от его словесных овец, а потому умоляли теперь, чтобы первосвятитель простил и разрешил им все эти преступления и измены, и не им только одним, обитающим в Москве, но и жителям всей России, и тем, которые уже скончались. По прочтении этой челобитной патриархи Иов и Гермоген приказали тому же архидиакону прочесть с амвона разрешительную грамоту, которая наперед была составлена по приезде Иова в Москву, и составлена не от его только лица, но от имени обоих патриархов и всего освященного Собора. В грамоте патриархи Гермоген и Иов со всем освященным Собором сперва весьма подробно изображали те же самые клятвопреступления и измены русских, потом молили Бога, чтобы Он помиловал виновных и простил им согрешения, и приглашали всех к усердной молитве, да подаст Господь всем мир и любовь, да устроит в царстве прежнее соединение и да благословит царя победами над врагами, наконец, по данной от Бога власти прощали и разрешали всем православным соделанные ими клятвопреступления и измены. Разрешительная грамота возбудила в слушателях слезы радости, все бросались к стопам Иова, просили его благословения, лобызали его десницу, и дряхлый старец, вскоре за тем скончавшийся (19 июня), убеждал всех, чтобы, получив теперь разрешение, они уже никогда впредь не нарушали крестного целования. Впрочем, эта нравственная мера, на которую в Москве, кажется, весьма много рассчитывали, не на всех произвела желаемое впечатление: по крайней мере спустя два с небольшим месяца 15000 царских воинов изменили царю Шуйскому и перешли под Калугою на сторону Болотникова. Гермоген решился тогда употребить меру церковной строгости: он предал проклятию Болотникова и его главнейших соумышленников. Все это происходило, пока еще не явился второй Лжедимитрий, а изменники действовали одним его именем.
Наконец, в Литве отыскали какого-то бродягу, по одним - поповского сына из Северской страны, по другим - жида, который решился выдавать себя за погибшего в Москве царя Лжедимитрия, хотя нисколько на него не походил. 1 августа 1607 г. он объявил себя в Стародубе, скоро собрались вокруг него польские дружины под предводительством своих вождей, Лисовского, Сапеги и других, запорожские и донские казаки и многие русские изменники. И не прошло года, как этому второму самозванцу покорялась уже почти вся Южная и Средняя Россия, и 1 июня 1608 г. он утвердился с своими полчищами в двенадцати верстах от Москвы в селе Тушине, которое и обратил для себя как бы в столицу. Услышав об этом, патриарх Гермоген глубоко скорбел и обратился к царю Василию Ивановичу с трогательною речью, в которой умолял его, чтобы он, возложив надежду на Бога и призвав на помощь Пресвятую Богородицу и Московских угодников, сам повел войска против врагов. Борьба продолжалась с переменным счастием: Москвы не отдали самозванцу, но и его не прогнали из Тушина. Здесь признала в нем своего мужа честолюбивая Марина, после того, однако ж, как духовник ее, иезуит, перевенчал ее с ним тайно. Здесь же вслед за тем окружили самозванца ревнители римской веры и составили для него инструкцию, как царствовать и как ввести унию в Россию. Инструкция эта, ввиду прежней неудачи, постигшей первого Лжедимитрия, рекомендовала действовать во всем с крайнею осмотрительностию и осторожностию, и в частности для насаждения унии в Московском государстве указывала следующие средства: а) еретикам (т. е. протестантам), врагам унии, запретить въезд в государство; б) монахов из Константинополя, находящихся в России, выгнать; в) с осторожностию выбирать людей, с которыми вести речь об унии, ибо преждевременное разглашение об этом и теперь повредило; г) государю держать при себе небольшое число католического духовенства и письма, относящиеся к этому делу, писать, посылать и принимать, особенно из Рима, как можно осторожнее; д) самому государю заговаривать об унии редко и осторожно, чтоб не от него началось дело, а пусть сами русские первые предложат о некоторых неважных предметах веры, требующих преобразования, и тем проложат путь к унии; е) издать закон, чтобы в Церкви Русской все подведено было под правила Соборов и отцов греческих, и поручить исполнение закона людям благонадежным, приверженцам унии: возникнут споры, дойдут до государя, он назначит Собор, а там с Божиею помощию можно будет приступить и к унии; ж) раздавать должности людям, расположенным к унии, особенно высшее духовенство должно быть за унию, а это в руках его царского величества; з) намекнуть черному духовенству о льготах, белому о наградах, народу о свободе, всем о рабстве греков; и) учредить семинарии, для чего призвать из-за границы людей ученых, хотя светских; и) отправлять молодых людей для обучения в Вильну или лучше туда, где нет отщепенцев, в Италию, в Рим; к) позволить москвитянам присутствовать при нашем богослужении; л) хорошо, если б поляки набрали здесь молодых людей и отдали их в Польше учиться к отцам иезуитам; м) хорошо, если б у царицы между священниками были один или два униата, которые бы отправляли службу по обряду русскому и беседовали с русскими; н) для царицы и живущих здесь поляков построить костел или монастырь католический и пр.
Проживая в Тушине и не имея сил овладеть Москвою, тушинский вор и царик, как называли второго самозванца, посылал свои отряды в разные другие места, чтобы покорять их своей власти. Пастыри Церкви везде убеждали народ сохранять верность присяге, данной законному государю, и немного осталось таких священников, которые бы не пострадали за свою ревность. Монастыри, каков, например, Кирилло-Белозерский, несмотря на разорения, которым подвергались, не верили ворам и изменникам, твердо стояли за своего государя, писали грамоты по городам и многих подкрепляли. А из архипастырей Псковский епископ Геннадий, видя измену большей части псковитян вопреки всем его увещаниям и, с другой стороны, страшные казни, постигшие остальных, верных, граждан, умер от горести (24 августа 1609 г.). Суздальский архиепископ Галактион был изгнан тушинцами из своего кафедрального города (1608) и скончался в изгнании. Коломенского епископа Иосифа литовские люди под предводительством пана Лисовского взяли в плен по разорении Коломны (1608), влачили при своем отряде и привязывали к пушке, когда осаждали какой-либо город, чтобы устрашать других. К счастию, царские воеводы скоро отбили у злодеев несчастного епископа и привели в Москву, откуда он и возвратился на свою епархию и по-прежнему ревностно старался удерживать народ от измены государю. Тверского архиепископа Феоктиста, того самого, который прежде так удачно прогнал от Твери крамольников, теперь схватили (1608) и отправили в Тушино, где он перенес многие муки, а когда во время случившихся там беспорядков он побежал было к Москве, его убили на дороге (в марте 1610 г.) и бросили; тело его найдено впоследствии правоверными израненное оружием и искусанное плотоядными животными. Когда один из отрядов Сапеги вместе с переяславльскими изменниками приблизился к Ростову (11 октября 1608 г.) и жители города бежали в Ярославль, Ростовский митрополит Филарет Никитич с немногими усердными воинами и гражданами заключился в соборной церкви, и, готовясь к смерти, причастился сам Святых Тайн, и велел священникам исповедать и причастить всех прочих. Двери церковные не выдержали напора врагов, началась резня; Филарет хотел было уговаривать переяславцев от Божественных Писаний, но его схватили, сняли с него святительские одежды и босого, в одной свитке, повели в Тушино, подвергая его на пути разным поруганиям. В Тушине, однако ж, судьба пленника изменилась. Филарет приходился родным племянником царю Ивану Грозному по первой его супруге Анастасии Романовой, и самозванец, считавший себя сыном царя Ивана Грозного, захотел встретить своего мнимого родственника с знаками уважения, вновь облек его в святительские одежды, дал ему святительских чиновников и даже повелел ему быть "нареченным" патриархом Московским и всея России - знак, что самозванец действовал под влиянием поляков или литовцев, ибо только в Литовской митрополии существовал обычай, что святители, назначаемые государем на ту или другую кафедру, назывались сперва "нареченными", пока кафедра та была еще занята другим иерархом или пока они сами не были посвящены, а в Руси Московской такого обычая не было никогда. Кажется даже, что Филарету дано было не одно имя патриарха, но предоставлена была и патриаршая власть по отношению к областям, целовавшим крест тушинскому вору: по крайней мере из единственной грамоты Филарета, данной им в то время, где он называл себя и Ростовским митрополитом, и "нареченным" патриархом Московским и всея России, видно, что он считал в своем патриаршестве область Суздальскую, которая хотя не принадлежала к Ростовской епархии, но признавала над собою власть самозванца. Впрочем, оказав Филарету по наружности столько почестей, самозванец не доверял ему и окружил его стражами, которые наблюдали за каждым его словом и мановением. В сентябре (23) 1608 г. Сапега и Лисовский с 30000 войском осадили знатнейший из русских монастырей, Троице-Сергиеву лавру, в стенах которой находилось около 300 человек братии, отряд царских ратников под предводительством двух воевод и несколько сот других пришельцев, преимущественно из окрестных монастырских сел, всего до 2300 защитников. Но и эти малочисленные дружины, подкрепляемые предстательством и явлениями преподобного Сергия, воодушевляемые примером и молитвами иноков и наставлениями архимандрита лавры Иоасафа, с успехом отражали все нападения врагов. Шестнадцать месяцев продолжалась осада, много лишений, бедствий и скорбей перетерпела святая обитель, но с Божиею помощию устояла и не сдалась ляхам и самозванцу. С этого времени делается известным муж, незабвенный в летописях нашего отечества, келарь Троицкого Сергиева монастыря Авраамий Палицын. Он происходил от древней фамилии, вышедшей из Литвы, и в мире назывался Аверкием Ивановичем. При царе Федоре Ивановиче, в 1588 г., за что-то подвергся опале, лишился всего имущества, которое отобрали в казну, и сослан, вероятно, в Соловецкий монастырь, где волею или неволею принял пострижение с именем Авраамия. При царе Борисе, в 1601 г., Авраамий Палицын упоминается как старец Богородицкого свияжского монастыря. А при царе Шуйском занимает уже видное место келаря в знаменитейшей русской обители. Во время осады лавры Авраамий не находился в ней, но по приказанию государя жил в Москве на Троицком подворье, но и отсюда старался делать для своей обители все, что мог, и однажды, когда защитники ее доведены были до крайности, упросил царя Василия Ивановича послать им воинских снарядов и несколько десятков казаков и сам послал до двадцати монастырских слуг, а в другой раз отправил в лавру свои грамоты к братии, к войску и ко всем находившимся в осаде и убеждал всех не падать духом, помнить свою присягу и стоять непоколебимо против литовских людей.