В первый день июля Иоаким испросил у государя позволение посетить монастыри Чудов и Троице-Сергиев, в каждом из них был принят (4 и 8 июля) с честию и получил подарки от монастырских властей. Июля 17-го был на отпуске у государя и получил царские подарки, а 11 августа выехал из Москвы на Чернигов. В Москве понимали, что нужно теперь особенно задобрить патриархов и расположить к себе. И царь Федор Иванович, хотя еще в два предшествовавшие года отправлял им и всему восточному духовенству весьма щедрую милостыню на помин души своего покойного родителя, признал за лучшее при отъезде из Москвы Иоакима отпустить с ним своего подьячего Михаила Огаркова с новыми богатыми дарами патриархам и с грамотами к Цареградскому Феолипту и Александрийскому Сильвестру, где, вовсе не упоминая о своем желании иметь в Москве патриарха, перечислял только свои прежние и вновь посылаемые им подарки.
Прервем здесь на время рассказ и спросим: кому же принадлежала мысль об учреждении патриаршества в России? Первый высказал ее точно и определенно сам государь Федор Иванович. Но это не значит, что ему первому она и принадлежала, что он сам ее придумал или что ее придумала царица, с которою он совещался. Нет, мысль эта еще прежде существовала в России и была распространена между книжными и образованными людьми, которые ясно видели высокое значение своего отечества, своего государя и своей Церкви среди всего христианского православного мира, ясно сознавали высокое положение своего митрополита в сравнении со всеми патриархами, находившимися в тяжком порабощении и нищете, и иные, хотя не так определенно, высказывали эту мысль еще в первые годы XVI в. Недоставало только случая, чтобы выразить ее прямо и решительно и приступить к ее осуществлению, - случай такой представился с приездом в Москву одного из патриархов. И вот, едва прошло несколько дней с приезда патриарха, как Русский митрополит при первой встрече с ним в церкви показал ему свое не только равенство, но и свое превосходство пред ним. А русский царь, принявший у себя патриарха 25 июня, успел до 1 июля и посовещаться об учреждении в Москве патриаршества с своею царицею, и объявить свое решение боярам, и снестись с патриархом, и получить благоприятный ответ от патриарха. Несомненный знак, что мысль о патриаршестве русским не была новая, и потому для обсуждения ее не потребовалось продолжительных совещаний, хотя дело замышлялось весьма важное и, по тогдашнему выражению, великое. Царь высказал только то, что еще прежде знали и в чем вполне сочувствовали ему все его окружавшие. Все это происходило во дни митрополита Дионисия, когда Иов был только архиепископом Ростовским, следовательно, совершенно произвольно известное мнение, будто собственно Борис Годунов задумал учредить патриаршество в России, чтобы возвесть в этот сан своего любимца митрополита Иова и тем еще более привлечь его к себе для своих честолюбивых целей.
Нельзя сказать, чтобы в Царьграде сочувственно отнеслись к тому важному делу, которого так желали в Москве и о котором взялся хлопотать патриарх Антиохийский Иоаким. Только спустя уже почти год с отъезда из Москвы Иоакима сюда пришло первое известие о положении этого дела. Именно, 28 июня 1587 г. прибыл в Чернигов и оттуда препровожден в Москву какой-то грек Николай и на допросе в Посольском приказе сказал дьяку Андрею Щелкалову, что "отпустили его из Царяграда патриархи Цареградский и Антиохийский, а с ним послали к государю грамоты об нем бить челом государю о милостыне, да наказали с ним словом патриархи Цареградский и Антиохийский: что приказывал им государь, чтоб патриарха учинить на Руси, и они, Цареградский и Антиохийский патриархи, соборовав, послали по Иерусалимского и по Антиохийского патриархов, и велели им быть в Царьград, и о том деле соборовать хотят, что государь приказывал, и с Собора хотят послать патриарха Иерусалимского и с ним о том наказ, как соборовать (на Руси) и учинить патриарха". Вот сколько сделали в Царьграде в продолжение целого года для России, куда только постоянно слали за милостынею и откуда получали непрерывные пособия. Прошел еще год, и новых вестей об этом деле совсем не приходило в Москву. Да и не могло прийти, потому что в Царьграде произошла перемена патриархов. Султан низверг патриарха Феолипта и на место его возвел в третий раз Иеремию II, находившегося в заточении. А Иеремии, когда он возвратился на свою кафедру, было не до того, чтобы рассуждать о Русском патриаршестве. Он увидел, что все патриаршее достояние разграблено, кельи обвалились и самая патриаршая церковь Богородицы Паммакаристы, т. е. Всеблаженной, ограблена и обращена в мечеть. Ему велено было строить себе новую церковь и кельи в другом месте Царьграда, а средств не было никаких. И Иеремия поневоле должен был обратиться за милостынею к православным и решился предпринять путешествие в Россию. Это-то обстоятельство и послужило к тому, что дело о патриархе в Москве, которое могло затянуться в Царьграде на многие годы, если не навсегда, быстро подвинулось к своему исходу.
К концу июня 1588 г. царь Федор Иванович внезапно получил известие из Смоленска от воевод, что туда приехал 24 июня Цареградский патриарх Иеремия II, и вместе грамоту от самого патриарха, которою он испрашивал позволения прибыть в Москву, где еще вовсе не знали о происшедшей в Царь-граде перемене патриархов. Федор Иванович немедленно отправил почетного пристава Семена Пушечникова навстречу патриарху с ответною грамотою, которою приглашал его пожаловать в свою столицу, и с указом к воеводам, чтобы они с честию отпустили святейшего и пришедших с ним к Москве и дали им все необходимое в дороге и детей боярских из смолян для провожания, а Смоленскому епископу Сильвестру писал: "Если патриарх станет проситься у воевод в церковь Пречистой Богородицы помолиться, то мы ему в церковь идти позволили, и у тебя в церкви было бы тогда устроено чинно и людно, архимандритов, игуменов и попов было бы много, встречал бы ты патриарха и чтил его честно, точно так же, как митрополита нашего чтите". Между тем приставу, отправленному для встречи патриарха, дана была такая память: "Разведать, каким обычаем патриарх к государю поехал и ныне патриаршество Цареградское держит ли и нет ли кого другого на этом месте, где Феолипт, бывший прежде патриархом, кто из них двух по возвращении Иеремии будет патриаршествовать, и кроме его нужды, что едет за милостынею, есть ли с ним от всех патриархов с соборного приговора к государю приказ (знак, чего ожидали в Москве от патриарха); честь же к патриарху держать великую, такую же, как к нашему митрополиту". В Смоленске действительно честили патриарха весьма много и с великим усердием, особенно воеводы и епископ. На праздник святых апостолов Петра и Павла (29 июня) первосвятитель вместе с своею свитою посетил Смоленский собор и отстоял в нем Божественную литургию, а вскоре затем отправился в Москву, куда после десятидневного путешествия и прибыл 13 июля. Здесь встретили его многие бояре и бесчисленное множество народа, а от лица государя у самой столицы приветствовал почетный пристав Григорий Нащокин, который и проводил дорогого гостя со всею его свитою на рязанское подворье. В свите патриарха находились: митрополит Монемвасийский (Мальвазийский) Иерофей, друг патриарха, архиепископ Елассонский Арсений и архимандрит Христофор. Кроме того, собственно при патриархе состояли: архидиакон, два священника, чернец-старец, казначей, келарь, толмач, диакон да девять слуг; при митрополите Иерофее: священник и четыре прислужника; при архиепископе Арсении: старец и прислужник. На подворье велено было поместить и устроить патриарха и его свиту с возможною почестию и без ведома приставов никого к нему и его свите, особенно из иноземных, не допускать, кроме посылаемых от властей духовных и от бояр с почетными кормами, да наказано было: о чем и о каких делах патриарх с приставами поговорит, о том им сказывать боярам и дьяку Андрею Щелкалову. Явный знак, что Иеремии не доверяли. Он не привез с собою грамоты от патриархов об учреждении патриаршества в России, чего именно здесь и ожидали, и здесь, естественно, спрашивали, да патриарх ли он. Грамота эта была бы лучшим свидетельством о патриаршестве Иеремии, и его приняли бы без подозрений. С Иеремиею поступили так же, как обыкновенно поступали у нас с иноземными послами, которым не доверяли; к дому посла ставились приставы с почетною стражею, которые не дозволяли никому сноситься с ним и с самою его прислугою, следили за его действиями и словами, выведывали его мысли и о всем доносили боярам и только тогда, когда правительство убеждалось в пользе предложений, привезенных послом, к нему становились доверчивее, с ним начинали переговоры.