Служение русского духовенства отечеству, в такой степени проявившееся в Смутное время, особенно при патриархе Гермогене, было очень ощутительно и во все время междупатриаршества, так как и новое правительство, которому предлежало столько трудов, чтобы совершенно очистить землю Русскую от внешних врагов и изменников и водворить в ней порядок и тишину, истинно нуждалось в поддержке и содействии со стороны церковной власти. В Москве воцарился избранник Русской земли юный Михаил Федорович, а на юго-востоке России, в Астрахани, свирепствовал с своею шайкою Заруцкий, сопровождаемый известною Мариною и ее сыном. Новый государь послал свои царские грамоты (от 18 марта 1614 г.) к донскому и волжскому казачьим войскам, убеждая их помогать его воеводам, отправляться против Заруцкого, писал также к самому Заруцкому, приглашая его покориться законной власти и обещая ему прощение. В тот же день послали свои грамоты и к обоим казачьим войскам, донскому и волжскому, и к Заруцкому наши архипастыри со всем освященным Собором и старались склонить их к исполнению воли государевой своими духовными увещаниями и угрозою анафемы. На севере России, в пределах Новгородских, хозяйничали шведы, осаждали и разоряли города, и государь по решению всего освященного Собора, бояр и других чинов отправлял (4 сентября 1614 г.) Суздальского архиепископа Герасима и чудовского архимандрита Авраамия с двумя светскими лицами в Ярославль, чтобы убеждать находившихся там казаков и их атаманов к походу на Тихвин для освобождения его от шведского войска. Под Смоленском и вообще на западной окраине России продолжалась борьба между русскими войсками и польскими. А так как в рядах польских воинов находилось немало и униатов, бывших прежде православными и живших в областях, которые принадлежали некогда Московскому государству, то наши митрополиты, архиепископы и епископы со всем освященным Собором послали в те области одно за другим два свои воззвания. Здесь, напоминая жителям Западнорусского края об их русском происхождении и о той вере, в которой они родились и которой теперь изменили, о дорогих сердцу русскому угодниках Божиих, просиявших в России, святителях Петре, Алексии, Ионе, князе черниговском Михаиле и боярине его Феодоре, преподобном Сергии, Варлааме и других, умоляли этих жителей покаяться и снова обратиться к истинной христианской вере, данной от Бога, и к государю царю и великому князю Михаилу Федоровичу, давали обещание разрешить им грех отступничества и исходатайствовать им щедрые милости от государя. Для жалованья ратным людям, которых необходимо было содержать тогда в большом количестве, правительство крайне нуждалось в материальных средствах. И потому на земском Соборе (1616), на котором присутствовали и митрополиты, архиепископы, и епископы, и весь освященный Собор, было приговорено: на ратных людей собрать со всех городов, посадов и уездов, со всех сел и волостей, вотчин и поместий, в том числе и с патриарших, митрополичьих, архиепископских, епископских и монастырских, сошные деньги, а с гостей и торговых людей, в том числе и с монастырей, производивших торг, пятую деньгу. На земском Соборе в 1618 г., когда польский королевич Владислав угрожал осадить Москву, русские митрополиты, архиепископы, и епископы, и весь освященный Собор вместе с боярами и со всеми другими светскими лицами объявили царю Михаилу Федоровичу, что "они все дали обет Богу за православную христианскую веру и за него, государя, стоять безо всякого сумнения и с недругом его, королевичем Владиславом, битись до смерти, не щадя голов своих".
Во всех этих делах, гражданских и государственных, Крутицкий митрополит Иона принимал участие наравне со всеми другими нашими архиереями и не выделялся между ними. Но в делах церковного управления он являлся как главный иерарх в ряду прочих, как местоблюститель патриаршего престола. Он, Иона, с Собором других архиереев избирал и поставлял архипастырей для Русской Церкви и выдавал им настольные грамоты: такая грамота выдана была им в 1619 г. рукоположенному им Рязанскому архиепископу Иосифу. Он, Иона, принимал жалобы и донесения на архиереев и судил их. Около 1616 г. протопоп вологодского Софийского собора Василий сделал какой-то донос на своего архиепископа Нектария. Этот Нектарий, родом грек, был прежде архиепископом в Ахриде, а 25 июня 1613 г. по воле Михаила Федоровича определен на Вологодскую кафедру и 11 июля присутствовал в числе наших архиереев при короновании нового государя. Иона, получив донос на Нектария, не произвел никакого расследования дела, в котором обвинялся последний, и прямо "без сыску и неповинно" осудил Нектария, лишил его архиерейского сана и сослал на заточение в Кирилло-Белозерский монастырь простым чернецом. Все это, как увидим, раскрылось вполне чрез несколько лет, когда Иона уже не правил русскою иерархиею, и послужило для него справедливым укором и бесчестием. Не менее, если даже не более, бесчестия положило на память Ионы участие его в качестве главного церковного судии и в другом деле, которое можно назвать важнейшим из всех церковных дел, совершавшихся у нас во время междупатриаршества, и которое потому мы изложим несколько подробнее.
Одною из самых главных и постоянных забот церковной власти с учреждения в России патриаршества сделалась забота об исправлении и печатании богослужебных книг. К сожалению, это святое дело долго велось очень неудачно. Ясно сознавали, что книги испорчены, что порча их зависела преимущественно от переписчиков, что необходимо книги исправлять и печатать во избежание дальнейшей в них порчи. Но как исправлять - за это-то и не умели взяться надлежащим образом. Вместо того чтобы проверять книги по греческому тексту, с которого они переведены, ограничивались тем, что исправляли книги с славянских же "добрых переводов" (хороших списков), как заповедал еще Стоглавый Собор, т.е. брали список какой-либо богослужебной книги, который признавали лучшим, иногда сличали его с другими такими же списками и по этому-то списку печатали книгу, как будто и в лучших списках не могли быть ошибки, и даже очень важные. Так напечатаны были еще при царе Иване Васильевиче IV первые три книги: Апостол, Часослов и Псалтирь. Так же печатались книги и при патриархах Иове и Гермогене. При Иове изданы были восемь книг - Триодь постная (1589), Триодь цветная (1591), Октоих (1594), Апостол (1596), общая Минея (1600), архиерейский Чиновник (1600), Служебник или, вернее. Требник (1602), и цветная Триодь вновь (1604). При Гермогене три: Евангелие (1606), Минеи месячные за сентябрь, октябрь, ноябрь и первые двенадцать дней декабря (1607 - 1610) и церковный Устав (1610). Личное участие патриархов в деле выражалось тем, что они благословляли печатать книги, хотя это известно не о всех книгах, и иногда свидетельствовали напечатанные книги, как по крайней мере свидетельствовал Гермоген Минею месячную, сколько она при нем напечатана. С 1611 г. печатание книг на время приостановилось, так как и Печатный двор со всем, что в нем было, сгорел во время страшного пожара, которым поляки истребили Москву. Но царь Михаил Федорович в первый же год своего царствования велел восстановить типографию, хотя временно на другом месте, и в период междупатриаршества напечатаны еще пять книг тем же самым порядком, как прежде, именно: Часослов (1614), Псалтырь (1615), Служебна трижды (1616-1617), Окотах (1618) и Минуя общая (1618), повелением царя и "благословением его богомольцев, межьпатриаршества преосвященных митрополитов, и архиепископов, и епископов, и всего освященного Собора".
Но замечательно, что в этот же период междупатриаршества напали было на мысль поставить печатание богослужебных книг несколько лучше, чем поставлено оно было прежде, ибо, когда решено было издать вновь Служебник, или Требник, изданный в 1602 г. Андроником Тимофеевым Невежею, то посоветовали юному государю поручить это дело человеку, который знал и греческий язык, именно канонархисту Троице-Сергиева монастыря Арсению Глухому, Селижаровцу. Этот Арсений, как сам рассказывает о себе, воспитан в селе и не бывал в училище учителей, ведущих словесную хитрость. Но с тех пор как облекся в иноческое одеяние, обходил многие честные обители, обретал и перечитал в них множество священных книг, обретал и многих разумных мнихов, с которыми вступал в совопрошения и собеседования, особенно полюбил книгу святого Иоанна Дамаскина, с великими усилиями и трудами изучил его грамматику (об осми частях речи) и прошел его священную философию (диалектику), хотя и встретил в ней немало темного и покровенного. В частности, рассказывает, как занимался он, Арсений, в библиотеке Троице-Сергиева монастыря и как часто посещал ее, как содействовал ему заведовавший библиотекою просвещенный и богомудрый инок Антоний, дававший ему многие книги даже в келью, а другие вместе с ним рассматривавший и обсуждавший в библиотеке, как еще тогда он, Арсений, сличал разные списки церковных служб, находил в них многие неисправности и старался исправлять их по своему крайнему разумению, как по повелению архимандрита Дионисия переписывал книгу Канонник и сделал в ней посильные исправления и пр. Таким же, вероятно, образом, т. е. из книг, при пособии разумных мнихов, знавших по-гречески, Арсений научился и греческому языку. "Во сто двадесять четвертом году, октября в 24-й день (т. е. 1615 г.), говорит сам Арсений в своей защитительной "Речи", поданной боярину Борису Михайловичу Салтыкову, - писал с Москвы государевым словом Троицко-Сергиева монастыря келарь старец Аврамий Палицын (он-то и мог указать государю на Арсения как на способного заняться исправлением книг) в Троицкий монастырь архимандриту Дионисию да казначею старцу Иосифу Панину, а велел прислати к Москве меня, нищего чернца, для государева дела, что правити книга Потребник на Москве в печатное дело; а поп Иван клементьевской приехал к Москве собою, а не по грамоте". Этот поп Иван по фамилии Наседка или Наседкин священствовал прежде, вероятно, в Москве, но в 1611 г., когда она была сожжена поляками, бежал из нее со всем своим семейством в Сергиеву лавру, куда бежали тогда и многие тысячи московских жителей. Здесь ему поручили совершать службы и требы для мирян в церкви преподобного Сергия над монастырскими воротами и дали небольшую келью в монастырской стене. Наседка умел приобресть расположенность архимандрита Дионисия, проводил с ним в беседах не только дни, но иногда и ночи, много помогал ему в переписке и рассылке известных патриотических воззваний к народу для изгнания поляков из отечества, еще более потрудился по поручению Дионисия, когда обходил окрестные места и селения, наполненные беглецами из Москвы, и исповедовал, причащал и предавал земле несколько тысяч несчастных, погибших от голода, ран и болезней. По окончании этих трудов Наседка был определен на священническое место в подмонастырском селе Клементьевском. Когда Арсений и поп Иван Наседка прибыли в Москву и явились к боярину Борису Михайловичу Салтыкову, то "я, нищий чернец, - продолжает речь свою к Салтыкову Арсений, - сказал тебе, государеву боярину, про себя, что меня не будет столько (т. е., что я не в состоянии исправить Потребника), ибо я ни поп, ни дьякон, а в той книге все потребы поповския. Но Иван поп сам на государево дело набился и бил челом тебе, государеву боярину, ради себя так как у него там (близ лавры) жена и дети, - чтобы государь приказал править книгу троицкому архимандриту Дионисию в Троицком монастыре, а нам бы, попу Ивану да мне, чернецу Арсению, да старцу Антонию с архимандритом у дела быть". Белено было прислать в Москву старца Антония, бывшего книгохранителем в лавре, но оттуда отвечали, что Антоний болен. Тогда старец Арсений и поп Наседка били челом государю и сказали: "Нам одним не исправить книги Потребника; в списках ее с давнего времени множество разностей и погрешностей как от переводчиков, так и от неискусных переписчиков; нам двоим великая от того будет смута, да и "без настоятеля от властей" исправлению той книги быть невозможно. Вследствие этого по ходатайству Салтыкова государь послал в Троице-Сергиев монастырь свою грамоту (от 8 ноября 1616 г.), которою поручал исправление Потребника архимандриту монастыря Дионисию вместе с старцем канонархистом Арсением, библиотекарем лавры старцем Антонием и священником Иваном Наседкою, предоставив архимандриту приглашать к сотрудничеству и других "разумных старцев, которые подлинно и достохвально извычни книжному учению и граматику и риторию знают". Арсению и Наседке, когда они отправлялись из Москвы, даны были три списка Потребника, в том числе список митрополита Киприана из Успенского собора, а другими списками велено было пользоваться из лаврской библиотеки. Арсений, однако ж, боялся и теперь приниматься за исправление книги и каждый день говорил Дионисию: "Откажи дело государю: не сделати нам того дела в монастыре без митрополичьего совета, а привезем книгу исчерня к Москве, и простым людем будет смутно". Арсений понимал, что поручение может угрожать им со временем большою опасностию и что исправление Потребника тогда бы только было для них безопасным, если бы совершалось под непосредственным наблюдением и руководством самого митрополита Ионы, заведовавшего патриаршеством. Дионисий не послушал Арсения, а во всем попа Ивана слушал и принялся за дело вместе с своими сотрудниками.