Они работали с великим усердием и, как выражается Арсений, "безо всякия хитрости, сидели полтора года день и ночь". Для исправления Потребника 1602 г. они имели под руками около двадцати списков этой книги славянских, двенадцать письменных и один печатный, между письменными иные восходили за полтораста, за двести лет и более, и находился список с перевода Максима Грека, и пять списков или печатных книг греческих, в том числе принадлежавший архиепископу Елассонскому Арсению, бывшему тогда уже Суздальским. Этими греческими списками пользовались только Дионисий и Арсений, как знавшие греческий язык, но поп Наседка не пользовался по незнанию греческого языка. В печатном Потребнике справщики нашли следующие прибавления и изменения или искажения: 1) в чине освящения воды на день Богоявления Господня напечатано было в молитве: "Сам и ныне, Владыко, освяти воду сию Духом Твоим Святым и огнем". Слово "и огнем" признано было справщиками за прибавку, потому что оно не оказалось ни в греческих списках Требника, ни в славянских, кроме двух, и притом в одном приписано было на стороне, а в другом - поверх строки. Прибавлены были также в печатном Требнике целые две молитвы, не оказавшиеся ни в греческих, ни в славянских списках, между молитвами священника пред совершением литургии, обе перенесены были сюда из чина исповеди, с тою только разностию, что там ими священник разрешает кающегося грешника, а здесь разрешал самого себя. 2) Во многих молитвах искажены были конечные славословия и противоречили содержанию молитв и православию. Так, молитвы, обращенные к лицу одного Отца или Сына, оканчивались словами: "И Тебе славу возсылаем, Отцу и Сыну и Святому Духу". В молитве, например, за умерших конечный возглас был такой: "Яко Ты еси воскресение и живот, Христе Боже наш, и Тебе славу возсылаем Отцу и Сыну и Святому Духу". А в молитве над освящением яблок, всецело обращенной к Богу Отцу, в конце читалось: "Молитвами Пречистыя Ти Матери, Владычица нашея Богородица... и Тебе славу возсылаем, Отцу и Сыну и Святому Духу". Исправив погрешности, замеченные в печатном Потребнике, Дионисий и его сотрудники пересмотрели и некоторые другие печатные книги, в том числе и изданные во время междупатриаршества с благословения митрополита Ионы и прочих духовных властей: цветную Триодь, Октоих, общую Минею, месячную Минею, Псалтирь, Канонник и церковный Устав, и во всех нашли множество ошибок, особенно много их оказалось в церковном Уставе, который издан был в 1610 г. головщиком Сергиевой лавры Логгином.
Неудивительно, если этот головщик Логтин, а с ним и друг его уставщик той же лавры Филарет воспылали ненавистию к Дионисию, которого и без того не любили. Оба они были люди едва грамотные, но оба считали себя знатоками церковных чинов и богослужения и призванными судиями в этом деле. Старец Филарет гордился тем, что сорок уже лет был уставщиком в Троицко-Сергиевом монастыре, а старец Логтин величался своим сильным голосом, искусством в пении и переложении церковных песней на новые распевы. Архимандрит Дионисий по отношению к братии отличался величайшею кротостию и снисходительностию, к оскорбляющим его был всегда терпелив и незлобив, старался действовать на всех только словами любви, вразумления, убеждения. С такими-то словами он неоднократно обращался и к Логтину и Филарету, которые вообще любили своевольничать, и каждый раз встречал со стороны их ожесточенное упорство и противоречие. Свою неприязнь к нему они выражали иногда крайне дерзко и грубо. Однажды, когда Дионисий читал в церкви поучение к братии и народу, Логтин подошел к нему, вырвал у него книгу и уронил аналой, к соблазну всех. Дионисий, не сказав ни слова, только перекрестился и пошел на крылос. Но дерзкий головщик начал еще кричать и плевать на своего настоятеля, вырвал у него посох, изломал и бросил ему в лицо. Дионисий оставил крылос, пошел к образу Пресвятой Богородицы и проплакал пред ним всю утреню. Эти-то два грубые инока, но имевшие у себя много знакомых и почитателей в самой столице, успели огласить Дионисия и его сотрудников еретиками еще прежде, чем они окончили свою работу. И когда Дионисий в мае или июне 1618 г. прибыл в Москву и представил исправленный Потребник митрополиту Ионе, заведовавшему патриаршеством, то Иона, уже предубежденный против Дионисия и его сотрудников и недовольный тем, что они трудились не под его надзором и руководством, а может быть, и тем, что они осмелились указать грубые ошибки и в книгах, напечатанных при нем, т. е. в период междупатриаршества, созвал 18 июля Собор не столько для обсуждения сделанных исправлений в книге, сколько для суда над исправителями. На Соборе председательствовал сам Иона и присутствовали не архиереи, а только чудовский архимандрит Авраамий и другие лица из высшего московского духовенства. Главными обвинителями Дионисия и его сотрудников явились здесь названные нами уставщик Филарет и головщик Логгин. Дионисия обвиняли и обвинили в том, что он с своими товарищами "имя Святой Троицы велел в книгах марать, и Духа Святаго не исповедует, яко огнь есть", т. е. будто Дионисий незаконно исправил конечные славословия в некоторых молитвах, явно несообразные с православным учением о Пресвятой Троице, и незаконно опустил в молитве слово "и огнем". Сколько ни старались справщики Дионисий, Арсений и Наседка объяснять и доказывать основательность и справедливость сделанных ими исправлений, все эти объяснения и доказательства никого не убеждали. Четыре дня призывали обвиняемых на патриарший двор, потом делали им истязание в Вознесенском монастыре, в кельях матери царя Михаила Федоровича инокини Марфы Ивановны знак, что и эту благочестивую старицу успели вооружить против справщиков, как против врагов веры. С Дионисия просили некоторые пятьсот рублей, обещаясь прекратить дело, но он отвечал: "Денег не имею, да и давать не за что". Наконец, Собор решил: "Архимандрита Дионисия и попа Ивана от Церкви Божией и литургии служити отлучаем, да не священствуют". Кроме того, определили сослать окованного Дионисия в Кириллов монастырь, но как все дороги туда были еще заняты поляками, то заключили его на смирение в Новоспасской обители и наложили на него епитимию по тысяче поклонов в день. И велено было его здесь бить и мучить сорок дней и в дыму ставить на полатех, и заставляли его класть ежедневно по тысяче поклонов, а он прибавлял еще от своего усердия по другой тысяче. Митрополит Иона нередко в праздничные и торговые дни приказывал приводить узника на патриарший двор, а иногда привозить верхом на плохой лошади и здесь заставлял его класть поклоны под открытым небом, пред собравшимися толпами народа, тогда как сам вместе со властями пировал в доме за трапезой. Грубая чернь ругалась над мнимым еретиком, бросала в него грязью за то, что он хотел будто бы вывесть огнь из мира. Иногда Дионисий стоял скованным в подсенье дома митрополита от утра до вечера и ему не давали ни капли воды, чтобы утолить жажду в жаркие летние дни. И такие страдания продолжались для Дионисия целый год. Старец Арсений Глухой также был осужден Собором и заключен на Кирилловском подворье, где и томился в оковах около года, терпя разные лишения и нужды. Невольно припоминаются здесь другой подобный суд, совершавшийся столетием прежде, и другой страдалец за исправление церковных книг - преподобный Максим Грек. Но при сравнении этих двух судов настоящий еще более возмущает душу: там была хотя тень правды, были хотя некоторые слабые основания для обвинения подсудимого, здесь действовала одна вопиющая неправда, и Дионисий с своими достойнейшими сотрудниками обвинен и пострадал совершенно невинно. И так беззаконно, так жестоко поступили современники с человеком, который столько сделал для Церкви и отечества в ту страшную годину бедствий, который своими пламенными воззваниями ко всей России едва ли не более всех после патриарха Гермогена способствовал к освобождению ее от врагов.