Заточение Никифора было, без сомнения, торжеством для униатского митрополита и епископов. Кроме того что Никифор был главным виновником осуждения их и принятой ими унии, он и в последующее время служил бы для них главнейшим препятствием при распространении унии среди западнорусской православной паствы, оставаясь здесь в качестве уполномоченного от Вселенского патриарха. Теперь же, когда этого препятствия не стало, униатские владыки могли смелее рассчитывать на успех своего дела, пользуясь против своих домашних врагов и противников унии тем самым оружием, которым уже начали действовать на своем Соборе в Бресте. Каждый владыка объявлял по своей епархии, что все священнослужители, которые не желают принять унии и оставаться в подчинении своему владыке, отлучаются от Церкви, и низлагаются, и следовательно, лишаются своих мест и тех церковных доходов и имений, какими доселе пользовались, а все миряне, сопротивляющиеся унии, предаются проклятию и анафеме. Правда, эти анафематствования и проклятия из уст униатских владык не могли устрашать православных, ни духовенства, ни мирян, но отнятие мест, доходов и имений у православных священнослужителей - это была мера слишком для них чувствительная! Еще в тех городах и селениях, где православные жили под охраною своих православных властей, например в имениях князя К. К. Острожского и других православных вельмож и дворян, православные пастыри могли не покоряться распоряжениям униатских владык и, несмотря на их прещения, продолжать свое служение и отправлять все церковные требы для своих прихожан. Но там, где у православных не было таких покровителей и защитников, например в имениях самого короля, в имениях латинских и униатских панов и епископов, православным священникам приходилось избирать одно из двух: или принимать унию, чтобы сохранить за собою свой сан, место и доходы, или лишиться всего этого и оставаться без всяких средств к жизни. И некоторые священники поневоле уступали, соглашались на унию, по крайней мере наружно, и обязывались насаждать ее в своих приходах. А не соглашавшиеся на унию и упорно продолжавшие священствовать и утверждать в православии своих прихожан подвергались и более тяжким насилиям. Таких схватывали и бесчестили, заключали в оковы и темницы и т. п., приходские церкви их запечатывали, а прихожан оставляли без пастыря и богослужения.
В епархии митрополита Михаила Рагозы главным городом оставался Киев, по имени которого он не переставал титуловаться и по принятии унии. И этот город со всеми его православными жителями и духовенством решительно отказывался от повиновения своему архипастырю-отступнику и открыто восставал против всех его требований и распоряжений. Здесь православные чувствовали себя довольно сильными, воеводою киевским был князь К. К. Острожский. Даже городские власти, бурмистры, райцы, лавники, не только сами сопротивлялись митрополиту, но еще получали и возбуждали духовных и мирян не покоряться ему. Митрополит Рагоза ничего не мог сделать одною своею властию и пожаловался королю. И король в один и тот же день (2 декабря 1597 г.) подписал две грамоты в Киев: одну - к православному духовенству, а другую - к магистратским сановникам и приказывал, чтобы они не возмущались против своего верховного пастыря и во всем были ему послушны, - грамоты, совершенно похожие на ту, с какою прежде король обратился ко всем православным и которая так мало произвела действия в Киеве. Особенно резко обнаружилась эта непокорность митрополиту и самому королю в Киево-Печерской лавре. Мы уже видели, что еще в 1595 г. король хотел отдать ее митрополиту Рагозе и отнять у архимандрита Никифора Тура, но последний воспротивился и остался ее настоятелем. Теперь, после того как униатский Собор в Бресте осудил в числе других православных духовных и Никифора Тура на низложение и лишение места, король снова дал приказ отнять у него лавру и ввести во владение ею митрополита. Об этом он известил самого Тура и воеводу киевского князя Острожского, чтобы последний не препятствовал передаче лавры митрополиту Рагозе. Но когда возный земли Киевской Роман Овсяный, исполняя приказ короля, прибыл с двумя другими лицами в лавру, здесь встретили его пред воротами обители всею своею капитулою монахи, имея позади себя за воротами немало вооруженных людей, и объявили ему: "Мы имеем архимандрита, иного нам не нужно; митрополита в Киеве нет, а Михаила Рагозу, которого за отступничество от православия наши духовные низложили, мы не признаем за митрополита и увязать его в наш монастырь не дозволим". Возный пытался отворить монастырские ворота, чтобы идти к самому Никифору Туру, - монахи все закричали: "Не дозволим этого увязанья и будем обороняться силою" - и возного в обитель не впустили. Он старался вручить монахам по крайней мере копии с королевских грамот монахи копий не приняли. И возный ограничился тем, что внес (11 августа 1597 г.) заявление о всем этом в киевские градские книги. Никифор Тур потребован был на королевский суд и послал вместо себя уполномоченных (от 7 сентября): шляхтича киевского Христофора Белобережского и печерского монаха Феодосия. По рассмотрении дела на суде король снова определил (8 ноября) отнять Печерский монастырь у Тура и передать Рагозе и поручил исполнение этого решения дворянину своему Яну Кошицу (2 декабря), а монахам лавры и ее подданным послал особые грамоты, призывая их повиноваться митрополиту Рагозе как своему законному настоятелю и отвергнуть Тура как низложенного. Но и на этот раз монахи оказали решительное сопротивление. Прибыв вместе с киевским возным Лаврентием Толочко и двумя шляхтичами к лавре, Кошиц, как сам рассказывает, нашел монастырские ворота запертыми и у ворот несколько сот вооруженных казаков, гайдуков и слуг монастырских. Тотчас вышли и монахи, составляющие монастырскую капитулу, и на предложение Кошица впустить его в лавру для передачи ее Рагозе отвечали: "Знаем, зачем ты приехал и какие имеешь листы от короля; тех листов и слышать и видеть не хотим и монастырь наш крепко охранять будем. Король ничего не имеет до нас, и мы не должны его слушать, так как он нарушает наши права и вольности". Кошиц старался склонить монахов к уступчивости, но они остались непреклонными и даже грозили ему стоявшими тут казаками. Тогда митрополит, который уже и в официальных бумагах назывался печерским архимандритом, начал домогаться по крайней мере того, чтобы пользоваться хоть некоторыми доходами от лавры. И вот, по просьбе его король в 1598 г. приказал князю Александру Полубенскому, который должен был лавре 1300 коп литовских, внести этот долг не Никифору Туру, а митрополиту Рагозе; в следующем же году два раза предписывал державце бобруйскому, чтобы он доставил митрополиту Рагозе медовую дань с Бобруйской волости, принадлежавшей Печерскому монастырю, которой (дани) державца отдавать митрополиту не соглашался. Вместе с тем и сам Рагоза посадил было своих урядников в некоторых имениях Печерского монастыря, особенно в Белоруссии. Но Никифор Тур лично явился туда и при помощи монастырских крестьян повыгнал этих урядников. В сентябре 1598 г. литовский канцлер Лев Сапега приказал могилевскому чиновнику, чтобы он помогал митрополиту Рагозе исправно получать годовые доходы с находящихся там имений Печерской лавры и постарался изловить Никифора Тура. Но последний в том же году вместе со всею капитулою печерскою подал жалобу на митрополита и его капитулу в киевский земский суд за то, что митрополит незаконно взял с мещан могилевских восемь тысяч коп грошей. И суд признал митрополита виновным и определил взыскать означенную сумму с имений митрополичьих, которые для того и переданы монастырю Печерскому.