Годунов отправился на подворье и говорил Иеремии от имени государя тайно: приходил к нашему царскому величеству Антиохийский патриарх Иоаким, и мы наказали с ним тебе и другим патриархам, чтобы вы посоветовались между собою и со всем освященным Собором, как бы устроить в нашем государстве патриарха. А вот ныне ты сам пришел и сказывал, что султан учинил на Церковь и на тебя гонение и патриаршество разграбил. И "мы помыслили о том, чтобы тебе, святейшему патриарху Иеремии Вселенскому, быти на патриаршестве в нашем государстве на престоле Владимирском и всея Великия России". Иеремия отвечал: "Антиохийский патриарх Иоаким возвестил нам желание государя о патриаршестве в России, и мы о том все вкупе со Александрийским патриархом Селивестром, и Иерусалимским патриархом Нифонтом, и Антиохийским патриархом Иоакимом, и со архиепископы, и епископы, и со всем освященным Собором советовали и, советовав, приговорили, что пригоже в Российском царстве патриаршеству быти и патриарха учинити. И ныне, будет на то воля благочестивого государя, чтобы мне быти в его государстве, и аз не отмсщуся. Только мне во Владимире быть невозможно, потому что патриарх при государе всегда. А то что за патриаршество, если жить не при государе? Тому статься никак невозможно". Первые слова в этом ответе Иеремии невольно возбуждают сомнение. Он не мог произнесть их, потому что совещания патриархов или по крайней мере решения, приговора их об учреждении патриаршества в России вовсе не было, как прямо утверждает друг Иеремии Иерофей Монемвасийский. А если б был такой приговор, Иеремии не для чего было таить его доселе и столько терпеть в своем заключении на подворье. Напротив, на подворье он ясно заявил, что поставить русским патриарха невозможно, и отказался даже от своего намерения дать им автокефального архиепископа. К тому ж Иеремия не мог сказать, будто он совещался с Иерусалимским патриархом Нифонтом, не мог не знать, что патриархом Иерусалимским был тогда Софроний (с 1579 по 1608 г.). Итак, не прибавлены ли эти слова, столько важные для русских при дальнейших переговорах с Иеремиею, самими русскими, когда они заносили ответ его в свой Статейный список? Если же допустить, что Иеремия действительно произнес эти слова, то такую неправду можно объяснить только сильным желанием Иеремии остаться патриархом в России и для того уверить русских, что учреждение патриаршества в России решено приговором всех патриархов и Собора.
Когда Годунов известил государя об ответе Иеремии, то государь будто бы посылал того же Годунова еще "многажды говорити и советовати о том, чтобы святейший Иеремия произволил быти на Владимирском и всея России патриаршестве, и Иеремия о том много советовал с боярином Борисом Феодоровичем во многие приезды да на то не произволил", а говорил: "Если государь повелит мне быть в царствующем граде Москве при себе, где ныне митрополит, тогда митрополита можно устроить в другом городе". После этого, по словам же Статейного списка еще после первого ответа Иеремии, царь Федор Иванович созвал бояр и говорил им: "Мы помыслили было, чтобы святейшему Иеремии быть в нашем государстве на патриаршестве Владимирском и всея России, а в царствующем граде Москве быть по-прежнему отцу нашему и богомольцу митрополиту Иову. Но святейший Иеремия на Владимирском патриаршестве быть не хочет, а соглашается исполнить нашу волю, если позволим ему быть на патриаршестве в Москве, где ныне отец наш митрополит Иов. И мы помыслили, что то дело нестаточное: как нам такого сопрестольника великих чудотворцев Петра, Алексия и Ионы и мужа достохвального жития, святого и преподобного отца нашего и богомольца митрополита Иова изгнать от (церкви) Пречистой Богородицы и от великих чудотворцев и учинить греческого закона патриарха? А он здешнего обычая и русского языка не знает, и ни о каких делах духовных нам нельзя будет советоваться без толмача. И ныне еще бы посоветоваться с патриархом о том, чтобы он благословил и поставил на патриаршество Владимирское и Московское из Российского Собора отца нашего и богомольца Иова митрополита по тому чину, как поставляет патриархов Александрийского, Антиохийского и Иерусалимского, и чин поставления патриаршеского у него, Иеремии, взять бы, чтобы впредь поставляться патриархам в Российском царстве от митрополитов, архиепископов и епископов, а митрополиты бы, и архиепископы, и епископы поставлялись от патриарха в Российском царстве, а для того бы учинить митрополитов и прибавить архиепископов и епископов, в каких городах пригоже".
По повелению государя в 13-й день генваря 1589 г., следовательно спустя ровно полгода со времени приезда патриарха Иеремии в Москву, Годунов и дьяк Андрей Щелкалов ездили на подворье к патриарху и говорили ему: "Посылал к тебе государь наш, чтобы ты остался на патриаршестве Владимирском и всея России, но ты на то не произволил. И помыслил государь с своею благоверною царицею, поговорил с нашими боярами и велел посоветоваться с тобою о том, чтобы тебе благословить и поставить патриарха на Владимирское и Московское патриаршество из Российского Собора, кого Господь Бог, и Пречистая Богородица, и великие чудотворцы Московские изберут". Святейший Иеремия, советовав о том много с Годуновым, приговорил, что он на патриаршество Владимирское и Московское и всея России благословит и поставит из Российского Собора, кого благочестивый государь произволит, и благословение свое даст, чтобы впредь патриархам поставляться в Российском царстве от митрополитов, и архиепископов, и епископов по чину патриаршескому, а его бы государь пожаловал отпустил в Царьгород.
В 17-й день генваря собрались в царствующем граде Москве на Собор государь царь Федор Иванович, митрополит Иов, архиепископы: Новгородский Александр, Казанский Иеремия, Ростовский Варлаам, епископы: Суздальский Иов, Рязанский Митрофан, Смоленский Сильвестр, Тверской Захария, Коломенский Иосиф, Сарский Геласий, многие архимандриты, игумены и соборные старцы. Государь произнес на Соборе речь, в которой подробно изложил, как изначала поставлялись Русские митрополиты от Цареградских патриархов, а потом начали поставляться от своих архиепископов и епископов, как сносился он с Антиохийским патриархом Иоакимом об учреждении патриаршества в России и затем с патриархом Цареградским Иеремиею и как последний согласился наконец исполнить волю государя - поставить для России патриарха. По окончании речи государь предложил митрополиту Иову посовещаться со всеми отцами Собора, как бы, Бог дал, такое великое и преславное дело в России устроилось. Отцы Собора, посоветовавшись между собою, отвечали, что полагаются на волю его, благочестивого государя. Тогда приговорил государь с митрополитом и со всем Собором ехать к святейшему Иеремии дьяку Андрею Щелкалову, чтобы расспросить патриарха о патриаршеском поставлении и взять у него письменное сказание, как бывает это поставление. Иеремия отвечал Щелкалову, что поставление патриархов бывает так же, как и митрополитов, архиепископов и епископов, и дал ему вкратце изложенный на греческом языке рукописный чин патриаршеского поставления в великой цареградской церкви. Получив этот чин, государь послал еще дьяка Андрея Щелкалова на митрополичий двор сделать выписку, как бывает поставление митрополичье, и Щелкалов выписал и представил государю весь чин, по которому совершилось в 1581 г. поставление нашего митрополита Дионисия.
В 19-й день генваря царь Федор Иванович приговорил с митрополитом Иовом, с архиепископами, епископами, и всем Собором, и с боярами послать к святейшему Иеремии Ростовского архиепископа Варлаама и Смоленского епископа Сильвестра в сопровождении нескольких архимандритов, игуменов и старцев и дьяка Андрея Щелкалова, чтобы посоветоваться, как тому великому делу быть, когда быть избранию и наречению Московского патриарха и когда самому посвящению. Иеремия после совещания с прибывшими к нему приговорил: возвести на Московское патриаршество того, кого изберет Бог, и Пречистая Богородица, и великие чудотворцы Московские Петр, Алексий и Иона, и избранию быть в четверг 23 генваря, а поставлению - в следующий воскресный день, 26 генваря. Затем Иеремия стал расспрашивать, как происходит в Москве поставление митрополитов. Щелкалов отвечал: "Чин поставления у нас митрополита тот же, что и чин патриаршего поставленья, который ты написал и прислал государю, только твой чин изложен кратко, а в нашем чине написано сполна обо всем". Иеремии рассказали в общих чертах весь ход приближавшейся церковной церемонии и представили на бумаге самый "приговор государя царя о наречении патриарха Московского и всея России". Здесь во всей подробности начертан был план, по которому имело совершиться избрание и наречение Московского первосвятителя, и - что особенно замечательно - наперед были указаны самые лица, которых должно было избрать в кандидаты как на патриаршество, так и на вновь открывавшиеся митрополии, Новгородскую и Ростовскую.
Согласно с этим приговором, 23 генваря собрались в Успенский собор все русские архиереи, кроме митрополита Иова, оставшегося в своем доме, и отправили из среды своей двух епископов с несколькими настоятелями монастырей и старцами пригласить туда же Вселенского первосвятителя. Встреченный у собора с величайшею торжественностию, Иеремия в сопутствии двух своих греческих иерархов вошел в церковь и, приложившись к святым иконам и мощам святителей, стал на месте против чудотворной Владимирской иконы Пресвятой Богородицы и советовался тайно с архиереями об избрании патриарха. Тогда митрополит греческий Иерофей, архиепископ Казанский Тихон, Елассонский Арсений и епископы - Суздальский Иов, Смоленский Сильвестр, Рязанский Митрофан, Тверской Захария, Коломенский Иосиф и Крутицкий Геласий - удалились в придел Похвалы Пресвятой Богородицы и, заняв приготовленные для них места, избрали на патриаршество трех кандидатов, предуказанных в приговоре: Иова, митрополита Московского, Александра, архиепископа Новгородского, и Варлаама, архиепископа Ростовского, составили акт, или грамоту, избрания и собственноручно подписали его. Затем точно так же избрали трех предуказанных в приговоре кандидатов на митрополию Новгородскую: архиепископа Новгородского Александра, архимандрита троицкого Киприана и архимандрита рождественского во Владимире Иону - и трех также прежде указанных кандидатов на митрополию Ростовскую: Ростовского архиепископа Варлаама и архимандритов - новоспасского Сергия и чудовского Феодосия - и составили акты их избрания. Эти акты избиратели представили патриарху, который вместе с ними и отправился к государю. Федор Иванович, окруженный боярами, встретил патриарха и всех архиереев у дверей своей Золотой палаты и, приняв от патриарха благословение, пригласил их сесть. Чрез несколько минут Иеремия встал, возвестил царю о совершившемся избрании и поднес ему самую грамоту избрания кандидатов на патриаршество. Государь приказал дьяку Щелкалову прочитать эту грамоту вслух и из числа названных в ней избрал на патриаршество митрополита Иова, а вслед за тем послал трех архиереев и двух бояр звать его к себе. Когда Иов явился, государь встретил его в дверях своей палаты вместе с патриархом Иеремиею и со всем Собором и принял благословение от Иова. Последний принял благословение от Иеремии и поцеловался с ним в уста по обычаю патриархов. Государь сказал Иову речь, в которой объявил ему об его избрании в патриархи и просил его молитв. А Иеремия благословил Иова как "нареченного" в патриарха Московского и всея России. После того Иеремия поднес государю два остальные акта избрания кандидатов на митрополии Новгородскую и Ростовскую. Акты были прочитаны тем же дьяком Щелкаловым, и государь избрал и утвердил на первую митрополию Новгородского архиепископа Александра, а на вторую - Ростовского архиепископа Варлаама; Иеремия благословил того и другого в митрополиты и посвящение их предоставил будущему Московскому патриарху Иову. Так совершилось наречение первого нашего патриарха, в палатах государя, а не по тому чину, который дан был Иеремиею и по которому оно должно было совершиться в церкви. И хотя из царских палат оба патриарха пошли в Успенский собор, но там уже не происходило никакого наречения, а только после краткого молитвословия приложились они к святым иконам, сотворили между собою братское о Христе целование и расстались. Иеремия тотчас отправился на свое подворье, сопутствуемый несколькими архиереями и архимандритами. А Иов выслушал в соборе литургию и уже тогда пошел в свой двор также в сопровождении архиереев и архимандритов, которые и многолетствовали ему там на патриаршество Московское.