В мае месяце, незадолго до отъезда Иеремии из Москвы, царь Федор Иванович приказал написать на пергамене золотом и червленою краскою "для утверждения от рода в род и навеки" уложенную грамоту о Русском патриаршестве, в которой можно различать две главные части. В первой части говорится о пришествии святейшего Иеремии в Москву и о том, как совещался с ним государь, желая "почтить и украсить св. соборную церковь Пресв. Богородицы превысоким престолом патриаршества и тем великим делом царствующий град Москву и все свое великое Российское царство наипаче прославить и возвеличить во всю вселенную", и как действительно учреждено патриаршество в России и поставлен первый Русский патриарх Иов. Достойны замечания слова, которые, по свидетельству грамоты, произнес Иеремия царю, когда услышал мысль его о Русском патриаршестве. "Поистине, - сказал будто бы Иеремия, - в тебе, благочестивом царе, пребывает Дух Святой, и от Бога такая мысль тобою будет приведена в дело... Ибо древний Рим пал Аполлинариевою ересью, а второй Рим - Константинополь - находится в обладании внуков агарянских, безбожных турок; твое же великое Российское царство, третий Рим, превзошло всех благочестием, и все благочестивые царства собрались в твое единое, и ты один под небесами именуешься христианским царем во всей вселенной, у всех христиан, и по Божию промыслу, по милости Пречистой и по молитвам новых чудотворцев Российского царства Петра, Алексия и Ионы и по твоему царскому прошению у Бога, твоим царским советом сие превеликое дело исполнится". Во второй части грамоты повествуется, что потом, т. е. после возведения Иова на патриаршество, но какого месяца и числа, неизвестно, по произволению царя и великого князя Федора Ивановича "на утверждение православныя веры и в почесть превеликаго престола патриаршаго царствующаго града Москвы" оба патриарха - Иеремия и Иов - со всеми прочими святителями, русскими и греческими, и со всем освященным Собором советовали и соборне уложили - быть в великом царстве Русском четырем митрополитам: в Новгороде, Казани, Ростове и на Крутицах; шести архиепископам: в Вологде, Суздале, Нижнем Новгороде, Смоленске, Рязани и Твери, где прежде были епископы, и восьми епископам: в Пскове, Ржеве, Устюге, Белозерске, Коломне, Брянске, Дмитрове и еще в каком-то городе, не названном в грамоте. Все эти епископии, кроме Коломенской, существовавшей прежде, предположено было открыть вновь. Вместе с тем соборне уложили: впредь Русским патриархам поставляться в царствующем граде Москве от своих митрополитов, архиепископов и епископов по избранию Собора, с утверждения своего государя, и новопоставленному Московскому патриарху извещать о своем поставлении Вселенского патриарха, который также будет отписывать ему о своем поставлении; всех же митрополитов, архиепископов и епископов русских по избранию Собора и соизволению государя поставлять Московскому патриарху. Эту уложенную грамоту скрепили: сам царь своею печатью, оба патриарха печатями и подписями, три русских митрополита и греческий печатями и подписями, пять русских архиепископов и греческий подписями, а два из них и печатями, один епископ печатью и подписью и затем многие архимандриты, игумены и старцы - только подписями. В последний раз пред отъездом Иеремии государь принимал его у себя еще с большею торжественностию, чем в первый; вновь одарил его, и его родственников, и всех прибывших с ним весьма щедро и, между прочим, собственноручно передал ему драгоценную митру, осыпанную жемчугом и каменьями, с распятием наверху и с жемчужною надписью вокруг: "От царя патриарху". А когда Иеремия, отправившийся в Литву и провожаемый на всем пути по России со всеми почестями, переехал русскую границу, его настиг в Орше посланец царский и вручил ему от имени царя тысячу рублей на сооружение патриархии в Царьграде и вместе с грамотами от царя и от Годунова к самому Иеремии грамоту к турецкому султану Мурату, в которой Федор Иванович просил Мурата, чтобы он велел своим пашам "держать патриарха Иеремию в бережении по старине во всем".
Отпуская Вселенского патриарха из Москвы, государь выразил ему желание, чтобы учредившееся в России патриаршество было еще утверждено Собором Восточных иерархов и вместе было определено отношение Русского патриарха к прочим. Иеремия, немало замедливший на пути в Западной России и Молдавии и возвратившийся в Константинополь только весною 1590 г., в точности исполнил желание Федора Ивановича. В мае 1591 г. прибыл в Москву от святейших патриархов Тырновский митрополит Дионисий, происходивший из рода бывших греческих императоров Кантакузенов и Палеологов, и 20 июня представил государю соборную грамоту о Русском патриаршестве. В ней говорилось, что Иеремия, как только возвратился в Царьград, созвал великий Собор, рассказал собравшимся отцам о своем пребывании в Москве, о благочестии московского государя, обширности и величии его царства, о просьбе царя, чтобы в России учреждено было особое патриаршество, и объявил, что он, Иеремия, склонился на просьбу царя, поставил в Москве патриарха Иова и дал ему патриаршую хрисовулу, да почитается достоинством и честию с иными патриархами вовеки. Дело это показалось присутствовавшим патриархам "любо и благословенно", и они со всем великим Собором постановили: "Во-первых, признаем и утверждаем поставление в царствующем граде Москве патриарха Иова, да почитается и именуется он и впредь с нами, патриархами, и будет чин ему в молитвах после Иерусалимского, а во главе и начале держать ему апостольский престол Константинаграда, как и другие патриархи держат; во-вторых, патриаршее имя и честь дано и утверждено ныне не одному только господину Иову, но произволяем, чтобы и по нем поставлялись Московским Собором патриархи в России по правилам, как началось от сего сослужбника нашего смирения и о Св. Духе возлюбленного брата нашего Иова. Для того и утверждена сия уложенная грамота на память вовеки лета 1590, месяца мая". Грамоту подписали патриархи: Константинопольский Иеремия, Антиохийский Иоаким, Иерусалимский Софроний (Александрийская кафедра была тогда праздною) и бывшие на Соборе 42 митрополита, 19 архиепископов и 20 епископов. Другую соборную грамоту митрополит Дионисий представил патриарху Иову. Здесь Восточные патриархи с Собором писали: "Имеем тебя всегда нашим братом и сослужбником, пятым патриархом, под Иерусалимским, и в священных молитвах поминаем тебя, как мы промеж себя поминаемся; поминай и ты нас всегда в молитвах, вначале же святейшего Иеремию, архиепископа Константинопольского, как и мы его начальным имеем и большим братом именуем; повели также и всем архиереям во всей своей области, да поминают нас в молитвах". Третья соборная грамота была боярину Борису Федоровичу Годунову: ему прежде всего выражали иерархи свою благодарность за его любовь к ним и милости и свою великую радость, что по его желанию, как и по изволению святого царя, совершилось в Москве поставление патриарха, которое теперь утверждено Собором. Кроме соборных грамот митрополит Дионисий привез частные грамоты патриарха Иеремии царю, царице, патриарху Иову и Годунову. Во всех этих грамотах излагались просьбы о пособии и милостыне. Иова, например, Иеремия просил походатайствовать пред царем, "да сотворит пригожую помощь, какую обещал в своей палате при поставлении его, Иова, на патриаршество", а Годунова просил попечаловаться, чтобы государь выслал на сооружение Цареградской патриархии шесть тысяч золотых. Федор Иванович остался вполне доволен тем, что Русское патриаршество утверждено было соборною грамотою Восточных иерархов. И потому, щедро наделив самого митрополита Дионисия, отправил чрез него (в феврале 1592 г.) патриархам: Цареградскому Иеремии омофор, осыпанный жемчугом, золотую чару для святой воды и убрусец с дробным жемчугом, а на сооружение патриаршей церкви и дома сорок сороков соболей, тридцать сороков куниц, десять горностайных мехов и пятнадцать пудов рыбьего зуба; Александрийскому Мелетию Пигасу, недавно вступившему на эту кафедру, святительскую митру, золотую чару для святой воды, убрусец с дробным жемчугом и четыре сорока соболей и точно такие же подарки Антиохийскому Иоакиму и Иерусалимскому Софронию. Но недоволен был государь тем, что Русскому патриарху назначили в ряду патриархов пятое место, после Иерусалимского, и что, хотя по случайному обстоятельству, соборная грамота о Русском патриаршестве не была подписана и утверждена Александрийским патриархом. Последнее обстоятельство могло наиболее озабочивать государя, потому что Мелетий, занявший теперь Александрийскую кафедру, как известно, открыто порицал Иеремию за то, что он единолично, без согласия прочих патриархов учредил Русское патриаршество. Вследствие этого в своем ответном послании Иеремии царь, выражая ему свою благодарность за соборную грамоту и упоминая о своем великом жалованье, писал: "А мы, великий государь, с первопрестольником нашим Иовом патриархом, и с митрополитами, архиепископами, и епископами, и со всем освященным Собором нашего великого царства, советовав, уложили и утвердили навеки - поминать в Москве и во всех странах нашего царства на Божественной литургии благочестивых патриархов, во-первых, Константинопольского Вселенского, потом Александрийского, потом нашего Российского, потом Антиохийского, наконец, Иерусалимского, какие патриархи на тех престолах будут". И вслед за тем просил, чтобы о переменах на патриарших престолах присылались письменные известия в Россию для возношения имен новых патриархов в молитвах, как и из России будут присылаться такие же известия на Восток, и чтобы имя Русского патриарха всегда поминалось в церковных молитвах по всему православному Востоку, как имена Восточных патриархов будут поминаться по всей России. А в послании к Александрийскому патриарху Мелетию, которое, равно как и послания к двум остальным патриархам, довольно сходно с посланием к Иеремии, царь, в частности, просил, чтобы Мелетий известил его своим писаньем "о утверждении" патриарха Иова. Сам Иов в послании к Иеремии также извещал его, что освященным Собором в Москве с соизволения государя определено поминать в молитвах Русского патриарха на третьем месте, вслед за Александрийским, и также просил сообщать известия в Россию о будущих переменах на Восточных патриарших престолах, обещаясь, что и Русские патриархи со своей стороны будут сообщать на Восток такие известия.