Когда патриарх Александрийский Мелетий получил послание царя Федора Ивановича, то поспешил в Царьград, и здесь составился в присутствии московского посла Григория Афанасьева 12 февраля 1593 г. новый Собор Восточных иерархов, во главе которых находились патриархи: Цареградский Иеремия, Александрийский Мелетий, имевший голос и Антиохийского Иоакима, недавно скончавшегося, и Иерусалимский Софроний. Речь на Соборе вел теперь Мелетий Александрийский, не присутствовавший на прежнем Соборе, рассуждавшем о Русском патриаршестве. Ссылаясь на 28-е правило Халкидонского Собора, утвердившего преимущества Константинопольского патриарха, ради царствующего града нового Рима, равные тем, какие прежде даны были отцами престолу древнего Рима, Мелетий говорил, что признает вполне законным учреждение патриаршества и в царствующем граде Москве и считает Московского патриарха равным по чести и достоинству всем прочим православным патриархам. Но, с другой стороны, указывая на правила Соборов (6-е - Никейского и 36-е - Трульского), определяющие иерархическую последовательность патриарших престолов, заявил, что не находит возможным дать Московскому патриарху третье место в ряду патриархов, а признает его пятым, после Иерусалимского. Прочие патриархи вполне согласились с мнением Мелетия, а Иеремия прибавил: "Так мы и прежде учинили и письменно изложили благочестивейшему царю". Вслед за тем Собор постановил: "Присуждаем, чтобы благочестивейший царь московский и самодержец всея России и северных стран, как поныне воспоминается в священных службах Восточной Церкви, в священных диптихах и на св. проскомидиях, так был бы возглашаем и в начале шестопсалмия по окончании двух псалмов о царе, т. е. по имени, как православнейший царь". Это деяние Собора, которое изложил в письмени сам Мелетий, за подписями присутствовавших на Соборе было вручено московскому послу Григорию Афанасьеву и отправлено к царю Федору Ивановичу и патриарху Иову. Патриархи, без сомнения, не могли не понимать, что их новое соборное решение не удовлетворит вполне русского правительства, потому что и теперь, утвердив Московское патриаршество, они не согласились дать Московскому патриарху третьего места в среде своей, чего так настойчиво желали в Москве. Наиболее же должен был чувствовать это Александрийский патриарх Мелетий, которого царь особо просил относительно Русского патриаршества и которому на последнем Соборе в Царьграде пришлось иметь преимущественный голос. Потому-то одновременно с тем, как отправлено было в Москву деяние этого Цареградского Собора, Мелетий послал туда же от себя чрез своего архимандрита Неофита письма к царю, царице, патриарху Иову, Годунову и Щелкалову. Каждое из названных лиц он извещал о соборном решении, утвердившем Русское патриаршество и отправленном в Москву, и каждому выражал свои благожелания. Но особенно старался угодить патриарху и царю. Первому он говорил: "Справедливо поступил руководимый свыше благочестивейший царь Федор Иванович с святейшим братом и сослужбником нашим кир Иеремиею, архиепископом Константинопольским и Вселенским патриархом, когда, созвавши Собор, начали прекрасное и богоугодное учреждение патриаршего престола. Священными грамотами благочестивейшего царя призваны были и мы признать этот престол на полном Соборе. Почему, пришедши в Константинополь, в нынешней патриархии Пресв. Богородицы-Целительницы, мы утвердили то учреждение, считая достойным, чтобы царствующий и православнейший город Москва был возвеличен и в делах церковных с предоставлением ему чести, подобающей патриаршему престолу. Это вы и найдете в томе соборного деяния, скрепленном нашими собственноручными подписями, с печатьми некоторых митрополитов, архиепископов и епископов". Вместе с письмом Мелетий послал от себя к Иову и посох и говорил: "Да имеет твой высочайший патриарший престол в дар от нас этот посох, который имел доселе у нас великую цену, впрочем, не дороговизною вещества своего, а почтенною древностию... Этот посох преблаженного кир Иоакима Александрийского, который патриаршествовал 79 лет, живши сто лет, и который, испив яд, остался по благодати Христовой невредим". В послании к царю Федору Ивановичу Мелетий превозносил его благочестие, восхвалял самую мысль его об учреждении патриаршества в России и писал: "Имея всегдашнюю заботливость и любовь к апостольским престолам патриаршего достоинства и придерживаясь их, как вечно текущих и неиссякающих источников спасительнаго проповедания, ты не только простираешь руку помощи им, хотя они и далеко отстоят от тебя, но и находящийся в твоем царстве церковный престол ты возревновал возвесть в патриаршее достоинство, чтобы Христос Бог, умножающий твое царство, видел и Свое царство умножаемым тобою". Сказав затем об утверждении Русского патриаршества Константинопольским Собором и о соборном деянии, отправленном в Россию, Мелетий продолжал: "Тебе за твои подвиги следует быть увенчанным двойною диадемою: одну имеешь ты от предков, свыше... другую же представляем тебе мы. Эта диадема (головной убор) дана святым Ефесским Собором, бывшим при достославном самодержце Иустиниане, апостольскому престолу Александрийскому, и ею по примеру святейшего папы старейшего Рима одни только предстоятели Александрийской Церкви имели обычай украшаться". В заключение своего письма к царю Мелетий давал ему совет: "Заведи у себя, царь, училище греческих наук, живой огонь священной мудрости, ибо у нас источник мудрости грозит иссякнуть совершенно". Все письма и подарки Александрийского патриарха не в состоянии были подавить в русских чувство недовольства решением Константинопольского Собора, но против этого решения они ничего не могли сделать и поневоле должны были ему покориться.
Таким образом, для учреждения патриаршества в России потребовалось около семи лет. Первая мысль об этом учреждении принадлежала царю Федору Ивановичу, или, точнее, он первый высказал ее и сам усвоял ее себе. "Мысли свои о таком превеликом деле, - писал он к патриарху Иеремии в грамоте, посланной чрез Тырновского митрополита Дионисия, - объявляли есмя слуге нашему и конюшему боярину Борису Федоровичу Годунову, а велели ему нашего царского величества и нашие благоверные царицы и великие княгини о том мысль свою тебе, святейшему патриарху Иеремии, сказати". Основанием ее послужило сознание, которое вместе с царем разделяли и его подданные, что ветхий Рим с подчиненными ему на Западе церквами, как выражались тогда, пал от ереси Аполлинариевой, новый Рим, Константинополь, и все патриаршие Церкви на Востоке находились во власти безбожных турок, а великое царство Русское расширялось, процветало и благоденствовало, и православная вера в нем сияла для всех, как солнце. И потому царь находил справедливым почтить Церковь Русскую учреждением в ней патриаршества, и патриаршим престолом украсить свой царствующий град Москву, и возвеличить все свое царство, и для того воспользовался прибытием в Москву патриарха Иеремии. Что же привнесло в Россию патриаршество? Оно не возвысило и не увеличило власти Русского первосвятителя: и сделавшись патриархом, он остался с тою же самою властию по отношению к подведомой ему Церкви, какую имел, когда был митрополитом. Да и не могло возвысить, потому что власть и прочих патриархов по отношению к подчиненным им Церквам, сообразно с священными канонами, отнюдь не больше той, какою пользовался Русский митрополит в своей церковной области; власть эта всегда ограничивалась властию соборною. Но патриаршество возвысило самого Русского первосвятителя и Русскую Церковь пред лицом всего христианства. Он взошел на такую степень, выше которой нет в православной церковной иерархии, и из подчиненного Цареградскому патриарху сделался совершенно равным ему и прочим патриархам по достоинству. А Русская Церковь, считавшаяся доселе только одною из митрополий Константинопольского патриархата, сделалась сама независимым патриархатом и самостоятельною отраслию Церкви Вселенской. Это возвышение Русского первосвятителя видимо для всех выражалось тем, что прежде, когда он был митрополитом, ему подчинены были только архиепископы и епископы, а теперь под властию его находились митрополиты с архиепископами, епископами и прочим духовенством. Выражалось еще и некоторыми внешними преимуществами при богослужении, о которых, впрочем, известия относятся уже к последующему времени, например, митру он носил с крестом наверху, мантию бархатную зеленую или багряную, саккос с наперстником; амвон, на котором облачался в церкви, был возвышен на двенадцать ступеней, тогда как у митрополичьего амвона их было только восемь, и пр. Вследствие всего этого Русский первосвятитель возвысился и в понятиях всех сынов подведомой ему Церкви, и к нему они начали относиться с еще большим уважением, чем относились прежде, когда видели в нем только митрополита.
Период патриаршества в России подразделяется на две почти совершенно равные части, или отдела. В первые 65 лет (1589 - 1654) власть Русского патриарха простиралась не на всю Русскую Церковь, но лишь на ту, впрочем значительнейшую, часть ее, которая находилась в Московском государстве и прежде составляла Московскую, или Восточнорусскую, митрополию; а вся Западнорусская, иначе Литовская, митрополия, находившаяся во владениях литовско-польского короля, оставалась по-прежнему под властию Цареградского патриарха. В последние 66 лет (1654 - 1720) власть Русского патриарха постепенно распространялась на всю Русскую Церковь, потому что с присоединением Малороссии к Великой России и Западнорусская митрополия начала мало-помалу подчиняться Московскому патриарху и, наконец, подчинилась вполне с согласия самого Цареградского патриарха. В первую половину периода было только патриаршество Московское и всея Великия России и совершенно отдельно от него существовала Западнорусская митрополия. Во вторую половину Московское и всея Великия России патриаршество стало исподволь превращаться и действительно превратилось в патриаршество всея России, принявши в состав свой и Западнорусскую митрополию.