Будучи верховным пастырем над всею Русскою Церковию, митрополит был вместе и епархиальным архиереем и, кроме того, при своей кафедре имел многие земли и вотчины. Все это возлагало на него новые обязанности и требовало новых трудов, тем более что епархия митрополита была разделена на две половины или, вернее, на две особые епархии, которые находились одна от другой на огромном расстоянии и обе были весьма растянуты. К одной из этих епархий принадлежали Москва, Владимир, Нижний Новгород, Городец, разумеется с селами, к ним тянувшими, и, вероятно, некоторые другие города и села великого княжества Московского. К другой – Киев, Вильно, Новгородок Литовский, Гродно и некоторые другие города и села в Западной России. Равным образом и вотчины митрополита находились как в той, так и в другой епархии. Заведовать первою из них митрополит мог еще сам, живя постоянно в Москве; а во вторую, которую сам посещал лишь изредка, он обыкновенно назначал своего наместника. Наместнику поручались дела всей епархии и всей митрополичьей экономии: он освящал церкви, раздавал им антиминсы, освященные митрополитом, избирал и испытывал ставленников на все церковные степени и, кого признавал способными, посылал с своими свидетельствами к соседним архиереям для поставления; он имел власть над архимандритами, протоиереями, игуменами и всем священным клиром, судил духовенство и самих мирян, когда они подлежали церковному суду, и собирал церковные и судные пошлины; он надзирал за всеми митрополичьими вотчинами и людьми, защищал их от всякой сторонней обиды, творил над ними суд, собирал с них оброки и доходы, которые и доставлял митрополиту. Эти наместники жили обыкновенно в Киеве на митрополичьем дворе у святой Софии. Трое из них известны даже по имени: некто чернец Фома Святогорец Изуфов, про которого ходила молва, будто он поднес отраву (в 1396 г.) князю Скиригайлу, сыну Ольгердову, пригласив его к себе на пир в митрополичий двор; архимандрит Тимофей, которого Киприан митрополит за допущенные беспорядки сменил и отослал в Москву (1404), и архимандрит спасский Феодосии, которого тогда же Киприан назначил на место Тимофея. Вероятно, что иногда митрополит посылал не одного своего наместника для заведования всеми городами своей Западной епархии и своими вотчинами, а нескольких: по крайней мере известно, что когда Витовт вооружился на митрополита Фотия, то повелел (в 1414 г.) переписать все принадлежавшие ему в Литовском княжестве города и села, раздал их своим панам, а «наместников Фотиевых митрополичьих» ограбил и отослал в Москву. Впрочем, и в Московской своей епархии, если не всегда, то по временам, митрополиты наши имели у себя наместников. Таким наместником у Феогноста был святой Алексий более двенадцати лет, пока не сделался Владимирским епископом. Для самого Алексия дан был на время наместник из Царьграда патриархом некто диакон Георгий. О наместнике при митрополите Киприане ясно говорится в уставной грамоте ему московского князя Василия Димитриевича. Конечно, в Москве деятельность митрополичьего наместника была менее самостоятельною, чем в Киеве, и не столько обширною: здесь ему поручались, кажется, преимущественно дела судебные как над духовенством, так и над мирянами и крестьянами митрополита. Кроме наместников, по управлению своими епархиями и вотчинами митрополиты имели еще у себя десятинников, которые заведовали церковными округами под именем десятин и, между прочим, собирали с церквей и духовенства дани и пошлины, и волостелей, которые заведовали митрополичьими селами и волостями, судили в них людей и потому назывались также митрополичьими судьями.
В казну митрополита из его епархии шли двойного рода доходы: а) церковные пошлины – с церквей и приходского духовенства, известные под именами «зборного» и «заезда» (собиравшегося по случаю объезда митрополитом епархии), а по времени сбора называвшиеся рождественскими и петровскими, и б) пошлины судебные, собиравшиеся со всех, судившихся судом церковным, как духовных, так и мирян. Но самым главным источником для содержания наших митрополитов служили их вотчины. Когда наши первосвятители переселились из Киева во Владимир и Москву, то они начали пользоваться здесь теми «имениями, слободами и селами», которые подарил еще Андрей Боголюбский владимирской кафедральной церкви и архиерею и которые неотъемлемо с тех пор оставались за нашими митрополитами, по свидетельству Московского Собора 1503 г. Впоследствии сделаны были новые приобретения. Святитель Петр купил для своей кафедры, или для своего московского Успенского собора, город Алексин с волостями, и с селами, и с водами, и со всеми угодьями, что издавна тянули к тому городу, также с данью, и с оброками, и с судом, и со всеми пошлинами. Святитель Алексий, основав в Москве Чудов монастырь и возобновив монастыри Благовещенский в Нижнем Новгороде и Константиновский во Владимире, которые с того времени начали считаться митрополичьими, наделил все эти монастыри землями, угодиями и селами, а Чудову монастырю завещал еще пред своею смертию двенадцать сел и несколько деревень, частию купленных им на собственные деньги. При Киприане, кроме трех названных монастырей, считался митрополичьим еще монастырь владимирский Борисоглебский и вместе с ними тянул к митрополиту всеми своими селами и доходами. За этим первосвятителем утверждены были все владения, какие издавна, еще до Алексия и при Алексии, принадлежали Московским владыкам, и Киприан обменял только один город Алексин великому кязю Василию Дмитриевичу на слободку Святославлю. Митрополит Фотий, прибыв в Москву спустя четыре года по смерти своего предшественника и через два после страшного нашествия Едигеева (1408), нашел митрополичий дом и казну в совершенном запустении, а волости своей кафедры расхищенными от князей, бояр и других людей. Потому решился восстановить и возвратить все потерянное. Это ввело его в столкновения и споры с сильными людьми, причинило ему множество огорчений, но не могло победить его настойчивости в преследовании цели: мало-помалу он обновил все стяжания и доходы своей митрополии, поотыскал все ее вотчины. Кроме того, некоторые села прикупил сам, а большое село Кудрино с тридцатью деревнями и со всеми угодиями получил в дар по завещанию князя Владимира Андреевича. По смерти Фотия пожертвовано еще (около 1433–1440 гг.) митрополитской кафедре в Москве – Успенскому собору село Оксиньинское с деревнями и землями. За Киевскою кафедрою наших митрополитов, или за Киево-Софийским собором, числились также многие земли и села, которые издавна были пожертвованы разными князьями и боярами и находились не только в киевском, но и в волынском, новгородско-литовском и других округах. Случалось, что некоторые из этих сел во время смутных обстоятельств отпадали от митрополии, но потом были возвращаемы. Митрополит Киприан, когда был еще только Литовским, писал (в 1378 г.) преподобному Сергию Радонежскому: «Места церковная, запустошена давными леты, оправил есмь приложити к митрополии всея Руси. Новый Городок Литовскый давно отпал, и яз его оправил и десятину доспел к митрополии же и села». При Фотии к прежним владениям митрополии в Литве присоединились новые пожертвования. Если теперь мы совокупим все, что шло нашим митрополитам из их митрополии, из их обширной епархии, с их многочисленных вотчин, то невольно придем к мысли, что доходы митрополичьи были, по всей вероятности, весьма велики. Неудивительно, если митрополит Русский жил подобно какому-нибудь князю: имел у себя бояр, стольников и отроков, которые служили ему, и если дом митрополичий назывался дворцом, как и дом княжеский.